ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.022, 0.059, 0.097, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.059 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.027, 0.074, 0.122, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.074 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.024, 0.076, 0.127, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.076 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.029, 0.082, 0.135, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.082 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.036, 0.107, 0.178, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.107 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.070, 0.151, 0.232, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.151 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.061, 0.161, 0.262, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.161 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.048, 0.156, 0.265, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.156 std_dev=0.108
P B 0, 0.079, 0.219, 0.358, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.219 std_dev=0.140
OP1 B 0, 0.168, 0.326, 0.484, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.326 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.177, 0.404, 0.630, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.404 std_dev=0.227
P A 0, 0.101, 0.332, 0.563, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.332 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.117, 0.371, 0.624, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.371 std_dev=0.253
C5' B 0, 0.104, 0.384, 0.663, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.384 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.067, 0.364, 0.662, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.364 std_dev=0.298
OP2 A 0, 0.173, 0.475, 0.776, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.475 std_dev=0.302
C4' B 0, 0.101, 0.410, 0.719, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.410 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.185, 0.505, 0.825, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.505 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.170, 0.494, 0.817, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.494 std_dev=0.324
C1' B 0, 0.210, 0.546, 0.882, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.546 std_dev=0.336
C5 B 0, 0.168, 0.505, 0.842, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.505 std_dev=0.337
OP2 B 0, -0.031, 0.329, 0.690, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.329 std_dev=0.360
C2 B 0, 0.201, 0.570, 0.940, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.570 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.182, 0.565, 0.948, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.565 std_dev=0.383
C3' B 0, 0.110, 0.494, 0.877, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.494 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.186, 0.604, 1.022, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.604 std_dev=0.418
O2 B 0, 0.223, 0.643, 1.063, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.643 std_dev=0.420
O4 B 0, 0.184, 0.630, 1.075, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.630 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.303, 0.786, 1.268, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.786 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.162, 0.693, 1.223, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.693 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.117, 1.065, 2.014, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.065 std_dev=0.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.09 0.11 0.25 0.17
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.10 0.11 0.23 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.12 0.16 0.28 0.20
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.12 0.17 0.29 0.21
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.12 0.15 0.24 0.19
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.11 0.14 0.28 0.19
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.08 0.22 0.15
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.13 0.21 0.32 0.23
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.13 0.19 0.29 0.22
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.20 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.14 0.06 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.22 0.10 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.13 0.10
O5' 0.06 0.09 0.05 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.08 0.13 0.13 0.09 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.11 0.12 0.16 0.11 0.07 0.16 0.04 0.17 0.15 0.14 0.08 0.21 0.19 0.09 0.14 0.22 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.25 0.08 0.06 0.23 0.03 0.28 0.01 0.29 0.24 0.28 0.22 0.32 0.29 0.20 0.06 0.10 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.05 0.07 0.16 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.19 0.15 0.23 0.22 0.14 0.04 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.23 0.14 0.12 0.14 0.18 0.11 0.21 0.13 0.08 0.24 0.32 0.06 0.20 0.18 0.10 0.16 0.04 0.10 0.03
C2 0.20 0.27 0.22 0.19 0.25 0.22 0.29 0.23 0.30 0.19 0.31 0.38 0.30 0.36 0.25 0.19 0.20 0.10 0.26 0.10
C2' 0.09 0.23 0.18 0.12 0.15 0.17 0.10 0.21 0.11 0.12 0.23 0.30 0.08 0.18 0.17 0.11 0.16 0.08 0.10 0.05
C3' 0.15 0.19 0.28 0.11 0.14 0.14 0.12 0.15 0.14 0.15 0.19 0.23 0.18 0.13 0.15 0.15 0.10 0.02 0.06 0.00
C4 0.11 0.22 0.09 0.16 0.17 0.19 0.22 0.21 0.23 0.09 0.27 0.33 0.11 0.25 0.21 0.16 0.21 0.07 0.21 0.08
C4' 0.13 0.19 0.27 0.11 0.14 0.16 0.12 0.17 0.14 0.13 0.20 0.25 0.15 0.14 0.18 0.14 0.07 0.08 0.07 0.03
C5 0.09 0.23 0.07 0.15 0.19 0.15 0.21 0.17 0.19 0.08 0.29 0.33 0.06 0.20 0.24 0.14 0.22 0.08 0.22 0.08
C5' 0.18 0.23 0.33 0.10 0.22 0.15 0.20 0.14 0.20 0.19 0.24 0.26 0.26 0.13 0.25 0.16 0.06 0.17 0.13 0.08
C6 0.11 0.23 0.12 0.15 0.24 0.15 0.25 0.17 0.22 0.11 0.31 0.34 0.09 0.24 0.27 0.14 0.21 0.08 0.25 0.08
C8 0.08 0.23 0.12 0.12 0.17 0.13 0.10 0.15 0.11 0.08 0.27 0.29 0.13 0.13 0.23 0.12 0.22 0.08 0.15 0.06
N1 0.17 0.26 0.19 0.16 0.27 0.18 0.29 0.20 0.27 0.17 0.33 0.37 0.21 0.31 0.28 0.17 0.21 0.09 0.26 0.09
N3 0.17 0.24 0.17 0.20 0.20 0.24 0.26 0.25 0.28 0.16 0.27 0.35 0.26 0.34 0.21 0.19 0.20 0.10 0.24 0.10
N6 0.10 0.22 0.11 0.15 0.22 0.13 0.22 0.14 0.18 0.10 0.29 0.32 0.12 0.22 0.28 0.13 0.21 0.09 0.24 0.08
N7 0.08 0.23 0.09 0.15 0.18 0.13 0.13 0.14 0.12 0.08 0.28 0.30 0.14 0.14 0.25 0.12 0.23 0.09 0.18 0.07
N9 0.06 0.22 0.09 0.12 0.15 0.17 0.14 0.19 0.16 0.05 0.25 0.31 0.04 0.19 0.20 0.12 0.20 0.05 0.16 0.06
O2' 0.14 0.29 0.16 0.16 0.18 0.18 0.11 0.24 0.12 0.17 0.27 0.37 0.16 0.22 0.19 0.13 0.15 0.16 0.09 0.10
O3' 0.18 0.18 0.33 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.16 0.17 0.16 0.20 0.22 0.15 0.15 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.09 0.21 0.19 0.11 0.14 0.17 0.10 0.19 0.12 0.09 0.23 0.29 0.08 0.17 0.19 0.11 0.11 0.04 0.09 0.01
O5' 0.20 0.27 0.34 0.06 0.27 0.12 0.23 0.10 0.21 0.22 0.29 0.29 0.34 0.10 0.30 0.16 0.13 0.16 0.14 0.08
OP1 0.21 0.28 0.43 0.21 0.34 0.16 0.28 0.19 0.23 0.24 0.33 0.29 0.48 0.22 0.40 0.12 0.29 0.26 0.35 0.26
OP2 0.20 0.34 0.33 0.13 0.39 0.04 0.28 0.06 0.22 0.26 0.40 0.36 0.46 0.11 0.45 0.14 0.26 0.16 0.23 0.16
P 0.18 0.29 0.35 0.09 0.33 0.06 0.26 0.07 0.21 0.23 0.34 0.31 0.40 0.10 0.38 0.12 0.21 0.18 0.23 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.02 0.00 0.10 0.11 0.40 0.19
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.17 0.01 0.08 0.10 0.14 0.44 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.14 0.15 0.15 0.02 0.05 0.21 0.00 0.01 0.10 0.01 0.32 0.34 0.55 0.40
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.20 0.13 0.16 0.10 0.01 0.00 0.20 0.02 0.07 0.12 0.18 0.08
C4 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.03 0.00 0.02 0.17 0.19 0.38 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.06 0.21 0.01 0.07 0.00 0.01 0.14 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.08 0.01 0.08 0.21 0.18 0.36 0.16
C5' 0.04 0.04 0.15 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.04 0.08 0.07 0.15 0.06 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.05 0.01 0.10 0.18 0.14 0.39 0.16
N1 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.10 0.01 0.00 0.11 0.12 0.42 0.18
N3 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.11 0.00 0.05 0.13 0.17 0.42 0.18
O2 0.01 0.00 0.21 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.28 0.01 0.14 0.09 0.13 0.45 0.19
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.31 0.21 0.34 0.07 0.28 0.16 0.22 0.19 0.00 0.03 0.35 0.15 0.25 0.28 0.60 0.35
O3' 0.23 0.17 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.15 0.05 0.10 0.11 0.28 0.03 0.00 0.03 0.16 0.15 0.33 0.23 0.18
O4 0.02 0.01 0.10 0.20 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.03 0.00 0.03 0.19 0.22 0.35 0.17
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.05 0.14 0.15 0.16 0.03 0.00 0.09 0.08 0.29 0.10
O5' 0.10 0.10 0.32 0.07 0.17 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.13 0.09 0.25 0.15 0.19 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.14 0.34 0.12 0.19 0.14 0.18 0.19 0.14 0.12 0.17 0.13 0.28 0.33 0.22 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.44 0.55 0.18 0.38 0.19 0.36 0.10 0.39 0.42 0.42 0.45 0.60 0.23 0.35 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.18 0.40 0.08 0.17 0.04 0.16 0.01 0.16 0.18 0.18 0.19 0.35 0.18 0.17 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00