ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.011, 0.043, 0.074, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.011, 0.048, 0.084, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.048 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.024, 0.085, 0.145, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.085 std_dev=0.060
N4 A 0, 0.034, 0.101, 0.168, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.101 std_dev=0.067
OP1 B 0, 0.121, 0.468, 0.816, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.468 std_dev=0.347
P B 0, 0.085, 0.534, 0.984, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.534 std_dev=0.449
O4' A 0, 0.469, 1.181, 1.893, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.181 std_dev=0.712
C4' A 0, 0.468, 1.222, 1.976, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.222 std_dev=0.754
C2' A 0, 0.536, 1.336, 2.137, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.336 std_dev=0.801
C3' A 0, 0.622, 1.672, 2.722, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.672 std_dev=1.050
OP2 B 0, 0.759, 1.850, 2.941, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.850 std_dev=1.091
O2' A 0, 0.802, 1.978, 3.154, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.978 std_dev=1.176
O5' B 0, 0.909, 2.206, 3.504, 3.305 max_d=3.305 avg_d=2.206 std_dev=1.297
O3' A 0, 0.781, 2.158, 3.536, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.158 std_dev=1.378
O5' A 0, 1.055, 2.554, 4.052, 3.838 max_d=3.838 avg_d=2.554 std_dev=1.499
C5' A 0, 1.025, 2.598, 4.171, 4.205 max_d=4.205 avg_d=2.598 std_dev=1.573
C5' B 0, 1.177, 3.285, 5.394, 5.884 max_d=5.884 avg_d=3.285 std_dev=2.108
P A 0, 1.865, 4.429, 6.992, 6.112 max_d=6.112 avg_d=4.429 std_dev=2.563
C4' B 0, 2.079, 4.988, 7.897, 7.315 max_d=7.315 avg_d=4.988 std_dev=2.909
OP2 A 0, 2.031, 4.977, 7.924, 7.457 max_d=7.457 avg_d=4.977 std_dev=2.947
C3' B 0, 2.126, 5.175, 8.225, 7.519 max_d=7.519 avg_d=5.175 std_dev=3.050
C8 B 0, 2.216, 5.310, 8.405, 7.768 max_d=7.768 avg_d=5.310 std_dev=3.095
OP1 A 0, 2.360, 5.596, 8.832, 7.618 max_d=7.618 avg_d=5.596 std_dev=3.236
O3' B 0, 2.341, 5.700, 9.060, 8.241 max_d=8.241 avg_d=5.700 std_dev=3.360
N7 B 0, 2.126, 5.606, 9.086, 9.562 max_d=9.562 avg_d=5.606 std_dev=3.480
O4' B 0, 2.587, 6.149, 9.710, 8.654 max_d=8.654 avg_d=6.149 std_dev=3.561
N9 B 0, 2.754, 6.521, 10.287, 8.854 max_d=8.854 avg_d=6.521 std_dev=3.767
C1' B 0, 2.897, 6.899, 10.901, 9.624 max_d=9.624 avg_d=6.899 std_dev=4.002
C2' B 0, 2.478, 6.493, 10.507, 9.970 max_d=9.970 avg_d=6.493 std_dev=4.015
C5 B 0, 2.711, 6.957, 11.203, 11.526 max_d=11.526 avg_d=6.957 std_dev=4.246
C4 B 0, 3.160, 7.574, 11.987, 11.070 max_d=11.070 avg_d=7.574 std_dev=4.413
O2' B 0, 2.747, 7.482, 12.218, 11.657 max_d=11.657 avg_d=7.482 std_dev=4.736
C6 B 0, 2.827, 7.874, 12.922, 14.081 max_d=14.081 avg_d=7.874 std_dev=5.048
N3 B 0, 3.804, 9.047, 14.290, 12.789 max_d=12.789 avg_d=9.047 std_dev=5.243
O6 B 0, 2.243, 7.681, 13.120, 15.381 max_d=15.381 avg_d=7.681 std_dev=5.438
N1 B 0, 3.589, 9.268, 14.946, 15.461 max_d=15.461 avg_d=9.268 std_dev=5.679
C2 B 0, 4.054, 9.822, 15.591, 14.820 max_d=14.820 avg_d=9.822 std_dev=5.769
N2 B 0, 4.719, 11.340, 17.961, 16.724 max_d=16.724 avg_d=11.340 std_dev=6.621

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.41 0.34 0.50 0.26
C2 0.04 0.00 0.13 0.07 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.09 0.13 0.70 0.72 0.66 0.67
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.03 0.15 0.03 0.19 0.03 0.09 0.06 0.26 0.00 0.03 0.01 0.38 0.30 0.44 0.21
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.13 0.01 0.20 0.04 0.21 0.09 0.08 0.14 0.13 0.01 0.02 0.03 0.36 0.33 0.36 0.22
C4 0.03 0.00 0.05 0.13 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.92 1.09 1.20 1.11
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.08 0.08 0.04 0.01 0.07 0.15 0.42 0.13
C5 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.25 0.08 0.92 1.10 1.33 1.15
C5' 0.01 0.15 0.03 0.04 0.11 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.17 0.12 0.19 0.09 0.09 0.01 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.21 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.14 0.25 0.12 0.80 0.90 1.11 0.94
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.67 0.67 0.74 0.65
N3 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.06 0.10 0.84 0.93 0.90 0.91
N4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.05 0.03 0.12 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.15 0.14 0.02 0.98 1.22 1.35 1.25
O2 0.06 0.01 0.26 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.41 0.22 0.21 0.55 0.54 0.41 0.42
O2' 0.02 0.25 0.00 0.01 0.14 0.08 0.12 0.09 0.14 0.06 0.23 0.15 0.41 0.00 0.03 0.03 0.20 0.24 0.29 0.10
O3' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.13 0.04 0.25 0.09 0.25 0.08 0.06 0.14 0.22 0.03 0.00 0.03 0.21 0.36 0.16 0.22
O4' 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.21 0.03 0.03 0.00 0.38 0.40 0.52 0.26
O5' 0.41 0.70 0.38 0.36 0.92 0.07 0.92 0.01 0.80 0.67 0.84 0.98 0.55 0.20 0.21 0.38 0.00 0.00 0.03 0.01
OP1 0.34 0.72 0.30 0.33 1.09 0.15 1.10 0.37 0.90 0.67 0.93 1.22 0.54 0.24 0.36 0.40 0.00 0.00 0.03 0.01
OP2 0.50 0.66 0.44 0.36 1.20 0.42 1.33 0.37 1.11 0.74 0.90 1.35 0.41 0.29 0.16 0.52 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.26 0.67 0.21 0.22 1.11 0.13 1.15 0.02 0.94 0.65 0.91 1.25 0.42 0.10 0.22 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.98 1.88 2.56 2.04 1.65 1.56 1.36 1.06 1.44 1.19 1.68 2.01 1.92 1.02 1.61 3.07 1.92 1.49 0.71 1.38 0.35 0.30 0.08
C2 1.29 1.76 1.77 1.52 1.38 1.26 1.61 1.02 2.04 0.93 2.02 1.79 1.49 1.36 1.09 2.18 1.43 1.02 0.49 2.35 0.26 0.23 0.10
C2' 2.39 2.14 3.08 2.49 1.90 1.87 1.44 1.30 1.42 1.46 1.79 2.36 2.23 1.10 1.94 3.69 2.42 1.78 1.06 1.14 0.34 0.69 0.41
C3' 2.32 2.17 2.97 2.21 2.00 1.60 1.62 1.03 1.55 1.68 1.86 2.36 2.26 1.38 2.03 3.54 2.05 1.65 0.97 1.25 0.34 0.81 0.43
C4 0.64 1.59 1.07 1.00 1.27 0.91 1.82 0.91 2.27 1.04 2.07 1.52 1.19 1.73 0.82 1.35 0.91 0.53 0.32 2.72 0.18 0.16 0.10
C4' 2.04 1.91 2.59 1.87 1.75 1.35 1.40 0.75 1.35 1.41 1.63 2.07 2.00 1.15 1.76 3.12 1.72 1.44 0.61 1.10 0.42 0.38 0.17
C5 0.88 1.12 1.41 1.22 0.94 1.03 1.29 0.94 1.59 0.76 1.43 1.08 0.91 1.24 0.71 1.65 1.07 0.70 0.45 1.91 0.24 0.21 0.10
C5' 1.69 1.59 2.17 1.48 1.48 1.05 1.22 0.51 1.16 1.25 1.37 1.71 1.67 1.06 1.49 2.62 1.42 1.16 0.43 0.96 0.52 0.31 0.33
C6 1.39 1.23 1.97 1.64 1.11 1.28 1.11 0.99 1.27 0.83 1.27 1.25 1.21 0.94 1.08 2.29 1.46 1.07 0.59 1.44 0.32 0.26 0.09
N1 1.55 1.58 2.10 1.73 1.35 1.36 1.33 1.02 1.56 0.94 1.62 1.63 1.51 1.07 1.24 2.50 1.60 1.18 0.58 1.71 0.33 0.26 0.10
N3 0.87 1.79 1.29 1.18 1.38 1.04 1.87 0.96 2.39 1.03 2.26 1.76 1.37 1.69 0.93 1.64 1.11 0.71 0.37 2.85 0.20 0.19 0.10
N4 0.33 1.99 0.49 0.56 1.64 0.63 2.30 0.79 2.82 1.43 2.57 1.90 1.49 2.23 1.08 0.73 0.52 0.16 0.20 3.35 0.10 0.10 0.10
O2 1.43 1.97 1.89 1.61 1.49 1.32 1.66 1.03 2.13 0.97 2.20 2.07 1.68 1.35 1.19 2.36 1.54 1.12 0.50 2.43 0.27 0.24 0.10
O2' 2.79 2.63 3.48 2.88 2.30 2.21 1.76 1.53 1.73 1.73 2.20 2.92 2.71 1.35 2.31 4.23 2.94 2.13 1.22 1.36 0.28 0.68 0.42
O3' 2.86 2.87 3.48 2.60 2.65 1.94 2.29 1.28 2.22 2.27 2.55 3.08 2.92 2.03 2.63 4.16 2.48 2.08 1.28 1.91 0.36 1.02 0.62
O4' 1.82 1.73 2.31 1.73 1.58 1.31 1.31 0.80 1.35 1.20 1.55 1.84 1.79 1.04 1.55 2.75 1.57 1.35 0.54 1.26 0.52 0.14 0.29
O5' 2.48 2.17 2.94 2.23 2.20 1.82 1.97 1.29 1.83 2.13 1.96 2.22 2.31 1.91 2.29 3.32 2.05 1.96 1.32 1.62 0.58 1.13 0.71
OP1 2.55 2.19 2.90 2.33 2.32 2.04 2.19 1.61 2.05 2.40 2.06 2.17 2.32 2.25 2.43 3.21 2.30 2.15 1.75 1.92 1.10 1.58 1.24
OP2 2.47 2.05 2.73 2.18 2.25 1.97 2.15 1.69 1.97 2.44 1.95 1.99 2.19 2.26 2.40 2.88 1.93 2.14 1.84 1.83 1.44 2.09 1.55
P 2.58 2.13 2.95 2.40 2.27 2.10 2.09 1.68 1.91 2.35 1.96 2.11 2.29 2.14 2.42 3.22 2.30 2.20 1.76 1.73 1.13 1.65 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.07 0.09 0.09 0.01 0.01 0.01 0.31 0.01 0.28 0.03 0.15 0.36 0.28
C2 0.09 0.00 0.43 0.38 0.02 0.09 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.19 0.16 0.31 0.21 0.01 0.54 0.47 0.11
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.22 0.01 0.10 0.23 0.19 0.23 0.33 0.52 0.41 0.12 0.01 0.01 0.03 0.02 0.52 0.14 0.47 0.75 0.54
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.35 0.01 0.41 0.02 0.45 0.28 0.43 0.37 0.32 0.37 0.25 0.02 0.01 0.02 0.04 0.47 0.24 0.11 0.07
C4 0.04 0.02 0.22 0.35 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.14 0.20 0.01 0.50 0.46 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.11 0.25 0.04 0.15 0.10 0.25 0.11 0.29 0.01 0.01 0.03 0.16 0.28 0.15 0.04
C5 0.03 0.02 0.10 0.41 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.14 0.05 0.23 0.02 0.77 0.47 0.07
C5' 0.08 0.08 0.23 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.17 0.27 0.08 0.12 0.10 0.30 0.10 0.07 0.20 0.02 0.01 0.23 0.41 0.30 0.02
C6 0.04 0.00 0.19 0.45 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.17 0.12 0.24 0.00 0.89 0.48 0.10
C8 0.01 0.03 0.23 0.28 0.02 0.25 0.01 0.27 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.45 0.12 0.18 0.18 0.03 0.55 0.46 0.08
N1 0.07 0.00 0.33 0.43 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.16 0.15 0.23 0.22 0.01 0.76 0.48 0.05
N2 0.09 0.01 0.52 0.37 0.02 0.15 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.32 0.23 0.36 0.23 0.01 0.48 0.46 0.14
N3 0.09 0.00 0.41 0.32 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.19 0.18 0.30 0.22 0.01 0.39 0.46 0.17
N7 0.01 0.03 0.12 0.37 0.01 0.25 0.01 0.30 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.44 0.18 0.11 0.26 0.04 0.84 0.47 0.12
N9 0.01 0.04 0.01 0.25 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.22 0.06 0.01 0.19 0.01 0.33 0.44 0.16
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.14 0.29 0.28 0.07 0.24 0.45 0.16 0.32 0.19 0.44 0.22 0.00 0.09 0.22 0.36 0.30 0.45 0.65 0.42
O3' 0.31 0.16 0.03 0.01 0.07 0.01 0.14 0.20 0.17 0.12 0.15 0.23 0.18 0.18 0.06 0.09 0.00 0.20 0.25 0.23 0.30 0.23 0.34
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.14 0.01 0.05 0.02 0.12 0.18 0.23 0.36 0.30 0.11 0.01 0.22 0.20 0.00 0.19 0.08 0.12 0.10 0.17
O5' 0.28 0.21 0.52 0.04 0.20 0.03 0.23 0.01 0.24 0.18 0.22 0.23 0.22 0.26 0.19 0.36 0.25 0.19 0.00 0.29 0.04 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.14 0.47 0.01 0.16 0.02 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.30 0.23 0.08 0.29 0.00 1.06 0.48 0.19
OP1 0.15 0.54 0.47 0.24 0.50 0.28 0.77 0.41 0.89 0.55 0.76 0.48 0.39 0.84 0.33 0.45 0.30 0.12 0.04 1.06 0.00 0.02 0.00
OP2 0.36 0.47 0.75 0.11 0.46 0.15 0.47 0.30 0.48 0.46 0.48 0.46 0.46 0.47 0.44 0.65 0.23 0.10 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.11 0.54 0.07 0.11 0.04 0.07 0.02 0.10 0.08 0.05 0.14 0.17 0.12 0.16 0.42 0.34 0.17 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00