ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 4, 4, 8, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.019, 0.049, 0.079, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.043, 0.076, 0.109, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.076 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.072, 0.201, 0.330, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.201 std_dev=0.129
O4' A 0, 0.059, 0.190, 0.320, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.190 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.120, 0.263, 0.406, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.263 std_dev=0.143
N1 B 0, 0.153, 0.306, 0.460, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.306 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.131, 0.323, 0.516, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.323 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.161, 0.364, 0.567, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.364 std_dev=0.203
C3' A 0, 0.131, 0.336, 0.541, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.336 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.132, 0.349, 0.566, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.349 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.187, 0.437, 0.687, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.437 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.071, 0.331, 0.590, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.331 std_dev=0.259
O3' A 0, 0.179, 0.481, 0.783, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.481 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.069, 0.371, 0.673, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.371 std_dev=0.302
C5' A 0, 0.229, 0.540, 0.852, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.540 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.050, 0.390, 0.729, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.390 std_dev=0.340
O2 B 0, 0.208, 0.576, 0.944, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.576 std_dev=0.368
P B 0, 0.122, 0.507, 0.892, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.507 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.272, 0.663, 1.053, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.663 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.173, 0.568, 0.962, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.568 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.112, 0.535, 0.957, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.535 std_dev=0.422
O4 B 0, 0.168, 0.609, 1.050, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.609 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.194, 0.661, 1.128, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.661 std_dev=0.467
OP1 B 0, 0.155, 0.626, 1.098, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.626 std_dev=0.472
C4' B 0, 0.170, 0.643, 1.115, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.643 std_dev=0.473
OP2 B 0, 0.092, 0.576, 1.059, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.576 std_dev=0.483
C5' B 0, 0.179, 0.710, 1.241, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.710 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.136, 0.837, 1.538, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.837 std_dev=0.701
O3' B 0, 0.124, 0.915, 1.706, 2.806 max_d=2.806 avg_d=0.915 std_dev=0.791
O5' A 0, 0.015, 0.903, 1.790, 3.461 max_d=3.461 avg_d=0.903 std_dev=0.887
P A 0, 0.100, 1.151, 2.202, 4.340 max_d=4.340 avg_d=1.151 std_dev=1.051
OP2 A 0, -0.034, 1.427, 2.887, 5.737 max_d=5.737 avg_d=1.427 std_dev=1.461
OP1 A 0, -0.112, 1.359, 2.830, 6.035 max_d=6.035 avg_d=1.359 std_dev=1.471

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.14 0.38 0.20
C2 0.05 0.00 0.14 0.13 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.16 0.05 0.38 0.27 0.76 0.37
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.31 0.25 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.30 0.44 0.13 0.23
C4 0.03 0.02 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.42 0.30 0.74 0.40
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.06 0.09 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.16 0.25 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.53 0.42 0.94 0.53
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.07 0.20 0.20 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.24 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.10 0.03 0.53 0.42 1.01 0.54
C8 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.14 0.04 0.57 0.45 0.85 0.53
N1 0.05 0.00 0.11 0.11 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.14 0.05 0.46 0.35 0.91 0.46
N3 0.05 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.05 0.34 0.24 0.64 0.32
N6 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.11 0.04 0.58 0.50 1.14 0.62
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.62 0.52 1.04 0.62
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.41 0.29 0.63 0.36
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.14 0.16 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.20 0.19 0.05
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.14 0.14 0.15 0.11 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.30 0.53 0.16 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.18 0.08 0.35 0.20
O5' 0.21 0.38 0.22 0.30 0.42 0.02 0.53 0.01 0.53 0.57 0.46 0.34 0.58 0.62 0.41 0.06 0.30 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.27 0.31 0.44 0.30 0.16 0.42 0.24 0.42 0.45 0.35 0.24 0.50 0.52 0.29 0.20 0.53 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.76 0.25 0.13 0.74 0.25 0.94 0.31 1.01 0.85 0.91 0.64 1.14 1.04 0.63 0.19 0.16 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.37 0.17 0.23 0.40 0.04 0.53 0.01 0.54 0.53 0.46 0.32 0.62 0.62 0.36 0.05 0.28 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.18 0.22 0.18 0.26 0.21 0.35 0.25 0.26 0.13 0.17 0.29 0.27 0.22 0.32 0.21 0.19 0.06 0.08 0.06
C2 0.29 0.22 0.32 0.30 0.19 0.33 0.20 0.35 0.18 0.19 0.19 0.37 0.38 0.49 0.27 0.33 0.30 0.23 0.28 0.22
C2' 0.16 0.12 0.20 0.16 0.28 0.19 0.38 0.28 0.30 0.11 0.15 0.23 0.27 0.19 0.33 0.17 0.21 0.10 0.10 0.10
C3' 0.19 0.15 0.28 0.08 0.38 0.17 0.47 0.13 0.36 0.18 0.24 0.18 0.27 0.13 0.46 0.23 0.10 0.02 0.05 0.02
C4 0.24 0.22 0.24 0.20 0.19 0.21 0.26 0.22 0.20 0.18 0.17 0.33 0.28 0.29 0.25 0.21 0.21 0.12 0.21 0.12
C4' 0.19 0.16 0.27 0.09 0.38 0.16 0.46 0.15 0.34 0.17 0.23 0.22 0.26 0.13 0.46 0.21 0.11 0.08 0.15 0.07
C5 0.24 0.24 0.23 0.21 0.18 0.19 0.21 0.17 0.16 0.19 0.19 0.33 0.29 0.25 0.27 0.22 0.21 0.12 0.26 0.14
C5' 0.25 0.24 0.36 0.13 0.46 0.22 0.51 0.14 0.38 0.25 0.31 0.25 0.35 0.17 0.57 0.28 0.20 0.15 0.27 0.15
C6 0.24 0.25 0.24 0.23 0.18 0.21 0.20 0.20 0.16 0.19 0.18 0.36 0.30 0.32 0.29 0.22 0.23 0.16 0.30 0.17
C8 0.24 0.21 0.26 0.24 0.27 0.24 0.28 0.18 0.18 0.17 0.22 0.28 0.29 0.23 0.37 0.29 0.24 0.16 0.25 0.17
N1 0.28 0.24 0.30 0.27 0.22 0.28 0.20 0.28 0.15 0.19 0.20 0.38 0.33 0.44 0.32 0.29 0.27 0.20 0.30 0.20
N3 0.26 0.21 0.28 0.25 0.17 0.30 0.24 0.34 0.22 0.18 0.17 0.35 0.36 0.41 0.23 0.28 0.28 0.20 0.24 0.19
N6 0.23 0.24 0.23 0.24 0.21 0.19 0.25 0.19 0.18 0.19 0.19 0.36 0.32 0.29 0.33 0.21 0.23 0.18 0.33 0.18
N7 0.23 0.23 0.25 0.24 0.23 0.22 0.22 0.17 0.16 0.18 0.23 0.29 0.32 0.22 0.34 0.26 0.23 0.16 0.29 0.18
N9 0.23 0.20 0.23 0.19 0.24 0.21 0.31 0.19 0.22 0.16 0.18 0.30 0.26 0.23 0.31 0.23 0.19 0.08 0.16 0.09
O2' 0.17 0.15 0.19 0.23 0.25 0.26 0.36 0.43 0.31 0.13 0.15 0.29 0.39 0.27 0.29 0.19 0.27 0.15 0.07 0.13
O3' 0.18 0.15 0.30 0.07 0.41 0.15 0.50 0.13 0.38 0.19 0.25 0.16 0.27 0.16 0.48 0.21 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.19 0.18 0.24 0.13 0.31 0.18 0.40 0.19 0.29 0.15 0.20 0.28 0.25 0.17 0.39 0.20 0.14 0.05 0.10 0.04
O5' 0.41 0.60 0.44 0.45 0.98 0.26 1.04 0.29 0.83 0.60 0.77 0.46 0.46 0.43 1.12 0.29 0.40 0.36 0.49 0.38
OP1 0.61 0.72 0.72 0.71 1.08 0.52 1.14 0.54 0.96 0.76 0.87 0.59 0.75 0.72 1.22 0.49 0.71 0.72 0.90 0.73
OP2 0.63 0.95 0.60 0.48 1.38 0.36 1.29 0.26 1.00 0.85 1.18 0.85 0.69 0.46 1.61 0.48 0.35 0.30 0.33 0.17
P 0.42 0.60 0.46 0.44 0.99 0.28 1.00 0.29 0.78 0.59 0.78 0.48 0.52 0.46 1.16 0.31 0.41 0.40 0.51 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.22 0.03 0.01 0.17 0.18 0.28 0.16
C2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.03 0.08 0.25 0.22 0.45 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.15 0.15 0.05 0.09 0.20 0.00 0.04 0.11 0.03 0.36 0.35 0.50 0.37
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.33 0.01 0.37 0.02 0.34 0.20 0.25 0.11 0.02 0.01 0.34 0.02 0.17 0.15 0.23 0.12
C4 0.03 0.02 0.09 0.33 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.22 0.01 0.04 0.42 0.47 0.73 0.51
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.08 0.07 0.09 0.27 0.02 0.16 0.01 0.02 0.19 0.05 0.08
C5 0.03 0.02 0.14 0.37 0.01 0.20 0.00 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.39 0.31 0.01 0.08 0.46 0.53 0.75 0.57
C5' 0.07 0.10 0.15 0.02 0.24 0.01 0.30 0.00 0.26 0.13 0.15 0.10 0.15 0.17 0.26 0.02 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.19 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.26 0.01 0.09 0.39 0.40 0.58 0.44
N1 0.02 0.01 0.05 0.20 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.10 0.02 0.02 0.26 0.23 0.43 0.27
N3 0.02 0.00 0.09 0.25 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.13 0.02 0.05 0.33 0.33 0.59 0.37
O2 0.04 0.01 0.20 0.11 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.34 0.04 0.15 0.19 0.16 0.36 0.17
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.39 0.27 0.39 0.15 0.31 0.21 0.33 0.19 0.00 0.04 0.45 0.17 0.24 0.34 0.47 0.28
O3' 0.22 0.17 0.04 0.01 0.22 0.02 0.31 0.17 0.26 0.10 0.13 0.34 0.04 0.00 0.25 0.14 0.24 0.40 0.31 0.27
O4 0.03 0.03 0.11 0.34 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.02 0.02 0.04 0.45 0.25 0.00 0.05 0.46 0.55 0.82 0.58
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.15 0.17 0.14 0.05 0.00 0.08 0.18 0.15 0.12
O5' 0.17 0.25 0.36 0.17 0.42 0.02 0.46 0.01 0.39 0.26 0.33 0.19 0.24 0.24 0.46 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 0.22 0.35 0.15 0.47 0.19 0.53 0.10 0.40 0.23 0.33 0.16 0.34 0.40 0.55 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.45 0.50 0.23 0.73 0.05 0.75 0.03 0.58 0.43 0.59 0.36 0.47 0.31 0.82 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.37 0.12 0.51 0.08 0.57 0.02 0.44 0.27 0.37 0.17 0.28 0.27 0.58 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00