ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54771

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 B 0, 0.031, 0.085, 0.140, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.085 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.061, 0.121, 0.181, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.121 std_dev=0.060
C2 B 0, 0.041, 0.101, 0.161, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.101 std_dev=0.060
N2 B 0, 0.052, 0.119, 0.186, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.119 std_dev=0.067
N1 B 0, 0.084, 0.151, 0.218, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.151 std_dev=0.067
N9 B 0, 0.066, 0.140, 0.215, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.140 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.044, 0.124, 0.204, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.124 std_dev=0.080
C5 B 0, 0.106, 0.186, 0.267, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.186 std_dev=0.080
O4' B 0, 0.058, 0.140, 0.223, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.140 std_dev=0.083
C6 B 0, 0.115, 0.200, 0.284, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.200 std_dev=0.084
C8 B 0, 0.108, 0.209, 0.311, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.209 std_dev=0.102
N7 B 0, 0.134, 0.244, 0.355, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.244 std_dev=0.110
O6 B 0, 0.145, 0.255, 0.366, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.255 std_dev=0.111
O5' B 0, 0.108, 0.223, 0.339, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.223 std_dev=0.115
C4' B 0, 0.048, 0.164, 0.281, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.164 std_dev=0.117
C3' B 0, 0.104, 0.228, 0.353, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.228 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.050, 0.178, 0.307, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.178 std_dev=0.129
C5' B 0, 0.075, 0.206, 0.338, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.206 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.183, 0.327, 0.471, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.327 std_dev=0.144
P B 0, 0.090, 0.239, 0.388, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.239 std_dev=0.149
O4' A 0, 0.183, 0.341, 0.499, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.341 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.080, 0.243, 0.406, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.243 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.166, 0.330, 0.493, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.330 std_dev=0.163
O2' B 0, 0.037, 0.211, 0.384, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.211 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.226, 0.399, 0.573, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.399 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.140, 0.316, 0.491, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.316 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.314, 0.572, 0.829, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.572 std_dev=0.257
C3' A 0, 0.399, 0.687, 0.975, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.687 std_dev=0.288
OP2 A 0, 0.363, 0.655, 0.946, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.655 std_dev=0.292
P A 0, 0.291, 0.591, 0.890, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.591 std_dev=0.300
OP1 A 0, 0.358, 0.658, 0.959, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.658 std_dev=0.300
O2' A 0, 0.382, 0.708, 1.035, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.708 std_dev=0.327
C5' A 0, 0.382, 0.739, 1.096, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.739 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.881, 1.494, 2.106, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.494 std_dev=0.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.03 0.16 0.17 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.09 0.11 0.22 0.21 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.13 0.10 0.02 0.03 0.03 0.11 0.00 0.03 0.01 0.06 0.18 0.28 0.15
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.19 0.28 0.15
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.16 0.22 0.21 0.15
C4' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.18 0.24 0.14
C5 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.08 0.05 0.14 0.19 0.19 0.13
C5' 0.06 0.19 0.13 0.01 0.27 0.00 0.26 0.00 0.22 0.17 0.24 0.29 0.14 0.03 0.14 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.08 0.08 0.09 0.17 0.17 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.19 0.19 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.07 0.16 0.24 0.22 0.16
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.19 0.23 0.21 0.17
O2 0.02 0.00 0.11 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.14 0.14 0.09 0.23 0.21 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.10 0.12 0.20 0.03 0.21 0.06 0.07 0.10 0.23 0.00 0.06 0.05 0.09 0.15 0.18 0.06
O3' 0.13 0.11 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.14 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.06 0.00 0.10 0.05 0.22 0.24 0.14
O4' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.14 0.05 0.10 0.00 0.04 0.20 0.14 0.08
O5' 0.03 0.11 0.06 0.01 0.16 0.01 0.14 0.00 0.09 0.07 0.16 0.19 0.09 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.22 0.18 0.19 0.22 0.18 0.19 0.05 0.17 0.19 0.24 0.23 0.23 0.15 0.22 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.21 0.28 0.28 0.21 0.24 0.19 0.03 0.17 0.19 0.22 0.21 0.21 0.18 0.24 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13 0.01 0.10 0.11 0.16 0.17 0.14 0.06 0.14 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.09 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.08 0.09 0.09
C2 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.06 0.10 0.04 0.11 0.02 0.11 0.07 0.04 0.04 0.03 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10
C2' 0.06 0.17 0.08 0.16 0.09 0.22 0.09 0.26 0.12 0.05 0.15 0.20 0.14 0.06 0.05 0.08 0.18 0.16 0.19 0.12 0.19 0.15 0.20
C3' 0.11 0.12 0.09 0.07 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11
C4 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.04 0.05 0.15 0.06 0.10 0.02 0.14 0.10 0.07 0.08 0.05 0.10 0.06 0.13 0.15 0.12
C4' 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.10 0.12
C5 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.12 0.08 0.10 0.05 0.10 0.08 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.11 0.12 0.11
C5' 0.06 0.09 0.07 0.13 0.09 0.15 0.11 0.23 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.14 0.11 0.22 0.14 0.25 0.29 0.29
C6 0.04 0.09 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09
N1 0.03 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.09
N3 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.04 0.07 0.14 0.04 0.10 0.01 0.14 0.10 0.06 0.06 0.04 0.10 0.08 0.12 0.14 0.11
N4 0.10 0.05 0.11 0.11 0.07 0.07 0.10 0.06 0.06 0.17 0.06 0.09 0.02 0.18 0.12 0.10 0.11 0.07 0.11 0.07 0.15 0.17 0.14
O2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.09 0.03 0.11 0.07 0.03 0.04 0.03 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10
O2' 0.44 0.17 0.46 0.51 0.19 0.53 0.16 0.51 0.11 0.31 0.15 0.31 0.12 0.24 0.32 0.47 0.53 0.49 0.43 0.11 0.45 0.35 0.42
O3' 0.10 0.12 0.12 0.13 0.08 0.15 0.08 0.16 0.09 0.09 0.11 0.15 0.10 0.08 0.09 0.13 0.16 0.10 0.14 0.08 0.16 0.13 0.15
O4' 0.13 0.09 0.13 0.16 0.07 0.16 0.07 0.19 0.04 0.14 0.07 0.15 0.06 0.11 0.12 0.11 0.15 0.16 0.22 0.04 0.22 0.20 0.21
O5' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.11 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.14 0.15 0.15
OP1 0.12 0.21 0.12 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.19 0.12 0.21 0.23 0.18 0.14 0.13 0.13 0.15 0.12 0.12 0.19 0.15 0.15 0.15
OP2 0.15 0.20 0.17 0.18 0.16 0.18 0.15 0.18 0.17 0.12 0.19 0.22 0.19 0.13 0.14 0.18 0.19 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.18
P 0.05 0.12 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.04 0.12 0.15 0.10 0.05 0.05 0.09 0.10 0.06 0.07 0.09 0.11 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.08 0.05
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.10 0.11 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.09 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.13 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.07 0.08 0.05
N2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.16 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.11 0.12 0.08
OP1 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.10 0.03 0.09 0.13 0.07 0.05 0.05 0.13 0.09 0.07 0.08 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.11 0.01 0.10 0.15 0.08 0.06 0.06 0.16 0.09 0.05 0.05 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.12 0.05 0.05 0.04 0.12 0.07 0.04 0.05 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00