ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.016, 0.044, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.051, 0.113, 0.174, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.113 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.038, 0.102, 0.166, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.102 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.038, 0.133, 0.229, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.133 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.086, 0.193, 0.301, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.193 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.115, 0.235, 0.355, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.235 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.057, 0.202, 0.347, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.202 std_dev=0.145
OP2 B 0, 0.096, 0.253, 0.410, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.253 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.118, 0.278, 0.438, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.278 std_dev=0.160
P B 0, 0.072, 0.288, 0.504, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.288 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.232, 0.482, 0.732, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.482 std_dev=0.250
O5' B 0, 0.130, 0.413, 0.697, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.413 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.185, 0.470, 0.755, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.470 std_dev=0.285
P A 0, 0.207, 0.529, 0.850, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.529 std_dev=0.322
OP1 B 0, 0.059, 0.397, 0.734, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.397 std_dev=0.338
C4' B 0, 0.236, 0.587, 0.938, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.587 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.220, 0.588, 0.955, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.588 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.239, 0.620, 1.001, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.620 std_dev=0.381
O4' B 0, 0.260, 0.652, 1.045, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.652 std_dev=0.392
N7 B 0, 0.220, 0.614, 1.007, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.614 std_dev=0.393
OP1 A 0, 0.261, 0.661, 1.061, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.661 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.231, 0.633, 1.034, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.633 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.216, 0.619, 1.022, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.619 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.224, 0.627, 1.031, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.627 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.206, 0.611, 1.016, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.611 std_dev=0.405
OP2 A 0, 0.169, 0.578, 0.986, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.578 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.217, 0.627, 1.037, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.627 std_dev=0.410
C2 B 0, 0.195, 0.607, 1.019, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.607 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.213, 0.626, 1.039, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.626 std_dev=0.413
N9 B 0, 0.233, 0.647, 1.061, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.647 std_dev=0.414
O6 B 0, 0.254, 0.668, 1.082, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.668 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.241, 0.658, 1.076, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.658 std_dev=0.418
N2 B 0, 0.185, 0.620, 1.055, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.620 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.262, 0.701, 1.141, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.701 std_dev=0.439
O2' B 0, 0.308, 0.834, 1.359, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.834 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.09 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.15 0.03 0.08 0.10 0.18 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.11 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.18 0.04 0.09 0.17 0.26 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.05 0.09 0.17 0.26 0.19
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.09 0.14 0.20 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.10 0.16 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.18 0.04 0.09 0.13 0.23 0.17
N4 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.21 0.05 0.09 0.19 0.29 0.20
O2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.14 0.05 0.08 0.09 0.16 0.12
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.15 0.04 0.01 0.18 0.06 0.15 0.08 0.10 0.10 0.18 0.21 0.14 0.02 0.00 0.03 0.08 0.22 0.08 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.08 0.10 0.09 0.09
O5' 0.05 0.08 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.03 0.08 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.07 0.10 0.07 0.10 0.17 0.07 0.17 0.07 0.14 0.10 0.13 0.19 0.09 0.06 0.22 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.18 0.03 0.04 0.26 0.03 0.26 0.02 0.20 0.16 0.23 0.29 0.16 0.04 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.02 0.03 0.19 0.01 0.19 0.01 0.17 0.14 0.17 0.20 0.12 0.03 0.11 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.13 0.04 0.11 0.13 0.08 0.17 0.09 0.20 0.14 0.18 0.09 0.11 0.17 0.11 0.06 0.21 0.03 0.13 0.22 0.08 0.04 0.03
C2 0.09 0.08 0.12 0.18 0.03 0.14 0.06 0.12 0.10 0.04 0.04 0.15 0.10 0.08 0.04 0.11 0.24 0.09 0.16 0.16 0.07 0.03 0.02
C2' 0.07 0.10 0.06 0.07 0.10 0.06 0.13 0.11 0.14 0.12 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10 0.15 0.02 0.16 0.16 0.05 0.05 0.05
C3' 0.10 0.11 0.12 0.05 0.11 0.07 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.19 0.11 0.04 0.21 0.13 0.12 0.13 0.13
C4 0.15 0.16 0.15 0.21 0.13 0.17 0.09 0.16 0.08 0.08 0.09 0.19 0.18 0.09 0.11 0.15 0.24 0.15 0.19 0.13 0.07 0.04 0.05
C4' 0.20 0.25 0.20 0.08 0.25 0.07 0.25 0.10 0.26 0.23 0.25 0.24 0.25 0.24 0.24 0.25 0.13 0.12 0.12 0.26 0.04 0.06 0.05
C5 0.11 0.07 0.12 0.19 0.08 0.17 0.10 0.16 0.12 0.08 0.06 0.10 0.10 0.12 0.07 0.11 0.24 0.13 0.20 0.17 0.08 0.05 0.04
C5' 0.25 0.25 0.27 0.14 0.27 0.11 0.26 0.12 0.26 0.25 0.25 0.24 0.27 0.25 0.27 0.34 0.12 0.17 0.12 0.26 0.04 0.08 0.07
C6 0.04 0.05 0.07 0.16 0.06 0.13 0.13 0.13 0.16 0.10 0.11 0.04 0.03 0.14 0.04 0.06 0.24 0.07 0.17 0.20 0.09 0.06 0.05
N1 0.06 0.03 0.08 0.16 0.05 0.12 0.11 0.12 0.15 0.08 0.11 0.04 0.04 0.12 0.05 0.08 0.24 0.07 0.16 0.19 0.08 0.05 0.04
N3 0.14 0.17 0.15 0.21 0.11 0.16 0.06 0.14 0.06 0.04 0.08 0.22 0.17 0.06 0.09 0.14 0.25 0.13 0.17 0.13 0.07 0.03 0.04
N4 0.19 0.21 0.17 0.21 0.20 0.19 0.16 0.17 0.13 0.15 0.17 0.23 0.22 0.15 0.18 0.17 0.23 0.19 0.19 0.10 0.10 0.07 0.09
O2 0.10 0.08 0.12 0.17 0.04 0.13 0.06 0.11 0.10 0.05 0.05 0.15 0.10 0.08 0.05 0.11 0.24 0.08 0.15 0.16 0.06 0.03 0.02
O2' 0.08 0.16 0.05 0.08 0.15 0.07 0.17 0.11 0.20 0.15 0.19 0.15 0.14 0.17 0.13 0.10 0.18 0.03 0.15 0.21 0.05 0.05 0.05
O3' 0.16 0.12 0.20 0.09 0.13 0.08 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.13 0.15 0.10 0.14 0.31 0.11 0.09 0.22 0.08 0.21 0.18 0.19
O4' 0.14 0.26 0.09 0.06 0.25 0.04 0.28 0.07 0.29 0.23 0.28 0.22 0.24 0.26 0.22 0.10 0.20 0.08 0.08 0.30 0.11 0.03 0.04
O5' 0.21 0.16 0.26 0.11 0.19 0.04 0.18 0.07 0.17 0.20 0.15 0.15 0.18 0.18 0.21 0.29 0.02 0.12 0.16 0.17 0.11 0.12 0.11
OP1 0.02 0.04 0.09 0.02 0.02 0.16 0.03 0.29 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05 0.02 0.16 0.00 0.10 0.34 0.06 0.25 0.33 0.30
OP2 0.13 0.16 0.04 0.09 0.17 0.22 0.18 0.32 0.18 0.18 0.18 0.14 0.16 0.19 0.16 0.03 0.01 0.21 0.44 0.18 0.31 0.32 0.34
P 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.11 0.05 0.21 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.12 0.00 0.07 0.29 0.07 0.18 0.22 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.03 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.03 0.06 0.02 0.09 0.04 0.03
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.03 0.08
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.10 0.13 0.11 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06
C4 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.07
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.18 0.03 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.00 0.18 0.04 0.11
C8 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.04 0.22 0.05 0.16
N1 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.13 0.02 0.03 0.01 0.12 0.01 0.06
N2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.16 0.02 0.09 0.03 0.07 0.05 0.02
N3 0.03 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.03 0.06 0.01 0.09 0.05 0.03
N7 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.04 0.24 0.07 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.15 0.02 0.09
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.09 0.06 0.04
O3' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.13 0.16 0.13 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.03 0.09 0.06 0.06
O5' 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.13 0.03 0.09 0.06 0.11 0.04 0.03 0.11 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03 0.08 0.00 0.23 0.10 0.16
OP1 0.12 0.09 0.12 0.07 0.13 0.06 0.18 0.03 0.18 0.22 0.12 0.07 0.09 0.24 0.15 0.09 0.07 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.08 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.04 0.12 0.02 0.11 0.16 0.06 0.02 0.03 0.17 0.09 0.04 0.07 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00