ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 1, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.020, 0.056, 0.091, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.056 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.006, 0.053, 0.099, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.053 std_dev=0.046
OP2 B 0, 0.614, 0.915, 1.215, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.915 std_dev=0.301
O4' A 0, -0.015, 0.304, 0.624, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.304 std_dev=0.319
C2' A 0, -0.001, 0.359, 0.720, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.359 std_dev=0.360
OP1 B 0, 0.652, 1.046, 1.440, 1.604 max_d=1.604 avg_d=1.046 std_dev=0.394
C4' A 0, 0.181, 0.619, 1.057, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.619 std_dev=0.438
P B 0, 0.190, 0.640, 1.090, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.640 std_dev=0.450
C3' A 0, 0.203, 0.884, 1.566, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.884 std_dev=0.682
O2' A 0, 0.348, 1.048, 1.748, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.048 std_dev=0.700
C5' A 0, -0.094, 0.703, 1.501, 3.436 max_d=3.436 avg_d=0.703 std_dev=0.797
O5' B 0, 0.737, 1.567, 2.398, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.567 std_dev=0.831
O3' A 0, 0.308, 1.646, 2.985, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.646 std_dev=1.338
O5' A 0, 0.293, 1.978, 3.663, 5.696 max_d=5.696 avg_d=1.978 std_dev=1.685
C5' B 0, 0.097, 1.881, 3.665, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.881 std_dev=1.784
N1 B 0, 3.253, 5.058, 6.864, 6.725 max_d=6.725 avg_d=5.058 std_dev=1.806
C2 B 0, 3.954, 5.816, 7.678, 7.379 max_d=7.379 avg_d=5.816 std_dev=1.862
N3 B 0, 2.911, 4.945, 6.978, 7.160 max_d=7.160 avg_d=4.945 std_dev=2.034
O3' B 0, 0.405, 2.539, 4.673, 5.316 max_d=5.316 avg_d=2.539 std_dev=2.134
N2 B 0, 5.593, 7.798, 10.004, 8.882 max_d=8.882 avg_d=7.798 std_dev=2.206
C3' B 0, 0.303, 2.542, 4.782, 5.469 max_d=5.469 avg_d=2.542 std_dev=2.240
P A 0, 0.232, 2.526, 4.819, 8.024 max_d=8.024 avg_d=2.526 std_dev=2.293
C4' B 0, 0.124, 2.427, 4.730, 5.424 max_d=5.424 avg_d=2.427 std_dev=2.303
OP2 A 0, 0.482, 2.895, 5.309, 8.167 max_d=8.167 avg_d=2.895 std_dev=2.414
C6 B 0, 1.161, 3.680, 6.199, 6.524 max_d=6.524 avg_d=3.680 std_dev=2.519
OP1 A 0, 0.297, 2.838, 5.379, 9.217 max_d=9.217 avg_d=2.838 std_dev=2.541
O6 B 0, 0.815, 3.559, 6.303, 6.725 max_d=6.725 avg_d=3.559 std_dev=2.744
C4 B 0, 0.762, 3.530, 6.299, 6.827 max_d=6.827 avg_d=3.530 std_dev=2.768
C2' B 0, 0.833, 3.611, 6.388, 7.088 max_d=7.088 avg_d=3.611 std_dev=2.777
O4' B 0, 0.124, 2.988, 5.851, 6.562 max_d=6.562 avg_d=2.988 std_dev=2.863
C8 B 0, 2.212, 5.084, 7.957, 8.450 max_d=8.450 avg_d=5.084 std_dev=2.873
N7 B 0, 1.820, 4.825, 7.830, 8.341 max_d=8.341 avg_d=4.825 std_dev=3.005
O2' B 0, 1.662, 4.681, 7.701, 8.373 max_d=8.373 avg_d=4.681 std_dev=3.020
C1' B 0, 0.436, 3.549, 6.661, 7.368 max_d=7.368 avg_d=3.549 std_dev=3.113
N9 B 0, 0.346, 3.512, 6.678, 7.299 max_d=7.299 avg_d=3.512 std_dev=3.166
C5 B 0, -0.003, 3.207, 6.418, 6.974 max_d=6.974 avg_d=3.207 std_dev=3.210

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.32 0.00 0.38 0.37 0.18 0.21
C2 0.03 0.00 0.16 0.25 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.35 0.19 0.11 0.75 0.65 0.42 0.57
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.19 0.18 0.03 0.12 0.07 0.29 0.01 0.03 0.02 0.15 0.13 0.64 0.29
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.39 0.01 0.41 0.01 0.35 0.24 0.32 0.42 0.19 0.03 0.01 0.03 0.21 0.12 0.40 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.39 0.00 0.15 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.22 0.02 1.12 1.03 1.07 1.07
C4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.15 0.00 0.18 0.01 0.18 0.09 0.11 0.16 0.11 0.32 0.01 0.01 0.01 0.30 0.36 0.08
C5 0.01 0.01 0.14 0.41 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.26 0.11 1.23 1.18 1.21 1.22
C5' 0.06 0.07 0.19 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.18 0.06 0.09 0.16 0.12 0.14 0.22 0.01 0.01 0.46 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.35 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.19 0.14 1.10 0.99 0.87 1.00
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.21 0.13 0.01 0.77 0.66 0.43 0.60
N3 0.03 0.00 0.12 0.32 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.37 0.16 0.08 0.93 0.81 0.72 0.79
N4 0.02 0.02 0.07 0.42 0.00 0.16 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.39 0.26 0.02 1.20 1.16 1.29 1.21
O2 0.06 0.00 0.29 0.19 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.47 0.32 0.20 0.58 0.59 0.15 0.39
O2' 0.03 0.35 0.01 0.03 0.35 0.32 0.36 0.14 0.33 0.21 0.37 0.39 0.47 0.00 0.05 0.23 0.20 0.15 0.72 0.28
O3' 0.32 0.19 0.03 0.01 0.22 0.01 0.26 0.22 0.19 0.13 0.16 0.26 0.32 0.05 0.00 0.21 0.28 0.35 0.33 0.25
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.08 0.02 0.20 0.23 0.21 0.00 0.42 0.55 0.08 0.31
O5' 0.38 0.75 0.15 0.21 1.12 0.01 1.23 0.01 1.10 0.77 0.93 1.20 0.58 0.20 0.28 0.42 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.65 0.13 0.12 1.03 0.30 1.18 0.46 0.99 0.66 0.81 1.16 0.59 0.15 0.35 0.55 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.42 0.64 0.40 1.07 0.36 1.21 0.37 0.87 0.43 0.72 1.29 0.15 0.72 0.33 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.57 0.29 0.19 1.07 0.08 1.22 0.02 1.00 0.60 0.79 1.21 0.39 0.28 0.25 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.27 1.06 0.76 0.22 0.54 0.47 0.94 0.48 0.53 0.24 0.60 0.30 0.63 0.29 1.40 1.01 1.04 0.85 0.64 0.09 0.19 0.38
C2 0.27 0.59 0.68 0.62 0.23 0.44 0.53 0.74 0.45 0.70 0.27 1.01 0.44 0.84 0.35 0.77 0.81 0.94 0.87 0.67 0.13 0.18 0.30
C2' 1.04 1.04 0.52 0.46 1.13 1.20 1.24 1.41 1.26 1.18 1.17 0.83 1.00 1.25 1.10 0.84 0.58 1.81 1.14 1.29 0.40 0.29 0.59
C3' 0.62 0.95 0.83 0.68 0.78 0.76 0.83 0.97 0.94 0.69 0.99 0.98 0.83 0.77 0.66 1.20 1.02 1.39 0.52 0.97 0.55 0.56 0.19
C4 0.16 0.97 0.52 0.59 0.33 0.25 0.19 0.49 0.45 0.50 0.87 1.19 0.72 0.51 0.14 0.49 0.75 0.65 0.80 0.34 0.19 0.18 0.24
C4' 0.15 0.33 1.30 0.96 0.30 0.44 0.45 0.90 0.51 0.40 0.44 0.34 0.24 0.49 0.26 1.81 1.38 0.95 0.53 0.60 0.29 0.42 0.26
C5 0.17 0.93 0.72 0.76 0.46 0.23 0.31 0.56 0.50 0.30 0.80 1.07 0.78 0.27 0.15 0.71 0.93 0.62 0.80 0.39 0.13 0.19 0.28
C5' 0.43 0.48 1.34 1.08 0.49 0.61 0.52 0.95 0.54 0.52 0.51 0.47 0.46 0.54 0.48 1.85 1.58 1.01 0.49 0.56 0.44 0.51 0.35
C6 0.23 0.72 0.98 0.85 0.28 0.35 0.15 0.76 0.21 0.35 0.49 0.91 0.65 0.36 0.14 1.08 1.07 0.82 0.84 0.20 0.07 0.19 0.34
N1 0.25 0.53 0.91 0.74 0.14 0.45 0.36 0.82 0.30 0.54 0.22 0.87 0.46 0.63 0.25 1.08 0.96 0.96 0.86 0.47 0.09 0.19 0.34
N3 0.24 0.81 0.52 0.55 0.19 0.36 0.37 0.60 0.25 0.69 0.59 1.16 0.56 0.79 0.30 0.52 0.72 0.81 0.84 0.42 0.18 0.18 0.26
N4 0.16 1.06 0.40 0.50 0.44 0.16 0.36 0.31 0.74 0.43 1.08 1.25 0.77 0.37 0.15 0.43 0.64 0.47 0.69 0.69 0.27 0.18 0.17
O2 0.32 0.41 0.67 0.58 0.38 0.49 0.74 0.77 0.77 0.80 0.35 0.89 0.34 0.98 0.46 0.79 0.77 0.99 0.88 1.04 0.14 0.18 0.30
O2' 1.34 1.48 0.89 0.83 1.47 1.36 1.66 1.49 1.82 1.52 1.75 1.25 1.32 1.66 1.40 1.18 0.84 1.91 1.30 1.92 0.71 0.52 0.84
O3' 0.74 1.23 0.96 0.85 0.94 0.74 1.02 0.89 1.21 0.78 1.30 1.33 1.03 0.91 0.77 1.41 1.26 1.37 0.41 1.28 0.75 0.59 0.25
O4' 0.42 0.47 1.56 1.11 0.28 0.27 0.24 0.83 0.23 0.32 0.21 0.70 0.55 0.37 0.29 2.02 1.44 0.65 0.68 0.35 0.26 0.36 0.42
O5' 0.87 0.52 1.98 1.85 0.73 0.74 0.74 0.49 0.61 0.96 0.50 0.51 0.61 0.89 0.88 2.18 2.23 0.62 0.83 0.59 1.40 1.59 1.12
OP1 1.02 0.68 1.86 2.02 0.72 1.20 0.71 1.00 0.52 1.08 0.52 0.91 0.72 0.95 0.94 2.08 2.62 0.86 1.58 0.48 2.03 1.96 1.73
OP2 1.36 1.34 1.46 1.70 1.26 1.21 1.17 0.96 1.10 1.27 1.14 1.48 1.44 1.24 1.27 1.30 2.02 1.40 1.54 1.06 2.28 2.19 1.93
P 1.13 0.77 1.89 2.05 0.93 1.19 0.94 0.96 0.78 1.22 0.68 0.85 0.87 1.14 1.09 1.96 2.56 0.99 1.47 0.77 1.93 1.98 1.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.28 0.01 0.37 0.03 0.48 0.43 0.13
C2 0.05 0.00 0.52 0.43 0.02 0.15 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.35 0.37 0.42 0.37 0.01 0.42 1.06 0.49
C2' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.26 0.01 0.13 0.17 0.23 0.26 0.40 0.63 0.50 0.14 0.03 0.00 0.04 0.01 0.43 0.17 0.71 0.35 0.35
C3' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.34 0.01 0.39 0.01 0.44 0.29 0.46 0.45 0.37 0.36 0.23 0.03 0.01 0.02 0.11 0.47 0.45 0.58 0.13
C4 0.03 0.02 0.26 0.34 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.20 0.20 0.31 0.01 0.22 0.88 0.35
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.20 0.00 0.15 0.40 0.07 0.25 0.16 0.37 0.15 0.26 0.03 0.00 0.01 0.22 0.40 0.45 0.05
C5 0.02 0.02 0.13 0.39 0.01 0.20 0.00 0.37 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.26 0.18 0.05 0.24 0.02 0.40 0.99 0.52
C5' 0.06 0.17 0.17 0.01 0.18 0.00 0.37 0.00 0.33 0.60 0.19 0.26 0.17 0.61 0.25 0.08 0.18 0.01 0.01 0.43 0.35 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.44 0.01 0.15 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.26 0.14 0.24 0.01 0.57 1.11 0.62
C8 0.03 0.03 0.26 0.29 0.01 0.40 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.53 0.15 0.31 0.23 0.03 0.32 0.67 0.35
N1 0.03 0.01 0.40 0.46 0.01 0.07 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.33 0.31 0.30 0.01 0.54 1.13 0.58
N2 0.06 0.01 0.63 0.45 0.03 0.25 0.03 0.26 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.53 0.45 0.51 0.43 0.03 0.48 1.09 0.52
N3 0.05 0.01 0.50 0.37 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.36 0.34 0.42 0.39 0.01 0.26 0.92 0.37
N7 0.03 0.03 0.14 0.36 0.01 0.37 0.01 0.61 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.50 0.18 0.20 0.22 0.04 0.41 0.89 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.15 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.22 0.09 0.02 0.30 0.03 0.24 0.66 0.21
O2' 0.02 0.35 0.00 0.03 0.12 0.26 0.26 0.08 0.21 0.53 0.20 0.53 0.36 0.50 0.22 0.00 0.05 0.24 0.26 0.28 0.75 0.34 0.32
O3' 0.28 0.37 0.04 0.01 0.20 0.03 0.18 0.18 0.26 0.15 0.33 0.45 0.34 0.18 0.09 0.05 0.00 0.18 0.49 0.27 0.53 0.79 0.49
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.20 0.00 0.05 0.01 0.14 0.31 0.31 0.51 0.42 0.20 0.02 0.24 0.18 0.00 0.35 0.08 0.46 0.36 0.13
O5' 0.37 0.37 0.43 0.11 0.31 0.01 0.24 0.01 0.24 0.23 0.30 0.43 0.39 0.22 0.30 0.26 0.49 0.35 0.00 0.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.17 0.47 0.01 0.22 0.02 0.43 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.28 0.27 0.08 0.22 0.00 0.72 1.16 0.73
OP1 0.48 0.42 0.71 0.45 0.22 0.40 0.40 0.35 0.57 0.32 0.54 0.48 0.26 0.41 0.24 0.75 0.53 0.46 0.02 0.72 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.06 0.35 0.58 0.88 0.45 0.99 0.36 1.11 0.67 1.13 1.09 0.92 0.89 0.66 0.34 0.79 0.36 0.02 1.16 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.49 0.35 0.13 0.35 0.05 0.52 0.01 0.62 0.35 0.58 0.52 0.37 0.54 0.21 0.32 0.49 0.13 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00