ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 3, 10, 8, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4' B 0, 0.420, 0.649, 0.877, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.649 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.527, 0.768, 1.009, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.768 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.466, 0.730, 0.994, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.730 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.490, 0.765, 1.041, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.765 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.525, 0.824, 1.124, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.824 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.373, 0.686, 0.999, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.686 std_dev=0.313
O4' A 0, -0.062, 0.254, 0.571, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.254 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.586, 0.903, 1.221, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.903 std_dev=0.317
C2' A 0, -0.044, 0.290, 0.624, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.290 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.388, 0.740, 1.092, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.740 std_dev=0.352
C5' B 0, 0.259, 0.618, 0.977, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.618 std_dev=0.359
C4 B 0, 0.566, 0.925, 1.284, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.925 std_dev=0.359
C2 B 0, 0.637, 1.001, 1.364, 1.403 max_d=1.403 avg_d=1.001 std_dev=0.363
N3 B 0, 0.639, 1.019, 1.399, 1.473 max_d=1.473 avg_d=1.019 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.559, 0.964, 1.370, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.964 std_dev=0.406
O4 B 0, 0.686, 1.095, 1.503, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.095 std_dev=0.409
C3' A 0, -0.022, 0.443, 0.907, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.443 std_dev=0.465
C4' A 0, -0.048, 0.443, 0.935, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.443 std_dev=0.492
O2 B 0, 0.850, 1.357, 1.863, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.357 std_dev=0.507
O2' A 0, -0.071, 0.452, 0.975, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.452 std_dev=0.523
O3' B 0, 0.299, 0.852, 1.405, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.852 std_dev=0.553
O5' B 0, 0.099, 0.697, 1.296, 3.433 max_d=3.433 avg_d=0.697 std_dev=0.598
O3' A 0, 0.008, 0.622, 1.236, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.622 std_dev=0.614
O5' A 0, 0.211, 0.862, 1.513, 3.009 max_d=3.009 avg_d=0.862 std_dev=0.651
C5' A 0, 0.072, 0.791, 1.510, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.791 std_dev=0.719
P B 0, -0.102, 0.652, 1.406, 3.387 max_d=3.387 avg_d=0.652 std_dev=0.754
P A 0, 0.224, 0.996, 1.768, 3.405 max_d=3.405 avg_d=0.996 std_dev=0.772
OP2 A 0, 0.218, 1.058, 1.898, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.058 std_dev=0.840
OP2 B 0, -0.105, 0.815, 1.735, 4.966 max_d=4.966 avg_d=0.815 std_dev=0.920
OP1 B 0, -0.210, 0.724, 1.658, 4.333 max_d=4.333 avg_d=0.724 std_dev=0.934
OP1 A 0, 0.205, 1.143, 2.081, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.143 std_dev=0.938

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.27 0.29 0.21 0.23
C2 0.03 0.00 0.21 0.16 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.15 0.14 0.33 0.29 0.43 0.33
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.11 0.10 0.12 0.17 0.22 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.34 0.38 0.30
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.15 0.00 0.21 0.02 0.21 0.22 0.18 0.14 0.24 0.24 0.14 0.02 0.01 0.02 0.08 0.21 0.26 0.11
C4 0.01 0.01 0.11 0.15 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.07 0.33 0.29 0.39 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.11 0.21 0.07 0.06 0.15 0.20 0.10 0.16 0.02 0.01 0.02 0.19 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.04 0.37 0.36 0.50 0.40
C5' 0.09 0.23 0.11 0.02 0.26 0.01 0.35 0.00 0.35 0.41 0.29 0.19 0.41 0.43 0.25 0.06 0.13 0.02 0.01 0.29 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.21 0.00 0.11 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.08 0.06 0.37 0.39 0.55 0.43
C8 0.02 0.01 0.12 0.22 0.00 0.21 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.23 0.18 0.09 0.36 0.35 0.41 0.37
N1 0.02 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.09 0.11 0.35 0.34 0.51 0.39
N3 0.03 0.00 0.22 0.14 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.17 0.14 0.31 0.27 0.37 0.29
N6 0.02 0.02 0.07 0.24 0.01 0.15 0.01 0.41 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.13 0.05 0.40 0.46 0.62 0.49
N7 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.20 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.18 0.06 0.39 0.42 0.53 0.45
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.31 0.28 0.32 0.29
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.11 0.16 0.16 0.06 0.16 0.23 0.16 0.19 0.18 0.23 0.11 0.00 0.05 0.13 0.19 0.28 0.41 0.25
O3' 0.16 0.15 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.08 0.18 0.09 0.17 0.13 0.18 0.07 0.05 0.00 0.11 0.24 0.29 0.39 0.26
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.11 0.14 0.05 0.06 0.01 0.13 0.11 0.00 0.28 0.35 0.13 0.26
O5' 0.27 0.33 0.29 0.08 0.33 0.02 0.37 0.01 0.37 0.36 0.35 0.31 0.40 0.39 0.31 0.19 0.24 0.28 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.29 0.34 0.21 0.29 0.19 0.36 0.29 0.39 0.35 0.34 0.27 0.46 0.42 0.28 0.28 0.29 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.43 0.38 0.26 0.39 0.20 0.50 0.26 0.55 0.41 0.51 0.37 0.62 0.53 0.32 0.41 0.39 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.33 0.30 0.11 0.32 0.03 0.40 0.01 0.43 0.37 0.39 0.29 0.49 0.45 0.29 0.25 0.26 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.24 0.26 0.22 0.19 0.24 0.28 0.20 0.28 0.24 0.20 0.31 0.30 0.21 0.21 0.28 0.32 0.33 0.64 0.48
C2 0.25 0.22 0.26 0.20 0.19 0.22 0.21 0.20 0.20 0.18 0.21 0.32 0.33 0.23 0.25 0.22 0.32 0.23 0.54 0.40
C2' 0.26 0.22 0.26 0.27 0.14 0.29 0.21 0.28 0.19 0.19 0.16 0.29 0.28 0.27 0.17 0.29 0.45 0.39 0.67 0.54
C3' 0.22 0.26 0.22 0.25 0.28 0.20 0.30 0.22 0.26 0.23 0.27 0.28 0.19 0.25 0.29 0.23 0.48 0.53 0.89 0.72
C4 0.25 0.23 0.23 0.18 0.16 0.18 0.24 0.16 0.23 0.21 0.20 0.30 0.27 0.18 0.20 0.21 0.34 0.30 0.65 0.47
C4' 0.17 0.19 0.14 0.16 0.20 0.15 0.24 0.22 0.19 0.15 0.18 0.24 0.16 0.18 0.24 0.17 0.46 0.61 0.93 0.75
C5 0.23 0.23 0.21 0.18 0.16 0.17 0.21 0.17 0.21 0.21 0.20 0.28 0.25 0.17 0.19 0.20 0.38 0.36 0.72 0.51
C5' 0.23 0.31 0.20 0.23 0.37 0.18 0.36 0.26 0.29 0.26 0.35 0.33 0.17 0.25 0.41 0.21 0.50 0.75 1.10 0.85
C6 0.22 0.22 0.21 0.17 0.12 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.18 0.28 0.26 0.17 0.16 0.19 0.37 0.33 0.68 0.48
C8 0.26 0.23 0.23 0.22 0.21 0.21 0.27 0.22 0.26 0.24 0.21 0.27 0.25 0.21 0.24 0.24 0.40 0.44 0.80 0.57
N1 0.23 0.20 0.23 0.18 0.13 0.19 0.16 0.17 0.15 0.17 0.16 0.29 0.30 0.19 0.22 0.20 0.33 0.26 0.59 0.42
N3 0.26 0.24 0.26 0.20 0.19 0.21 0.24 0.19 0.23 0.20 0.22 0.33 0.32 0.22 0.22 0.22 0.32 0.25 0.55 0.42
N6 0.22 0.23 0.20 0.18 0.14 0.16 0.16 0.16 0.16 0.19 0.20 0.28 0.25 0.18 0.16 0.18 0.40 0.38 0.73 0.51
N7 0.24 0.24 0.22 0.22 0.21 0.19 0.25 0.21 0.24 0.23 0.22 0.27 0.24 0.21 0.24 0.22 0.42 0.45 0.82 0.58
N9 0.26 0.23 0.23 0.20 0.19 0.20 0.27 0.18 0.26 0.23 0.20 0.29 0.27 0.19 0.21 0.24 0.35 0.34 0.70 0.50
O2' 0.15 0.20 0.18 0.22 0.38 0.25 0.48 0.28 0.39 0.19 0.27 0.23 0.21 0.24 0.43 0.20 0.30 0.26 0.50 0.32
O3' 0.19 0.16 0.15 0.19 0.18 0.16 0.20 0.22 0.15 0.14 0.16 0.20 0.17 0.21 0.21 0.22 0.49 0.60 0.86 0.78
O4' 0.29 0.24 0.24 0.16 0.17 0.20 0.24 0.18 0.22 0.22 0.19 0.31 0.31 0.16 0.21 0.27 0.37 0.46 0.80 0.62
O5' 0.29 0.35 0.29 0.30 0.40 0.24 0.39 0.26 0.34 0.32 0.38 0.37 0.26 0.31 0.42 0.27 0.49 0.72 1.11 0.81
OP1 0.37 0.42 0.42 0.44 0.49 0.35 0.49 0.37 0.44 0.41 0.46 0.42 0.37 0.48 0.53 0.35 0.61 0.92 1.29 0.95
OP2 0.55 0.63 0.57 0.55 0.68 0.47 0.66 0.43 0.60 0.59 0.66 0.62 0.53 0.55 0.70 0.50 0.62 0.77 1.20 0.85
P 0.36 0.44 0.38 0.38 0.50 0.30 0.49 0.30 0.43 0.40 0.47 0.44 0.33 0.40 0.53 0.32 0.54 0.79 1.21 0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.09 0.16 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.02 0.03 0.23 0.16 0.26 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.20 0.10 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.13 0.07 0.11 0.14 0.02 0.01 0.12 0.01 0.16 0.26 0.17 0.14
C4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.05 0.35 0.32 0.51 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.15 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.06 0.39 0.35 0.58 0.42
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.12 0.01 0.01 0.14 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.06 0.35 0.27 0.46 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.24 0.16 0.28 0.21
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.04 0.29 0.23 0.37 0.27
O2 0.02 0.00 0.15 0.14 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.18 0.03 0.05 0.17 0.13 0.17 0.13
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.14 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.24 0.20 0.12
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.03 0.15 0.06 0.12 0.18 0.05 0.00 0.15 0.02 0.19 0.38 0.42 0.30
O4 0.04 0.02 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.15 0.00 0.06 0.36 0.36 0.57 0.41
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.13 0.07 0.22 0.16
O5' 0.14 0.23 0.12 0.16 0.35 0.02 0.39 0.01 0.35 0.24 0.29 0.17 0.05 0.19 0.36 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.16 0.20 0.26 0.32 0.15 0.35 0.14 0.27 0.16 0.23 0.13 0.24 0.38 0.36 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.26 0.10 0.17 0.51 0.15 0.58 0.18 0.46 0.28 0.37 0.17 0.20 0.42 0.57 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.20 0.08 0.14 0.37 0.05 0.42 0.01 0.35 0.21 0.27 0.13 0.12 0.30 0.41 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00