ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54770

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.017, 0.030, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.033, 0.054, 0.074, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.054 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.024, 0.062, 0.101, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.062 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.040, 0.080, 0.120, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.080 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.168, 0.353, 0.538, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.353 std_dev=0.185
O4' A 0, 0.247, 0.440, 0.633, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.440 std_dev=0.193
C4' A 0, 0.238, 0.480, 0.721, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.480 std_dev=0.242
O2' A 0, 0.361, 0.607, 0.853, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.607 std_dev=0.246
P B 0, 0.417, 0.708, 1.000, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.708 std_dev=0.291
OP1 B 0, 0.445, 0.771, 1.098, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.771 std_dev=0.327
P A 0, 0.547, 0.888, 1.228, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.888 std_dev=0.341
O3' B 0, 0.542, 0.951, 1.360, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.951 std_dev=0.409
C3' B 0, 0.521, 0.951, 1.381, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.951 std_dev=0.430
O5' A 0, 0.661, 1.118, 1.575, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.118 std_dev=0.457
C5' A 0, 0.491, 0.950, 1.409, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.950 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.352, 0.826, 1.299, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.826 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.693, 1.185, 1.677, 1.685 max_d=1.685 avg_d=1.185 std_dev=0.492
C3' A 0, 0.109, 0.646, 1.182, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.646 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.864, 1.426, 1.988, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.426 std_dev=0.562
C5' B 0, 0.775, 1.337, 1.899, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.337 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.595, 1.183, 1.772, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.183 std_dev=0.589
C4' B 0, 0.734, 1.331, 1.927, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.331 std_dev=0.596
OP1 A 0, 0.587, 1.186, 1.785, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.186 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.253, 0.890, 1.527, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.890 std_dev=0.637
O4' B 0, 0.953, 1.620, 2.288, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.620 std_dev=0.668
C1' B 0, 0.970, 1.638, 2.307, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.638 std_dev=0.668
N9 B 0, 0.920, 1.646, 2.372, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.646 std_dev=0.726
C4 B 0, 1.023, 1.853, 2.683, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.853 std_dev=0.830
C5 B 0, 0.974, 1.916, 2.858, 3.266 max_d=3.266 avg_d=1.916 std_dev=0.942
C8 B 0, 0.578, 1.554, 2.529, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.554 std_dev=0.976
N3 B 0, 1.089, 2.117, 3.146, 3.283 max_d=3.283 avg_d=2.117 std_dev=1.028
O3' A 0, 0.028, 1.100, 2.173, 3.918 max_d=3.918 avg_d=1.100 std_dev=1.072
C6 B 0, 1.134, 2.238, 3.343, 3.298 max_d=3.298 avg_d=2.238 std_dev=1.105
N7 B 0, 0.648, 1.755, 2.862, 4.099 max_d=4.099 avg_d=1.755 std_dev=1.107
C2 B 0, 1.130, 2.360, 3.589, 3.763 max_d=3.763 avg_d=2.360 std_dev=1.229
N1 B 0, 1.157, 2.391, 3.625, 3.778 max_d=3.778 avg_d=2.391 std_dev=1.234
O6 B 0, 1.217, 2.488, 3.759, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.488 std_dev=1.271
N2 B 0, 1.211, 2.736, 4.261, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.736 std_dev=1.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.27 0.00 0.13 0.12 0.67 0.26
C2 0.04 0.00 0.12 0.22 0.01 0.12 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.18 0.04 0.39 0.20 0.55 0.23
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.06 0.05 0.11 0.10 0.19 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.65 0.23
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.36 0.00 0.38 0.01 0.34 0.21 0.29 0.39 0.19 0.02 0.00 0.01 0.27 0.32 0.26 0.13
C4 0.04 0.01 0.09 0.36 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.21 0.07 0.56 0.32 0.45 0.30
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.19 0.00 0.20 0.01 0.19 0.12 0.15 0.21 0.12 0.23 0.03 0.00 0.01 0.11 0.45 0.15
C5 0.03 0.02 0.07 0.38 0.00 0.20 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.25 0.08 0.58 0.33 0.45 0.30
C5' 0.06 0.14 0.17 0.01 0.24 0.01 0.27 0.00 0.23 0.13 0.18 0.27 0.13 0.06 0.15 0.02 0.01 0.21 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.34 0.01 0.19 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.19 0.08 0.49 0.25 0.54 0.24
N1 0.02 0.01 0.05 0.21 0.02 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.14 0.11 0.04 0.35 0.17 0.59 0.22
N3 0.04 0.00 0.11 0.29 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.05 0.49 0.26 0.49 0.26
N4 0.05 0.01 0.10 0.39 0.01 0.21 0.03 0.27 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.25 0.26 0.08 0.61 0.37 0.44 0.34
O2 0.08 0.01 0.19 0.19 0.01 0.12 0.02 0.13 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.30 0.32 0.07 0.33 0.17 0.57 0.23
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.23 0.23 0.16 0.06 0.11 0.14 0.28 0.25 0.30 0.00 0.04 0.18 0.21 0.13 0.60 0.12
O3' 0.27 0.18 0.01 0.00 0.21 0.03 0.25 0.15 0.19 0.11 0.17 0.26 0.32 0.04 0.00 0.22 0.32 0.54 0.22 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07 0.18 0.22 0.00 0.06 0.15 0.66 0.30
O5' 0.13 0.39 0.09 0.27 0.56 0.01 0.58 0.01 0.49 0.35 0.49 0.61 0.33 0.21 0.32 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.20 0.10 0.32 0.32 0.11 0.33 0.21 0.25 0.17 0.26 0.37 0.17 0.13 0.54 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.67 0.55 0.65 0.26 0.45 0.45 0.45 0.31 0.54 0.59 0.49 0.44 0.57 0.60 0.22 0.66 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.23 0.23 0.13 0.30 0.15 0.30 0.02 0.24 0.22 0.26 0.34 0.23 0.12 0.22 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.20 0.28 0.16 0.49 0.16 0.90 0.32 0.90 0.94 0.45 0.65 0.25 1.14 0.57 0.43 0.26 0.18 0.33 1.13 0.32 0.18 0.24
C2 0.39 0.98 0.39 0.21 0.49 0.19 0.69 0.30 0.60 0.88 0.58 1.54 0.82 1.08 0.50 0.51 0.24 0.20 0.21 0.86 0.33 0.18 0.22
C2' 0.35 0.18 0.29 0.13 0.50 0.15 0.88 0.32 0.90 0.94 0.48 0.55 0.21 1.13 0.57 0.39 0.21 0.17 0.33 1.16 0.31 0.26 0.22
C3' 0.42 0.13 0.36 0.20 0.49 0.18 0.82 0.15 0.78 0.95 0.41 0.45 0.15 1.07 0.61 0.38 0.11 0.29 0.43 0.99 0.57 0.37 0.33
C4 0.42 1.20 0.44 0.25 0.63 0.23 0.66 0.31 0.67 0.89 0.96 1.61 1.00 1.00 0.53 0.49 0.25 0.26 0.18 0.66 0.33 0.22 0.23
C4' 0.42 0.32 0.36 0.18 0.59 0.17 0.86 0.23 0.86 0.90 0.60 0.27 0.28 1.02 0.63 0.37 0.16 0.28 0.39 1.01 0.40 0.29 0.24
C5 0.34 0.94 0.40 0.22 0.47 0.18 0.56 0.31 0.47 0.92 0.66 1.31 0.81 0.99 0.47 0.44 0.25 0.17 0.24 0.55 0.34 0.15 0.23
C5' 0.61 0.35 0.62 0.37 0.66 0.29 0.87 0.21 0.82 1.01 0.57 0.25 0.35 1.07 0.76 0.63 0.22 0.44 0.45 0.94 0.52 0.43 0.33
C6 0.32 0.65 0.37 0.16 0.34 0.15 0.62 0.32 0.46 0.96 0.31 1.07 0.59 1.06 0.50 0.44 0.22 0.12 0.31 0.66 0.33 0.17 0.23
N1 0.34 0.63 0.35 0.17 0.38 0.15 0.73 0.31 0.62 0.94 0.26 1.15 0.58 1.11 0.51 0.47 0.23 0.14 0.28 0.88 0.33 0.16 0.22
N3 0.44 1.24 0.44 0.24 0.62 0.23 0.68 0.30 0.66 0.87 0.95 1.72 1.01 1.03 0.53 0.52 0.24 0.27 0.17 0.73 0.33 0.22 0.22
N4 0.45 1.32 0.46 0.29 0.74 0.26 0.77 0.30 0.90 0.86 1.18 1.67 1.07 0.97 0.57 0.48 0.27 0.33 0.18 0.87 0.34 0.31 0.25
O2 0.40 0.91 0.36 0.20 0.48 0.19 0.72 0.29 0.70 0.85 0.55 1.50 0.76 1.06 0.49 0.51 0.26 0.21 0.20 1.03 0.33 0.18 0.21
O2' 0.47 0.29 0.39 0.16 0.61 0.16 0.95 0.31 1.02 0.95 0.68 0.33 0.27 1.13 0.65 0.50 0.14 0.26 0.35 1.26 0.31 0.35 0.29
O3' 0.21 0.43 0.19 0.14 0.31 0.14 0.56 0.17 0.59 0.65 0.42 0.75 0.35 0.77 0.35 0.27 0.12 0.18 0.36 0.78 0.52 0.46 0.30
O4' 0.38 0.23 0.28 0.19 0.58 0.18 0.90 0.32 0.89 0.93 0.57 0.32 0.19 1.07 0.62 0.40 0.29 0.23 0.38 1.04 0.32 0.21 0.26
O5' 0.35 0.18 0.35 0.22 0.46 0.12 0.73 0.14 0.67 0.91 0.39 0.30 0.17 0.98 0.58 0.29 0.02 0.24 0.46 0.82 0.65 0.55 0.46
OP1 0.09 0.32 0.09 0.08 0.13 0.30 0.25 0.45 0.24 0.39 0.20 0.49 0.32 0.44 0.13 0.19 0.02 0.24 0.35 0.34 0.42 0.81 0.43
OP2 0.13 0.75 0.07 0.07 0.29 0.15 0.30 0.25 0.27 0.63 0.50 1.08 0.68 0.61 0.26 0.08 0.04 0.18 0.40 0.30 0.71 0.71 0.45
P 0.06 0.38 0.10 0.02 0.13 0.11 0.31 0.20 0.24 0.56 0.20 0.62 0.36 0.57 0.23 0.15 0.01 0.06 0.31 0.35 0.50 0.63 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.12 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.04 0.16 0.22 0.11
C2 0.09 0.00 0.17 0.39 0.02 0.32 0.02 0.51 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.16 0.38 0.20 0.60 0.03 0.68 0.72 0.74
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.08 0.02 0.10 0.12 0.13 0.21 0.18 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.13 0.35 0.16
C3' 0.03 0.39 0.01 0.00 0.13 0.01 0.11 0.02 0.10 0.36 0.24 0.52 0.39 0.30 0.12 0.03 0.01 0.02 0.16 0.11 0.25 0.38 0.19
C4 0.04 0.02 0.09 0.13 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.10 0.29 0.02 0.37 0.42 0.39
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.11 0.30 0.22 0.42 0.31 0.25 0.08 0.10 0.03 0.01 0.03 0.11 0.12 0.22 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.11 0.01 0.09 0.00 0.21 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.05 0.26 0.02 0.38 0.64 0.45
C5' 0.04 0.51 0.02 0.02 0.21 0.01 0.21 0.00 0.24 0.49 0.37 0.66 0.46 0.43 0.16 0.10 0.05 0.03 0.01 0.26 0.14 0.26 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.11 0.02 0.24 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.13 0.14 0.09 0.32 0.01 0.49 0.64 0.53
C8 0.03 0.03 0.12 0.36 0.01 0.30 0.02 0.49 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.34 0.16 0.52 0.06 0.40 0.93 0.61
N1 0.07 0.01 0.13 0.24 0.02 0.22 0.02 0.37 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.15 0.24 0.15 0.47 0.03 0.61 0.63 0.66
N2 0.12 0.01 0.21 0.52 0.02 0.42 0.03 0.66 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.22 0.55 0.25 0.75 0.06 0.83 0.97 0.93
N3 0.09 0.01 0.18 0.39 0.01 0.31 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.14 0.37 0.20 0.54 0.01 0.58 0.61 0.63
N7 0.02 0.03 0.11 0.30 0.01 0.25 0.01 0.43 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.32 0.11 0.47 0.06 0.46 1.01 0.64
N9 0.01 0.03 0.04 0.12 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.11 0.03 0.19 0.04 0.20 0.43 0.26
O2' 0.04 0.16 0.01 0.03 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.08 0.15 0.22 0.14 0.09 0.05 0.00 0.05 0.12 0.10 0.14 0.17 0.35 0.15
O3' 0.01 0.38 0.01 0.01 0.13 0.03 0.15 0.05 0.14 0.34 0.24 0.55 0.37 0.32 0.11 0.05 0.00 0.04 0.23 0.17 0.41 0.50 0.27
O4' 0.00 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.03 0.09 0.16 0.15 0.25 0.20 0.11 0.03 0.12 0.04 0.00 0.21 0.09 0.25 0.11 0.13
O5' 0.11 0.60 0.09 0.16 0.29 0.03 0.26 0.01 0.32 0.52 0.47 0.75 0.54 0.47 0.19 0.10 0.23 0.21 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.10 0.11 0.02 0.11 0.02 0.26 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.04 0.14 0.17 0.09 0.32 0.00 0.53 0.77 0.57
OP1 0.16 0.68 0.13 0.25 0.37 0.12 0.38 0.14 0.49 0.40 0.61 0.83 0.58 0.46 0.20 0.17 0.41 0.25 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.72 0.35 0.38 0.42 0.22 0.64 0.26 0.64 0.93 0.63 0.97 0.61 1.01 0.43 0.35 0.50 0.11 0.02 0.77 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.74 0.16 0.19 0.39 0.04 0.45 0.02 0.53 0.61 0.66 0.93 0.63 0.64 0.26 0.15 0.27 0.13 0.01 0.57 0.01 0.00 0.00