ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54810

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.006, 0.018, 0.041, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.018 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.003, 0.032, 0.060, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.003, 0.046, 0.088, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.046 std_dev=0.043
N1 B 0, 0.238, 0.439, 0.641, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.439 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.194, 0.405, 0.616, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.405 std_dev=0.211
O4' A 0, -0.062, 0.203, 0.468, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.203 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.213, 0.499, 0.785, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.499 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.160, 0.462, 0.765, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.462 std_dev=0.303
C2' A 0, -0.077, 0.243, 0.563, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.243 std_dev=0.320
C1' B 0, 0.249, 0.579, 0.908, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.579 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.245, 0.585, 0.926, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.585 std_dev=0.341
N3 B 0, 0.151, 0.509, 0.867, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.509 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.127, 0.504, 0.881, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.504 std_dev=0.377
O2 B 0, 0.256, 0.653, 1.050, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.653 std_dev=0.397
O2' A 0, -0.019, 0.402, 0.823, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.402 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.333, 0.768, 1.202, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.768 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.196, 0.642, 1.088, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.642 std_dev=0.446
C4' A 0, -0.042, 0.406, 0.853, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.406 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.292, 0.740, 1.187, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.740 std_dev=0.448
O4 B 0, 0.147, 0.651, 1.155, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.651 std_dev=0.504
C3' A 0, -0.053, 0.453, 0.959, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.453 std_dev=0.506
C5' A 0, 0.114, 0.631, 1.147, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.631 std_dev=0.516
O5' A 0, 0.360, 0.893, 1.426, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.893 std_dev=0.533
C5' B 0, 0.137, 0.683, 1.229, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.683 std_dev=0.546
O5' B 0, 0.136, 0.706, 1.276, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.706 std_dev=0.570
O2' B 0, 0.438, 1.009, 1.581, 2.222 max_d=2.222 avg_d=1.009 std_dev=0.572
O3' B 0, 0.335, 0.973, 1.611, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.973 std_dev=0.638
P A 0, 0.290, 1.006, 1.721, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.006 std_dev=0.716
O3' A 0, -0.030, 0.759, 1.548, 3.078 max_d=3.078 avg_d=0.759 std_dev=0.789
P B 0, 0.046, 0.927, 1.808, 3.475 max_d=3.475 avg_d=0.927 std_dev=0.881
OP1 B 0, 0.191, 1.240, 2.289, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.240 std_dev=1.049
OP1 A 0, 0.282, 1.572, 2.863, 4.337 max_d=4.337 avg_d=1.572 std_dev=1.290
OP2 B 0, -0.150, 1.233, 2.617, 5.405 max_d=5.405 avg_d=1.233 std_dev=1.383
OP2 A 0, 0.064, 1.532, 3.000, 5.396 max_d=5.396 avg_d=1.532 std_dev=1.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.19 0.01 0.14 0.56 0.29 0.21
C2 0.04 0.00 0.26 0.29 0.01 0.10 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.17 0.14 0.05 0.27 0.74 0.45 0.22
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05 0.14 0.10 0.12 0.19 0.26 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.39 0.46 0.33 0.35
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.23 0.01 0.24 0.03 0.27 0.20 0.30 0.26 0.27 0.23 0.16 0.02 0.02 0.02 0.28 0.41 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.13 0.23 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.09 0.05 0.26 0.73 0.40 0.21
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.07 0.21 0.03 0.01 0.02 0.20 0.37 0.11
C5 0.01 0.02 0.05 0.24 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.15 0.06 0.32 0.81 0.59 0.27
C5' 0.07 0.14 0.14 0.03 0.14 0.01 0.21 0.00 0.22 0.24 0.18 0.11 0.26 0.26 0.14 0.08 0.15 0.02 0.01 0.26 0.33 0.03
C6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.16 0.08 0.33 0.84 0.67 0.30
C8 0.03 0.02 0.12 0.20 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.19 0.19 0.05 0.30 0.78 0.45 0.24
N1 0.03 0.01 0.19 0.30 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.06 0.31 0.80 0.59 0.26
N3 0.05 0.01 0.26 0.26 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.16 0.12 0.04 0.23 0.69 0.35 0.19
N6 0.03 0.02 0.05 0.27 0.02 0.11 0.02 0.26 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.21 0.20 0.10 0.36 0.89 0.79 0.35
N7 0.03 0.03 0.07 0.23 0.02 0.12 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.21 0.21 0.06 0.34 0.84 0.66 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.12 0.09 0.03 0.23 0.69 0.29 0.19
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.13 0.21 0.18 0.08 0.18 0.19 0.16 0.16 0.21 0.21 0.12 0.00 0.05 0.15 0.24 0.34 0.48 0.30
O3' 0.19 0.14 0.02 0.02 0.09 0.03 0.15 0.15 0.16 0.19 0.15 0.12 0.20 0.21 0.09 0.05 0.00 0.14 0.26 0.59 0.34 0.30
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.06 0.04 0.10 0.06 0.03 0.15 0.14 0.00 0.13 0.51 0.51 0.30
O5' 0.14 0.27 0.39 0.28 0.26 0.02 0.32 0.01 0.33 0.30 0.31 0.23 0.36 0.34 0.23 0.24 0.26 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.74 0.46 0.41 0.73 0.20 0.81 0.26 0.84 0.78 0.80 0.69 0.89 0.84 0.69 0.34 0.59 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.45 0.33 0.25 0.40 0.37 0.59 0.33 0.67 0.45 0.59 0.35 0.79 0.66 0.29 0.48 0.34 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.22 0.35 0.21 0.21 0.11 0.27 0.03 0.30 0.24 0.26 0.19 0.35 0.30 0.19 0.30 0.30 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.28 0.30 0.30 0.28 0.34 0.30 0.45 0.23 0.27 0.25 0.34 0.37 0.32 0.34 0.35 0.32 0.15 0.79 0.47
C2 0.31 0.31 0.33 0.21 0.19 0.20 0.24 0.24 0.17 0.22 0.23 0.45 0.42 0.22 0.24 0.23 0.18 0.11 0.59 0.23
C2' 0.49 0.35 0.52 0.57 0.29 0.61 0.34 0.67 0.34 0.38 0.28 0.40 0.56 0.60 0.33 0.56 0.53 0.30 0.79 0.57
C3' 0.60 0.53 0.70 0.82 0.50 0.77 0.54 0.89 0.58 0.57 0.49 0.53 0.64 0.87 0.49 0.65 0.80 0.59 1.21 0.94
C4 0.31 0.31 0.27 0.18 0.21 0.19 0.22 0.26 0.16 0.26 0.25 0.39 0.35 0.18 0.26 0.25 0.27 0.15 0.84 0.43
C4' 0.45 0.35 0.53 0.70 0.38 0.69 0.43 0.87 0.43 0.40 0.33 0.36 0.51 0.78 0.43 0.55 0.76 0.70 1.32 1.00
C5 0.31 0.33 0.28 0.18 0.21 0.17 0.16 0.19 0.14 0.27 0.29 0.41 0.34 0.18 0.27 0.23 0.32 0.29 0.98 0.53
C5' 0.42 0.36 0.52 0.70 0.44 0.66 0.45 0.85 0.43 0.39 0.38 0.35 0.47 0.80 0.51 0.52 0.84 0.94 1.58 1.16
C6 0.31 0.36 0.32 0.23 0.19 0.17 0.18 0.16 0.15 0.27 0.30 0.45 0.39 0.24 0.27 0.22 0.28 0.24 0.91 0.46
C8 0.32 0.31 0.25 0.20 0.29 0.23 0.22 0.29 0.18 0.27 0.30 0.36 0.32 0.21 0.37 0.30 0.41 0.42 1.13 0.67
N1 0.31 0.34 0.35 0.25 0.21 0.20 0.22 0.18 0.15 0.24 0.27 0.47 0.43 0.26 0.29 0.22 0.22 0.13 0.73 0.33
N3 0.31 0.30 0.29 0.19 0.19 0.21 0.25 0.30 0.19 0.24 0.23 0.41 0.38 0.19 0.23 0.24 0.19 0.10 0.60 0.26
N6 0.32 0.37 0.34 0.27 0.23 0.19 0.21 0.15 0.19 0.28 0.34 0.45 0.40 0.29 0.31 0.22 0.31 0.33 0.99 0.52
N7 0.31 0.33 0.25 0.19 0.26 0.19 0.17 0.23 0.17 0.28 0.32 0.39 0.32 0.19 0.34 0.26 0.40 0.44 1.15 0.66
N9 0.32 0.30 0.26 0.21 0.26 0.24 0.26 0.32 0.19 0.27 0.27 0.36 0.34 0.21 0.33 0.30 0.33 0.23 0.93 0.52
O2' 0.32 0.29 0.31 0.29 0.43 0.34 0.48 0.42 0.37 0.29 0.34 0.31 0.41 0.32 0.48 0.33 0.29 0.15 0.23 0.15
O3' 0.55 0.49 0.73 0.93 0.49 0.82 0.53 1.03 0.57 0.54 0.47 0.48 0.63 1.03 0.48 0.60 0.86 0.72 1.21 1.07
O4' 0.33 0.27 0.31 0.41 0.33 0.44 0.35 0.62 0.28 0.27 0.27 0.32 0.35 0.47 0.41 0.39 0.51 0.42 1.10 0.74
O5' 0.48 0.53 0.47 0.52 0.61 0.48 0.58 0.57 0.51 0.50 0.57 0.53 0.45 0.55 0.67 0.48 0.68 0.76 1.41 0.96
OP1 0.76 0.84 0.79 0.86 0.88 0.80 0.85 0.88 0.82 0.81 0.87 0.83 0.75 0.91 0.91 0.75 1.05 1.38 1.95 1.44
OP2 0.69 0.88 0.69 0.63 1.01 0.53 0.92 0.50 0.81 0.80 0.97 0.87 0.64 0.59 1.12 0.60 0.72 0.82 1.44 0.93
P 0.50 0.58 0.48 0.49 0.63 0.45 0.58 0.50 0.53 0.54 0.62 0.58 0.46 0.50 0.70 0.48 0.68 0.90 1.50 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.10 0.41 0.19
C2 0.04 0.00 0.07 0.11 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.04 0.30 0.27 0.63 0.35
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.02 0.10 0.02 0.09 0.04 0.07 0.11 0.01 0.02 0.10 0.01 0.22 0.28 0.24 0.19
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.12 0.14 0.02 0.01 0.14 0.02 0.32 0.43 0.15 0.26
C4 0.05 0.03 0.09 0.12 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.16 0.01 0.06 0.45 0.44 0.90 0.52
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.03 0.09 0.00 0.02 0.13 0.27 0.05
C5 0.04 0.02 0.10 0.12 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.15 0.02 0.06 0.46 0.45 0.92 0.54
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.13 0.08 0.06 0.04 0.17 0.01 0.01 0.22 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.11 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.12 0.03 0.05 0.39 0.35 0.77 0.45
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.28 0.25 0.60 0.33
N3 0.04 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.15 0.03 0.04 0.38 0.37 0.77 0.44
O2 0.04 0.01 0.11 0.14 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.16 0.05 0.04 0.24 0.22 0.54 0.29
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.10 0.13 0.00 0.05 0.11 0.05 0.05 0.18 0.23 0.06
O3' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.16 0.03 0.15 0.04 0.12 0.07 0.15 0.16 0.05 0.00 0.19 0.03 0.30 0.55 0.20 0.29
O4 0.06 0.04 0.10 0.14 0.01 0.09 0.02 0.17 0.03 0.04 0.03 0.05 0.11 0.19 0.00 0.06 0.48 0.50 0.98 0.58
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.00 0.12 0.10 0.41 0.20
O5' 0.11 0.30 0.22 0.32 0.45 0.02 0.46 0.01 0.39 0.28 0.38 0.24 0.05 0.30 0.48 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.27 0.28 0.43 0.44 0.13 0.45 0.22 0.35 0.25 0.37 0.22 0.18 0.55 0.50 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.41 0.63 0.24 0.15 0.90 0.27 0.92 0.31 0.77 0.60 0.77 0.54 0.23 0.20 0.98 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.19 0.26 0.52 0.05 0.54 0.02 0.45 0.33 0.44 0.29 0.06 0.29 0.58 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00