Doublet Group distance statistics: 54779

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.043 std_dev=0.030
P	B	0, 0.092, 0.315, 0.538, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.315 std_dev=0.223
OP2	B	0, 0.123, 0.421, 0.719, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.421 std_dev=0.298
O4'	A	0, 0.149, 0.510, 0.870, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.510 std_dev=0.360
C2'	A	0, 0.155, 0.528, 0.901, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.528 std_dev=0.373
O2'	A	0, 0.171, 0.586, 1.000, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.586 std_dev=0.414
C4'	A	0, 0.222, 0.758, 1.293, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.758 std_dev=0.536
C3'	A	0, 0.239, 0.815, 1.392, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.815 std_dev=0.577
O3'	A	0, 0.339, 1.156, 1.973, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.156 std_dev=0.817
C5'	A	0, 0.360, 1.230, 2.100, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.230 std_dev=0.870
OP1	B	0, 0.409, 1.395, 2.382, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.395 std_dev=0.987
O5'	B	0, 0.462, 1.577, 2.692, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.577 std_dev=1.115
O5'	A	0, 0.741, 2.531, 4.320, 3.800 max_d=3.800 avg_d=2.531 std_dev=1.789
C5'	B	0, 0.877, 2.994, 5.111, 4.494 max_d=4.494 avg_d=2.994 std_dev=2.117
OP1	A	0, 0.915, 3.123, 5.332, 4.687 max_d=4.687 avg_d=3.123 std_dev=2.209
O4'	B	0, 1.022, 3.490, 5.959, 5.237 max_d=5.237 avg_d=3.490 std_dev=2.468
P	A	0, 1.084, 3.702, 6.321, 5.558 max_d=5.558 avg_d=3.702 std_dev=2.618
C4'	B	0, 1.193, 4.074, 6.954, 6.114 max_d=6.114 avg_d=4.074 std_dev=2.880
N9	B	0, 1.396, 4.768, 8.139, 7.158 max_d=7.158 avg_d=4.768 std_dev=3.371
N3	B	0, 1.420, 4.849, 8.277, 7.278 max_d=7.278 avg_d=4.849 std_dev=3.429
C4	B	0, 1.421, 4.853, 8.284, 7.286 max_d=7.286 avg_d=4.853 std_dev=3.431
C2	B	0, 1.428, 4.876, 8.325, 7.320 max_d=7.320 avg_d=4.876 std_dev=3.448
C1'	B	0, 1.437, 4.907, 8.377, 7.365 max_d=7.365 avg_d=4.907 std_dev=3.470
N2	B	0, 1.453, 4.962, 8.470, 7.445 max_d=7.445 avg_d=4.962 std_dev=3.509
C8	B	0, 1.509, 5.152, 8.795, 7.736 max_d=7.736 avg_d=5.152 std_dev=3.643
N1	B	0, 1.550, 5.293, 9.035, 7.947 max_d=7.947 avg_d=5.293 std_dev=3.742
C5	B	0, 1.595, 5.447, 9.298, 8.178 max_d=8.178 avg_d=5.447 std_dev=3.851
OP2	A	0, 1.623, 5.541, 9.458, 8.314 max_d=8.314 avg_d=5.541 std_dev=3.918
N7	B	0, 1.708, 5.830, 9.952, 8.753 max_d=8.753 avg_d=5.830 std_dev=4.122
C3'	B	0, 1.722, 5.881, 10.039, 8.825 max_d=8.825 avg_d=5.881 std_dev=4.158
C6	B	0, 1.723, 5.882, 10.041, 8.832 max_d=8.832 avg_d=5.882 std_dev=4.159
C2'	B	0, 1.897, 6.478, 11.059, 9.722 max_d=9.722 avg_d=6.478 std_dev=4.581
O6	B	0, 2.025, 6.913, 11.801, 10.378 max_d=10.378 avg_d=6.913 std_dev=4.888
O3'	B	0, 2.040, 6.965, 11.891, 10.452 max_d=10.452 avg_d=6.965 std_dev=4.925
O2'	B	0, 2.292, 7.824, 13.357, 11.739 max_d=11.739 avg_d=7.824 std_dev=5.533

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.33	0.09	0.67	0.38
C2	0.01	0.00	0.09	0.09	0.00	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.10	0.03	0.57	0.42	1.25	0.75
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.06	0.02	0.08	0.04	0.15	0.00	0.00	0.00	0.18	0.07	0.36	0.21
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.08	0.06	0.12	0.00	0.00	0.01	0.06	0.04	0.11	0.06
C4	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.74	0.73	1.66	1.00
C4'	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.14	0.08	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.77	0.74	1.60	0.98
C5'	0.02	0.07	0.01	0.01	0.09	0.00	0.08	0.00	0.06	0.06	0.09	0.10	0.06	0.04	0.03	0.00	0.00	0.10	0.03	0.00
C6	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.03	0.06	0.69	0.54	1.30	0.81
N1	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.55	0.36	1.11	0.67
N3	0.01	0.00	0.08	0.08	0.00	0.00	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.11	0.02	0.67	0.60	1.51	0.91
N4	0.02	0.01	0.04	0.06	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.78	0.85	1.78	1.08
O2	0.01	0.00	0.15	0.12	0.00	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.14	0.07	0.46	0.30	1.09	0.64
O2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.01	0.07	0.03	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.15	0.08	0.00
O3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.03	0.03	0.11	0.08	0.14	0.02	0.00	0.01	0.23	0.13	0.34	0.24
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.25	0.05	0.52	0.29
O5'	0.33	0.57	0.18	0.06	0.74	0.01	0.77	0.00	0.69	0.55	0.67	0.78	0.46	0.02	0.23	0.25	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.09	0.42	0.07	0.04	0.73	0.14	0.74	0.10	0.54	0.36	0.60	0.85	0.30	0.15	0.13	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.67	1.25	0.36	0.11	1.66	0.08	1.60	0.03	1.30	1.11	1.51	1.78	1.09	0.08	0.34	0.52	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.38	0.75	0.21	0.06	1.00	0.02	0.98	0.00	0.81	0.67	0.91	1.08	0.64	0.00	0.24	0.29	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.41	0.65	0.47	0.51	0.71	0.28	0.91	0.52	0.96	0.89	0.82	0.56	0.57	1.03	0.67	0.53	0.58	0.28	0.08	1.09	0.23	0.11	0.11
C2	0.13	0.29	0.25	0.26	0.31	0.28	0.57	0.06	0.67	0.46	0.52	0.20	0.16	0.67	0.21	0.25	0.28	0.15	0.17	0.85	0.36	0.06	0.08
C2'	0.38	0.51	0.49	0.58	0.55	0.32	0.67	0.47	0.69	0.66	0.61	0.46	0.47	0.74	0.53	0.63	0.78	0.26	0.05	0.77	0.00	0.29	0.26
C3'	0.61	0.61	0.80	0.92	0.66	0.61	0.72	0.72	0.71	0.76	0.65	0.56	0.60	0.77	0.68	0.99	1.16	0.46	0.25	0.73	0.03	0.27	0.19
C4	0.53	0.02	0.79	0.85	0.03	0.72	0.23	0.33	0.36	0.06	0.24	0.05	0.14	0.30	0.17	0.81	0.94	0.47	0.38	0.54	0.47	0.02	0.05
C4'	0.84	0.85	1.08	1.17	0.96	0.77	1.08	0.92	1.06	1.16	0.95	0.76	0.83	1.20	0.98	1.20	1.31	0.62	0.35	1.13	0.20	0.12	0.05
C5	0.31	0.18	0.50	0.53	0.14	0.52	0.35	0.15	0.46	0.20	0.36	0.13	0.05	0.41	0.01	0.46	0.60	0.31	0.32	0.61	0.44	0.04	0.06
C5'	0.99	0.90	1.31	1.42	1.04	0.96	1.13	1.08	1.08	1.26	0.98	0.81	0.91	1.25	1.10	1.43	1.53	0.75	0.45	1.12	0.22	0.09	0.01
C6	0.05	0.41	0.03	0.01	0.42	0.12	0.61	0.21	0.69	0.52	0.58	0.34	0.31	0.69	0.33	0.02	0.05	0.01	0.12	0.81	0.34	0.07	0.09
N1	0.11	0.45	0.06	0.07	0.48	0.04	0.70	0.27	0.78	0.63	0.64	0.36	0.35	0.80	0.40	0.09	0.08	0.04	0.07	0.92	0.31	0.08	0.09
N3	0.41	0.10	0.63	0.66	0.08	0.58	0.35	0.19	0.48	0.21	0.33	0.01	0.06	0.45	0.05	0.66	0.74	0.37	0.30	0.67	0.42	0.04	0.06
N4	0.85	0.22	1.21	1.29	0.30	1.03	0.02	0.59	0.14	0.23	0.02	0.27	0.40	0.03	0.47	1.27	1.42	0.72	0.49	0.33	0.51	0.01	0.02
O2	0.06	0.34	0.16	0.16	0.36	0.21	0.64	0.12	0.74	0.54	0.57	0.23	0.21	0.76	0.28	0.17	0.16	0.09	0.13	0.93	0.33	0.07	0.09
O2'	0.49	0.61	0.62	0.71	0.66	0.41	0.78	0.52	0.81	0.78	0.72	0.54	0.57	0.86	0.64	0.77	0.95	0.34	0.07	0.89	0.06	0.29	0.28
O3'	0.74	0.63	1.00	1.13	0.69	0.77	0.68	0.79	0.65	0.75	0.63	0.61	0.66	0.72	0.73	1.25	1.47	0.56	0.33	0.63	0.07	0.32	0.21
O4'	0.71	0.89	0.85	0.89	0.99	0.58	1.20	0.82	1.22	1.23	1.07	0.77	0.83	1.35	0.98	0.90	0.91	0.53	0.29	1.35	0.36	0.02	0.04
O5'	0.57	0.46	0.97	1.05	0.58	0.50	0.65	0.51	0.61	0.78	0.52	0.38	0.47	0.76	0.64	1.16	1.32	0.28	0.09	0.64	0.31	0.57	0.49
OP1	0.48	0.35	1.03	1.03	0.52	0.28	0.63	0.24	0.58	0.81	0.44	0.23	0.36	0.80	0.60	1.13	1.12	0.03	0.36	0.63	0.57	0.87	0.73
OP2	0.08	0.00	0.59	0.45	0.12	0.14	0.22	0.16	0.20	0.33	0.09	0.09	0.00	0.35	0.18	0.86	0.74	0.31	0.62	0.25	0.70	0.86	0.81
P	0.56	0.40	1.08	1.06	0.55	0.41	0.64	0.37	0.59	0.79	0.48	0.30	0.42	0.76	0.64	1.27	1.32	0.18	0.20	0.62	0.36	0.60	0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.10	0.27	0.11
C2	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.34	0.07	0.13	0.00	0.15	0.48	0.31
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.19	0.01	0.05	0.04	0.08	0.06	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.00	0.29	0.16	0.02
C3'	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	0.19	0.01	0.17	0.31	0.08	0.07	0.02	0.30	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.21	0.11	0.20	0.06
C4	0.00	0.00	0.02	0.10	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.15	0.04	0.03	0.00	0.08	0.27	0.12
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.07	0.06	0.06	0.04	0.04	0.07	0.04	0.17	0.01	0.00	0.00	0.07	0.04	0.18	0.09
C5	0.00	0.00	0.00	0.19	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.00	0.02	0.04	0.00	0.24	0.09	0.04
C5'	0.07	0.05	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.04	0.07	0.03	0.04	0.05	0.02	0.12	0.01	0.00	0.02	0.12	0.09	0.00
C6	0.00	0.00	0.01	0.17	0.00	0.07	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.05	0.03	0.00	0.00	0.16	0.14	0.02
C8	0.00	0.00	0.05	0.31	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.21	0.04	0.17	0.00	0.49	0.15	0.27
N1	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.06	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.21	0.06	0.08	0.00	0.03	0.34	0.19
N2	0.00	0.00	0.08	0.07	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.32	0.46	0.09	0.19	0.00	0.29	0.60	0.43
N3	0.01	0.00	0.06	0.02	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.35	0.07	0.12	0.00	0.13	0.48	0.31
N7	0.00	0.00	0.04	0.30	0.00	0.07	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.19	0.02	0.14	0.00	0.48	0.16	0.26
N9	0.00	0.00	0.01	0.15	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.04	0.00	0.05	0.00	0.21	0.15	0.00
O2'	0.00	0.30	0.00	0.00	0.22	0.17	0.22	0.02	0.26	0.08	0.30	0.32	0.27	0.14	0.12	0.00	0.02	0.12	0.14	0.26	0.08	0.39	0.23
O3'	0.21	0.34	0.01	0.00	0.15	0.01	0.00	0.12	0.05	0.21	0.21	0.46	0.35	0.19	0.04	0.02	0.00	0.18	0.10	0.03	0.02	0.14	0.12
O4'	0.00	0.07	0.01	0.00	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.04	0.06	0.09	0.07	0.02	0.00	0.12	0.18	0.00	0.04	0.02	0.03	0.29	0.17
O5'	0.01	0.13	0.10	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.17	0.08	0.19	0.12	0.14	0.05	0.14	0.10	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00
O6	0.00	0.00	0.00	0.21	0.00	0.07	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.03	0.02	0.04	0.00	0.25	0.04	0.07
OP1	0.10	0.15	0.29	0.11	0.08	0.04	0.24	0.12	0.16	0.49	0.03	0.29	0.13	0.48	0.21	0.08	0.02	0.03	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00
OP2	0.27	0.48	0.16	0.20	0.27	0.18	0.09	0.09	0.14	0.15	0.34	0.60	0.48	0.16	0.15	0.39	0.14	0.29	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.31	0.02	0.06	0.12	0.09	0.04	0.00	0.02	0.27	0.19	0.43	0.31	0.26	0.00	0.23	0.12	0.17	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00