ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54817

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.022, 0.057, 0.092, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.057 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.021, 0.058, 0.095, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.058 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.027, 0.075, 0.123, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.075 std_dev=0.048
C2 B 0, 0.003, 0.228, 0.452, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.228 std_dev=0.225
N3 B 0, -0.003, 0.223, 0.449, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.223 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.025, 0.254, 0.482, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.254 std_dev=0.229
C4 B 0, -0.034, 0.252, 0.538, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.252 std_dev=0.286
C6 B 0, 0.080, 0.385, 0.690, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.385 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.056, 0.385, 0.715, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.385 std_dev=0.330
O2 B 0, -0.066, 0.420, 0.905, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.420 std_dev=0.485
C1' B 0, -0.116, 0.392, 0.900, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.392 std_dev=0.508
O4 B 0, -0.159, 0.373, 0.905, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.373 std_dev=0.532
O4' B 0, 0.004, 0.603, 1.202, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.603 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.117, 0.827, 1.537, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.827 std_dev=0.710
O5' B 0, 0.003, 0.767, 1.531, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.767 std_dev=0.764
P B 0, 0.014, 0.879, 1.744, 2.244 max_d=2.244 avg_d=0.879 std_dev=0.865
C2' B 0, -0.043, 0.851, 1.745, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.851 std_dev=0.894
C4' B 0, -0.002, 0.925, 1.852, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.925 std_dev=0.927
C3' B 0, 0.018, 1.001, 1.985, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.001 std_dev=0.983
C5' B 0, 0.037, 1.028, 2.018, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.028 std_dev=0.991
O2' B 0, -0.024, 0.993, 2.009, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.993 std_dev=1.017
O4' A 0, -0.182, 1.028, 2.238, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.028 std_dev=1.210
C2' A 0, -0.204, 1.017, 2.239, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.017 std_dev=1.221
O3' A 0, -0.378, 0.873, 2.124, 3.267 max_d=3.267 avg_d=0.873 std_dev=1.251
O3' B 0, -0.057, 1.280, 2.616, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.280 std_dev=1.337
C3' A 0, -0.268, 1.103, 2.473, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.103 std_dev=1.370
OP1 B 0, -0.112, 1.443, 2.998, 4.001 max_d=4.001 avg_d=1.443 std_dev=1.555
C4' A 0, -0.251, 1.310, 2.871, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.310 std_dev=1.561
O2' A 0, -0.303, 1.593, 3.490, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.593 std_dev=1.896
C5' A 0, -0.445, 2.325, 5.095, 6.167 max_d=6.167 avg_d=2.325 std_dev=2.770
O5' A 0, -0.396, 2.703, 5.802, 7.069 max_d=7.069 avg_d=2.703 std_dev=3.099
OP1 A 0, -0.617, 3.674, 7.965, 9.640 max_d=9.640 avg_d=3.674 std_dev=4.291
P A 0, -0.668, 3.678, 8.023, 9.851 max_d=9.851 avg_d=3.678 std_dev=4.346
OP2 A 0, -0.815, 4.222, 9.259, 11.526 max_d=11.526 avg_d=4.222 std_dev=5.037

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.28 0.01 0.18 0.41 0.35 0.17
C2 0.03 0.00 0.49 0.37 0.00 0.50 0.00 0.90 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.71 0.47 0.37 1.45 1.33 2.62 1.82
C2' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.23 0.01 0.06 0.23 0.17 0.32 0.35 0.50 0.08 0.21 0.03 0.01 0.03 0.02 0.63 0.74 0.75 0.67
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.11 0.01 0.21 0.02 0.14 0.55 0.21 0.38 0.22 0.48 0.21 0.02 0.01 0.03 0.41 0.62 0.20 0.35
C4 0.02 0.00 0.23 0.11 0.00 0.21 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.43 0.21 0.19 0.66 0.42 1.30 0.78
C4' 0.01 0.50 0.01 0.01 0.21 0.00 0.08 0.01 0.19 0.31 0.38 0.48 0.12 0.20 0.05 0.23 0.04 0.00 0.04 0.54 0.24 0.24
C5 0.02 0.00 0.06 0.21 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.01 0.10 0.30 0.18 1.00 0.46
C5' 0.10 0.90 0.23 0.02 0.32 0.01 0.09 0.00 0.30 0.59 0.67 0.83 0.15 0.42 0.14 0.04 0.17 0.01 0.01 0.14 0.35 0.02
C6 0.01 0.00 0.17 0.14 0.00 0.19 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.46 0.08 0.18 0.61 0.51 1.53 0.88
C8 0.03 0.00 0.32 0.55 0.00 0.31 0.00 0.59 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.30 0.21 0.55 0.76 0.18 0.53
N1 0.02 0.00 0.35 0.21 0.00 0.38 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.63 0.29 0.30 1.12 1.05 2.27 1.49
N3 0.03 0.00 0.50 0.38 0.00 0.48 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.67 0.49 0.36 1.35 1.09 2.21 1.56
N6 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.41 0.05 0.14 0.40 0.35 1.31 0.67
N7 0.02 0.00 0.21 0.48 0.00 0.20 0.00 0.42 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.28 0.11 0.35 0.52 0.16 0.27
N9 0.02 0.00 0.03 0.21 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.06 0.02 0.11 0.31 0.49 0.14
O2' 0.01 0.71 0.01 0.02 0.43 0.23 0.34 0.04 0.46 0.11 0.63 0.67 0.41 0.13 0.16 0.00 0.07 0.17 0.55 0.58 0.82 0.61
O3' 0.28 0.47 0.03 0.01 0.21 0.04 0.01 0.17 0.08 0.30 0.29 0.49 0.05 0.28 0.06 0.07 0.00 0.21 0.24 0.57 0.25 0.13
O4' 0.01 0.37 0.02 0.03 0.19 0.00 0.10 0.01 0.18 0.21 0.30 0.36 0.14 0.11 0.02 0.17 0.21 0.00 0.14 0.59 0.09 0.25
O5' 0.18 1.45 0.63 0.41 0.66 0.04 0.30 0.01 0.61 0.55 1.12 1.35 0.40 0.35 0.11 0.55 0.24 0.14 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.41 1.33 0.74 0.62 0.42 0.54 0.18 0.14 0.51 0.76 1.05 1.09 0.35 0.52 0.31 0.58 0.57 0.59 0.03 0.00 0.07 0.00
OP2 0.35 2.62 0.75 0.20 1.30 0.24 1.00 0.35 1.53 0.18 2.27 2.21 1.31 0.16 0.49 0.82 0.25 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01
P 0.17 1.82 0.67 0.35 0.78 0.24 0.46 0.02 0.88 0.53 1.49 1.56 0.67 0.27 0.14 0.61 0.13 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.23 0.06 0.50 0.14 0.58 0.38 0.63 0.38 0.08 0.14 0.51 0.43 1.07 0.13 0.38 0.69 1.10 0.66 0.86
C2 0.39 0.10 0.51 0.30 0.09 0.35 0.20 0.39 0.31 0.24 0.19 0.30 0.50 0.45 0.19 0.39 0.48 0.60 0.31 0.51
C2' 0.68 0.54 0.84 0.34 0.41 0.37 0.70 0.76 0.73 0.52 0.39 0.85 1.25 0.52 0.38 0.50 1.03 1.55 1.15 1.29
C3' 0.47 0.44 0.68 0.62 0.27 0.30 0.58 0.23 0.48 0.24 0.21 0.86 1.03 1.32 0.32 0.21 0.55 1.23 0.78 0.94
C4 0.18 0.17 0.21 0.17 0.10 0.34 0.33 0.41 0.38 0.15 0.13 0.43 0.35 0.64 0.07 0.33 0.53 0.80 0.43 0.65
C4' 0.82 0.87 1.01 1.40 0.36 0.97 0.19 0.52 0.23 0.62 0.68 1.21 0.84 2.19 0.32 0.61 0.42 0.62 0.37 0.37
C5 0.12 0.13 0.15 0.11 0.13 0.25 0.33 0.32 0.33 0.13 0.08 0.32 0.20 0.47 0.09 0.25 0.44 0.71 0.33 0.57
C5' 1.25 1.33 1.51 1.75 0.67 1.25 0.43 0.92 0.57 1.02 1.09 1.78 1.49 2.58 0.60 1.00 0.67 0.34 0.58 0.44
C6 0.21 0.11 0.27 0.22 0.06 0.19 0.22 0.24 0.26 0.17 0.09 0.23 0.20 0.31 0.08 0.22 0.38 0.54 0.24 0.45
C8 0.11 0.17 0.15 0.29 0.22 0.47 0.43 0.49 0.36 0.03 0.05 0.39 0.25 0.72 0.24 0.33 0.53 0.99 0.51 0.76
N1 0.33 0.10 0.45 0.32 0.08 0.26 0.16 0.29 0.26 0.23 0.15 0.22 0.36 0.31 0.20 0.30 0.42 0.50 0.24 0.43
N3 0.33 0.15 0.40 0.23 0.07 0.38 0.27 0.45 0.36 0.20 0.18 0.42 0.52 0.63 0.11 0.42 0.54 0.73 0.40 0.61
N6 0.15 0.13 0.21 0.26 0.07 0.12 0.18 0.17 0.18 0.13 0.09 0.19 0.09 0.18 0.07 0.17 0.30 0.46 0.20 0.36
N7 0.08 0.13 0.09 0.12 0.22 0.35 0.40 0.38 0.32 0.04 0.06 0.31 0.16 0.52 0.23 0.29 0.42 0.83 0.37 0.63
N9 0.02 0.19 0.06 0.31 0.16 0.45 0.39 0.50 0.39 0.08 0.10 0.46 0.34 0.82 0.15 0.34 0.60 0.97 0.54 0.77
O2' 1.08 0.97 1.39 0.84 0.67 0.84 0.82 1.20 0.92 0.91 0.81 1.26 1.93 0.33 0.60 0.82 1.37 1.87 1.47 1.56
O3' 0.48 0.52 0.70 0.80 0.21 0.55 0.51 0.49 0.35 0.22 0.28 0.97 1.06 1.46 0.29 0.23 0.67 1.47 0.97 1.12
O4' 0.90 0.85 1.00 1.47 0.54 1.26 0.49 0.97 0.56 0.75 0.71 1.04 0.63 2.12 0.49 0.94 0.87 0.97 0.79 0.83
O5' 1.09 1.39 1.26 1.48 0.75 1.05 0.43 0.87 0.52 0.97 1.20 1.89 1.24 2.28 0.72 0.84 0.64 0.44 0.66 0.55
OP1 1.12 1.48 1.35 1.62 0.89 1.11 0.53 0.93 0.60 1.03 1.33 1.98 1.39 2.48 0.89 0.86 0.72 0.47 0.74 0.59
OP2 1.39 2.09 1.54 1.59 1.42 1.22 0.83 1.20 0.83 1.42 2.00 2.73 1.66 2.31 1.47 1.03 0.90 0.97 0.92 0.92
P 1.28 1.74 1.50 1.66 1.07 1.16 0.63 0.98 0.68 1.21 1.58 2.32 1.59 2.49 1.07 0.93 0.74 0.54 0.78 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.32 0.01 0.00 0.14 0.14 0.26 0.26
C2 0.02 0.00 0.16 0.33 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.05 0.01 0.06 0.19 0.10 0.08 0.16
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.21 0.13 0.04 0.12 0.27 0.00 0.03 0.06 0.01 0.48 0.34 0.67 0.56
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.50 0.00 0.49 0.01 0.41 0.30 0.43 0.24 0.02 0.01 0.54 0.02 0.08 0.25 0.05 0.09
C4 0.01 0.01 0.07 0.50 0.00 0.22 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.39 0.29 0.00 0.02 0.41 0.20 0.34 0.24
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.22 0.00 0.25 0.00 0.22 0.13 0.16 0.04 0.33 0.02 0.24 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.11 0.49 0.01 0.25 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.36 0.01 0.07 0.43 0.20 0.33 0.22
C5' 0.07 0.07 0.21 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.16 0.07 0.14 0.03 0.10 0.22 0.24 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.41 0.00 0.22 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.25 0.01 0.08 0.30 0.14 0.12 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.30 0.01 0.13 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.04 0.01 0.01 0.16 0.11 0.07 0.17
N3 0.02 0.00 0.12 0.43 0.00 0.16 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.13 0.01 0.04 0.31 0.15 0.21 0.19
O2 0.04 0.00 0.27 0.24 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.23 0.01 0.11 0.13 0.06 0.09 0.17
O2' 0.01 0.26 0.00 0.02 0.39 0.33 0.35 0.10 0.27 0.22 0.35 0.15 0.00 0.06 0.42 0.25 0.36 0.15 0.75 0.46
O3' 0.32 0.05 0.03 0.01 0.29 0.02 0.36 0.22 0.25 0.04 0.13 0.23 0.06 0.00 0.36 0.22 0.24 0.73 0.36 0.41
O4 0.01 0.01 0.06 0.54 0.00 0.24 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.36 0.00 0.02 0.47 0.26 0.47 0.31
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.11 0.25 0.22 0.02 0.00 0.11 0.19 0.07 0.13
O5' 0.14 0.19 0.48 0.08 0.41 0.00 0.43 0.01 0.30 0.16 0.31 0.13 0.36 0.24 0.47 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.10 0.34 0.25 0.20 0.07 0.20 0.07 0.14 0.11 0.15 0.06 0.15 0.73 0.26 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.08 0.67 0.05 0.34 0.06 0.33 0.10 0.12 0.07 0.21 0.09 0.75 0.36 0.47 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.16 0.56 0.09 0.24 0.01 0.22 0.01 0.14 0.17 0.19 0.17 0.46 0.41 0.31 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00