ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54809

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 3, 2, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.021, 0.038, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.045, 0.071, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.051 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.085, 0.230, 0.376, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.230 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.135, 0.306, 0.476, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.306 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.178, 0.393, 0.607, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.393 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.336, 0.567, 0.798, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.567 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.387, 0.624, 0.861, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.624 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.212, 0.459, 0.706, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.459 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.224, 0.489, 0.755, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.489 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.297, 0.575, 0.852, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.575 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.410, 0.732, 1.055, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.732 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.362, 0.697, 1.032, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.697 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.404, 0.759, 1.113, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.759 std_dev=0.354
O4' B 0, 0.462, 0.836, 1.209, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.836 std_dev=0.373
C5' A 0, 0.317, 0.696, 1.075, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.696 std_dev=0.379
O3' A 0, 0.323, 0.730, 1.137, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.730 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.410, 0.836, 1.261, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.836 std_dev=0.425
C2' B 0, 0.419, 0.864, 1.309, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.864 std_dev=0.445
C4' B 0, 0.470, 0.927, 1.383, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.927 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.401, 0.859, 1.317, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.859 std_dev=0.458
C5 B 0, 0.409, 0.869, 1.330, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.869 std_dev=0.461
C3' B 0, 0.481, 0.957, 1.432, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.957 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.451, 0.938, 1.425, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.938 std_dev=0.487
P B 0, 0.351, 0.854, 1.357, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.854 std_dev=0.503
OP2 B 0, 0.354, 0.887, 1.420, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.887 std_dev=0.533
O2' B 0, 0.499, 1.066, 1.634, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.066 std_dev=0.567
P A 0, 0.505, 1.096, 1.687, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.096 std_dev=0.591
O4 B 0, 0.486, 1.080, 1.673, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.080 std_dev=0.593
O5' A 0, 0.480, 1.075, 1.669, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.075 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.572, 1.180, 1.787, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.180 std_dev=0.608
OP1 B 0, 0.420, 1.045, 1.670, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.045 std_dev=0.625
OP1 A 0, 0.571, 1.496, 2.421, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.496 std_dev=0.925
OP2 A 0, 0.771, 1.842, 2.913, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.842 std_dev=1.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.26 0.40 0.16
C2 0.04 0.00 0.15 0.20 0.02 0.12 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.19 0.24 0.04 0.31 0.71 0.41 0.31
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.11 0.16 0.06 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.23 0.31 0.18 0.19
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.11 0.18 0.16 0.20 0.11 0.15 0.07 0.03 0.01 0.01 0.32 0.37 0.08 0.24
C4 0.02 0.02 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.32 0.66 0.41 0.31
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.21 0.33 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.05 0.40 0.87 0.47 0.39
C5' 0.02 0.18 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.18 0.17 0.18 0.16 0.19 0.19 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.34 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.12 0.05 0.41 0.94 0.48 0.40
C8 0.02 0.03 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.17 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.20 0.05 0.40 0.75 0.49 0.39
N1 0.03 0.01 0.11 0.16 0.02 0.10 0.02 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.16 0.18 0.05 0.37 0.85 0.45 0.36
N3 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.22 0.04 0.27 0.59 0.39 0.27
N6 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.10 0.13 0.06 0.45 1.07 0.52 0.45
N7 0.02 0.03 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.18 0.06 0.45 0.95 0.53 0.45
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.29 0.54 0.41 0.28
O2' 0.01 0.19 0.00 0.03 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.05 0.16 0.18 0.10 0.04 0.02 0.00 0.08 0.06 0.06 0.23 0.23 0.07
O3' 0.02 0.24 0.03 0.01 0.10 0.03 0.10 0.04 0.12 0.20 0.18 0.22 0.13 0.18 0.07 0.08 0.00 0.03 0.28 0.51 0.19 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.10 0.12 0.51 0.14
O5' 0.13 0.31 0.23 0.32 0.32 0.01 0.40 0.01 0.41 0.40 0.37 0.27 0.45 0.45 0.29 0.06 0.28 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.71 0.31 0.37 0.66 0.21 0.87 0.34 0.94 0.75 0.85 0.59 1.07 0.95 0.54 0.23 0.51 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.41 0.18 0.08 0.41 0.33 0.47 0.37 0.48 0.49 0.45 0.39 0.52 0.53 0.41 0.23 0.19 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.19 0.24 0.31 0.04 0.39 0.02 0.40 0.39 0.36 0.27 0.45 0.45 0.28 0.07 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.29 0.30 0.29 0.48 0.39 0.47 0.40 0.33 0.27 0.37 0.28 0.40 0.33 0.57 0.37 0.24 0.08 0.10 0.06
C2 0.28 0.20 0.31 0.26 0.18 0.28 0.19 0.29 0.19 0.20 0.16 0.28 0.38 0.29 0.22 0.28 0.21 0.20 0.20 0.17
C2' 0.31 0.29 0.31 0.33 0.43 0.39 0.45 0.43 0.36 0.28 0.35 0.26 0.37 0.39 0.48 0.35 0.30 0.15 0.08 0.13
C3' 0.20 0.30 0.14 0.14 0.46 0.16 0.47 0.21 0.35 0.27 0.38 0.26 0.15 0.18 0.52 0.20 0.09 0.02 0.07 0.02
C4 0.28 0.27 0.26 0.22 0.37 0.29 0.32 0.30 0.22 0.23 0.32 0.29 0.34 0.23 0.43 0.29 0.19 0.08 0.21 0.09
C4' 0.21 0.34 0.14 0.13 0.57 0.17 0.57 0.21 0.39 0.29 0.46 0.29 0.18 0.16 0.67 0.21 0.07 0.12 0.27 0.13
C5 0.23 0.26 0.20 0.16 0.32 0.24 0.20 0.28 0.11 0.18 0.32 0.29 0.27 0.16 0.41 0.26 0.21 0.15 0.30 0.17
C5' 0.29 0.46 0.28 0.28 0.69 0.18 0.66 0.17 0.48 0.40 0.58 0.41 0.23 0.28 0.80 0.24 0.22 0.24 0.46 0.26
C6 0.20 0.21 0.20 0.15 0.19 0.21 0.13 0.24 0.11 0.14 0.22 0.29 0.27 0.16 0.28 0.22 0.18 0.14 0.29 0.16
C8 0.27 0.29 0.21 0.20 0.47 0.32 0.34 0.37 0.19 0.22 0.40 0.29 0.29 0.22 0.60 0.34 0.29 0.25 0.35 0.26
N1 0.23 0.18 0.26 0.21 0.15 0.23 0.14 0.25 0.14 0.16 0.14 0.28 0.32 0.23 0.22 0.24 0.18 0.15 0.23 0.14
N3 0.31 0.24 0.32 0.27 0.29 0.31 0.31 0.32 0.26 0.24 0.24 0.28 0.40 0.29 0.33 0.30 0.20 0.18 0.18 0.15
N6 0.17 0.20 0.18 0.13 0.19 0.19 0.21 0.23 0.16 0.14 0.19 0.30 0.24 0.14 0.30 0.21 0.20 0.19 0.35 0.21
N7 0.23 0.27 0.18 0.16 0.39 0.28 0.22 0.33 0.12 0.18 0.37 0.30 0.25 0.16 0.53 0.30 0.28 0.26 0.39 0.27
N9 0.29 0.29 0.26 0.23 0.46 0.33 0.41 0.35 0.26 0.24 0.37 0.28 0.34 0.26 0.55 0.34 0.23 0.10 0.21 0.12
O2' 0.43 0.33 0.48 0.50 0.41 0.56 0.44 0.56 0.38 0.35 0.35 0.33 0.55 0.58 0.46 0.47 0.38 0.25 0.09 0.19
O3' 0.19 0.26 0.14 0.16 0.37 0.13 0.37 0.16 0.30 0.24 0.32 0.23 0.11 0.21 0.41 0.21 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.25 0.33 0.20 0.16 0.59 0.27 0.57 0.29 0.37 0.27 0.46 0.29 0.29 0.20 0.71 0.28 0.13 0.06 0.21 0.06
O5' 0.47 0.54 0.45 0.43 0.71 0.43 0.68 0.41 0.56 0.51 0.63 0.51 0.45 0.42 0.81 0.47 0.38 0.21 0.30 0.28
OP1 0.64 0.82 0.66 0.63 1.00 0.53 0.90 0.50 0.75 0.73 0.94 0.81 0.62 0.65 1.11 0.56 0.53 0.59 0.54 0.51
OP2 0.51 0.83 0.56 0.49 1.14 0.29 0.96 0.21 0.70 0.67 1.03 0.79 0.49 0.50 1.35 0.34 0.38 0.49 0.62 0.42
P 0.38 0.54 0.38 0.35 0.76 0.30 0.67 0.27 0.50 0.47 0.67 0.51 0.35 0.36 0.90 0.35 0.28 0.23 0.27 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.09 0.14 0.09
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.04 0.14 0.15 0.22 0.17
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.12 0.00 0.02 0.09 0.01 0.10 0.12 0.17 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.07 0.06 0.10 0.12 0.02 0.01 0.12 0.01 0.16 0.17 0.20 0.16
C4 0.05 0.03 0.08 0.10 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.13 0.01 0.07 0.19 0.21 0.27 0.24
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.06 0.03
C5 0.04 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.12 0.02 0.09 0.18 0.20 0.25 0.23
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.09 0.04 0.04 0.15 0.02 0.01 0.14 0.04 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.08 0.15 0.16 0.21 0.18
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.12 0.13 0.19 0.15
N3 0.04 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.02 0.04 0.17 0.18 0.26 0.21
O2 0.07 0.01 0.12 0.12 0.04 0.08 0.04 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.15 0.04 0.07 0.13 0.14 0.21 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.09 0.04 0.06 0.13 0.13 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.04 0.09 0.06 0.12 0.15 0.04 0.00 0.16 0.02 0.21 0.29 0.27 0.24
O4 0.06 0.03 0.09 0.12 0.01 0.10 0.02 0.15 0.03 0.04 0.02 0.04 0.09 0.16 0.00 0.08 0.20 0.23 0.30 0.26
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.08 0.00 0.10 0.14 0.14 0.12
O5' 0.06 0.14 0.10 0.16 0.19 0.02 0.18 0.01 0.15 0.12 0.17 0.13 0.06 0.21 0.20 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.15 0.12 0.17 0.21 0.11 0.20 0.14 0.16 0.13 0.18 0.14 0.13 0.29 0.23 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.22 0.17 0.20 0.27 0.06 0.25 0.04 0.21 0.19 0.26 0.21 0.13 0.27 0.30 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.11 0.16 0.24 0.03 0.23 0.02 0.18 0.15 0.21 0.15 0.07 0.24 0.26 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00