ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54784

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C2' A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O3' B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
OP2 A 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O6 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
P A 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
N2 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
OP1 A 0, 0.000, 0.362, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O5' A 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C5 B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C5' A 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C4 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.000, 0.469, 0.939, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C4' B 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475
N9 B 0, 0.000, 0.479, 0.958, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.479 std_dev=0.479
O5' B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C2' B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
C5' B 0, 0.000, 0.486, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C8 B 0, 0.000, 0.488, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.488 std_dev=0.488
P B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C1' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O4' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
OP2 B 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605
O2' B 0, 0.000, 0.713, 1.426, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.713 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.09 0.05
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.09
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01
C5' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.08 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.05
N4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03
O2 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.04 0.04 0.08 0.09 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.12 0.09
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.07 0.14 0.12 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.15 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.09 0.12 0.09 0.07 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.12 0.10 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.09 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.09 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.01 0.11 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.14 0.01 0.01 0.14 0.02 0.04 0.11 0.00
C2 0.06 0.01 0.11 0.01 0.04 0.05 0.04 0.11 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.15 0.01 0.02 0.13 0.03 0.01 0.11 0.01
C2' 0.06 0.02 0.12 0.04 0.02 0.04 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.15 0.03 0.02 0.11 0.01 0.09 0.17 0.05
C3' 0.08 0.01 0.13 0.04 0.05 0.04 0.04 0.12 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.17 0.03 0.01 0.10 0.03 0.13 0.16 0.06
C4 0.02 0.07 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.02 0.06 0.10 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.14 0.02 0.11 0.05 0.07
C4' 0.08 0.04 0.13 0.02 0.06 0.05 0.06 0.13 0.05 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.07 0.17 0.01 0.01 0.09 0.06 0.14 0.13 0.05
C5 0.04 0.15 0.01 0.04 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.03 0.12 0.17 0.12 0.04 0.05 0.01 0.03 0.08 0.13 0.07 0.11 0.06 0.06
C5' 0.06 0.02 0.11 0.01 0.04 0.08 0.03 0.17 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.16 0.00 0.03 0.03 0.03 0.24 0.18 0.12
C6 0.03 0.13 0.02 0.04 0.07 0.09 0.06 0.12 0.07 0.02 0.10 0.16 0.11 0.03 0.04 0.03 0.05 0.08 0.12 0.05 0.03 0.09 0.02
N1 0.03 0.05 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.02 0.04 0.10 0.03 0.02 0.02 0.10 0.02 0.04 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01
N3 0.06 0.01 0.11 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.13 0.00 0.01 0.14 0.04 0.07 0.07 0.04
N4 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.12 0.03 0.16 0.00 0.09
O2 0.08 0.06 0.14 0.02 0.08 0.04 0.07 0.12 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08 0.18 0.00 0.00 0.13 0.06 0.02 0.12 0.01
O2' 0.05 0.03 0.12 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.15 0.03 0.03 0.11 0.01 0.06 0.19 0.05
O3' 0.08 0.03 0.13 0.03 0.05 0.04 0.05 0.11 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.17 0.01 0.00 0.12 0.04 0.10 0.14 0.04
O4' 0.08 0.02 0.13 0.02 0.06 0.03 0.06 0.10 0.05 0.08 0.03 0.01 0.04 0.07 0.08 0.17 0.01 0.01 0.14 0.05 0.07 0.08 0.00
O5' 0.08 0.02 0.12 0.03 0.05 0.04 0.05 0.11 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.16 0.00 0.01 0.08 0.05 0.16 0.09 0.04
OP1 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.14 0.08 0.04
OP2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.03 0.03 0.17 0.12 0.08
P 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.08 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.07
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.02 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.08 0.07
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.12 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.13 0.10
C5' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.17 0.11 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.09 0.10 0.09
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.18 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.04 0.07 0.02 0.04 0.04 0.05
N2 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.08 0.05 0.02 0.05 0.07 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02
N7 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.19 0.13
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.11 0.08
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04 0.02
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.01 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01
O5' 0.02 0.06 0.09 0.10 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.09 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.00 0.12 0.13 0.10
OP1 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.04 0.05 0.02 0.11 0.03 0.08 0.07 0.09 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.13 0.04 0.10 0.18 0.04 0.07 0.01 0.19 0.11 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.07 0.05 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.12 0.05 0.02 0.02 0.13 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00