ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54814

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.055 std_dev=0.033
O2' A 0, 0.060, 0.120, 0.179, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.120 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.029, 0.096, 0.163, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.096 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.037, 0.109, 0.181, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.074, 0.169, 0.264, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.169 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.056, 0.159, 0.261, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.159 std_dev=0.102
N1 B 0, 0.068, 0.189, 0.309, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.189 std_dev=0.121
C4 B 0, 0.110, 0.235, 0.360, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.235 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.092, 0.220, 0.348, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.220 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.073, 0.204, 0.335, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.204 std_dev=0.131
C5 B 0, 0.123, 0.255, 0.387, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.255 std_dev=0.132
P A 0, 0.078, 0.211, 0.345, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.211 std_dev=0.134
C1' B 0, 0.089, 0.223, 0.357, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.223 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.088, 0.226, 0.364, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.226 std_dev=0.138
O4 B 0, 0.134, 0.278, 0.422, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.278 std_dev=0.144
O4' B 0, 0.086, 0.230, 0.374, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.230 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.096, 0.250, 0.403, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.250 std_dev=0.154
OP1 A 0, 0.093, 0.252, 0.412, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.252 std_dev=0.160
C3' B 0, 0.127, 0.302, 0.477, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.302 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.164, 0.341, 0.519, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.341 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.150, 0.328, 0.506, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.328 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.060, 0.239, 0.417, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.239 std_dev=0.178
O2 B 0, 0.105, 0.294, 0.483, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.182, 0.392, 0.603, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.392 std_dev=0.211
OP2 B 0, 0.231, 0.475, 0.720, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.475 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.149, 0.438, 0.727, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.438 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.168, 0.460, 0.752, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.460 std_dev=0.292
P B 0, 0.142, 0.468, 0.794, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.468 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.153, 0.620, 1.087, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.620 std_dev=0.467
OP1 B 0, -0.059, 0.788, 1.635, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.788 std_dev=0.847

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.09 0.19 0.16 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.13 0.12 0.12
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.13 0.13 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.15 0.15 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.18 0.16 0.16
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.17 0.14 0.15
N6 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.06 0.15 0.16 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.08 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.10 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.07
O5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.09 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.19 0.04 0.03 0.13 0.03 0.13 0.02 0.15 0.05 0.18 0.17 0.15 0.08 0.08 0.04 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.16 0.04 0.03 0.12 0.02 0.13 0.02 0.15 0.08 0.16 0.14 0.16 0.11 0.08 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.04 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.14 0.06 0.16 0.15 0.14 0.08 0.08 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.13 0.05 0.20 0.15 0.19 0.38 0.16 0.14 0.17 0.14 0.23 0.06 0.23 0.05 0.21 0.30 0.14 0.17
C2 0.15 0.10 0.18 0.12 0.12 0.14 0.08 0.21 0.06 0.10 0.09 0.15 0.21 0.13 0.19 0.16 0.18 0.13 0.06 0.05
C2' 0.18 0.18 0.15 0.10 0.22 0.15 0.22 0.42 0.20 0.18 0.20 0.16 0.26 0.12 0.24 0.10 0.28 0.37 0.21 0.22
C3' 0.17 0.17 0.14 0.12 0.24 0.16 0.25 0.43 0.21 0.18 0.21 0.15 0.26 0.15 0.28 0.10 0.33 0.55 0.23 0.30
C4 0.11 0.09 0.10 0.07 0.17 0.14 0.15 0.29 0.08 0.06 0.13 0.10 0.15 0.08 0.22 0.12 0.16 0.22 0.03 0.11
C4' 0.15 0.14 0.14 0.08 0.21 0.14 0.22 0.43 0.17 0.14 0.17 0.13 0.27 0.10 0.25 0.07 0.30 0.50 0.22 0.27
C5 0.11 0.07 0.10 0.10 0.14 0.14 0.12 0.30 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.10 0.22 0.13 0.15 0.27 0.08 0.12
C5' 0.13 0.13 0.12 0.09 0.23 0.16 0.23 0.43 0.17 0.13 0.17 0.11 0.25 0.11 0.28 0.06 0.30 0.58 0.20 0.30
C6 0.14 0.10 0.14 0.11 0.09 0.14 0.08 0.27 0.08 0.11 0.06 0.14 0.16 0.11 0.19 0.16 0.16 0.21 0.13 0.10
C8 0.08 0.08 0.03 0.11 0.17 0.15 0.17 0.38 0.10 0.06 0.12 0.07 0.11 0.12 0.22 0.05 0.18 0.41 0.05 0.19
N1 0.16 0.13 0.17 0.12 0.08 0.14 0.07 0.23 0.09 0.13 0.06 0.17 0.20 0.14 0.17 0.17 0.18 0.13 0.12 0.06
N3 0.12 0.09 0.16 0.08 0.16 0.14 0.13 0.23 0.07 0.07 0.13 0.12 0.20 0.10 0.21 0.14 0.17 0.17 0.03 0.08
N6 0.15 0.13 0.14 0.12 0.06 0.13 0.07 0.29 0.10 0.13 0.08 0.15 0.16 0.12 0.15 0.15 0.16 0.25 0.18 0.12
N7 0.08 0.05 0.06 0.12 0.14 0.15 0.13 0.35 0.06 0.04 0.09 0.07 0.08 0.13 0.21 0.09 0.15 0.38 0.08 0.17
N9 0.10 0.11 0.08 0.07 0.18 0.15 0.18 0.35 0.12 0.09 0.15 0.10 0.16 0.08 0.23 0.06 0.18 0.30 0.06 0.16
O2' 0.19 0.18 0.18 0.09 0.20 0.13 0.21 0.42 0.19 0.18 0.19 0.17 0.32 0.11 0.22 0.13 0.28 0.30 0.26 0.19
O3' 0.19 0.19 0.15 0.15 0.28 0.16 0.29 0.42 0.24 0.20 0.23 0.16 0.27 0.18 0.31 0.13 0.40 0.67 0.31 0.37
O4' 0.13 0.12 0.14 0.05 0.18 0.15 0.18 0.40 0.14 0.11 0.15 0.12 0.26 0.06 0.21 0.06 0.23 0.38 0.16 0.20
O5' 0.11 0.08 0.13 0.06 0.14 0.15 0.15 0.42 0.10 0.07 0.09 0.12 0.25 0.06 0.19 0.04 0.27 0.53 0.18 0.27
OP1 0.14 0.13 0.17 0.08 0.07 0.16 0.09 0.41 0.05 0.09 0.09 0.20 0.28 0.07 0.12 0.09 0.23 0.51 0.14 0.24
OP2 0.08 0.06 0.07 0.11 0.12 0.18 0.14 0.46 0.08 0.02 0.05 0.12 0.20 0.12 0.16 0.06 0.25 0.65 0.14 0.29
P 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.17 0.11 0.43 0.05 0.06 0.06 0.15 0.22 0.08 0.14 0.08 0.23 0.54 0.12 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.20 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.13 0.09 0.14 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.07 0.06 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.07 0.02 0.19 0.40 0.20 0.20
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.29 0.54 0.23 0.29
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.14 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.12 0.10 0.18 0.14
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.08 0.10 0.04 0.03 0.03 0.14 0.00 0.02 0.24 0.26 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.15 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.12 0.14 0.15 0.14
C5' 0.10 0.27 0.07 0.08 0.40 0.01 0.41 0.00 0.35 0.26 0.35 0.21 0.05 0.11 0.42 0.02 0.01 0.30 0.40 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.14 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.13 0.06 0.10 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.14 0.09 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.10 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.01 0.13 0.04 0.17 0.11
O2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.13 0.15 0.15 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.09 0.10 0.00 0.06 0.11 0.09 0.07 0.35 0.21 0.12
O3' 0.03 0.06 0.04 0.00 0.07 0.03 0.09 0.11 0.08 0.04 0.06 0.09 0.06 0.00 0.07 0.03 0.32 0.66 0.30 0.33
O4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.14 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.00 0.03 0.12 0.15 0.23 0.16
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.03 0.00 0.23 0.24 0.21 0.18
O5' 0.14 0.13 0.19 0.29 0.12 0.02 0.12 0.01 0.13 0.14 0.13 0.13 0.07 0.32 0.12 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.09 0.40 0.54 0.10 0.24 0.14 0.30 0.06 0.09 0.04 0.15 0.35 0.66 0.15 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.14 0.20 0.23 0.18 0.26 0.15 0.40 0.10 0.10 0.17 0.15 0.21 0.30 0.23 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.20 0.29 0.14 0.02 0.14 0.03 0.10 0.06 0.11 0.06 0.12 0.33 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00