ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54818

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.037, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N1 B 0, 0.190, 0.521, 0.852, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.521 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.255, 0.609, 0.964, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.609 std_dev=0.355
C6 B 0, 0.206, 0.580, 0.953, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.580 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.129, 0.552, 0.974, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.552 std_dev=0.423
O4' A 0, -0.074, 0.352, 0.779, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.352 std_dev=0.426
O2 B 0, 0.261, 0.696, 1.131, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.696 std_dev=0.435
C5 B 0, 0.227, 0.684, 1.142, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.684 std_dev=0.458
N3 B 0, 0.186, 0.655, 1.125, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.655 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.277, 0.751, 1.225, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.751 std_dev=0.474
C2' A 0, -0.095, 0.438, 0.972, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.438 std_dev=0.533
C4 B 0, 0.156, 0.696, 1.237, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.696 std_dev=0.540
O2' B 0, 0.486, 1.081, 1.675, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.081 std_dev=0.594
C4' A 0, -0.032, 0.582, 1.196, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.582 std_dev=0.614
C2' B 0, 0.131, 0.762, 1.393, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.762 std_dev=0.631
O5' B 0, 0.410, 1.064, 1.719, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.064 std_dev=0.655
C3' A 0, 0.025, 0.702, 1.380, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.702 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.210, 0.897, 1.584, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.897 std_dev=0.687
O4 B 0, 0.051, 0.799, 1.548, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.799 std_dev=0.749
C5' B 0, 0.347, 1.112, 1.877, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.112 std_dev=0.765
C4' B 0, 0.239, 1.007, 1.775, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.007 std_dev=0.768
C5' A 0, -0.108, 0.725, 1.558, 2.341 max_d=2.341 avg_d=0.725 std_dev=0.833
O2' A 0, -0.064, 0.780, 1.623, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.780 std_dev=0.844
C3' B 0, 0.178, 1.088, 1.998, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.088 std_dev=0.910
P A 0, 0.168, 1.113, 2.059, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.113 std_dev=0.946
P B 0, 0.300, 1.257, 2.214, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.257 std_dev=0.957
O3' A 0, 0.092, 1.090, 2.087, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.090 std_dev=0.998
OP2 A 0, -0.014, 1.052, 2.118, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.052 std_dev=1.066
OP2 B 0, 0.419, 1.687, 2.954, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.687 std_dev=1.267
OP1 A 0, 0.188, 1.511, 2.835, 3.484 max_d=3.484 avg_d=1.511 std_dev=1.324
O3' B 0, 0.156, 1.665, 3.175, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.665 std_dev=1.509
OP1 B 0, 0.407, 2.004, 3.600, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.004 std_dev=1.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.00 0.19 0.23 0.23 0.18
C2 0.02 0.00 0.31 0.26 0.01 0.04 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.14 0.17 0.18 0.42 0.23
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.05 0.26 0.12 0.19 0.23 0.32 0.07 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.52 0.55 0.69 0.57
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.03 0.29 0.23 0.28 0.24 0.31 0.27 0.18 0.00 0.00 0.02 0.34 0.25 0.43 0.28
C4 0.02 0.01 0.16 0.24 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.13 0.07 0.16 0.18 0.38 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.26 0.01 0.00 0.02 0.24 0.01 0.12
C5 0.00 0.02 0.05 0.27 0.01 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.06 0.04 0.18 0.26 0.48 0.30
C5' 0.13 0.15 0.26 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.18 0.18 0.17 0.12 0.20 0.19 0.15 0.07 0.20 0.02 0.01 0.11 0.03 0.04
C6 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.08 0.07 0.19 0.28 0.51 0.32
C8 0.02 0.01 0.19 0.23 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.35 0.07 0.07 0.18 0.25 0.41 0.29
N1 0.01 0.01 0.23 0.28 0.01 0.05 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.31 0.13 0.12 0.19 0.24 0.48 0.28
N3 0.03 0.01 0.32 0.24 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.23 0.12 0.15 0.15 0.36 0.18
N6 0.01 0.01 0.07 0.31 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.09 0.06 0.19 0.34 0.56 0.36
N7 0.02 0.01 0.12 0.27 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.08 0.03 0.19 0.31 0.51 0.35
N9 0.00 0.01 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.13 0.01 0.16 0.17 0.33 0.20
O2' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.24 0.26 0.29 0.07 0.31 0.35 0.31 0.35 0.34 0.37 0.20 0.00 0.04 0.16 0.51 0.55 0.85 0.59
O3' 0.32 0.20 0.02 0.00 0.13 0.01 0.06 0.20 0.08 0.07 0.13 0.23 0.09 0.08 0.13 0.04 0.00 0.24 0.32 0.16 0.35 0.19
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.12 0.12 0.06 0.03 0.01 0.16 0.24 0.00 0.14 0.24 0.17 0.21
O5' 0.19 0.17 0.52 0.34 0.16 0.02 0.18 0.01 0.19 0.18 0.19 0.15 0.19 0.19 0.16 0.51 0.32 0.14 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.23 0.18 0.55 0.25 0.18 0.24 0.26 0.11 0.28 0.25 0.24 0.15 0.34 0.31 0.17 0.55 0.16 0.24 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.23 0.42 0.69 0.43 0.38 0.01 0.48 0.03 0.51 0.41 0.48 0.36 0.56 0.51 0.33 0.85 0.35 0.17 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.18 0.23 0.57 0.28 0.22 0.12 0.30 0.04 0.32 0.29 0.28 0.18 0.36 0.35 0.20 0.59 0.19 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.36 0.37 0.34 0.26 0.45 0.13 0.57 0.21 0.29 0.36 0.42 0.39 0.46 0.33 0.44 0.49 1.25 0.70 0.44
C2 0.18 0.23 0.21 0.32 0.24 0.44 0.32 0.45 0.24 0.12 0.20 0.35 0.22 0.77 0.27 0.34 0.32 1.33 0.33 0.55
C2' 0.64 0.48 0.68 0.62 0.37 0.79 0.39 0.89 0.56 0.56 0.43 0.49 0.73 0.72 0.47 0.79 0.82 0.72 1.08 0.50
C3' 0.78 0.83 0.85 0.66 0.88 0.80 0.81 0.88 0.80 0.80 0.88 0.83 0.94 0.77 0.94 0.82 0.84 0.73 1.14 0.55
C4 0.23 0.27 0.22 0.24 0.09 0.38 0.20 0.43 0.11 0.16 0.20 0.39 0.28 0.55 0.15 0.37 0.38 1.33 0.46 0.49
C4' 0.51 0.57 0.58 0.48 0.57 0.59 0.52 0.70 0.52 0.53 0.60 0.59 0.64 0.60 0.62 0.58 0.68 0.91 1.02 0.43
C5 0.20 0.22 0.15 0.20 0.20 0.34 0.34 0.37 0.21 0.10 0.12 0.39 0.30 0.56 0.28 0.34 0.40 1.29 0.51 0.53
C5' 0.33 0.39 0.40 0.47 0.42 0.51 0.42 0.70 0.41 0.35 0.44 0.42 0.49 0.52 0.48 0.44 0.75 0.99 1.32 0.68
C6 0.19 0.12 0.16 0.22 0.37 0.38 0.43 0.37 0.32 0.11 0.19 0.32 0.32 0.69 0.44 0.36 0.37 1.24 0.41 0.54
C8 0.24 0.34 0.21 0.24 0.08 0.33 0.21 0.42 0.17 0.21 0.30 0.46 0.35 0.42 0.04 0.35 0.48 1.29 0.76 0.55
N1 0.12 0.20 0.13 0.29 0.35 0.42 0.41 0.42 0.34 0.13 0.26 0.33 0.28 0.82 0.39 0.35 0.34 1.25 0.37 0.57
N3 0.25 0.25 0.28 0.29 0.15 0.43 0.20 0.47 0.09 0.17 0.19 0.36 0.25 0.63 0.20 0.39 0.34 1.37 0.30 0.48
N6 0.29 0.12 0.29 0.26 0.48 0.40 0.48 0.37 0.37 0.21 0.29 0.27 0.44 0.71 0.60 0.39 0.41 1.18 0.46 0.56
N7 0.23 0.28 0.18 0.21 0.14 0.32 0.31 0.37 0.19 0.16 0.18 0.45 0.36 0.47 0.24 0.33 0.46 1.28 0.67 0.56
N9 0.26 0.33 0.27 0.26 0.13 0.38 0.13 0.47 0.15 0.23 0.30 0.43 0.33 0.46 0.15 0.38 0.45 1.30 0.65 0.49
O2' 0.48 0.25 0.52 0.69 0.57 0.78 0.35 0.97 0.36 0.32 0.43 0.22 0.55 0.63 0.87 0.70 0.81 0.90 1.01 0.59
O3' 0.63 0.73 0.77 0.53 0.91 0.65 0.82 0.73 0.71 0.68 0.85 0.71 0.83 0.60 1.04 0.64 0.66 0.80 0.79 0.29
O4' 0.31 0.41 0.36 0.32 0.34 0.41 0.24 0.53 0.26 0.32 0.43 0.47 0.39 0.44 0.36 0.39 0.50 1.24 0.78 0.43
O5' 0.40 0.61 0.43 0.16 0.60 0.29 0.40 0.36 0.36 0.45 0.68 0.67 0.65 0.34 0.70 0.37 0.41 1.08 0.91 0.37
OP1 0.50 0.82 0.56 0.15 0.85 0.30 0.57 0.39 0.48 0.59 0.95 0.91 0.84 0.34 1.02 0.40 0.44 0.98 1.04 0.41
OP2 0.75 1.05 0.79 0.48 0.91 0.47 0.58 0.26 0.57 0.79 1.12 1.18 1.07 0.64 1.00 0.59 0.30 1.26 0.59 0.41
P 0.47 0.78 0.51 0.16 0.74 0.24 0.44 0.25 0.38 0.54 0.88 0.88 0.76 0.34 0.87 0.36 0.34 1.14 0.86 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.26 0.02 0.01 0.20 0.46 0.73 0.36
C2 0.02 0.00 0.15 0.25 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.07 0.01 0.05 0.33 0.76 0.66 0.38
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.17 0.11 0.02 0.11 0.25 0.00 0.02 0.05 0.02 0.39 0.61 1.19 0.70
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.38 0.01 0.37 0.02 0.30 0.23 0.33 0.18 0.03 0.01 0.41 0.02 0.32 0.60 0.69 0.47
C4 0.02 0.01 0.04 0.38 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.18 0.00 0.04 0.45 1.10 0.53 0.49
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.17 0.00 0.18 0.01 0.16 0.10 0.13 0.06 0.32 0.01 0.18 0.01 0.01 0.16 0.35 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.37 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.01 0.07 0.42 1.14 0.44 0.48
C5' 0.05 0.07 0.17 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.15 0.07 0.13 0.04 0.12 0.21 0.21 0.01 0.01 0.14 0.34 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.30 0.02 0.16 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.13 0.02 0.08 0.34 0.93 0.46 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.05 0.02 0.02 0.29 0.71 0.62 0.36
N3 0.02 0.00 0.11 0.33 0.01 0.13 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.34 0.08 0.01 0.04 0.40 0.94 0.60 0.44
O2 0.03 0.00 0.25 0.18 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.33 0.18 0.02 0.08 0.29 0.65 0.73 0.37
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.34 0.32 0.30 0.12 0.23 0.20 0.34 0.33 0.00 0.03 0.36 0.22 0.38 0.69 1.29 0.74
O3' 0.26 0.07 0.02 0.01 0.18 0.01 0.21 0.21 0.13 0.05 0.08 0.18 0.03 0.00 0.22 0.15 0.38 0.82 0.58 0.50
O4 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.18 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.22 0.00 0.04 0.48 1.20 0.54 0.55
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.08 0.22 0.15 0.04 0.00 0.09 0.42 0.41 0.19
O5' 0.20 0.33 0.39 0.32 0.45 0.01 0.42 0.01 0.34 0.29 0.40 0.29 0.38 0.38 0.48 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.46 0.76 0.61 0.60 1.10 0.16 1.14 0.14 0.93 0.71 0.94 0.65 0.69 0.82 1.20 0.42 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.73 0.66 1.19 0.69 0.53 0.35 0.44 0.34 0.46 0.62 0.60 0.73 1.29 0.58 0.54 0.41 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.36 0.38 0.70 0.47 0.49 0.11 0.48 0.02 0.39 0.36 0.44 0.37 0.74 0.50 0.55 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00