ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C3' A 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
OP1 A 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
P A 0, 0.000, 0.345, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP2 A 0, 0.000, 0.416, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.416 std_dev=0.416
P B 0, 0.000, 0.506, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.506 std_dev=0.506
OP1 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C5' B 0, 0.000, 0.785, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.785 std_dev=0.785
O5' B 0, 0.000, 0.806, 1.612, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.806 std_dev=0.806
O4' B 0, 0.000, 0.822, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.822 std_dev=0.822
C4' B 0, 0.000, 0.822, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.822 std_dev=0.822
C8 B 0, 0.000, 0.851, 1.702, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.851 std_dev=0.851
C3' B 0, 0.000, 0.855, 1.709, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.855 std_dev=0.855
O3' B 0, 0.000, 0.878, 1.757, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.878 std_dev=0.878
C1' B 0, 0.000, 0.901, 1.802, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.901 std_dev=0.901
C2' B 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O2' B 0, 0.000, 0.937, 1.874, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.937 std_dev=0.937
N9 B 0, 0.000, 0.947, 1.894, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.947 std_dev=0.947
N7 B 0, 0.000, 0.949, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.949 std_dev=0.949
C5 B 0, 0.000, 1.120, 2.239, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.120 std_dev=1.120
C4 B 0, 0.000, 1.126, 2.253, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.126 std_dev=1.126
N3 B 0, 0.000, 1.267, 2.533, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.267 std_dev=1.267
C6 B 0, 0.000, 1.277, 2.553, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.277 std_dev=1.277
O6 B 0, 0.000, 1.299, 2.598, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.299 std_dev=1.299
C2 B 0, 0.000, 1.403, 2.807, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.403 std_dev=1.403
N1 B 0, 0.000, 1.415, 2.829, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.415 std_dev=1.415
N2 B 0, 0.000, 1.562, 3.123, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.562 std_dev=1.562

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.04 0.02 0.07 0.05 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.10 0.07 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.04 0.06
C5' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.08 0.07 0.13 0.13 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.08
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.08 0.01
N4 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.11 0.09 0.01
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08
O5' 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.07 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.11 0.07 0.11 0.04 0.02 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.03 0.18 0.21 0.05 0.13 0.05 0.12 0.04 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.19 0.29 0.07 0.11 0.05 0.14 0.18 0.11
C2 0.05 0.03 0.12 0.16 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.13 0.24 0.03 0.08 0.02 0.13 0.16 0.08
C2' 0.12 0.05 0.19 0.21 0.08 0.15 0.08 0.14 0.07 0.10 0.06 0.04 0.06 0.09 0.09 0.20 0.29 0.09 0.12 0.08 0.14 0.17 0.11
C3' 0.14 0.07 0.20 0.21 0.09 0.14 0.09 0.11 0.07 0.12 0.06 0.05 0.08 0.10 0.11 0.22 0.29 0.10 0.09 0.08 0.12 0.16 0.09
C4 0.02 0.11 0.05 0.09 0.09 0.04 0.09 0.04 0.10 0.06 0.11 0.13 0.10 0.07 0.07 0.06 0.17 0.03 0.03 0.09 0.09 0.11 0.03
C4' 0.10 0.02 0.17 0.18 0.04 0.10 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.20 0.26 0.05 0.03 0.02 0.07 0.14 0.05
C5 0.01 0.09 0.07 0.11 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.08 0.10 0.08 0.04 0.05 0.06 0.19 0.03 0.05 0.05 0.11 0.13 0.06
C5' 0.05 0.04 0.13 0.12 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.17 0.22 0.01 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04
C6 0.04 0.03 0.12 0.16 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.12 0.25 0.01 0.08 0.00 0.13 0.16 0.09
N1 0.06 0.01 0.14 0.18 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.15 0.26 0.04 0.10 0.01 0.14 0.17 0.10
N3 0.01 0.08 0.08 0.12 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.04 0.04 0.09 0.20 0.00 0.05 0.06 0.11 0.13 0.05
N4 0.07 0.17 0.00 0.04 0.15 0.00 0.15 0.00 0.16 0.11 0.17 0.18 0.16 0.13 0.12 0.01 0.12 0.08 0.01 0.15 0.05 0.06 0.01
O2 0.08 0.01 0.15 0.18 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.17 0.26 0.06 0.10 0.00 0.13 0.17 0.09
O2' 0.13 0.08 0.19 0.22 0.10 0.17 0.11 0.18 0.10 0.13 0.09 0.06 0.08 0.12 0.11 0.18 0.28 0.11 0.18 0.11 0.19 0.18 0.15
O3' 0.17 0.10 0.22 0.23 0.13 0.18 0.12 0.15 0.11 0.15 0.10 0.09 0.12 0.14 0.14 0.24 0.30 0.13 0.14 0.12 0.15 0.18 0.12
O4' 0.12 0.04 0.20 0.22 0.06 0.14 0.06 0.11 0.04 0.09 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.22 0.31 0.08 0.09 0.05 0.13 0.19 0.10
O5' 0.07 0.03 0.14 0.14 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.04 0.17 0.22 0.02 0.03 0.02 0.04 0.14 0.02
OP1 0.09 0.03 0.15 0.14 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.16 0.20 0.03 0.01 0.01 0.11 0.22 0.09
OP2 0.02 0.10 0.09 0.06 0.05 0.03 0.06 0.11 0.09 0.00 0.11 0.13 0.07 0.03 0.02 0.12 0.14 0.05 0.14 0.09 0.07 0.07 0.06
P 0.09 0.03 0.16 0.15 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.00 0.05 0.06 0.18 0.22 0.03 0.03 0.01 0.05 0.18 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.14 0.13 0.07
C2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.03 0.13 0.01 0.24 0.20 0.15
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04 0.11 0.16 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.04 0.01
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.05 0.14 0.20 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03
C4 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.01 0.22 0.19 0.13
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.12 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.21 0.18 0.12
C5' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.08 0.13 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.21 0.18 0.12
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.17 0.16 0.07
N1 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.23 0.19 0.14
N2 0.06 0.01 0.16 0.20 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.26 0.05 0.16 0.01 0.25 0.21 0.17
N3 0.04 0.01 0.12 0.15 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.03 0.12 0.01 0.23 0.20 0.15
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.16 0.08
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.19 0.17 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.04 0.02
O3' 0.00 0.20 0.01 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.12 0.05 0.18 0.26 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.12 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.15 0.07
O5' 0.03 0.13 0.03 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.11 0.16 0.12 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.00 0.19 0.16 0.10
OP1 0.14 0.24 0.09 0.04 0.22 0.04 0.21 0.00 0.21 0.17 0.23 0.25 0.23 0.18 0.19 0.09 0.00 0.11 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.20 0.04 0.03 0.19 0.03 0.18 0.01 0.18 0.16 0.19 0.21 0.20 0.16 0.17 0.04 0.12 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.15 0.01 0.03 0.13 0.01 0.12 0.01 0.12 0.07 0.14 0.17 0.15 0.08 0.11 0.02 0.08 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00