ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 5, 6, 3, 6, 6, 5, 17, 4, 18, 19, 18, 13, 4, 6, 2, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.011, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.035 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.039, 0.083, 0.127, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.083 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.040, 0.101, 0.162, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.101 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.038, 0.104, 0.170, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.104 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.053, 0.141, 0.229, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.141 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.059, 0.153, 0.247, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.153 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.063, 0.168, 0.272, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.168 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.120, 0.265, 0.410, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.265 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.213, 0.365, 0.516, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.365 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.138, 0.299, 0.459, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.299 std_dev=0.161
P A 0, 0.302, 0.518, 0.733, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.518 std_dev=0.216
OP1 A 0, 0.324, 0.579, 0.835, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.579 std_dev=0.256
OP2 A 0, 0.299, 0.564, 0.830, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.564 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.434, 0.717, 1.001, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.717 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.486, 0.816, 1.146, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.816 std_dev=0.330
N1 B 0, 0.532, 0.888, 1.244, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.888 std_dev=0.356
C4 B 0, 0.485, 0.853, 1.222, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.853 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.585, 0.973, 1.361, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.973 std_dev=0.388
N4 B 0, 0.393, 0.870, 1.347, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.870 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.619, 1.147, 1.674, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.147 std_dev=0.528
C2 B 0, 0.681, 1.214, 1.748, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.214 std_dev=0.534
C2' B 0, 0.532, 1.079, 1.626, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.079 std_dev=0.547
N3 B 0, 0.630, 1.222, 1.813, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.222 std_dev=0.592
O2' B 0, 0.592, 1.199, 1.806, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.199 std_dev=0.607
O2 B 0, 0.829, 1.608, 2.387, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.608 std_dev=0.779
C4' B 0, 0.436, 1.264, 2.091, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.264 std_dev=0.827
C3' B 0, 0.341, 1.179, 2.017, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.179 std_dev=0.838
O5' B 0, 0.137, 1.323, 2.509, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.323 std_dev=1.186
C5' B 0, 0.253, 1.460, 2.668, 4.526 max_d=4.526 avg_d=1.460 std_dev=1.208
O3' B 0, 0.193, 1.423, 2.652, 4.982 max_d=4.982 avg_d=1.423 std_dev=1.230
OP2 B 0, -0.095, 1.331, 2.756, 4.786 max_d=4.786 avg_d=1.331 std_dev=1.426
P B 0, -0.046, 1.531, 3.107, 5.307 max_d=5.307 avg_d=1.531 std_dev=1.576
OP1 B 0, -0.051, 1.908, 3.868, 6.701 max_d=6.701 avg_d=1.908 std_dev=1.959

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.13 0.14 0.20 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.09 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.17 0.22 0.28 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.17 0.21 0.27 0.24
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.15 0.16 0.20 0.19
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.12 0.17 0.15
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.15 0.18 0.25 0.21
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.11 0.11 0.19 0.14
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.08 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.16 0.13 0.11
O4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.18 0.24 0.31 0.26
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.07 0.08 0.07
O5' 0.07 0.13 0.04 0.04 0.17 0.01 0.17 0.01 0.15 0.12 0.15 0.11 0.03 0.08 0.18 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.14 0.07 0.09 0.22 0.06 0.21 0.06 0.16 0.12 0.18 0.11 0.09 0.16 0.24 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.20 0.08 0.08 0.28 0.02 0.27 0.02 0.20 0.17 0.25 0.19 0.06 0.13 0.31 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.05 0.05 0.24 0.02 0.24 0.01 0.19 0.15 0.21 0.14 0.04 0.11 0.26 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.21 0.18 0.21 0.23 0.35 0.35 0.47 0.35 0.27 0.20 0.21 0.20 0.20 0.18 0.39 0.52 0.66 0.69 0.68
C2 0.29 0.16 0.29 0.38 0.14 0.42 0.29 0.53 0.33 0.26 0.12 0.13 0.14 0.28 0.39 0.37 0.58 0.74 0.76 0.71
C2' 0.27 0.14 0.16 0.25 0.18 0.43 0.36 0.60 0.38 0.24 0.18 0.22 0.17 0.17 0.22 0.45 0.66 0.86 0.86 0.86
C3' 0.27 0.15 0.16 0.25 0.19 0.44 0.36 0.63 0.38 0.25 0.19 0.21 0.19 0.18 0.21 0.46 0.68 0.91 0.90 0.91
C4 0.32 0.16 0.39 0.51 0.13 0.51 0.26 0.63 0.33 0.26 0.12 0.14 0.14 0.37 0.56 0.39 0.68 0.93 0.88 0.83
C4' 0.30 0.24 0.18 0.18 0.27 0.36 0.37 0.50 0.37 0.29 0.24 0.25 0.25 0.23 0.13 0.42 0.54 0.71 0.73 0.73
C5 0.31 0.15 0.32 0.43 0.14 0.48 0.29 0.62 0.34 0.26 0.12 0.13 0.13 0.30 0.46 0.40 0.67 0.91 0.87 0.84
C5' 0.29 0.25 0.19 0.18 0.26 0.35 0.35 0.49 0.35 0.29 0.25 0.25 0.26 0.23 0.14 0.41 0.53 0.72 0.73 0.73
C6 0.29 0.16 0.25 0.35 0.17 0.44 0.31 0.57 0.34 0.26 0.14 0.14 0.14 0.24 0.35 0.40 0.63 0.84 0.83 0.80
N1 0.29 0.17 0.23 0.31 0.18 0.40 0.32 0.53 0.34 0.26 0.15 0.15 0.15 0.23 0.30 0.39 0.58 0.75 0.77 0.73
N3 0.31 0.16 0.38 0.48 0.13 0.48 0.26 0.59 0.32 0.26 0.13 0.15 0.15 0.36 0.53 0.37 0.64 0.84 0.83 0.77
O2 0.29 0.16 0.28 0.35 0.14 0.39 0.29 0.47 0.33 0.25 0.13 0.15 0.14 0.27 0.35 0.35 0.53 0.63 0.66 0.62
O2' 0.27 0.17 0.15 0.18 0.22 0.38 0.37 0.54 0.38 0.25 0.22 0.25 0.21 0.19 0.14 0.44 0.59 0.75 0.77 0.78
O3' 0.25 0.16 0.14 0.23 0.18 0.45 0.35 0.67 0.38 0.22 0.23 0.23 0.25 0.17 0.19 0.48 0.73 0.99 0.96 0.98
O4 0.34 0.17 0.45 0.59 0.13 0.55 0.24 0.67 0.32 0.27 0.14 0.16 0.17 0.44 0.67 0.39 0.71 0.99 0.90 0.86
O4' 0.29 0.27 0.19 0.17 0.28 0.31 0.34 0.42 0.34 0.29 0.26 0.26 0.27 0.22 0.14 0.38 0.46 0.59 0.63 0.61
O5' 0.24 0.17 0.16 0.22 0.19 0.36 0.30 0.53 0.31 0.23 0.18 0.17 0.19 0.17 0.21 0.38 0.58 0.81 0.80 0.79
OP1 0.27 0.19 0.17 0.23 0.21 0.39 0.32 0.56 0.34 0.25 0.19 0.19 0.21 0.19 0.21 0.41 0.61 0.86 0.83 0.83
OP2 0.22 0.14 0.17 0.27 0.15 0.38 0.24 0.56 0.27 0.19 0.16 0.16 0.16 0.16 0.28 0.34 0.61 0.89 0.83 0.82
P 0.23 0.17 0.15 0.22 0.18 0.35 0.28 0.51 0.29 0.22 0.18 0.17 0.19 0.17 0.22 0.35 0.57 0.81 0.79 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.03 0.11 0.12 0.18 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.03 0.05 0.07 0.19 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.20 0.02 0.21 0.07 0.06 0.14 0.15 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.01 0.22 0.26 0.33 0.26
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.11 0.20 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.25 0.03 0.27 0.31 0.36 0.29
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.16 0.08 0.09 0.16 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.23 0.04 0.23 0.24 0.26 0.22
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.13 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.16 0.18 0.26 0.20
N4 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.18 0.02 0.24 0.31 0.38 0.30
O2 0.02 0.00 0.19 0.15 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.20 0.06 0.07 0.08 0.14 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.09 0.05 0.22 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.15 0.02 0.25 0.04 0.23 0.07 0.07 0.18 0.20 0.03 0.00 0.02 0.08 0.14 0.09 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.08 0.07
O5' 0.05 0.11 0.03 0.05 0.22 0.01 0.27 0.01 0.23 0.13 0.16 0.24 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.07 0.09 0.26 0.05 0.31 0.04 0.24 0.13 0.18 0.31 0.08 0.07 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.18 0.06 0.06 0.33 0.02 0.36 0.01 0.26 0.17 0.26 0.38 0.14 0.05 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.04 0.05 0.26 0.02 0.29 0.01 0.22 0.13 0.20 0.30 0.09 0.03 0.09 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00