ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54797

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 12, 13, 7, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.020, 0.140, 0.260, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.140 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.056, 0.186, 0.317, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.186 std_dev=0.130
C5 B 0, 0.281, 0.434, 0.587, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.434 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.122, 0.276, 0.431, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.276 std_dev=0.154
O4 B 0, 0.202, 0.361, 0.520, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.361 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.220, 0.388, 0.556, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.388 std_dev=0.168
C4' A 0, 0.043, 0.212, 0.381, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.212 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.049, 0.247, 0.445, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.247 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.331, 0.553, 0.775, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.553 std_dev=0.222
O3' A 0, 0.040, 0.320, 0.599, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.320 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.190, 0.474, 0.757, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.474 std_dev=0.283
C5' A 0, 0.092, 0.386, 0.680, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.386 std_dev=0.294
O5' A 0, 0.167, 0.474, 0.780, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.474 std_dev=0.306
P B 0, 0.410, 0.720, 1.031, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.720 std_dev=0.311
OP2 A 0, 0.060, 0.373, 0.686, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.373 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.299, 0.617, 0.935, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.617 std_dev=0.318
P A 0, 0.090, 0.411, 0.732, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.411 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.498, 0.820, 1.142, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.820 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.469, 0.812, 1.154, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.812 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.095, 0.439, 0.784, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.439 std_dev=0.344
OP2 B 0, 0.349, 0.695, 1.042, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.695 std_dev=0.346
C2 B 0, 0.217, 0.575, 0.933, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.575 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.374, 0.788, 1.203, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.788 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.414, 0.836, 1.259, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.836 std_dev=0.423
O4' B 0, 0.381, 0.809, 1.237, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.809 std_dev=0.428
C5' B 0, 0.454, 0.899, 1.344, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.899 std_dev=0.445
O2 B 0, 0.201, 0.668, 1.134, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.668 std_dev=0.467
C4' B 0, 0.438, 0.926, 1.415, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.926 std_dev=0.488
O2' B 0, 0.494, 0.991, 1.489, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.991 std_dev=0.498
C3' B 0, 0.462, 0.968, 1.474, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.968 std_dev=0.506
O3' B 0, 0.491, 1.126, 1.762, 3.316 max_d=3.316 avg_d=1.126 std_dev=0.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.05 0.10 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08
O2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.12 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.07
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.06 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.06 0.09 0.10 0.08 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.02 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.13 0.10
C2 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10
C2' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09
C3' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07
C4 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10
C4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08
C5 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11
C5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07
C6 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11
N1 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10
N3 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10
N4 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10
O2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11
O2' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.13 0.11
O3' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.07
O4' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10
O5' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.07
OP1 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08
OP2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10 0.09 0.08
P 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.13 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.08 0.14 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.04 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.10 0.14 0.11 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.13 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.14 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.14 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.09 0.14 0.09 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.07 0.14 0.07 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.13 0.04 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.04 0.03
O4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.10 0.14 0.12 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.06 0.07
O5' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.02 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.14 0.12 0.09 0.14 0.08 0.13 0.04 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.10 0.14 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.04 0.03 0.11 0.03 0.11 0.04 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.04 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.03 0.09 0.03 0.09 0.00 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00