ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54767

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.018, 0.037, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.030, 0.075, 0.121, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.075 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.013, 0.196, 0.379, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.196 std_dev=0.183
C2' A 0, -0.012, 0.201, 0.414, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.201 std_dev=0.213
P B 0, 0.161, 0.376, 0.591, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.376 std_dev=0.215
C4' A 0, -0.008, 0.346, 0.699, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.346 std_dev=0.354
O2' A 0, -0.068, 0.311, 0.691, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.311 std_dev=0.380
OP2 B 0, 0.082, 0.496, 0.910, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.496 std_dev=0.414
C3' A 0, -0.057, 0.391, 0.840, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.391 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.035, 0.488, 0.941, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.488 std_dev=0.453
O5' B 0, 0.068, 0.560, 1.052, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.560 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.048, 0.702, 1.355, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.702 std_dev=0.653
O3' B 0, -0.079, 0.679, 1.437, 2.851 max_d=2.851 avg_d=0.679 std_dev=0.758
OP1 B 0, 0.015, 0.818, 1.622, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.818 std_dev=0.803
C5' B 0, -0.017, 0.798, 1.612, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.798 std_dev=0.814
O3' A 0, -0.166, 0.656, 1.477, 2.942 max_d=2.942 avg_d=0.656 std_dev=0.821
O5' A 0, -0.216, 0.775, 1.766, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.775 std_dev=0.991
P A 0, -0.194, 0.845, 1.884, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.845 std_dev=1.039
C4' B 0, -0.111, 0.936, 1.983, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.936 std_dev=1.047
C2' B 0, -0.171, 1.089, 2.348, 3.930 max_d=3.930 avg_d=1.089 std_dev=1.259
OP2 A 0, -0.231, 1.132, 2.494, 4.322 max_d=4.322 avg_d=1.132 std_dev=1.363
O2' B 0, -0.275, 1.094, 2.464, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.094 std_dev=1.369
O4' B 0, -0.312, 1.314, 2.940, 4.701 max_d=4.701 avg_d=1.314 std_dev=1.626
OP1 A 0, -0.353, 1.339, 3.030, 5.078 max_d=5.078 avg_d=1.339 std_dev=1.691
C1' B 0, -0.413, 1.440, 3.294, 5.809 max_d=5.809 avg_d=1.440 std_dev=1.854
N9 B 0, -0.541, 1.909, 4.360, 7.102 max_d=7.102 avg_d=1.909 std_dev=2.450
C8 B 0, -0.589, 2.102, 4.792, 8.248 max_d=8.248 avg_d=2.102 std_dev=2.690
C4 B 0, -0.704, 2.454, 5.613, 8.184 max_d=8.184 avg_d=2.454 std_dev=3.159
N3 B 0, -0.673, 2.550, 5.773, 7.729 max_d=7.729 avg_d=2.550 std_dev=3.223
N7 B 0, -0.780, 2.731, 6.242, 10.061 max_d=10.061 avg_d=2.731 std_dev=3.511
C5 B 0, -0.885, 2.962, 6.809, 10.153 max_d=10.153 avg_d=2.962 std_dev=3.847
C2 B 0, -0.888, 3.218, 7.325, 9.570 max_d=9.570 avg_d=3.218 std_dev=4.107
N2 B 0, -0.883, 3.477, 7.837, 9.847 max_d=9.847 avg_d=3.477 std_dev=4.360
C6 B 0, -1.122, 3.678, 8.479, 12.136 max_d=12.136 avg_d=3.678 std_dev=4.800
N1 B 0, -1.114, 3.754, 8.621, 11.694 max_d=11.694 avg_d=3.754 std_dev=4.868
O6 B 0, -1.322, 4.241, 9.804, 14.228 max_d=14.228 avg_d=4.241 std_dev=5.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.18 0.00 0.14 0.22 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.15 0.04 0.39 0.21 0.49 0.22
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.13 0.06 0.03 0.11 0.07 0.19 0.01 0.03 0.01 0.21 0.26 0.41 0.16
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.25 0.01 0.26 0.02 0.24 0.15 0.22 0.27 0.17 0.02 0.01 0.01 0.35 0.52 0.45 0.33
C4 0.03 0.01 0.07 0.25 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.17 0.03 0.58 0.29 0.81 0.37
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.09 0.13 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.22 0.24 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.26 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.05 0.61 0.28 0.80 0.38
C5' 0.05 0.09 0.13 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.13 0.19 0.08 0.06 0.12 0.01 0.01 0.27 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.16 0.06 0.52 0.20 0.57 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.36 0.19 0.41 0.19
N3 0.03 0.00 0.11 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.15 0.03 0.49 0.25 0.67 0.29
N4 0.03 0.01 0.07 0.27 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.20 0.03 0.63 0.34 0.95 0.43
O2 0.07 0.00 0.19 0.17 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.26 0.08 0.30 0.21 0.40 0.18
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.24 0.19 0.19 0.06 0.14 0.13 0.25 0.26 0.23 0.00 0.08 0.14 0.23 0.42 0.43 0.19
O3' 0.18 0.15 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.12 0.16 0.07 0.15 0.20 0.26 0.08 0.00 0.13 0.37 0.82 0.70 0.53
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.08 0.14 0.13 0.00 0.14 0.32 0.33 0.34
O5' 0.14 0.39 0.21 0.35 0.58 0.01 0.61 0.01 0.52 0.36 0.49 0.63 0.30 0.23 0.37 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.22 0.21 0.26 0.52 0.29 0.22 0.28 0.27 0.20 0.19 0.25 0.34 0.21 0.42 0.82 0.32 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.49 0.41 0.45 0.81 0.24 0.80 0.31 0.57 0.41 0.67 0.95 0.40 0.43 0.70 0.33 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.22 0.16 0.33 0.37 0.10 0.38 0.02 0.27 0.19 0.29 0.43 0.18 0.19 0.53 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.98 2.79 0.68 0.38 2.36 0.54 2.84 0.48 3.30 1.98 3.24 2.70 2.31 2.60 1.77 0.29 0.61 0.76 0.37 3.57 0.68 0.26 0.15
C2 0.95 2.80 0.47 0.34 2.44 0.56 3.12 0.51 3.65 2.21 3.41 2.67 2.27 2.99 1.83 0.27 0.60 0.79 0.43 4.11 0.77 0.27 0.15
C2' 0.69 2.50 0.50 0.15 2.02 0.44 2.52 0.40 3.02 1.66 2.97 2.47 1.99 2.29 1.43 0.51 0.41 0.51 0.23 3.35 0.79 0.32 0.25
C3' 0.61 1.94 0.54 0.29 1.60 0.41 2.00 0.28 2.37 1.36 2.31 1.89 1.55 1.85 1.16 0.69 0.21 0.48 0.26 2.63 0.65 0.43 0.29
C4 0.72 2.08 0.23 0.24 1.93 0.55 2.57 0.51 2.89 2.01 2.58 1.94 1.71 2.69 1.51 0.40 0.48 0.71 0.47 3.30 0.80 0.30 0.19
C4' 0.61 1.87 0.57 0.27 1.57 0.31 1.88 0.26 2.17 1.32 2.15 1.83 1.55 1.72 1.17 0.38 0.33 0.43 0.21 2.34 0.58 0.35 0.22
C5 0.67 1.79 0.26 0.23 1.72 0.57 2.24 0.51 2.44 1.87 2.18 1.66 1.51 2.38 1.40 0.43 0.45 0.68 0.44 2.71 0.74 0.30 0.16
C5' 0.48 1.25 0.56 0.33 1.09 0.18 1.29 0.15 1.46 0.96 1.42 1.20 1.06 1.22 0.84 0.55 0.20 0.29 0.25 1.57 0.60 0.47 0.33
C6 0.80 2.05 0.43 0.30 1.94 0.57 2.42 0.50 2.64 1.91 2.43 1.90 1.74 2.42 1.56 0.37 0.52 0.70 0.39 2.87 0.69 0.28 0.15
N1 0.93 2.59 0.53 0.35 2.30 0.56 2.87 0.50 3.27 2.08 3.08 2.44 2.15 2.74 1.77 0.29 0.59 0.76 0.40 3.57 0.71 0.27 0.14
N3 0.85 2.54 0.33 0.30 2.25 0.56 2.97 0.52 3.45 2.16 3.14 2.40 2.06 2.96 1.72 0.34 0.56 0.76 0.46 3.95 0.80 0.28 0.18
N4 0.61 1.83 0.16 0.20 1.69 0.52 2.31 0.49 2.61 1.84 2.30 1.72 1.49 2.49 1.33 0.45 0.42 0.66 0.49 3.04 0.80 0.33 0.23
O2 1.02 3.14 0.56 0.37 2.61 0.56 3.32 0.50 3.99 2.26 3.81 3.05 2.51 3.09 1.93 0.22 0.63 0.82 0.43 4.51 0.77 0.26 0.15
O2' 0.85 2.90 0.67 0.23 2.25 0.38 2.73 0.37 3.32 1.76 3.36 2.95 2.31 2.42 1.60 0.47 0.33 0.57 0.26 3.65 0.82 0.36 0.30
O3' 0.52 1.72 0.47 0.30 1.36 0.41 1.73 0.28 2.11 1.13 2.07 1.71 1.34 1.59 0.94 0.73 0.19 0.45 0.25 2.38 0.64 0.46 0.33
O4' 0.99 2.42 0.78 0.50 2.11 0.61 2.43 0.53 2.74 1.76 2.72 2.33 2.08 2.21 1.63 0.26 0.70 0.79 0.40 2.88 0.54 0.25 0.16
O5' 0.29 0.75 0.30 0.32 0.74 0.15 1.03 0.20 1.13 0.93 0.98 0.69 0.58 1.14 0.63 0.45 0.02 0.21 0.54 1.29 0.88 0.74 0.63
OP1 0.63 0.92 0.34 0.17 0.49 0.47 0.30 0.49 0.41 0.33 0.70 1.24 0.86 0.28 0.38 0.59 0.04 0.58 0.39 0.36 0.67 0.33 0.41
OP2 0.25 1.05 0.43 0.14 0.74 0.31 0.88 0.68 1.00 0.82 1.03 1.22 0.92 0.98 0.52 0.49 0.03 0.20 1.01 1.10 1.33 1.23 1.12
P 0.22 0.65 0.14 0.02 0.32 0.25 0.46 0.35 0.54 0.50 0.58 0.86 0.56 0.60 0.16 0.33 0.01 0.23 0.51 0.64 0.77 0.56 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.07 0.11 0.09 0.01 0.00 0.03 0.27 0.01 0.20 0.05 0.32 0.31 0.15
C2 0.09 0.00 0.36 0.59 0.02 0.45 0.02 0.72 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.25 0.52 0.26 0.38 0.02 0.81 0.54 0.71
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.20 0.02 0.15 0.18 0.21 0.11 0.30 0.42 0.35 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.47 0.18 0.58 0.72 0.52
C3' 0.02 0.59 0.01 0.00 0.36 0.01 0.36 0.01 0.42 0.38 0.51 0.70 0.56 0.39 0.22 0.02 0.01 0.02 0.23 0.43 0.36 0.30 0.21
C4 0.04 0.02 0.20 0.36 0.00 0.21 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.14 0.16 0.02 0.50 0.35 0.31
C4' 0.01 0.45 0.02 0.01 0.21 0.00 0.12 0.00 0.18 0.30 0.34 0.58 0.43 0.22 0.08 0.24 0.03 0.01 0.03 0.15 0.12 0.07 0.06
C5 0.03 0.02 0.15 0.36 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.22 0.06 0.36 0.02 0.45 0.63 0.31
C5' 0.06 0.72 0.18 0.01 0.29 0.00 0.16 0.00 0.28 0.45 0.54 0.94 0.65 0.34 0.10 0.08 0.18 0.01 0.01 0.21 0.21 0.11 0.02
C6 0.05 0.01 0.21 0.42 0.02 0.18 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.21 0.29 0.11 0.27 0.00 0.56 0.58 0.37
C8 0.02 0.02 0.11 0.38 0.01 0.30 0.01 0.45 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.20 0.30 0.18 0.77 0.03 0.34 1.00 0.59
N1 0.07 0.00 0.30 0.51 0.02 0.34 0.02 0.54 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.23 0.41 0.20 0.24 0.02 0.72 0.47 0.56
N2 0.11 0.01 0.42 0.70 0.03 0.58 0.02 0.94 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.31 0.69 0.32 0.60 0.03 0.96 0.79 0.93
N3 0.09 0.01 0.35 0.56 0.01 0.43 0.01 0.65 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.23 0.48 0.26 0.33 0.01 0.72 0.43 0.61
N7 0.01 0.02 0.07 0.39 0.01 0.22 0.00 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.21 0.30 0.11 0.70 0.03 0.41 1.05 0.57
N9 0.00 0.04 0.05 0.22 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.13 0.13 0.02 0.34 0.03 0.29 0.48 0.19
O2' 0.03 0.25 0.00 0.02 0.16 0.24 0.19 0.08 0.21 0.20 0.23 0.31 0.23 0.21 0.13 0.00 0.06 0.18 0.32 0.23 0.53 0.76 0.47
O3' 0.27 0.52 0.02 0.01 0.24 0.03 0.22 0.18 0.29 0.30 0.41 0.69 0.48 0.30 0.13 0.06 0.00 0.19 0.18 0.30 0.36 0.19 0.18
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.18 0.20 0.32 0.26 0.11 0.02 0.18 0.19 0.00 0.04 0.08 0.34 0.07 0.17
O5' 0.20 0.38 0.47 0.23 0.16 0.03 0.36 0.01 0.27 0.77 0.24 0.60 0.33 0.70 0.34 0.32 0.18 0.04 0.00 0.37 0.01 0.03 0.01
O6 0.05 0.02 0.18 0.43 0.02 0.15 0.02 0.21 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.23 0.30 0.08 0.37 0.00 0.56 0.74 0.40
OP1 0.32 0.81 0.58 0.36 0.50 0.12 0.45 0.21 0.56 0.34 0.72 0.96 0.72 0.41 0.29 0.53 0.36 0.34 0.01 0.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.54 0.72 0.30 0.35 0.07 0.63 0.11 0.58 1.00 0.47 0.79 0.43 1.05 0.48 0.76 0.19 0.07 0.03 0.74 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.71 0.52 0.21 0.31 0.06 0.31 0.02 0.37 0.59 0.56 0.93 0.61 0.57 0.19 0.47 0.18 0.17 0.01 0.40 0.01 0.00 0.00