ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54780

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.003, 0.008, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.004, 0.010, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C6 A 0, -0.004, 0.012, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.005, 0.013, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.005, 0.013, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.018
O2 A 0, -0.008, 0.021, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.030
N4 A 0, -0.010, 0.028, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.028 std_dev=0.038
O5' B 0, -0.040, 0.116, 0.272, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.116 std_dev=0.156
C5' B 0, -0.042, 0.135, 0.313, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.135 std_dev=0.178
O2' A 0, -0.052, 0.149, 0.351, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.149 std_dev=0.202
C2' A 0, -0.068, 0.175, 0.418, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.175 std_dev=0.243
O4' A 0, -0.085, 0.218, 0.521, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.218 std_dev=0.303
P B 0, -0.120, 0.315, 0.749, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.315 std_dev=0.434
C3' A 0, -0.132, 0.338, 0.807, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.338 std_dev=0.470
C4' A 0, -0.146, 0.372, 0.890, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.372 std_dev=0.518
O3' B 0, -0.144, 0.389, 0.923, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.389 std_dev=0.533
OP1 B 0, -0.158, 0.410, 0.978, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.410 std_dev=0.568
O3' A 0, -0.173, 0.440, 1.053, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.440 std_dev=0.613
OP2 B 0, -0.179, 0.452, 1.083, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.452 std_dev=0.631
C4' B 0, -0.256, 0.652, 1.559, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.652 std_dev=0.908
C5' A 0, -0.256, 0.652, 1.561, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.652 std_dev=0.909
O5' A 0, -0.289, 0.728, 1.746, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.728 std_dev=1.017
C3' B 0, -0.339, 0.861, 2.061, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.861 std_dev=1.200
P A 0, -0.359, 0.904, 2.168, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.904 std_dev=1.263
OP1 A 0, -0.564, 1.403, 3.370, 4.184 max_d=4.184 avg_d=1.403 std_dev=1.967
O4' B 0, -0.598, 1.474, 3.545, 4.403 max_d=4.403 avg_d=1.474 std_dev=2.072
OP2 A 0, -0.678, 1.690, 4.059, 5.040 max_d=5.040 avg_d=1.690 std_dev=2.369
C2' B 0, -0.709, 1.767, 4.244, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.767 std_dev=2.477
C1' B 0, -0.821, 2.024, 4.870, 6.048 max_d=6.048 avg_d=2.024 std_dev=2.846
O2' B 0, -0.823, 2.064, 4.951, 6.146 max_d=6.146 avg_d=2.064 std_dev=2.887
C8 B 0, -1.014, 2.495, 6.004, 7.458 max_d=7.458 avg_d=2.495 std_dev=3.509
N9 B 0, -1.026, 2.521, 6.068, 7.537 max_d=7.537 avg_d=2.521 std_dev=3.547
N7 B 0, -1.244, 3.056, 7.356, 9.137 max_d=9.137 avg_d=3.056 std_dev=4.300
C4 B 0, -1.292, 3.169, 7.631, 9.479 max_d=9.479 avg_d=3.169 std_dev=4.461
C5 B 0, -1.411, 3.458, 8.327, 10.343 max_d=10.343 avg_d=3.458 std_dev=4.869
N3 B 0, -1.428, 3.496, 8.420, 10.459 max_d=10.459 avg_d=3.496 std_dev=4.924
C2 B 0, -1.684, 4.122, 9.928, 12.332 max_d=12.332 avg_d=4.122 std_dev=5.806
C6 B 0, -1.691, 4.131, 9.953, 12.365 max_d=12.365 avg_d=4.131 std_dev=5.822
N1 B 0, -1.804, 4.410, 10.625, 13.199 max_d=13.199 avg_d=4.410 std_dev=6.214
O6 B 0, -1.843, 4.500, 10.843, 13.470 max_d=13.470 avg_d=4.500 std_dev=6.343
N2 B 0, -1.857, 4.547, 10.952, 13.604 max_d=13.604 avg_d=4.547 std_dev=6.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.47 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.16 0.03 0.33 0.12 1.21 0.55
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.19 0.10
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.17 0.14 0.19 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.12 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.42 0.27 1.75 0.76
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.11 0.07 0.11 0.15 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.03
C5 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.14 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.36 0.21 1.65 0.71
C5' 0.05 0.20 0.02 0.01 0.32 0.01 0.31 0.00 0.24 0.17 0.27 0.35 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.25 0.05 1.17 0.52
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.24 0.03 0.97 0.44
N3 0.02 0.00 0.06 0.17 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.18 0.01 0.41 0.23 1.55 0.69
N4 0.01 0.02 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.16 0.03 0.46 0.37 1.96 0.85
O2 0.04 0.00 0.13 0.19 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.19 0.07 0.29 0.09 1.06 0.48
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.01 0.03 0.07
O3' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.13 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.18 0.16 0.19 0.03 0.00 0.00 0.03 0.19 0.45 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.21 0.24 0.13
O5' 0.09 0.33 0.07 0.05 0.42 0.01 0.36 0.01 0.25 0.24 0.41 0.46 0.29 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.12 0.02 0.09 0.27 0.03 0.21 0.01 0.05 0.03 0.23 0.37 0.09 0.01 0.19 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 1.21 0.19 0.12 1.75 0.15 1.65 0.33 1.17 0.97 1.55 1.96 1.06 0.03 0.45 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.55 0.10 0.00 0.76 0.03 0.71 0.01 0.52 0.44 0.69 0.85 0.48 0.07 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.93 1.54 1.55 0.90 1.77 0.03 2.21 0.03 2.31 1.98 1.98 1.15 1.36 2.31 1.60 1.40 0.37 0.13 0.15 2.51 0.25 0.50 0.33
C2 0.46 0.75 1.08 0.80 1.20 0.13 1.89 0.01 1.94 1.83 1.36 0.27 0.59 2.26 1.17 0.87 0.37 0.23 0.13 2.31 0.34 0.56 0.37
C2' 0.41 0.91 1.11 0.57 1.16 0.23 1.66 0.12 1.79 1.50 1.42 0.51 0.71 1.83 1.04 0.94 0.08 0.25 0.05 2.06 0.14 0.47 0.25
C3' 0.14 0.48 0.86 0.37 0.74 0.35 1.18 0.19 1.26 1.13 0.92 0.12 0.32 1.39 0.69 0.71 0.04 0.40 0.01 1.51 0.02 0.38 0.14
C4 0.12 0.37 0.51 0.61 0.19 0.28 0.80 0.00 0.71 1.17 0.12 0.77 0.42 1.42 0.38 0.32 0.37 0.63 0.13 1.04 0.34 0.53 0.35
C4' 0.77 1.19 1.45 0.75 1.35 0.02 1.65 0.00 1.72 1.52 1.50 0.92 1.07 1.74 1.25 1.46 0.36 0.12 0.13 1.87 0.09 0.37 0.19
C5 0.12 0.29 0.53 0.62 0.20 0.30 0.72 0.02 0.61 1.11 0.13 0.64 0.35 1.25 0.39 0.37 0.38 0.65 0.13 0.86 0.25 0.46 0.31
C5' 0.61 0.86 1.24 0.65 1.04 0.04 1.29 0.04 1.32 1.26 1.12 0.63 0.77 1.41 1.00 1.31 0.44 0.12 0.19 1.46 0.05 0.35 0.16
C6 0.32 0.36 0.99 0.78 0.82 0.18 1.29 0.01 1.22 1.50 0.78 0.02 0.28 1.67 0.92 0.78 0.38 0.32 0.13 1.43 0.22 0.46 0.30
N1 0.59 0.89 1.22 0.83 1.31 0.10 1.86 0.00 1.86 1.83 1.40 0.46 0.76 2.15 1.27 1.02 0.37 0.14 0.13 2.11 0.27 0.51 0.33
N3 0.16 0.14 0.78 0.71 0.69 0.20 1.38 0.01 1.37 1.54 0.73 0.33 0.04 1.93 0.77 0.57 0.37 0.43 0.13 1.77 0.37 0.57 0.38
N4 0.42 0.91 0.19 0.48 0.34 0.33 0.20 0.00 0.07 0.69 0.49 1.27 0.90 0.87 0.07 0.04 0.35 0.80 0.12 0.41 0.37 0.48 0.34
O2 0.61 1.14 1.20 0.82 1.47 0.10 2.20 0.01 2.38 1.96 1.82 0.65 0.90 2.47 1.34 1.00 0.35 0.13 0.13 2.82 0.36 0.57 0.38
O2' 0.75 1.50 1.40 0.72 1.58 0.05 2.04 0.01 2.25 1.74 1.98 1.17 1.25 2.11 1.37 1.29 0.19 0.02 0.12 2.52 0.22 0.51 0.31
O3' 0.00 0.30 0.70 0.24 0.55 0.38 0.99 0.22 1.07 0.94 0.74 0.05 0.15 1.19 0.51 0.54 0.16 0.46 0.01 1.33 0.02 0.38 0.12
O4' 1.19 1.71 1.82 1.01 1.88 0.17 2.16 0.07 2.21 1.96 2.01 1.42 1.60 2.19 1.74 1.78 0.52 0.37 0.14 2.33 0.16 0.38 0.23
O5' 0.07 0.14 0.50 0.18 0.37 0.43 0.72 0.23 0.73 0.78 0.46 0.11 0.03 0.94 0.39 0.43 0.00 0.44 0.04 0.91 0.11 0.28 0.03
OP1 0.48 0.26 0.20 0.43 0.17 0.70 0.04 0.61 0.07 0.06 0.08 0.39 0.35 0.18 0.19 0.01 0.01 0.67 0.35 0.20 0.68 0.30 0.56
OP2 0.14 0.15 0.23 0.32 0.53 0.32 0.95 0.80 0.91 1.19 0.53 0.17 0.07 1.32 0.63 0.21 0.00 0.25 1.35 1.13 1.08 1.62 1.28
P 0.18 0.07 0.12 0.00 0.16 0.23 0.46 0.04 0.45 0.59 0.20 0.29 0.15 0.69 0.20 0.02 0.00 0.27 0.38 0.61 0.12 0.55 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.00 0.09 0.01 0.12 0.55 0.51
C2 0.02 0.00 0.20 0.12 0.00 0.11 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.33 0.20 0.01 0.01 0.21 0.72 0.61
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.18 0.11 0.08 0.17 0.22 0.19 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.09 0.21 0.48 0.30
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.21 0.00 0.32 0.00 0.31 0.37 0.23 0.04 0.08 0.40 0.22 0.01 0.00 0.02 0.35 0.36 0.03 0.59 0.41
C4 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.14 0.11 0.18 0.01 0.23 0.89 0.73
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.21 0.04 0.19 0.12 0.19 0.07 0.28 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.15 0.19
C5 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.05 0.05 0.35 0.01 0.31 1.19 0.91
C5' 0.07 0.12 0.18 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.03 0.17 0.05 0.19 0.13 0.17 0.02 0.09 0.20 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.31 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.02 0.09 0.30 0.00 0.32 1.17 0.88
C8 0.00 0.00 0.08 0.37 0.00 0.21 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.23 0.10 0.58 0.01 0.31 1.33 1.03
N1 0.02 0.00 0.17 0.23 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.16 0.15 0.14 0.01 0.27 0.93 0.75
N2 0.04 0.00 0.22 0.04 0.01 0.19 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.47 0.25 0.11 0.02 0.16 0.56 0.50
N3 0.02 0.00 0.19 0.08 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.19 0.01 0.01 0.18 0.65 0.57
N7 0.00 0.00 0.03 0.40 0.00 0.19 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.25 0.05 0.57 0.00 0.36 1.49 1.08
N9 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.05 0.01 0.27 0.01 0.22 0.91 0.76
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.15 0.28 0.26 0.09 0.25 0.31 0.15 0.02 0.01 0.34 0.18 0.00 0.05 0.21 0.26 0.29 0.02 0.54 0.44
O3' 0.29 0.33 0.03 0.00 0.14 0.01 0.05 0.20 0.02 0.23 0.16 0.47 0.36 0.25 0.05 0.05 0.00 0.20 0.41 0.11 0.19 0.54 0.41
O4' 0.00 0.20 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.15 0.25 0.19 0.05 0.01 0.21 0.20 0.00 0.06 0.07 0.21 0.27 0.41
O5' 0.09 0.01 0.11 0.35 0.18 0.00 0.35 0.01 0.30 0.58 0.14 0.11 0.01 0.57 0.27 0.26 0.41 0.06 0.00 0.38 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.09 0.36 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.07 0.38 0.00 0.36 1.30 0.95
OP1 0.12 0.21 0.21 0.03 0.23 0.05 0.31 0.05 0.32 0.31 0.27 0.16 0.18 0.36 0.22 0.02 0.19 0.21 0.01 0.36 0.00 0.00 0.00
OP2 0.55 0.72 0.48 0.59 0.89 0.15 1.19 0.00 1.17 1.33 0.93 0.56 0.65 1.49 0.91 0.54 0.54 0.27 0.01 1.30 0.00 0.00 0.00
P 0.51 0.61 0.30 0.41 0.73 0.19 0.91 0.01 0.88 1.03 0.75 0.50 0.57 1.08 0.76 0.44 0.41 0.41 0.00 0.95 0.00 0.00 0.00