ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54811

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, -0.003, 0.016, 0.036, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.003, 0.020, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.020 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.006, 0.017, 0.040, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.017 std_dev=0.023
O4' A 0, -0.024, 0.145, 0.314, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.145 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.266, 0.476, 0.686, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.476 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.232, 0.447, 0.662, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.447 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.296, 0.512, 0.729, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.512 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.182, 0.400, 0.618, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.400 std_dev=0.218
C2' A 0, -0.032, 0.190, 0.412, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.190 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.281, 0.507, 0.734, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.507 std_dev=0.226
C6 B 0, 0.198, 0.435, 0.673, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.435 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.027, 0.272, 0.517, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.272 std_dev=0.245
O2 B 0, 0.265, 0.513, 0.762, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.513 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.142, 0.398, 0.654, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.398 std_dev=0.256
O4 B 0, 0.365, 0.623, 0.881, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.623 std_dev=0.258
C1' B 0, 0.154, 0.427, 0.701, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.427 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.007, 0.282, 0.557, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.282 std_dev=0.275
C3' A 0, -0.013, 0.304, 0.621, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.304 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.127, 0.541, 0.955, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.541 std_dev=0.414
C5' A 0, 0.068, 0.484, 0.899, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.484 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.064, 0.503, 0.942, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.503 std_dev=0.439
O3' A 0, 0.011, 0.470, 0.929, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.470 std_dev=0.459
O5' A 0, 0.072, 0.549, 1.025, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.549 std_dev=0.477
O5' B 0, 0.065, 0.549, 1.033, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.549 std_dev=0.484
C5' B 0, 0.050, 0.547, 1.043, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.547 std_dev=0.496
C3' B 0, 0.068, 0.568, 1.069, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.568 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.113, 0.631, 1.149, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.631 std_dev=0.518
P B 0, 0.051, 0.627, 1.202, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.627 std_dev=0.575
OP2 B 0, 0.122, 0.721, 1.321, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.721 std_dev=0.600
O3' B 0, 0.029, 0.681, 1.332, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.681 std_dev=0.652
P A 0, 0.231, 0.888, 1.545, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.888 std_dev=0.657
OP2 A 0, 0.179, 0.917, 1.654, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.917 std_dev=0.738
OP1 A 0, 0.342, 1.083, 1.824, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.083 std_dev=0.741
OP1 B 0, 0.066, 0.840, 1.613, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.840 std_dev=0.774

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.12 0.14
C2 0.05 0.00 0.21 0.20 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.22 0.25 0.03 0.19 0.21 0.33 0.30
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.02 0.10 0.08 0.16 0.20 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.13 0.15 0.18 0.05 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.02
C4 0.02 0.02 0.10 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.16 0.19 0.28 0.27
C4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.19 0.24 0.35 0.32
C5' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.10 0.02 0.20 0.26 0.38 0.35
C8 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.18 0.22 0.27 0.28
N1 0.04 0.00 0.16 0.15 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.18 0.20 0.03 0.20 0.24 0.37 0.34
N3 0.04 0.01 0.20 0.18 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.23 0.02 0.17 0.18 0.27 0.26
N6 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.21 0.29 0.42 0.37
N7 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.20 0.27 0.36 0.33
N9 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.13 0.16 0.22 0.23
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.10 0.02 0.07 0.02 0.11 0.04 0.18 0.20 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06
O3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.15 0.20 0.23 0.07 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.04 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.11 0.04 0.10
O5' 0.07 0.19 0.06 0.03 0.16 0.01 0.19 0.01 0.20 0.18 0.20 0.17 0.21 0.20 0.13 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.21 0.04 0.08 0.19 0.04 0.24 0.05 0.26 0.22 0.24 0.18 0.29 0.27 0.16 0.05 0.17 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.33 0.10 0.05 0.28 0.02 0.35 0.01 0.38 0.27 0.37 0.27 0.42 0.36 0.22 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.07 0.02 0.27 0.03 0.32 0.02 0.35 0.28 0.34 0.26 0.37 0.33 0.23 0.06 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.08 0.05 0.12 0.08 0.11 0.07 0.12 0.05 0.19 0.24 0.14 0.07 0.16 0.09 0.07 0.03 0.05 0.03
C2 0.31 0.26 0.38 0.38 0.27 0.38 0.28 0.31 0.31 0.23 0.30 0.33 0.49 0.45 0.30 0.28 0.26 0.29 0.17 0.24
C2' 0.05 0.19 0.04 0.03 0.17 0.05 0.10 0.08 0.07 0.10 0.21 0.23 0.10 0.04 0.19 0.05 0.10 0.05 0.06 0.06
C3' 0.13 0.10 0.10 0.07 0.11 0.12 0.07 0.05 0.10 0.08 0.13 0.13 0.16 0.07 0.13 0.16 0.02 0.01 0.04 0.01
C4 0.18 0.18 0.20 0.17 0.20 0.20 0.20 0.11 0.22 0.09 0.24 0.27 0.30 0.22 0.25 0.17 0.09 0.09 0.08 0.07
C4' 0.15 0.08 0.12 0.08 0.06 0.11 0.14 0.04 0.18 0.10 0.08 0.13 0.17 0.07 0.05 0.17 0.04 0.02 0.11 0.04
C5 0.21 0.16 0.23 0.17 0.20 0.20 0.19 0.10 0.22 0.09 0.24 0.27 0.33 0.22 0.27 0.18 0.07 0.05 0.12 0.06
C5' 0.26 0.16 0.22 0.16 0.18 0.19 0.28 0.10 0.31 0.22 0.14 0.14 0.25 0.14 0.14 0.27 0.12 0.06 0.19 0.09
C6 0.26 0.17 0.31 0.26 0.24 0.26 0.23 0.17 0.25 0.16 0.27 0.27 0.43 0.32 0.31 0.21 0.11 0.10 0.10 0.08
C8 0.21 0.20 0.19 0.15 0.12 0.18 0.11 0.18 0.18 0.15 0.20 0.27 0.24 0.16 0.18 0.21 0.20 0.19 0.25 0.20
N1 0.31 0.24 0.39 0.37 0.27 0.35 0.27 0.27 0.30 0.22 0.30 0.31 0.51 0.43 0.32 0.26 0.21 0.22 0.12 0.18
N3 0.23 0.23 0.28 0.29 0.24 0.30 0.24 0.25 0.27 0.18 0.27 0.31 0.36 0.34 0.27 0.23 0.22 0.24 0.15 0.21
N6 0.25 0.13 0.31 0.25 0.23 0.25 0.21 0.15 0.22 0.15 0.24 0.24 0.43 0.31 0.32 0.20 0.08 0.07 0.13 0.06
N7 0.23 0.20 0.22 0.16 0.14 0.18 0.14 0.14 0.19 0.15 0.22 0.29 0.29 0.17 0.24 0.21 0.16 0.16 0.24 0.17
N9 0.14 0.16 0.14 0.09 0.14 0.13 0.14 0.08 0.16 0.05 0.20 0.25 0.21 0.12 0.19 0.14 0.08 0.05 0.10 0.06
O2' 0.10 0.23 0.09 0.11 0.18 0.10 0.11 0.16 0.10 0.16 0.24 0.28 0.05 0.09 0.19 0.11 0.14 0.09 0.04 0.07
O3' 0.09 0.09 0.07 0.04 0.14 0.09 0.13 0.04 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.04 0.16 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.14 0.11 0.12 0.07 0.09 0.10 0.18 0.04 0.20 0.09 0.13 0.18 0.18 0.08 0.11 0.14 0.03 0.01 0.08 0.02
O5' 0.37 0.26 0.32 0.25 0.25 0.28 0.37 0.17 0.41 0.33 0.23 0.24 0.35 0.22 0.18 0.37 0.16 0.07 0.15 0.09
OP1 0.27 0.28 0.20 0.15 0.32 0.15 0.32 0.10 0.30 0.28 0.30 0.28 0.23 0.17 0.33 0.26 0.12 0.23 0.15 0.17
OP2 0.54 0.52 0.49 0.38 0.53 0.39 0.60 0.26 0.57 0.54 0.51 0.50 0.52 0.34 0.48 0.50 0.24 0.09 0.13 0.11
P 0.44 0.40 0.37 0.27 0.42 0.29 0.49 0.16 0.48 0.43 0.39 0.38 0.41 0.23 0.38 0.41 0.15 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.08 0.10 0.17 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.03 0.13 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.17 0.05 0.02 0.11 0.02 0.00 0.09 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.15 0.21 0.27 0.19
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.05 0.20 0.24 0.29 0.22
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.13 0.07 0.07 0.03 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.06 0.19 0.20 0.23 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.11 0.16 0.11
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.11 0.14 0.22 0.15
O2 0.05 0.00 0.13 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.09 0.06 0.06 0.15 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.12 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.19 0.03 0.19 0.04 0.03 0.16 0.04 0.00 0.11 0.01 0.06 0.11 0.13 0.08
O4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.15 0.22 0.27 0.20
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.11 0.08
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.15 0.01 0.20 0.01 0.19 0.10 0.11 0.06 0.02 0.06 0.15 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.10 0.04 0.06 0.21 0.04 0.24 0.04 0.20 0.11 0.14 0.06 0.06 0.11 0.22 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.07 0.08 0.27 0.02 0.29 0.01 0.23 0.16 0.22 0.15 0.04 0.13 0.27 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.03 0.04 0.19 0.03 0.22 0.02 0.18 0.11 0.15 0.08 0.03 0.08 0.20 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00