ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54800

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 9, 8, 24, 9, 3, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.027, 0.049, 0.072, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.049 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.026, 0.054, 0.083, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.054 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.029, 0.065, 0.101, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.065 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.035, 0.074, 0.112, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.074 std_dev=0.038
C6 B 0, 0.198, 0.350, 0.503, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.350 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.361, 0.516, 0.670, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.516 std_dev=0.155
C5 B 0, 0.267, 0.440, 0.612, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.440 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.292, 0.478, 0.665, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.478 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.235, 0.431, 0.626, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.431 std_dev=0.196
O4 B 0, 0.540, 0.766, 0.993, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.766 std_dev=0.226
C2 B 0, 0.248, 0.486, 0.725, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.486 std_dev=0.238
O4' B 0, 0.431, 0.714, 0.997, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.714 std_dev=0.283
O4' A 0, -0.066, 0.231, 0.528, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.231 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.424, 0.723, 1.021, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.723 std_dev=0.298
C2' A 0, 0.000, 0.310, 0.620, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.377, 0.716, 1.055, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.716 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.544, 0.889, 1.234, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.889 std_dev=0.345
C5' B 0, 0.494, 0.857, 1.221, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.857 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.561, 0.949, 1.338, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.949 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.596, 0.985, 1.374, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.985 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.364, 0.761, 1.158, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.761 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.009, 0.426, 0.844, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.426 std_dev=0.418
C4' A 0, -0.056, 0.371, 0.799, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.371 std_dev=0.428
O2' A 0, -0.001, 0.468, 0.937, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.468 std_dev=0.469
O2' B 0, 0.745, 1.261, 1.776, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.261 std_dev=0.515
O3' A 0, 0.122, 0.656, 1.190, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.656 std_dev=0.534
O3' B 0, 0.851, 1.388, 1.924, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.388 std_dev=0.537
O5' A 0, 0.133, 0.681, 1.228, 2.984 max_d=2.984 avg_d=0.681 std_dev=0.547
C5' A 0, 0.028, 0.625, 1.221, 3.324 max_d=3.324 avg_d=0.625 std_dev=0.596
P B 0, 0.220, 0.820, 1.419, 3.196 max_d=3.196 avg_d=0.820 std_dev=0.600
OP1 B 0, 0.311, 1.004, 1.698, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.004 std_dev=0.694
P A 0, 0.238, 0.970, 1.702, 3.912 max_d=3.912 avg_d=0.970 std_dev=0.732
OP2 A 0, 0.360, 1.095, 1.830, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.095 std_dev=0.735
OP2 B 0, 0.168, 0.932, 1.696, 4.147 max_d=4.147 avg_d=0.932 std_dev=0.764
OP1 A 0, 0.216, 1.204, 2.193, 4.820 max_d=4.820 avg_d=1.204 std_dev=0.988

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.14 0.16 0.21 0.15
C2 0.04 0.00 0.20 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.14 0.18 0.28 0.37 0.24
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.11 0.11 0.11 0.16 0.19 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.25 0.28 0.33 0.27
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.15 0.01 0.19 0.02 0.20 0.19 0.18 0.13 0.23 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.12 0.22 0.14 0.14
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.03 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.18 0.25 0.35 0.23
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.05 0.07 0.08 0.12 0.05 0.17 0.04 0.00 0.02 0.10 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.19 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.13 0.04 0.21 0.30 0.44 0.29
C5' 0.06 0.12 0.11 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.12 0.11 0.15 0.17 0.09 0.09 0.12 0.02 0.01 0.14 0.14 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.20 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.14 0.07 0.21 0.33 0.47 0.31
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.20 0.16 0.09 0.21 0.26 0.38 0.26
N1 0.04 0.00 0.16 0.18 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.12 0.11 0.20 0.31 0.44 0.28
N3 0.04 0.01 0.19 0.13 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.14 0.17 0.25 0.32 0.22
N6 0.03 0.01 0.09 0.23 0.02 0.08 0.02 0.15 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.15 0.18 0.06 0.24 0.36 0.53 0.35
N7 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.12 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.20 0.18 0.06 0.24 0.32 0.47 0.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.16 0.21 0.30 0.20
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.09 0.17 0.13 0.09 0.13 0.20 0.14 0.17 0.15 0.20 0.10 0.00 0.07 0.12 0.19 0.24 0.35 0.23
O3' 0.15 0.14 0.03 0.01 0.09 0.04 0.13 0.12 0.14 0.16 0.12 0.14 0.18 0.18 0.08 0.07 0.00 0.12 0.20 0.37 0.28 0.26
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.14 0.06 0.06 0.02 0.12 0.12 0.00 0.11 0.14 0.14 0.13
O5' 0.14 0.18 0.25 0.12 0.18 0.02 0.21 0.01 0.21 0.21 0.20 0.17 0.24 0.24 0.16 0.19 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.28 0.28 0.22 0.25 0.10 0.30 0.14 0.33 0.26 0.31 0.25 0.36 0.32 0.21 0.24 0.37 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.37 0.33 0.14 0.35 0.09 0.44 0.14 0.47 0.38 0.44 0.32 0.53 0.47 0.30 0.35 0.28 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.27 0.14 0.23 0.03 0.29 0.02 0.31 0.26 0.28 0.22 0.35 0.32 0.20 0.23 0.26 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.19 0.17 0.13 0.21 0.16 0.23 0.23 0.20 0.18 0.19 0.22 0.24 0.13 0.25 0.19 0.28 0.53 0.67 0.58
C2 0.29 0.22 0.31 0.25 0.17 0.24 0.19 0.25 0.19 0.22 0.17 0.31 0.37 0.27 0.23 0.25 0.35 0.34 0.52 0.44
C2' 0.24 0.18 0.24 0.26 0.19 0.31 0.20 0.38 0.16 0.17 0.17 0.22 0.29 0.29 0.22 0.28 0.42 0.64 0.71 0.67
C3' 0.23 0.25 0.25 0.31 0.31 0.27 0.31 0.36 0.27 0.24 0.28 0.25 0.24 0.34 0.34 0.24 0.53 0.83 1.04 0.92
C4 0.24 0.22 0.22 0.17 0.18 0.18 0.20 0.22 0.20 0.20 0.20 0.27 0.27 0.17 0.22 0.20 0.35 0.46 0.67 0.56
C4' 0.16 0.17 0.15 0.23 0.25 0.21 0.25 0.35 0.19 0.15 0.21 0.18 0.18 0.28 0.30 0.17 0.51 0.93 1.09 0.96
C5 0.24 0.24 0.23 0.19 0.18 0.18 0.20 0.23 0.20 0.22 0.22 0.30 0.27 0.19 0.23 0.21 0.39 0.51 0.74 0.60
C5' 0.19 0.23 0.20 0.29 0.32 0.25 0.31 0.39 0.25 0.21 0.28 0.23 0.19 0.35 0.38 0.20 0.58 1.08 1.29 1.08
C6 0.26 0.27 0.27 0.23 0.17 0.21 0.20 0.23 0.21 0.23 0.22 0.33 0.31 0.24 0.23 0.22 0.40 0.46 0.68 0.55
C8 0.22 0.22 0.18 0.16 0.23 0.17 0.21 0.24 0.20 0.20 0.23 0.25 0.22 0.16 0.28 0.21 0.38 0.64 0.87 0.69
N1 0.29 0.26 0.31 0.26 0.18 0.24 0.19 0.24 0.20 0.24 0.19 0.35 0.36 0.28 0.24 0.25 0.38 0.37 0.58 0.48
N3 0.26 0.21 0.26 0.21 0.18 0.21 0.19 0.24 0.19 0.20 0.18 0.27 0.33 0.22 0.22 0.22 0.33 0.37 0.54 0.47
N6 0.27 0.29 0.28 0.24 0.20 0.21 0.22 0.24 0.22 0.24 0.25 0.35 0.32 0.26 0.25 0.23 0.43 0.49 0.72 0.58
N7 0.23 0.24 0.20 0.18 0.22 0.18 0.21 0.24 0.21 0.21 0.25 0.28 0.23 0.18 0.26 0.21 0.41 0.61 0.86 0.67
N9 0.22 0.21 0.18 0.14 0.21 0.16 0.22 0.22 0.20 0.19 0.21 0.24 0.24 0.14 0.25 0.20 0.34 0.54 0.74 0.62
O2' 0.21 0.24 0.21 0.22 0.39 0.25 0.45 0.33 0.38 0.25 0.30 0.21 0.25 0.24 0.42 0.21 0.22 0.44 0.27 0.34
O3' 0.12 0.15 0.15 0.26 0.26 0.19 0.28 0.33 0.21 0.14 0.20 0.14 0.13 0.32 0.31 0.15 0.52 0.91 1.02 0.99
O4' 0.21 0.20 0.15 0.12 0.23 0.14 0.21 0.25 0.17 0.17 0.22 0.24 0.23 0.14 0.28 0.18 0.38 0.73 0.91 0.78
O5' 0.29 0.33 0.29 0.34 0.43 0.27 0.43 0.36 0.37 0.32 0.38 0.32 0.26 0.37 0.48 0.26 0.56 1.02 1.29 1.03
OP1 0.49 0.57 0.57 0.63 0.69 0.51 0.69 0.58 0.61 0.56 0.63 0.55 0.51 0.69 0.75 0.44 0.74 1.29 1.53 1.21
OP2 0.40 0.52 0.44 0.45 0.65 0.34 0.60 0.39 0.50 0.47 0.59 0.50 0.39 0.49 0.72 0.33 0.58 1.02 1.30 0.98
P 0.35 0.43 0.39 0.43 0.55 0.34 0.54 0.42 0.46 0.41 0.49 0.41 0.34 0.48 0.61 0.31 0.61 1.11 1.38 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.09 0.24 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.04 0.24 0.15 0.27 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.13 0.23 0.28 0.12
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.14 0.03 0.14 0.07 0.10 0.13 0.02 0.01 0.12 0.02 0.19 0.29 0.33 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.04 0.37 0.35 0.49 0.39
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.00 0.02 0.15 0.25 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.05 0.40 0.40 0.54 0.44
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.12 0.06 0.07 0.05 0.19 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.05 0.35 0.30 0.42 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.24 0.15 0.28 0.21
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.01 0.04 0.31 0.24 0.36 0.29
O2 0.04 0.01 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.17 0.02 0.05 0.19 0.12 0.24 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.17 0.00 0.05 0.06 0.06 0.07 0.29 0.34 0.16
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.15 0.03 0.17 0.05 0.15 0.07 0.14 0.17 0.05 0.00 0.17 0.02 0.19 0.45 0.52 0.36
O4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.00 0.05 0.39 0.41 0.55 0.44
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.11 0.11 0.29 0.16
O5' 0.12 0.24 0.13 0.19 0.37 0.02 0.40 0.01 0.35 0.24 0.31 0.19 0.07 0.19 0.39 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.23 0.29 0.35 0.15 0.40 0.11 0.30 0.15 0.24 0.12 0.29 0.45 0.41 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.27 0.28 0.33 0.49 0.25 0.54 0.21 0.42 0.28 0.36 0.24 0.34 0.52 0.55 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.12 0.21 0.39 0.07 0.44 0.02 0.35 0.21 0.29 0.13 0.16 0.36 0.44 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00