ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.003, 0.017, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2 A 0, 0.001, 0.063, 0.125, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.063 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.012, 0.202, 0.392, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.202 std_dev=0.190
O4' A 0, -0.017, 0.179, 0.376, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.179 std_dev=0.196
O2' A 0, 0.038, 0.293, 0.548, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.293 std_dev=0.255
C4' A 0, -0.030, 0.258, 0.546, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.258 std_dev=0.288
C3' A 0, -0.011, 0.281, 0.573, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.281 std_dev=0.292
P B 0, -0.002, 0.341, 0.685, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.341 std_dev=0.343
O3' A 0, -0.012, 0.390, 0.792, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.390 std_dev=0.402
OP2 B 0, 0.014, 0.427, 0.840, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.427 std_dev=0.413
OP1 B 0, -0.146, 0.352, 0.850, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.352 std_dev=0.498
C5' A 0, -0.058, 0.449, 0.957, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.449 std_dev=0.507
O5' B 0, -0.066, 0.522, 1.110, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.522 std_dev=0.588
O5' A 0, -0.193, 0.589, 1.371, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.589 std_dev=0.782
C5' B 0, -0.148, 0.696, 1.539, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.696 std_dev=0.844
C1' B 0, -0.142, 0.848, 1.838, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.848 std_dev=0.990
N9 B 0, -0.180, 0.962, 2.104, 2.809 max_d=2.809 avg_d=0.962 std_dev=1.142
O4' B 0, -0.234, 0.950, 2.134, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.950 std_dev=1.184
P A 0, -0.282, 0.987, 2.256, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.987 std_dev=1.269
C4' B 0, -0.276, 1.004, 2.285, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.004 std_dev=1.280
N3 B 0, -0.100, 1.230, 2.560, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.230 std_dev=1.330
C4 B 0, -0.183, 1.195, 2.573, 3.366 max_d=3.366 avg_d=1.195 std_dev=1.378
C2' B 0, -0.336, 1.152, 2.639, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.152 std_dev=1.488
C2 B 0, -0.113, 1.480, 3.074, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.480 std_dev=1.594
OP1 A 0, -0.399, 1.225, 2.849, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.225 std_dev=1.624
C3' B 0, -0.416, 1.274, 2.964, 4.126 max_d=4.126 avg_d=1.274 std_dev=1.690
N2 B 0, -0.101, 1.700, 3.501, 4.326 max_d=4.326 avg_d=1.700 std_dev=1.801
C8 B 0, -0.507, 1.382, 3.270, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.382 std_dev=1.888
OP2 A 0, -0.529, 1.476, 3.480, 4.874 max_d=4.874 avg_d=1.476 std_dev=2.005
O2' B 0, -0.566, 1.530, 3.627, 5.104 max_d=5.104 avg_d=1.530 std_dev=2.096
N1 B 0, -0.281, 1.848, 3.977, 5.204 max_d=5.204 avg_d=1.848 std_dev=2.129
C5 B 0, -0.464, 1.732, 3.929, 5.386 max_d=5.386 avg_d=1.732 std_dev=2.197
O3' B 0, -0.707, 1.766, 4.240, 5.990 max_d=5.990 avg_d=1.766 std_dev=2.474
N7 B 0, -0.713, 1.917, 4.547, 6.393 max_d=6.393 avg_d=1.917 std_dev=2.630
C6 B 0, -0.533, 2.123, 4.779, 6.520 max_d=6.520 avg_d=2.123 std_dev=2.656
O6 B 0, -0.823, 2.719, 6.261, 8.670 max_d=8.670 avg_d=2.719 std_dev=3.542

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.26 0.49 0.35 0.16
C2 0.03 0.00 0.06 0.12 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.14 0.04 0.49 0.27 0.73 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.01 0.01 0.32 0.11 0.75 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.11 0.06 0.19 0.02 0.01 0.01 0.37 0.30 0.89 0.41
C4 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.68 0.03 0.91 0.35
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.10 0.03 0.00 0.01 0.21 0.14 0.18
C5 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04 0.72 0.04 0.82 0.36
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.09 0.11 0.05 0.09 0.03 0.01 0.01 0.24 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.65 0.11 0.66 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.49 0.27 0.61 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.59 0.15 0.87 0.26
N4 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.07 0.02 0.72 0.06 1.00 0.44
O2 0.05 0.00 0.15 0.19 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.21 0.07 0.39 0.37 0.69 0.10
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.03 0.08 0.13 0.04 0.00 0.02 0.09 0.01 0.48 0.41 0.16
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.13 0.07 0.21 0.02 0.00 0.03 0.19 0.53 0.95 0.49
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.09 0.03 0.00 0.10 0.62 0.14 0.40
O5' 0.26 0.49 0.32 0.37 0.68 0.01 0.72 0.01 0.65 0.49 0.59 0.72 0.39 0.01 0.19 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.49 0.27 0.11 0.30 0.03 0.21 0.04 0.24 0.11 0.27 0.15 0.06 0.37 0.48 0.53 0.62 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.73 0.75 0.89 0.91 0.14 0.82 0.04 0.66 0.61 0.87 1.00 0.69 0.41 0.95 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.14 0.17 0.41 0.35 0.18 0.36 0.01 0.22 0.09 0.26 0.44 0.10 0.16 0.49 0.40 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.32 1.39 1.53 0.41 0.59 0.91 0.27 1.08 0.77 0.75 0.14 0.13 1.15 0.28 1.92 1.98 0.19 0.53 1.44 0.09 0.17 0.12
C2 0.38 0.13 1.42 1.47 0.12 0.58 0.43 0.37 0.58 0.28 0.40 0.02 0.04 0.54 0.01 1.76 1.68 0.11 0.56 0.81 0.25 0.16 0.21
C2' 0.58 0.13 1.58 1.81 0.22 0.95 0.82 0.57 1.02 0.67 0.62 0.20 0.18 1.11 0.08 2.12 2.35 0.17 0.72 1.45 0.27 0.17 0.31
C3' 0.76 0.19 1.66 1.90 0.07 1.08 0.71 0.58 0.88 0.66 0.41 0.51 0.42 1.11 0.05 2.26 2.54 0.33 0.71 1.35 0.13 0.13 0.25
C4 0.40 0.10 1.32 1.27 0.16 0.48 0.12 0.38 0.14 0.19 0.11 0.10 0.17 0.14 0.25 1.47 1.24 0.09 0.52 0.22 0.33 0.18 0.25
C4' 0.47 0.14 1.44 1.62 0.34 0.72 1.01 0.24 1.15 0.99 0.65 0.32 0.21 1.43 0.26 2.15 2.28 0.03 0.50 1.61 0.12 0.18 0.07
C5 0.40 0.10 1.35 1.30 0.13 0.48 0.08 0.34 0.14 0.10 0.08 0.13 0.18 0.11 0.21 1.52 1.30 0.10 0.54 0.25 0.20 0.13 0.20
C5' 0.59 0.26 1.47 1.59 0.15 0.73 0.84 0.18 0.91 0.96 0.37 0.63 0.44 1.36 0.15 2.24 2.32 0.08 0.42 1.36 0.29 0.21 0.08
C6 0.38 0.04 1.41 1.45 0.07 0.54 0.36 0.31 0.45 0.26 0.28 0.09 0.11 0.49 0.03 1.73 1.62 0.13 0.55 0.65 0.11 0.14 0.15
N1 0.37 0.15 1.42 1.51 0.19 0.58 0.55 0.32 0.69 0.42 0.47 0.05 0.06 0.71 0.08 1.82 1.78 0.14 0.56 0.95 0.16 0.14 0.17
N3 0.39 0.05 1.37 1.37 0.05 0.53 0.19 0.39 0.31 0.08 0.22 0.04 0.10 0.23 0.15 1.60 1.43 0.09 0.54 0.46 0.32 0.18 0.24
N4 0.39 0.19 1.23 1.11 0.30 0.40 0.32 0.39 0.28 0.44 0.22 0.15 0.23 0.41 0.38 1.27 0.95 0.09 0.47 0.30 0.40 0.23 0.27
O2 0.37 0.20 1.43 1.52 0.20 0.61 0.57 0.38 0.74 0.38 0.53 0.07 0.03 0.69 0.06 1.83 1.79 0.11 0.57 1.02 0.26 0.16 0.21
O2' 0.40 0.45 1.41 1.68 0.53 0.83 1.18 0.48 1.44 0.96 1.02 0.24 0.19 1.47 0.34 2.01 2.30 0.05 0.65 1.94 0.26 0.17 0.27
O3' 0.86 0.28 1.67 1.94 0.07 1.20 0.78 0.63 0.97 0.73 0.42 0.65 0.53 1.24 0.07 2.33 2.70 0.47 0.72 1.51 0.10 0.11 0.25
O4' 0.24 0.32 1.31 1.42 0.49 0.45 1.04 0.10 1.17 0.97 0.78 0.13 0.16 1.35 0.40 1.94 1.93 0.31 0.41 1.54 0.12 0.23 0.02
O5' 0.87 0.15 1.70 2.05 0.17 1.33 0.92 0.84 1.10 0.84 0.58 0.43 0.39 1.40 0.06 2.31 2.77 0.55 1.16 1.61 0.61 0.57 0.79
OP1 0.76 0.38 1.49 1.98 0.53 1.35 1.46 0.82 1.76 1.15 1.15 0.21 0.16 1.88 0.28 2.12 3.11 0.55 1.00 2.39 0.38 0.05 0.49
OP2 0.18 1.13 0.73 1.47 1.23 1.23 2.11 0.97 2.36 1.76 1.81 0.81 0.74 2.54 0.92 1.10 2.33 0.32 1.13 2.88 0.94 0.44 0.90
P 0.66 0.41 1.39 1.95 0.57 1.36 1.43 0.87 1.64 1.22 1.09 0.14 0.09 1.88 0.35 1.89 2.95 0.51 1.08 2.17 0.56 0.26 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.00 0.45 0.01 0.17 0.07 0.24
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.37 0.06 0.59 0.01 0.18 0.18 0.38
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.17 0.07 0.04 0.08 0.09 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.64 0.07 0.61 0.48 0.59
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.07 0.14 0.04 0.09 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.40 0.10 0.25
C4 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.24 0.03 0.69 0.01 0.24 0.36 0.51
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.15 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.41 0.09
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.16 0.02 0.85 0.00 0.32 0.69 0.73
C5' 0.06 0.08 0.17 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.10 0.07 0.08 0.16 0.11 0.04 0.14 0.01 0.00 0.14 0.09 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.19 0.03 0.85 0.00 0.32 0.70 0.73
C8 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.04 0.04 0.93 0.01 0.37 0.81 0.83
N1 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.05 0.73 0.01 0.24 0.44 0.56
N2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.44 0.07 0.50 0.02 0.13 0.07 0.26
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.37 0.06 0.54 0.01 0.16 0.09 0.32
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.05 0.02 0.98 0.01 0.40 0.97 0.92
N9 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.17 0.01 0.71 0.00 0.26 0.38 0.53
O2' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.17 0.15 0.20 0.04 0.22 0.16 0.21 0.18 0.17 0.20 0.12 0.00 0.04 0.08 0.38 0.24 0.51 0.27 0.36
O3' 0.25 0.37 0.02 0.00 0.24 0.03 0.16 0.14 0.19 0.04 0.29 0.44 0.37 0.05 0.17 0.04 0.00 0.19 0.23 0.15 0.12 0.30 0.18
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.08 0.19 0.00 0.22 0.02 0.12 0.42 0.04
O5' 0.45 0.59 0.64 0.24 0.69 0.01 0.85 0.00 0.85 0.93 0.73 0.50 0.54 0.98 0.71 0.38 0.23 0.22 0.00 0.92 0.00 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.15 0.02 0.92 0.00 0.36 0.89 0.85
OP1 0.17 0.18 0.61 0.40 0.24 0.07 0.32 0.09 0.32 0.37 0.24 0.13 0.16 0.40 0.26 0.51 0.12 0.12 0.00 0.36 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.18 0.48 0.10 0.36 0.41 0.69 0.24 0.70 0.81 0.44 0.07 0.09 0.97 0.38 0.27 0.30 0.42 0.02 0.89 0.02 0.00 0.00
P 0.24 0.38 0.59 0.25 0.51 0.09 0.73 0.01 0.73 0.83 0.56 0.26 0.32 0.92 0.53 0.36 0.18 0.04 0.00 0.85 0.01 0.00 0.00