ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54772

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C2' A 0, 0.049, 0.188, 0.327, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.188 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.053, 0.217, 0.382, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.217 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.090, 0.297, 0.503, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.297 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.071, 0.285, 0.498, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.285 std_dev=0.214
P B 0, 0.049, 0.282, 0.515, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.282 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.057, 0.295, 0.533, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.295 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.086, 0.325, 0.564, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.325 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.089, 0.346, 0.604, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.346 std_dev=0.257
C3' A 0, 0.096, 0.354, 0.611, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.354 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.100, 0.377, 0.654, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.377 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.012, 0.330, 0.648, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.330 std_dev=0.318
OP2 B 0, 0.082, 0.425, 0.769, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.425 std_dev=0.344
O4' B 0, 0.083, 0.433, 0.782, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.433 std_dev=0.350
C2' B 0, 0.154, 0.516, 0.878, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.516 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.159, 0.527, 0.895, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.527 std_dev=0.368
C5' A 0, 0.129, 0.513, 0.898, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.513 std_dev=0.385
C3' B 0, 0.167, 0.561, 0.954, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.561 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.137, 0.532, 0.928, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.532 std_dev=0.396
N9 B 0, 0.114, 0.516, 0.919, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.516 std_dev=0.402
O3' A 0, 0.169, 0.596, 1.023, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.596 std_dev=0.427
N1 B 0, 0.187, 0.642, 1.097, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.642 std_dev=0.455
O5' A 0, 0.160, 0.616, 1.071, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.616 std_dev=0.456
C5 B 0, 0.113, 0.574, 1.034, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.574 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.164, 0.668, 1.171, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.668 std_dev=0.504
P A 0, 0.226, 0.759, 1.292, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.759 std_dev=0.533
O3' B 0, 0.229, 0.770, 1.312, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.770 std_dev=0.541
N2 B 0, 0.222, 0.781, 1.339, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.781 std_dev=0.559
O2' B 0, 0.256, 0.842, 1.428, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.842 std_dev=0.586
C8 B 0, 0.208, 0.800, 1.392, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.800 std_dev=0.592
N7 B 0, 0.208, 0.823, 1.438, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.823 std_dev=0.615
O6 B 0, 0.238, 0.891, 1.545, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.891 std_dev=0.653
OP2 A 0, 0.310, 1.054, 1.798, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.054 std_dev=0.744
OP1 A 0, 0.328, 1.143, 1.958, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.143 std_dev=0.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.47 0.29
C2 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.01 0.04 0.33 0.58 0.36
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.38 0.21
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.12 0.10 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.09 0.47 0.59 0.39
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.24 0.13
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.47 0.58 0.38
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.03 0.05 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.10 0.38 0.57 0.36
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.30 0.56 0.34
N3 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.06 0.40 0.60 0.38
N4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.02 0.10 0.52 0.58 0.39
O2 0.01 0.00 0.09 0.15 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.19 0.01 0.04 0.27 0.56 0.34
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.38 0.23
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.13 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.17 0.15 0.19 0.02 0.00 0.00 0.02 0.16 0.17 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.16 0.43 0.27
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.04 0.06 0.10 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.33 0.06 0.02 0.47 0.03 0.47 0.07 0.38 0.30 0.40 0.52 0.27 0.06 0.16 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.58 0.38 0.27 0.59 0.24 0.58 0.03 0.57 0.56 0.60 0.58 0.56 0.38 0.17 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.36 0.21 0.13 0.39 0.13 0.38 0.01 0.36 0.34 0.38 0.39 0.34 0.23 0.05 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.27 0.26 0.28 0.14 0.21 0.15 0.17 0.14 0.29 0.23 0.42 0.19 0.23 0.23 0.42 0.42 0.21 0.09 0.14 0.11 0.09 0.09
C2 0.22 0.27 0.27 0.30 0.07 0.19 0.07 0.13 0.13 0.20 0.25 0.43 0.15 0.13 0.16 0.44 0.41 0.15 0.04 0.14 0.11 0.05 0.06
C2' 0.24 0.27 0.21 0.21 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.28 0.24 0.41 0.20 0.23 0.21 0.35 0.35 0.18 0.09 0.15 0.12 0.09 0.08
C3' 0.16 0.29 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.17 0.14 0.20 0.24 0.42 0.21 0.15 0.13 0.18 0.24 0.11 0.14 0.13 0.09 0.13 0.08
C4 0.16 0.25 0.25 0.29 0.04 0.17 0.05 0.09 0.16 0.12 0.25 0.38 0.13 0.04 0.10 0.40 0.37 0.09 0.06 0.17 0.10 0.03 0.04
C4' 0.12 0.32 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.17 0.15 0.16 0.27 0.46 0.25 0.12 0.09 0.10 0.23 0.09 0.17 0.13 0.11 0.19 0.13
C5 0.16 0.24 0.23 0.28 0.06 0.17 0.06 0.12 0.14 0.13 0.22 0.36 0.14 0.07 0.11 0.36 0.36 0.10 0.08 0.15 0.12 0.06 0.06
C5' 0.02 0.36 0.16 0.13 0.16 0.09 0.12 0.24 0.19 0.06 0.30 0.47 0.30 0.03 0.05 0.13 0.06 0.03 0.27 0.16 0.18 0.30 0.21
C6 0.21 0.25 0.24 0.29 0.10 0.19 0.09 0.15 0.13 0.19 0.22 0.38 0.17 0.13 0.16 0.37 0.39 0.15 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09
N1 0.23 0.27 0.26 0.29 0.10 0.20 0.10 0.15 0.13 0.22 0.23 0.42 0.17 0.16 0.18 0.42 0.41 0.17 0.07 0.13 0.11 0.07 0.07
N3 0.19 0.26 0.26 0.30 0.04 0.18 0.05 0.10 0.15 0.15 0.26 0.41 0.13 0.07 0.13 0.43 0.40 0.11 0.04 0.17 0.11 0.05 0.05
N4 0.14 0.24 0.24 0.28 0.04 0.15 0.07 0.06 0.18 0.07 0.25 0.35 0.12 0.01 0.07 0.38 0.35 0.05 0.08 0.21 0.09 0.06 0.04
O2 0.23 0.27 0.27 0.29 0.07 0.19 0.07 0.13 0.13 0.22 0.25 0.44 0.15 0.15 0.18 0.45 0.42 0.16 0.04 0.13 0.12 0.06 0.06
O2' 0.31 0.30 0.27 0.26 0.21 0.21 0.23 0.18 0.21 0.37 0.26 0.44 0.22 0.32 0.29 0.41 0.40 0.24 0.10 0.21 0.13 0.11 0.10
O3' 0.11 0.31 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.18 0.15 0.15 0.27 0.44 0.24 0.11 0.09 0.10 0.17 0.08 0.15 0.14 0.09 0.14 0.09
O4' 0.20 0.31 0.14 0.20 0.10 0.16 0.09 0.16 0.13 0.21 0.25 0.45 0.23 0.15 0.15 0.25 0.38 0.16 0.13 0.12 0.10 0.14 0.10
O5' 0.06 0.38 0.25 0.20 0.21 0.10 0.15 0.22 0.22 0.02 0.32 0.47 0.34 0.05 0.09 0.28 0.01 0.05 0.27 0.19 0.23 0.33 0.24
OP1 0.17 0.09 0.01 0.10 0.13 0.33 0.14 0.32 0.13 0.16 0.10 0.06 0.09 0.15 0.15 0.25 0.01 0.35 0.27 0.14 0.27 0.20 0.30
OP2 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.07 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.09 0.02 0.08 0.12 0.11 0.27 0.06 0.18
P 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.09 0.04 0.04 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.07 0.06 0.12 0.01 0.12 0.08 0.04 0.12 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.11 0.24 0.08
C2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.22 0.09 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.10 0.09 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.13 0.07
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.00 0.19 0.13 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.24 0.17 0.12
C5' 0.04 0.07 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.28 0.11 0.12
C8 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.19 0.27 0.12
N1 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.27 0.04 0.09
N2 0.05 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07 0.01 0.18 0.23 0.03
N3 0.05 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.16 0.03 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.03 0.24 0.24 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.16 0.21 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.05 0.20 0.07 0.15
O3' 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.09 0.17 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.20 0.32 0.18
O5' 0.05 0.08 0.12 0.07 0.09 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.15 0.06 0.07 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.30 0.13 0.14
OP1 0.11 0.22 0.10 0.09 0.19 0.05 0.24 0.02 0.28 0.19 0.27 0.18 0.16 0.24 0.16 0.20 0.09 0.20 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.09 0.09 0.13 0.13 0.20 0.17 0.11 0.11 0.27 0.04 0.23 0.03 0.24 0.21 0.07 0.17 0.32 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.12 0.01 0.12 0.12 0.09 0.03 0.03 0.14 0.09 0.15 0.05 0.18 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00