ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54769

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.021, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.022, 0.040, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.029, 0.048, 0.066, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.048 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.160, 0.294, 0.428, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.294 std_dev=0.134
C2' A 0, 0.135, 0.326, 0.517, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.326 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.273, 0.476, 0.679, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.476 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.125, 0.369, 0.613, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.369 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.258, 0.505, 0.751, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.505 std_dev=0.246
P B 0, 0.432, 0.761, 1.091, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.761 std_dev=0.329
O3' A 0, 0.328, 0.706, 1.083, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.706 std_dev=0.377
C5' A 0, 0.381, 0.795, 1.209, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.795 std_dev=0.414
OP1 B 0, 0.529, 0.972, 1.416, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.972 std_dev=0.444
O5' A 0, 0.384, 0.832, 1.279, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.832 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.327, 0.834, 1.342, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.834 std_dev=0.508
P A 0, 0.366, 0.924, 1.482, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.924 std_dev=0.558
C3' B 0, 0.693, 1.263, 1.833, 1.915 max_d=1.915 avg_d=1.263 std_dev=0.570
OP2 B 0, 0.743, 1.318, 1.893, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.318 std_dev=0.575
O5' B 0, 0.831, 1.619, 2.406, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.619 std_dev=0.787
OP2 A 0, 0.518, 1.309, 2.100, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.309 std_dev=0.791
C5' B 0, 1.280, 2.135, 2.990, 2.879 max_d=2.879 avg_d=2.135 std_dev=0.855
C4' B 0, 1.147, 2.184, 3.221, 3.064 max_d=3.064 avg_d=2.184 std_dev=1.037
OP1 A 0, 0.688, 1.987, 3.286, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.987 std_dev=1.299
C2' B 0, 1.226, 2.785, 4.344, 4.354 max_d=4.354 avg_d=2.785 std_dev=1.559
O2' B 0, 1.105, 2.948, 4.790, 4.790 max_d=4.790 avg_d=2.948 std_dev=1.843
O4' B 0, 1.632, 3.619, 5.607, 5.331 max_d=5.331 avg_d=3.619 std_dev=1.988
C1' B 0, 1.605, 3.833, 6.062, 5.836 max_d=5.836 avg_d=3.833 std_dev=2.229
C8 B 0, 3.640, 6.364, 9.087, 8.410 max_d=8.410 avg_d=6.364 std_dev=2.723
N9 B 0, 2.450, 5.391, 8.333, 7.876 max_d=7.876 avg_d=5.391 std_dev=2.942
N7 B 0, 4.156, 7.674, 11.192, 10.260 max_d=10.260 avg_d=7.674 std_dev=3.518
N3 B 0, 3.979, 7.505, 11.030, 10.487 max_d=10.487 avg_d=7.505 std_dev=3.526
C4 B 0, 2.896, 6.662, 10.427, 9.782 max_d=9.782 avg_d=6.662 std_dev=3.766
C2 B 0, 5.043, 9.186, 13.330, 12.540 max_d=12.540 avg_d=9.186 std_dev=4.144
N2 B 0, 6.341, 10.525, 14.709, 13.772 max_d=13.772 avg_d=10.525 std_dev=4.184
C5 B 0, 3.396, 7.704, 12.011, 11.063 max_d=11.063 avg_d=7.704 std_dev=4.307
N1 B 0, 4.936, 9.851, 14.767, 13.716 max_d=13.716 avg_d=9.851 std_dev=4.916
C6 B 0, 4.013, 9.179, 14.345, 13.128 max_d=13.128 avg_d=9.179 std_dev=5.166
O6 B 0, 4.507, 10.258, 16.009, 14.472 max_d=14.472 avg_d=10.258 std_dev=5.751

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.23 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.04 0.09 0.15 0.31 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.42 0.14
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.10 0.05 0.17 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.51 0.17
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.13 0.49 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.32 0.08
C5 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.05 0.06 0.11 0.45 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.19 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.05 0.08 0.12 0.28 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.12 0.24 0.15
N3 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.08 0.15 0.42 0.17
N4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.12 0.59 0.17
O2 0.03 0.01 0.18 0.17 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.22 0.07 0.10 0.16 0.27 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.05 0.02 0.14 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.51 0.15
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.10 0.03 0.13 0.05 0.22 0.04 0.00 0.02 0.09 0.14 0.77 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.11 0.10 0.16 0.10
O5' 0.08 0.09 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.02 0.09 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.15 0.09 0.10 0.13 0.04 0.11 0.08 0.12 0.12 0.15 0.12 0.16 0.07 0.14 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.31 0.42 0.51 0.49 0.32 0.45 0.19 0.28 0.24 0.42 0.59 0.27 0.51 0.77 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.16 0.14 0.17 0.17 0.08 0.15 0.01 0.15 0.15 0.17 0.17 0.15 0.15 0.25 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.66 1.88 0.80 0.40 1.49 0.53 1.72 0.40 2.01 1.20 2.06 1.94 1.58 1.54 1.09 0.66 0.06 0.85 0.58 2.12 0.36 0.38 0.15
C2 0.73 1.98 0.64 0.27 1.58 0.68 1.91 0.57 2.24 1.34 2.21 2.07 1.66 1.78 1.17 0.50 0.17 0.95 0.74 2.44 0.32 0.28 0.20
C2' 0.85 1.92 0.43 0.10 1.42 0.90 1.52 0.70 1.84 0.90 1.99 2.10 1.66 1.25 1.00 0.26 0.12 1.36 0.72 1.94 0.47 0.36 0.26
C3' 0.88 1.60 0.35 0.07 1.22 0.88 1.25 0.64 1.49 0.74 1.62 1.74 1.43 1.01 0.90 0.27 0.15 1.37 0.62 1.56 0.47 0.44 0.24
C4 0.62 1.58 0.45 0.20 1.31 0.67 1.61 0.61 1.80 1.28 1.73 1.67 1.35 1.66 1.01 0.32 0.30 0.79 0.79 1.96 0.28 0.23 0.21
C4' 0.37 1.31 0.67 0.43 1.01 0.38 1.15 0.32 1.37 0.77 1.42 1.36 1.09 1.03 0.70 0.54 0.18 0.66 0.37 1.45 0.33 0.49 0.10
C5 0.57 1.30 0.49 0.22 1.17 0.60 1.42 0.49 1.51 1.24 1.43 1.34 1.14 1.51 0.97 0.34 0.30 0.68 0.72 1.60 0.32 0.34 0.18
C5' 0.28 0.99 0.71 0.57 0.80 0.22 0.92 0.34 1.06 0.66 1.08 1.01 0.82 0.84 0.59 0.59 0.32 0.30 0.17 1.12 0.27 0.56 0.05
C6 0.63 1.44 0.67 0.32 1.31 0.56 1.53 0.39 1.64 1.24 1.59 1.44 1.27 1.51 1.05 0.49 0.20 0.74 0.62 1.72 0.36 0.38 0.16
N1 0.69 1.80 0.72 0.33 1.50 0.61 1.77 0.46 2.01 1.29 1.99 1.83 1.54 1.65 1.13 0.56 0.14 0.87 0.66 2.12 0.35 0.35 0.17
N3 0.70 1.87 0.53 0.22 1.50 0.71 1.83 0.64 2.13 1.34 2.08 1.99 1.58 1.78 1.12 0.39 0.24 0.92 0.79 2.36 0.28 0.22 0.21
N4 0.57 1.50 0.32 0.22 1.19 0.66 1.45 0.66 1.64 1.17 1.62 1.63 1.27 1.52 0.90 0.23 0.36 0.71 0.81 1.81 0.22 0.14 0.24
O2 0.76 2.18 0.67 0.28 1.66 0.70 1.99 0.59 2.41 1.34 2.43 2.31 1.80 1.80 1.19 0.54 0.13 1.02 0.74 2.66 0.32 0.27 0.20
O2' 0.80 2.01 0.49 0.16 1.44 0.81 1.55 0.63 1.92 0.91 2.10 2.22 1.70 1.27 0.99 0.33 0.06 1.29 0.68 2.05 0.47 0.36 0.24
O3' 1.20 1.80 0.50 0.22 1.41 1.01 1.35 0.74 1.57 0.87 1.76 1.97 1.68 1.06 1.13 0.55 0.21 1.63 0.65 1.60 0.56 0.41 0.30
O4' 0.72 1.75 1.08 0.65 1.47 0.21 1.64 0.25 1.85 1.26 1.89 1.75 1.52 1.52 1.15 0.97 0.21 0.47 0.37 1.92 0.30 0.46 0.07
O5' 0.28 0.83 0.48 0.30 0.71 0.26 0.81 0.25 0.91 0.57 0.91 0.82 0.71 0.73 0.53 0.31 0.02 0.43 0.22 0.95 0.33 0.55 0.06
OP1 0.24 0.27 0.30 0.03 0.16 0.20 0.27 0.28 0.32 0.28 0.31 0.37 0.18 0.32 0.17 0.59 0.01 0.30 0.05 0.37 0.39 0.58 0.07
OP2 0.92 0.77 0.68 0.13 0.70 0.51 0.58 0.58 0.62 0.44 0.68 0.80 0.82 0.47 0.65 1.14 0.01 0.86 0.58 0.61 0.54 1.30 0.70
P 0.32 0.25 0.24 0.08 0.26 0.26 0.35 0.29 0.40 0.28 0.35 0.22 0.20 0.36 0.23 0.51 0.01 0.43 0.07 0.45 0.35 0.67 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.12 0.05 0.03 0.09 0.17 0.12 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.24 0.04 0.60 0.26 0.08
C2 0.12 0.00 0.39 0.19 0.03 0.31 0.01 0.75 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.67 0.41 0.33 0.33 0.02 1.05 0.63 0.54
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.08 0.11 0.15 0.21 0.29 0.50 0.39 0.12 0.04 0.00 0.04 0.01 0.15 0.10 0.94 0.15 0.33
C3' 0.04 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.22 0.15 0.27 0.20 0.23 0.11 0.03 0.03 0.02 0.30 0.19 0.89 0.11 0.45
C4 0.05 0.03 0.20 0.12 0.00 0.22 0.01 0.55 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.36 0.21 0.19 0.17 0.01 0.95 0.44 0.30
C4' 0.01 0.31 0.02 0.00 0.22 0.00 0.23 0.01 0.28 0.12 0.31 0.32 0.27 0.16 0.10 0.18 0.07 0.00 0.01 0.29 0.37 0.22 0.08
C5 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.23 0.00 0.57 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.14 0.10 0.18 0.01 1.11 0.61 0.36
C5' 0.12 0.75 0.11 0.01 0.55 0.01 0.57 0.00 0.69 0.25 0.77 0.79 0.65 0.39 0.30 0.09 0.13 0.04 0.00 0.70 0.37 0.27 0.01
C6 0.05 0.01 0.15 0.16 0.01 0.28 0.01 0.69 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.19 0.16 0.20 0.00 1.18 0.75 0.46
C8 0.03 0.03 0.21 0.22 0.01 0.12 0.02 0.25 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.22 0.12 0.17 0.43 0.04 0.95 0.60 0.31
N1 0.09 0.00 0.29 0.15 0.03 0.31 0.01 0.77 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.56 0.31 0.26 0.27 0.02 1.14 0.73 0.52
N2 0.17 0.01 0.50 0.27 0.03 0.32 0.02 0.79 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.83 0.54 0.37 0.44 0.03 1.07 0.72 0.65
N3 0.12 0.01 0.39 0.20 0.01 0.27 0.01 0.65 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.62 0.40 0.33 0.29 0.02 0.92 0.47 0.43
N7 0.02 0.02 0.12 0.23 0.01 0.16 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.08 0.33 0.04 1.12 0.70 0.36
N9 0.01 0.04 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.30 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.24 0.02 0.81 0.35 0.16
O2' 0.03 0.67 0.00 0.03 0.36 0.18 0.27 0.09 0.38 0.22 0.56 0.83 0.62 0.18 0.14 0.00 0.06 0.11 0.20 0.33 0.92 0.16 0.36
O3' 0.20 0.41 0.04 0.03 0.21 0.07 0.14 0.13 0.19 0.12 0.31 0.54 0.40 0.15 0.11 0.06 0.00 0.17 0.33 0.17 0.79 0.12 0.47
O4' 0.00 0.33 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.04 0.16 0.17 0.26 0.37 0.33 0.08 0.02 0.11 0.17 0.00 0.36 0.13 0.15 0.34 0.22
O5' 0.24 0.33 0.15 0.30 0.17 0.01 0.18 0.00 0.20 0.43 0.27 0.44 0.29 0.33 0.24 0.20 0.33 0.36 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.10 0.19 0.01 0.29 0.01 0.70 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.33 0.17 0.13 0.21 0.00 1.26 0.86 0.50
OP1 0.60 1.05 0.94 0.89 0.95 0.37 1.11 0.37 1.18 0.95 1.14 1.07 0.92 1.12 0.81 0.92 0.79 0.15 0.01 1.26 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.63 0.15 0.11 0.44 0.22 0.61 0.27 0.75 0.60 0.73 0.72 0.47 0.70 0.35 0.16 0.12 0.34 0.02 0.86 0.03 0.00 0.00
P 0.08 0.54 0.33 0.45 0.30 0.08 0.36 0.01 0.46 0.31 0.52 0.65 0.43 0.36 0.16 0.36 0.47 0.22 0.01 0.50 0.01 0.00 0.00