ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54821

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
P A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O5' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O3' A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
OP2 A 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O2 B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.000, 0.351, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.351 std_dev=0.351
N1 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C6 B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O3' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.000, 0.414, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C5' B 0, 0.000, 0.439, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C5 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C4 B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O4 B 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
P B 0, 0.000, 0.592, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
OP1 B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
OP2 B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.01 0.09 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01
C8 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
N3 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.10 0.05 0.04
N6 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.02 0.03 0.08 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.10 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.10 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.12 0.04 0.09 0.03 0.06 0.07 0.12 0.11 0.07 0.05 0.13 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02
C2 0.16 0.14 0.18 0.18 0.11 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.11 0.13 0.18 0.18 0.09 0.15 0.18 0.18 0.18 0.18
C2' 0.09 0.16 0.05 0.04 0.16 0.01 0.13 0.01 0.12 0.13 0.16 0.16 0.01 0.01 0.16 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01
C3' 0.09 0.13 0.06 0.07 0.13 0.06 0.12 0.06 0.11 0.12 0.13 0.13 0.03 0.05 0.14 0.08 0.05 0.02 0.06 0.05
C4 0.11 0.01 0.12 0.11 0.02 0.13 0.03 0.12 0.07 0.06 0.03 0.01 0.14 0.12 0.04 0.12 0.12 0.13 0.10 0.12
C4' 0.06 0.11 0.04 0.04 0.13 0.04 0.11 0.05 0.10 0.10 0.12 0.11 0.00 0.02 0.14 0.06 0.04 0.02 0.06 0.04
C5 0.13 0.03 0.12 0.12 0.01 0.14 0.07 0.15 0.11 0.10 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.15 0.16 0.17 0.13 0.16
C5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.11 0.05 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.01 0.03 0.12 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07
C6 0.16 0.12 0.15 0.16 0.12 0.17 0.16 0.18 0.18 0.16 0.10 0.08 0.14 0.15 0.08 0.17 0.20 0.21 0.20 0.21
C8 0.03 0.10 0.03 0.04 0.15 0.07 0.09 0.07 0.04 0.04 0.15 0.10 0.07 0.04 0.17 0.07 0.06 0.09 0.02 0.06
N1 0.18 0.17 0.18 0.19 0.16 0.18 0.18 0.19 0.19 0.19 0.15 0.15 0.17 0.18 0.14 0.18 0.21 0.21 0.21 0.22
N3 0.13 0.06 0.15 0.14 0.03 0.13 0.06 0.12 0.09 0.09 0.03 0.06 0.16 0.15 0.02 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13
N6 0.17 0.13 0.14 0.16 0.16 0.18 0.20 0.20 0.21 0.17 0.12 0.08 0.13 0.14 0.13 0.19 0.23 0.24 0.23 0.24
N7 0.08 0.05 0.07 0.07 0.09 0.11 0.01 0.12 0.05 0.03 0.11 0.06 0.09 0.07 0.13 0.12 0.12 0.14 0.09 0.12
N9 0.04 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.02 0.03 0.11 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06
O2' 0.15 0.19 0.12 0.08 0.18 0.06 0.15 0.04 0.15 0.17 0.19 0.21 0.08 0.05 0.18 0.12 0.05 0.00 0.06 0.03
O3' 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.15 0.10 0.10 0.13 0.13 0.09 0.04 0.08 0.07
O4' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.12 0.09 0.06 0.03 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01
O5' 0.04 0.08 0.02 0.04 0.10 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.11 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07
OP1 0.06 0.11 0.03 0.04 0.13 0.05 0.12 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11 0.01 0.02 0.15 0.07 0.06 0.05 0.09 0.07
OP2 0.03 0.05 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.08 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05
P 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.03 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.03 0.00 0.10 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00