ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
O4' A 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
OP2 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O2' A 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
P B 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C4' A 0, 0.000, 0.547, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP1 B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O4' B 0, 0.000, 0.558, 1.116, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.558 std_dev=0.558
C3' A 0, 0.000, 0.598, 1.196, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.598 std_dev=0.598
C4' B 0, 0.000, 0.609, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C5' B 0, 0.000, 0.627, 1.255, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.627 std_dev=0.627
O3' A 0, 0.000, 0.787, 1.573, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.787 std_dev=0.787
C1' B 0, 0.000, 0.888, 1.775, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.888 std_dev=0.888
C5' A 0, 0.000, 0.990, 1.979, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.990 std_dev=0.990
O5' B 0, 0.000, 1.107, 2.213, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.107 std_dev=1.106
O5' A 0, 0.000, 1.188, 2.376, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.188 std_dev=1.188
C3' B 0, 0.000, 1.220, 2.439, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.220 std_dev=1.220
N9 B 0, 0.000, 1.340, 2.680, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.340 std_dev=1.340
OP2 A 0, 0.000, 1.360, 2.721, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.360 std_dev=1.360
P A 0, 0.000, 1.455, 2.910, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.455 std_dev=1.455
C2' B 0, 0.000, 1.500, 3.000, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.500 std_dev=1.500
O3' B 0, 0.000, 1.629, 3.258, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.629 std_dev=1.629
C8 B 0, 0.000, 1.747, 3.493, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.747 std_dev=1.747
OP1 A 0, 0.000, 1.841, 3.682, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.841 std_dev=1.841
O2' B 0, 0.000, 1.865, 3.729, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.865 std_dev=1.865
C4 B 0, 0.000, 1.918, 3.836, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.918 std_dev=1.918
N3 B 0, 0.000, 2.230, 4.460, 4.460 max_d=4.460 avg_d=2.230 std_dev=2.230
C5 B 0, 0.000, 2.428, 4.857, 4.857 max_d=4.857 avg_d=2.428 std_dev=2.428
N7 B 0, 0.000, 2.432, 4.864, 4.864 max_d=4.864 avg_d=2.432 std_dev=2.432
C2 B 0, 0.000, 2.800, 5.601, 5.601 max_d=5.601 avg_d=2.800 std_dev=2.800
C6 B 0, 0.000, 3.067, 6.134, 6.134 max_d=6.134 avg_d=3.067 std_dev=3.067
N1 B 0, 0.000, 3.115, 6.230, 6.230 max_d=6.230 avg_d=3.115 std_dev=3.115
N2 B 0, 0.000, 3.298, 6.596, 6.596 max_d=6.596 avg_d=3.298 std_dev=3.298
O6 B 0, 0.000, 3.675, 7.350, 7.350 max_d=7.350 avg_d=3.675 std_dev=3.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.28 0.07
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.07 0.48 0.48 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.33 0.06
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.03 0.21 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.25 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.70 0.69 0.01
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.22 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.06 0.59 0.75 0.13
C5' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.09 0.00 0.03 0.02 0.00 0.34 0.27 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.12 0.38 0.63 0.18
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.47 0.06
N3 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.09 0.64 0.58 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.81 0.74 0.01
O2 0.01 0.00 0.17 0.21 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.23 0.02 0.10 0.42 0.38 0.08
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.05
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03 0.12 0.00 0.11 0.02 0.23 0.02 0.00 0.01 0.07 0.35 0.13 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.02 0.09 0.06 0.10 0.01 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.48 0.05 0.19 0.70 0.22 0.59 0.34 0.38 0.33 0.64 0.81 0.42 0.15 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.48 0.33 0.25 0.69 0.05 0.75 0.27 0.63 0.47 0.58 0.74 0.38 0.20 0.13 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.13 0.00 0.18 0.06 0.05 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 1.13 0.92 0.59 0.26 0.15 0.43 0.32 0.31 0.82 0.51 1.73 1.03 1.15 0.04 1.26 0.92 0.04 0.03 0.80 0.15 0.05 0.00
C2 0.46 1.75 0.98 0.66 0.81 0.13 0.38 0.33 0.71 0.36 1.44 2.18 1.45 0.43 0.33 1.14 0.88 0.02 0.08 0.36 0.11 0.07 0.04
C2' 0.44 1.04 1.04 0.79 0.27 0.34 0.42 0.12 0.37 0.73 0.42 1.64 0.99 1.07 0.02 1.40 1.19 0.09 0.27 0.91 0.07 0.13 0.19
C3' 0.65 1.01 1.25 1.01 0.36 0.58 0.34 0.09 0.35 0.59 0.37 1.56 1.05 0.95 0.17 1.65 1.45 0.33 0.52 0.88 0.17 0.21 0.32
C4 0.56 1.78 0.98 0.70 1.15 0.13 0.98 0.31 1.31 0.12 1.70 1.97 1.53 0.29 0.64 0.97 0.79 0.06 0.13 1.13 0.10 0.09 0.06
C4' 0.58 0.83 1.14 0.83 0.21 0.48 0.52 0.04 0.55 0.70 0.16 1.38 0.91 1.08 0.06 1.65 1.26 0.27 0.36 1.05 0.04 0.04 0.16
C5 0.58 1.53 1.02 0.74 1.01 0.17 0.70 0.31 0.91 0.04 1.32 1.72 1.41 0.03 0.57 1.02 0.83 0.09 0.06 0.67 0.12 0.09 0.04
C5' 0.82 0.85 1.34 1.03 0.36 0.72 0.33 0.17 0.39 0.47 0.22 1.30 0.99 0.83 0.26 1.90 1.50 0.53 0.56 0.84 0.00 0.07 0.25
C6 0.51 1.37 1.04 0.72 0.72 0.19 0.21 0.31 0.41 0.44 0.98 1.68 1.30 0.53 0.31 1.16 0.91 0.05 0.01 0.08 0.14 0.07 0.01
N1 0.45 1.49 1.00 0.67 0.62 0.16 0.06 0.32 0.29 0.56 1.02 1.93 1.32 0.74 0.20 1.20 0.91 0.00 0.02 0.11 0.13 0.06 0.02
N3 0.51 1.87 0.97 0.68 1.05 0.12 0.80 0.33 1.21 0.06 1.76 2.17 1.55 0.03 0.52 1.03 0.83 0.01 0.13 0.99 0.10 0.08 0.06
N4 0.57 1.80 0.92 0.68 1.27 0.12 1.28 0.29 1.63 0.43 1.85 1.93 1.53 0.72 0.78 0.84 0.71 0.09 0.19 1.59 0.07 0.10 0.09
O2 0.41 1.70 0.94 0.63 0.69 0.12 0.22 0.34 0.55 0.44 1.36 2.26 1.37 0.56 0.24 1.15 0.88 0.04 0.09 0.16 0.11 0.07 0.04
O2' 0.25 0.76 0.84 0.61 0.00 0.21 0.72 0.22 0.73 0.92 0.08 1.43 0.72 1.30 0.19 1.26 1.03 0.05 0.17 1.33 0.00 0.08 0.12
O3' 0.64 0.87 1.23 1.03 0.26 0.63 0.45 0.17 0.50 0.61 0.21 1.43 0.94 1.00 0.13 1.68 1.52 0.36 0.62 1.06 0.26 0.28 0.40
O4' 0.45 0.95 1.00 0.61 0.21 0.24 0.52 0.27 0.46 0.81 0.29 1.52 0.98 1.15 0.02 1.45 0.96 0.08 0.09 0.92 0.21 0.10 0.01
O5' 1.10 1.17 1.66 1.37 0.73 0.95 0.09 0.34 0.06 0.14 0.62 1.54 1.31 0.44 0.60 2.07 1.78 0.78 0.71 0.35 0.09 0.12 0.34
OP1 0.70 0.78 1.19 1.03 0.35 0.64 0.18 0.05 0.16 0.43 0.32 1.14 0.87 0.65 0.22 1.66 1.64 0.41 0.31 0.49 0.53 0.63 0.31
OP2 1.22 1.07 1.50 1.48 0.88 1.24 0.45 0.89 0.37 0.38 0.70 1.28 1.21 0.14 0.86 1.69 1.72 1.11 1.50 0.07 0.81 1.02 1.13
P 1.27 1.15 1.73 1.62 0.84 1.26 0.29 0.70 0.23 0.15 0.68 1.44 1.30 0.14 0.79 2.08 2.12 1.05 1.08 0.14 0.29 0.29 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.38 0.32
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.32 0.00 0.46 0.94 0.72
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.24 0.03 0.09 0.57 0.41
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.05 0.15 0.07 0.01 0.00 0.00 0.38 0.09 0.08 0.53 0.41
C4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.00 0.40 0.73 0.62
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.09 0.09
C5 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.48 0.72 0.66
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.10 0.16 0.05 0.03 0.00 0.17 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.16 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.23 0.00 0.55 0.84 0.73
C8 0.00 0.00 0.07 0.15 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01 0.35 0.37 0.46
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.30 0.00 0.53 0.94 0.76
N2 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.37 0.00 0.45 1.00 0.74
N3 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.28 0.00 0.38 0.84 0.65
N7 0.00 0.00 0.07 0.15 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.06 0.00 0.46 0.51 0.57
N9 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.29 0.52 0.49
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.11 0.00 0.11 0.42 0.22
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.07 0.16 0.06 0.04 0.00 0.01 0.40 0.11 0.09 0.48 0.30
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.00 0.02 0.10 0.15
O5' 0.04 0.32 0.24 0.38 0.21 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.30 0.37 0.28 0.06 0.09 0.11 0.40 0.14 0.00 0.22 0.01 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.61 0.82 0.75
OP1 0.11 0.46 0.09 0.08 0.40 0.12 0.48 0.08 0.55 0.35 0.53 0.45 0.38 0.46 0.29 0.11 0.09 0.02 0.01 0.61 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.94 0.57 0.53 0.73 0.09 0.72 0.16 0.84 0.37 0.94 1.00 0.84 0.51 0.52 0.42 0.48 0.10 0.02 0.82 0.00 0.00 0.00
P 0.32 0.72 0.41 0.41 0.62 0.09 0.66 0.01 0.73 0.46 0.76 0.74 0.65 0.57 0.49 0.22 0.30 0.15 0.00 0.75 0.00 0.00 0.00