ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54773

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.001, 0.028, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.003, 0.032, 0.060, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.009, 0.039, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.009, 0.040, 0.072, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.024, 0.090, 0.156, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.090 std_dev=0.066
O2 A 0, 0.011, 0.081, 0.151, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.081 std_dev=0.070
O5' B 0, 0.227, 0.574, 0.922, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.574 std_dev=0.348
P B 0, 0.212, 0.568, 0.925, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.568 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.310, 0.725, 1.141, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.725 std_dev=0.415
OP2 B 0, 0.154, 0.594, 1.035, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.594 std_dev=0.441
O4' B 0, 0.442, 0.981, 1.521, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.981 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.373, 0.940, 1.507, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.940 std_dev=0.567
C1' B 0, 0.476, 1.165, 1.853, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.165 std_dev=0.688
C5' B 0, 0.214, 0.935, 1.656, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.935 std_dev=0.721
OP1 B 0, 0.277, 1.064, 1.851, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.064 std_dev=0.787
O4' A 0, 0.211, 1.002, 1.793, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.002 std_dev=0.791
C2' B 0, 0.498, 1.307, 2.116, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.307 std_dev=0.809
O3' B 0, 0.448, 1.352, 2.255, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.352 std_dev=0.904
C2' A 0, 0.252, 1.164, 2.076, 2.129 max_d=2.129 avg_d=1.164 std_dev=0.912
O2' B 0, 0.571, 1.553, 2.534, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.553 std_dev=0.982
C3' A 0, 0.273, 1.427, 2.582, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.427 std_dev=1.155
N9 B 0, 0.650, 1.811, 2.972, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.811 std_dev=1.161
C4' A 0, 0.234, 1.422, 2.610, 2.893 max_d=2.893 avg_d=1.422 std_dev=1.188
O3' A 0, 0.306, 1.514, 2.722, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.514 std_dev=1.208
O2' A 0, 0.391, 1.704, 3.016, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.704 std_dev=1.313
C8 B 0, 0.665, 2.018, 3.371, 3.553 max_d=3.553 avg_d=2.018 std_dev=1.353
C4 B 0, 0.786, 2.454, 4.122, 4.093 max_d=4.093 avg_d=2.454 std_dev=1.668
N3 B 0, 0.843, 2.645, 4.447, 4.276 max_d=4.276 avg_d=2.645 std_dev=1.802
C5' A 0, 0.481, 2.372, 4.264, 4.483 max_d=4.483 avg_d=2.372 std_dev=1.892
N7 B 0, 0.778, 2.674, 4.571, 4.788 max_d=4.788 avg_d=2.674 std_dev=1.897
O5' A 0, 0.567, 2.499, 4.431, 4.312 max_d=4.312 avg_d=2.499 std_dev=1.932
C5 B 0, 0.851, 2.932, 5.013, 5.097 max_d=5.097 avg_d=2.932 std_dev=2.081
C2 B 0, 0.968, 3.325, 5.681, 5.620 max_d=5.620 avg_d=3.325 std_dev=2.356
OP2 A 0, 0.636, 3.181, 5.726, 6.584 max_d=6.584 avg_d=3.181 std_dev=2.545
P A 0, 0.740, 3.326, 5.911, 5.667 max_d=5.667 avg_d=3.326 std_dev=2.585
N2 B 0, 1.048, 3.658, 6.268, 6.267 max_d=6.267 avg_d=3.658 std_dev=2.610
C6 B 0, 0.978, 3.640, 6.302, 6.341 max_d=6.341 avg_d=3.640 std_dev=2.662
N1 B 0, 1.026, 3.776, 6.527, 6.565 max_d=6.565 avg_d=3.776 std_dev=2.750
OP1 A 0, 0.806, 3.702, 6.598, 6.534 max_d=6.534 avg_d=3.702 std_dev=2.896
O6 B 0, 1.046, 4.139, 7.232, 7.353 max_d=7.353 avg_d=4.139 std_dev=3.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.03 0.36 0.01 0.29 0.33 0.47 0.30
C2 0.05 0.00 0.30 0.30 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.32 0.25 0.19 0.54 0.94 0.74 0.63
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.05 0.02 0.20 0.23 0.28 0.02 0.24 0.07 0.51 0.00 0.05 0.02 0.40 0.48 0.74 0.47
C3' 0.03 0.30 0.01 0.00 0.36 0.01 0.32 0.02 0.25 0.20 0.36 0.40 0.32 0.02 0.01 0.01 0.07 0.34 0.18 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.36 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.02 0.84 1.66 1.09 1.04
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.08 0.08 0.15 0.10 0.26 0.02 0.00 0.02 0.26 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.19 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.46 0.08 0.15 0.89 1.73 1.14 1.07
C5' 0.08 0.13 0.23 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.05 0.16 0.19 0.20 0.05 0.22 0.00 0.01 0.31 0.41 0.03
C6 0.01 0.01 0.28 0.25 0.01 0.19 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.48 0.05 0.22 0.76 1.31 0.96 0.84
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.14 0.01 0.54 0.87 0.72 0.59
N3 0.05 0.01 0.24 0.36 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.21 0.14 0.70 1.32 0.92 0.85
N4 0.04 0.03 0.07 0.40 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.33 0.18 0.02 0.91 1.90 1.21 1.17
O2 0.08 0.00 0.51 0.32 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.61 0.44 0.32 0.37 0.60 0.57 0.42
O2' 0.03 0.32 0.00 0.02 0.31 0.26 0.46 0.05 0.48 0.19 0.30 0.33 0.61 0.00 0.05 0.20 0.32 0.54 0.75 0.45
O3' 0.36 0.25 0.05 0.01 0.13 0.02 0.08 0.22 0.05 0.14 0.21 0.18 0.44 0.05 0.00 0.24 0.12 0.26 0.30 0.19
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.14 0.02 0.32 0.20 0.24 0.00 0.30 0.28 0.38 0.25
O5' 0.29 0.54 0.40 0.07 0.84 0.02 0.89 0.01 0.76 0.54 0.70 0.91 0.37 0.32 0.12 0.30 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.33 0.94 0.48 0.34 1.66 0.26 1.73 0.31 1.31 0.87 1.32 1.90 0.60 0.54 0.26 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.74 0.74 0.18 1.09 0.25 1.14 0.41 0.96 0.72 0.92 1.21 0.57 0.75 0.30 0.38 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.63 0.47 0.08 1.04 0.02 1.07 0.03 0.84 0.59 0.85 1.17 0.42 0.45 0.19 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.83 0.52 0.27 0.86 0.19 1.19 0.56 1.27 1.05 1.04 0.74 0.73 1.38 0.73 0.70 0.58 0.47 0.39 1.48 0.51 0.09 0.24
C2 0.19 0.58 0.60 0.40 0.42 0.17 0.55 0.56 0.61 0.55 0.59 0.66 0.49 0.72 0.31 0.65 0.58 0.34 0.38 0.70 0.36 0.14 0.18
C2' 0.28 0.86 0.79 0.72 0.73 0.36 1.13 0.47 1.37 0.79 1.16 0.83 0.67 1.25 0.48 1.06 1.15 0.10 0.66 1.72 1.04 0.34 0.61
C3' 0.46 1.06 0.94 0.69 0.79 0.35 1.08 0.54 1.33 0.76 1.23 1.14 0.88 1.17 0.52 1.32 1.14 0.12 0.47 1.62 0.75 0.31 0.39
C4 0.22 0.67 0.59 0.45 0.50 0.21 0.56 0.56 0.67 0.26 0.72 0.71 0.57 0.43 0.32 0.51 0.51 0.23 0.34 0.69 0.31 0.18 0.15
C4' 0.56 0.81 0.99 0.60 0.66 0.28 0.87 0.38 1.02 0.66 0.89 0.89 0.76 0.99 0.49 1.39 0.95 0.23 0.42 1.27 0.53 0.23 0.28
C5 0.15 0.35 0.48 0.37 0.28 0.22 0.31 0.61 0.35 0.27 0.37 0.39 0.31 0.31 0.21 0.43 0.46 0.30 0.36 0.37 0.41 0.08 0.21
C5' 0.81 0.57 1.29 0.95 0.37 0.68 0.34 0.54 0.51 0.17 0.44 0.74 0.65 0.48 0.37 1.74 1.29 0.55 0.55 0.76 0.63 0.32 0.41
C6 0.27 0.39 0.48 0.31 0.43 0.23 0.56 0.63 0.54 0.62 0.45 0.37 0.37 0.70 0.41 0.51 0.49 0.40 0.39 0.61 0.48 0.09 0.24
N1 0.27 0.50 0.53 0.33 0.53 0.19 0.74 0.59 0.74 0.77 0.59 0.49 0.45 0.96 0.48 0.61 0.55 0.41 0.39 0.86 0.45 0.09 0.22
N3 0.21 0.75 0.64 0.46 0.51 0.19 0.55 0.56 0.70 0.27 0.78 0.83 0.63 0.43 0.29 0.60 0.56 0.25 0.35 0.72 0.29 0.19 0.14
N4 0.36 0.92 0.62 0.49 0.76 0.24 0.90 0.52 1.05 0.55 1.03 0.93 0.78 0.81 0.55 0.49 0.48 0.21 0.31 1.12 0.25 0.26 0.12
O2 0.21 0.67 0.61 0.39 0.48 0.15 0.66 0.54 0.77 0.64 0.72 0.78 0.56 0.86 0.36 0.71 0.61 0.35 0.39 0.94 0.35 0.15 0.18
O2' 0.29 1.26 0.41 0.48 1.07 0.25 1.54 0.48 1.88 1.03 1.66 1.16 0.96 1.54 0.76 0.64 0.92 0.28 0.69 2.30 1.22 0.58 0.75
O3' 0.86 1.65 1.14 0.72 1.25 0.39 1.41 0.28 1.71 0.95 1.76 1.76 1.43 1.30 0.93 1.51 1.09 0.49 0.51 1.92 0.69 0.17 0.35
O4' 0.48 0.66 0.72 0.32 0.70 0.21 0.92 0.56 0.95 0.86 0.76 0.64 0.65 1.10 0.62 0.96 0.54 0.39 0.41 1.12 0.40 0.25 0.29
O5' 0.94 0.44 1.31 1.31 0.36 1.19 0.24 1.36 0.24 0.58 0.23 0.65 0.55 0.56 0.58 1.59 1.56 1.00 1.11 0.50 1.24 1.13 1.12
OP1 0.97 0.49 1.19 1.41 0.33 1.57 0.38 2.03 0.31 0.90 0.33 0.82 0.49 0.83 0.66 1.57 1.81 1.31 1.73 0.55 2.06 2.39 2.06
OP2 1.39 0.48 1.39 1.71 0.78 1.91 0.66 2.16 0.46 1.10 0.38 0.45 0.69 0.86 1.10 1.48 1.75 1.69 1.93 0.46 2.18 1.72 1.96
P 1.31 0.62 1.57 1.70 0.65 1.68 0.40 1.79 0.21 0.82 0.34 0.80 0.78 0.62 0.90 1.87 2.04 1.45 1.51 0.31 1.66 1.54 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.04 0.37 0.25 0.23
C2 0.05 0.00 0.21 0.28 0.03 0.14 0.02 0.19 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.31 0.03 0.38 0.02 0.41 0.58 0.41
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.01 0.10 0.08 0.16 0.26 0.21 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.09 0.32 0.28 0.22
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.18 0.01 0.16 0.02 0.20 0.07 0.26 0.33 0.26 0.09 0.09 0.03 0.01 0.01 0.34 0.20 0.35 0.23 0.26
C4 0.02 0.03 0.10 0.18 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.47 0.03 0.47 0.59 0.48
C4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.06 0.14 0.15 0.12 0.08 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.14 0.33 0.19 0.07
C5 0.01 0.02 0.06 0.16 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.58 0.03 0.59 0.78 0.64
C5' 0.03 0.19 0.01 0.02 0.16 0.00 0.19 0.00 0.21 0.15 0.21 0.20 0.16 0.18 0.12 0.08 0.05 0.01 0.01 0.23 0.29 0.37 0.01
C6 0.03 0.02 0.10 0.20 0.02 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.23 0.03 0.57 0.01 0.59 0.83 0.65
C8 0.00 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.64 0.04 0.62 0.71 0.65
N1 0.04 0.01 0.16 0.26 0.03 0.14 0.02 0.21 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.28 0.03 0.48 0.01 0.50 0.73 0.55
N2 0.07 0.00 0.26 0.33 0.04 0.15 0.02 0.20 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.18 0.37 0.05 0.30 0.02 0.35 0.51 0.33
N3 0.04 0.01 0.21 0.26 0.01 0.12 0.02 0.16 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.14 0.27 0.02 0.35 0.03 0.39 0.49 0.35
N7 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.67 0.04 0.70 0.87 0.75
N9 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.47 0.04 0.47 0.51 0.45
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.10 0.18 0.14 0.06 0.03 0.00 0.09 0.07 0.14 0.05 0.29 0.15 0.09
O3' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.18 0.01 0.17 0.05 0.23 0.09 0.28 0.37 0.27 0.12 0.08 0.09 0.00 0.01 0.33 0.23 0.27 0.24 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.25 0.05 0.36 0.09 0.16
O5' 0.29 0.38 0.26 0.34 0.47 0.01 0.58 0.01 0.57 0.64 0.48 0.30 0.35 0.67 0.47 0.14 0.33 0.25 0.00 0.60 0.01 0.02 0.00
O6 0.04 0.02 0.09 0.20 0.03 0.14 0.03 0.23 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.23 0.05 0.60 0.00 0.66 0.93 0.73
OP1 0.37 0.41 0.32 0.35 0.47 0.33 0.59 0.29 0.59 0.62 0.50 0.35 0.39 0.70 0.47 0.29 0.27 0.36 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.58 0.28 0.23 0.59 0.19 0.78 0.37 0.83 0.71 0.73 0.51 0.49 0.87 0.51 0.15 0.24 0.09 0.02 0.93 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.41 0.22 0.26 0.48 0.07 0.64 0.01 0.65 0.65 0.55 0.33 0.35 0.75 0.45 0.09 0.21 0.16 0.00 0.73 0.01 0.01 0.00