ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
OP1 B 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O4' B 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4' B 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
P B 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C5' B 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C3' B 0, 0.000, 0.094, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C2' B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O5' B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O2' B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
OP2 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C6 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
N1 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O3' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
P A 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O2 B 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.000, 0.215, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
OP1 A 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O4 B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C5' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.000, 0.237, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.237

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00
C5' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.00
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01
N7 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05
O5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02
C2 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01
C2' 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00
C3' 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04
C4 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.10 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00
C4' 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.04 0.00 0.05 0.05 0.10 0.05 0.07
C5 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.08 0.03 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
C5' 0.08 0.07 0.12 0.11 0.08 0.15 0.10 0.15 0.10 0.08 0.07 0.06 0.16 0.03 0.07 0.13 0.16 0.19 0.14 0.16
C6 0.03 0.09 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.08 0.10 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00
C8 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.02 0.08 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01
N1 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.10 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
N3 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N6 0.04 0.11 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.01 0.05 0.07 0.12 0.12 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01
N7 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.08 0.08 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01
N9 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01
O2' 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
O3' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.10 0.05 0.06 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04
O4' 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.13 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00
O5' 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.10 0.06 0.12 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.07 0.13 0.17 0.13 0.13
OP1 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.13 0.17 0.16 0.14
OP2 0.11 0.16 0.06 0.03 0.14 0.02 0.10 0.07 0.09 0.12 0.16 0.18 0.07 0.01 0.14 0.04 0.08 0.10 0.12 0.08
P 0.05 0.07 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.02 0.05 0.06 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.13 0.13 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05
C2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.07 0.09 0.06 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.06
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.05
C5' 0.03 0.06 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.07
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.06 0.08 0.06 0.07
O2 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O3' 0.09 0.09 0.01 0.00 0.08 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.08 0.09 0.03 0.00 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06
O4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05
O4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O5' 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.08 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.09 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00