ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54785

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C6 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O3' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
OP2 A 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
P A 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP1 B 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
P B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.000, 0.283, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O4' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C4 B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C8 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
N2 B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C2 B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5 B 0, 0.000, 0.435, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.435 std_dev=0.435
N7 B 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
N1 B 0, 0.000, 0.454, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C6 B 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O6 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.07 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01
C5 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.09 0.05
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.08 0.02 0.04 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00
C6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.06 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03
N4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.11 0.07
O2 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.01
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.04 0.05
O5' 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.04 0.08 0.11 0.03 0.07 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01
C2 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.10 0.02 0.03 0.05 0.07
C2' 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02
C3' 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
C4 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.14 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.09 0.00 0.11 0.15 0.02 0.06 0.07 0.10
C4' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02
C5 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.09 0.04 0.03 0.00 0.03
C5' 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.04
C6 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.09 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.07 0.07 0.02 0.01
N1 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01
N3 0.07 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.12 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.00 0.09 0.15 0.02 0.07 0.07 0.10
N4 0.14 0.11 0.10 0.09 0.12 0.14 0.10 0.19 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.07 0.13 0.12 0.04 0.17 0.22 0.08 0.13 0.11 0.16
O2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.02 0.04 0.05 0.07
O2' 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02
O3' 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02
O4' 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.03 0.10 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.01
O5' 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.12 0.08 0.12 0.13 0.12 0.10 0.10 0.14 0.09 0.03 0.14 0.07 0.06 0.13 0.08 0.01 0.03
OP1 0.10 0.04 0.09 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.07 0.14 0.02 0.10 0.03 0.00 0.00 0.08 0.05
OP2 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.10 0.06 0.10 0.12 0.08 0.05 0.05 0.13 0.06 0.10 0.00 0.05 0.07 0.11 0.07 0.01 0.04
P 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.04
C2 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01
C4 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04
C5' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.10 0.07 0.04 0.04 0.11 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.03 0.06
C8 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.11 0.00 0.05 0.03 0.04
N1 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.02 0.05
N2 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.03
N3 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01
N7 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.13 0.00 0.07 0.02 0.07
N9 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.05
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.06
O5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.09 0.06 0.05 0.13 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.05 0.08
OP1 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00