ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54777

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.003, 0.027, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.014, 0.043, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.043 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.012, 0.045, 0.077, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.008, 0.239, 0.470, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.239 std_dev=0.231
C2' A 0, 0.015, 0.271, 0.527, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.271 std_dev=0.256
OP1 B 0, 0.063, 0.341, 0.619, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.341 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.029, 0.339, 0.650, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.339 std_dev=0.310
P B 0, 0.067, 0.402, 0.737, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.402 std_dev=0.335
O5' B 0, 0.038, 0.382, 0.727, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.382 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.026, 0.404, 0.782, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.404 std_dev=0.378
C3' A 0, 0.023, 0.423, 0.823, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.423 std_dev=0.400
C4' A 0, 0.025, 0.436, 0.846, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.436 std_dev=0.410
C4' B 0, 0.026, 0.488, 0.950, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.488 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.073, 0.648, 1.223, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.648 std_dev=0.575
O5' A 0, 0.016, 0.622, 1.227, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.622 std_dev=0.605
O3' A 0, 0.022, 0.632, 1.242, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.632 std_dev=0.610
OP2 B 0, 0.027, 0.656, 1.286, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.656 std_dev=0.630
C3' B 0, 0.058, 0.695, 1.332, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.695 std_dev=0.637
O3' B 0, 0.035, 0.718, 1.402, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.718 std_dev=0.684
P A 0, 0.036, 0.721, 1.405, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.721 std_dev=0.684
OP2 A 0, 0.085, 0.780, 1.476, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.780 std_dev=0.696
C1' B 0, 0.081, 0.840, 1.600, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.840 std_dev=0.759
C5' A 0, 0.040, 0.828, 1.617, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.828 std_dev=0.788
C2' B 0, 0.077, 0.871, 1.665, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.871 std_dev=0.794
N9 B 0, 0.080, 1.007, 1.933, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.007 std_dev=0.927
OP1 A 0, 0.083, 1.041, 1.999, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.041 std_dev=0.958
O2' B 0, 0.090, 1.084, 2.078, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.084 std_dev=0.994
C4 B 0, 0.081, 1.290, 2.499, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.290 std_dev=1.209
C5 B 0, 0.038, 1.299, 2.559, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.299 std_dev=1.261
N7 B 0, 0.109, 1.480, 2.851, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.480 std_dev=1.371
C8 B 0, 0.019, 1.411, 2.804, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.411 std_dev=1.392
C6 B 0, 0.093, 1.747, 3.401, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.747 std_dev=1.654
O6 B 0, 0.051, 1.812, 3.573, 4.373 max_d=4.373 avg_d=1.812 std_dev=1.761
N3 B 0, 0.083, 1.918, 3.753, 4.208 max_d=4.208 avg_d=1.918 std_dev=1.835
N1 B 0, 0.140, 2.391, 4.641, 4.912 max_d=4.912 avg_d=2.391 std_dev=2.250
C2 B 0, 0.067, 2.494, 4.921, 5.669 max_d=5.669 avg_d=2.494 std_dev=2.427
N2 B 0, -0.101, 3.272, 6.645, 8.189 max_d=8.189 avg_d=3.272 std_dev=3.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.29 0.33 0.13 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.03 0.04 0.02 0.21 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.10 0.02 0.33 0.20 0.20 0.09
C2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.15 0.01 0.04 0.01 0.18 0.25 0.20 0.06
C3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.07 0.02 0.14 0.03 0.15 0.04 0.05 0.08 0.14 0.03 0.02 0.04 0.07 0.21 0.22 0.01
C4 0.06 0.03 0.06 0.07 0.00 0.13 0.01 0.37 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.06 0.28 0.02 0.31 0.03
C4' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.09 0.06 0.14 0.05 0.09 0.03 0.01 0.03 0.29 0.19 0.02
C5 0.04 0.02 0.05 0.14 0.01 0.19 0.00 0.45 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.13 0.06 0.21 0.06 0.37 0.10
C5' 0.06 0.21 0.01 0.03 0.37 0.01 0.45 0.00 0.42 0.25 0.27 0.41 0.13 0.09 0.11 0.01 0.01 0.39 0.21 0.02
C6 0.03 0.00 0.06 0.15 0.03 0.19 0.01 0.42 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.14 0.05 0.22 0.07 0.32 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.03 0.25 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.30 0.20 0.21 0.08
N3 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.02 0.27 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.09 0.03 0.34 0.13 0.23 0.05
N4 0.07 0.05 0.07 0.08 0.01 0.14 0.02 0.41 0.03 0.06 0.04 0.00 0.05 0.10 0.06 0.07 0.27 0.07 0.34 0.07
O2 0.04 0.01 0.15 0.14 0.03 0.05 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.17 0.20 0.05 0.35 0.28 0.16 0.13
O2' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.08 0.09 0.03 0.09 0.02 0.03 0.11 0.10 0.17 0.00 0.04 0.04 0.11 0.27 0.20 0.06
O3' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.05 0.03 0.13 0.11 0.14 0.01 0.09 0.06 0.20 0.04 0.00 0.01 0.11 0.17 0.22 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.33 0.45 0.05 0.26
O5' 0.29 0.33 0.18 0.07 0.28 0.03 0.21 0.01 0.22 0.30 0.34 0.27 0.35 0.11 0.11 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.33 0.20 0.25 0.21 0.02 0.29 0.06 0.39 0.07 0.20 0.13 0.07 0.28 0.27 0.17 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.20 0.20 0.22 0.31 0.19 0.37 0.21 0.32 0.21 0.23 0.34 0.16 0.20 0.22 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.09 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.02 0.06 0.08 0.05 0.07 0.13 0.06 0.09 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.56 1.26 0.60 0.30 0.90 0.23 0.92 0.18 1.07 0.74 1.21 1.46 1.10 0.83 0.71 0.77 0.14 0.40 0.12 1.10 0.14 0.40 0.10
C2 0.45 1.55 0.49 0.21 0.87 0.17 0.85 0.13 1.06 0.85 1.38 1.99 1.29 0.88 0.61 0.60 0.08 0.30 0.20 1.08 0.17 0.24 0.02
C2' 0.40 0.99 0.48 0.20 0.70 0.09 0.73 0.02 0.85 0.61 0.96 1.17 0.85 0.69 0.54 0.67 0.05 0.23 0.21 0.89 0.27 0.27 0.11
C3' 0.25 0.61 0.34 0.10 0.44 0.04 0.47 0.10 0.55 0.41 0.60 0.71 0.52 0.46 0.35 0.53 0.04 0.09 0.30 0.59 0.35 0.21 0.22
C4 0.36 1.74 0.37 0.14 0.81 0.14 0.74 0.13 1.00 0.95 1.47 2.34 1.43 0.90 0.52 0.42 0.09 0.25 0.26 0.97 0.12 0.16 0.04
C4' 0.26 0.57 0.31 0.07 0.46 0.03 0.48 0.08 0.56 0.35 0.58 0.61 0.50 0.42 0.36 0.50 0.06 0.12 0.28 0.59 0.31 0.25 0.19
C5 0.38 1.60 0.40 0.15 0.81 0.16 0.74 0.15 0.97 0.88 1.36 2.09 1.35 0.82 0.53 0.42 0.13 0.28 0.23 0.94 0.09 0.30 0.04
C5' 0.03 0.22 0.02 0.16 0.15 0.21 0.15 0.30 0.20 0.04 0.22 0.25 0.18 0.09 0.08 0.21 0.18 0.09 0.51 0.22 0.50 0.31 0.43
C6 0.46 1.40 0.50 0.20 0.84 0.18 0.80 0.15 0.98 0.78 1.25 1.74 1.21 0.79 0.60 0.58 0.10 0.32 0.18 0.98 0.11 0.37 0.08
N1 0.49 1.40 0.53 0.24 0.87 0.19 0.86 0.16 1.04 0.78 1.28 1.73 1.20 0.83 0.64 0.65 0.09 0.34 0.16 1.05 0.14 0.34 0.07
N3 0.42 1.70 0.44 0.19 0.85 0.16 0.81 0.14 1.05 0.94 1.47 2.26 1.39 0.93 0.58 0.52 0.09 0.28 0.24 1.05 0.15 0.17 0.03
N4 0.28 1.88 0.27 0.11 0.76 0.11 0.65 0.10 0.95 1.02 1.55 2.61 1.51 0.92 0.43 0.30 0.11 0.19 0.29 0.90 0.12 0.09 0.11
O2 0.46 1.51 0.49 0.22 0.87 0.17 0.87 0.13 1.08 0.83 1.38 1.93 1.25 0.88 0.62 0.62 0.08 0.30 0.20 1.11 0.18 0.22 0.03
O2' 0.45 1.01 0.52 0.22 0.76 0.10 0.82 0.04 0.96 0.66 1.02 1.14 0.86 0.77 0.61 0.72 0.06 0.27 0.19 1.02 0.25 0.32 0.08
O3' 0.14 0.35 0.26 0.04 0.29 0.13 0.34 0.18 0.39 0.30 0.38 0.39 0.30 0.35 0.24 0.44 0.11 0.03 0.35 0.44 0.39 0.19 0.27
O4' 0.61 1.11 0.64 0.37 0.89 0.32 0.89 0.27 1.00 0.69 1.09 1.21 1.00 0.78 0.73 0.80 0.21 0.48 0.10 1.02 0.14 0.48 0.19
O5' 0.23 0.23 0.37 0.25 0.27 0.12 0.30 0.15 0.30 0.34 0.25 0.22 0.22 0.34 0.28 0.44 0.03 0.16 0.01 0.33 0.20 0.45 0.18
OP1 0.16 0.67 0.04 0.05 0.34 0.30 0.23 0.34 0.34 0.11 0.55 0.87 0.60 0.09 0.15 0.18 0.01 0.28 0.37 0.28 0.32 0.18 0.32
OP2 0.10 0.29 0.05 0.07 0.15 0.21 0.11 0.31 0.15 0.12 0.24 0.34 0.26 0.09 0.10 0.06 0.02 0.16 0.47 0.12 0.43 0.32 0.45
P 0.03 0.16 0.09 0.03 0.05 0.12 0.02 0.16 0.04 0.07 0.12 0.22 0.14 0.05 0.03 0.18 0.02 0.08 0.26 0.02 0.22 0.19 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.20 0.31 0.17
C2 0.07 0.00 0.43 0.41 0.04 0.45 0.03 0.93 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.13 0.08 0.29 1.48 0.04 1.82 2.33 1.94
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.22 0.01 0.10 0.06 0.19 0.22 0.32 0.50 0.42 0.12 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.14 0.19 0.30 0.13
C3' 0.01 0.41 0.01 0.00 0.18 0.02 0.09 0.02 0.17 0.20 0.31 0.51 0.39 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.13 0.07 0.19 0.05
C4 0.02 0.04 0.22 0.18 0.00 0.19 0.00 0.37 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.13 0.69 0.01 0.80 1.06 0.84
C4' 0.01 0.45 0.01 0.02 0.19 0.00 0.08 0.00 0.17 0.25 0.33 0.57 0.43 0.16 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.11 0.16 0.03
C5 0.01 0.03 0.10 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.49 0.01 0.58 0.77 0.60
C5' 0.04 0.93 0.06 0.02 0.37 0.00 0.18 0.00 0.35 0.50 0.68 1.21 0.85 0.36 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.27 0.13 0.09 0.01
C6 0.01 0.03 0.19 0.17 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.02 0.11 0.72 0.01 0.89 1.16 0.93
C8 0.04 0.04 0.22 0.20 0.02 0.25 0.03 0.50 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.16 0.71 0.04 0.74 0.84 0.80
N1 0.06 0.01 0.32 0.31 0.03 0.33 0.02 0.68 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.10 0.05 0.21 1.16 0.02 1.46 1.87 1.54
N2 0.08 0.01 0.50 0.51 0.04 0.57 0.05 1.21 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.05 0.03 0.15 0.13 0.34 1.86 0.05 2.42 3.06 2.55
N3 0.06 0.01 0.42 0.39 0.01 0.43 0.02 0.85 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.07 0.28 1.35 0.03 1.55 1.99 1.67
N7 0.02 0.04 0.12 0.12 0.01 0.16 0.01 0.36 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.09 0.56 0.03 0.64 0.76 0.68
N9 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.28 0.02 0.32 0.42 0.31
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.08 0.09 0.10 0.15 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.18 0.34 0.13
O3' 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.08 0.05 0.13 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.09 0.12 0.04 0.06 0.19 0.05
O4' 0.00 0.29 0.00 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.11 0.16 0.21 0.34 0.28 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.16 0.08 0.17 0.21 0.12
O5' 0.14 1.48 0.06 0.15 0.69 0.01 0.49 0.00 0.72 0.71 1.16 1.86 1.35 0.56 0.28 0.07 0.12 0.16 0.00 0.63 0.03 0.03 0.01
O6 0.01 0.04 0.14 0.13 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.08 0.04 0.08 0.63 0.00 0.78 1.00 0.81
OP1 0.20 1.82 0.19 0.07 0.80 0.11 0.58 0.13 0.89 0.74 1.46 2.42 1.55 0.64 0.32 0.18 0.06 0.17 0.03 0.78 0.00 0.03 0.02
OP2 0.31 2.33 0.30 0.19 1.06 0.16 0.77 0.09 1.16 0.84 1.87 3.06 1.99 0.76 0.42 0.34 0.19 0.21 0.03 1.00 0.03 0.00 0.02
P 0.17 1.94 0.13 0.05 0.84 0.03 0.60 0.01 0.93 0.80 1.54 2.55 1.67 0.68 0.31 0.13 0.05 0.12 0.01 0.81 0.02 0.02 0.00