ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 10, 12, 5, 7, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.032, 0.075, 0.118, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.075 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.020, 0.063, 0.107, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.063 std_dev=0.043
O4 A 0, 0.007, 0.053, 0.099, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.053 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.036, 0.105, 0.174, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.105 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.048, 0.121, 0.194, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.121 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.083, 0.158, 0.233, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.158 std_dev=0.075
N4 B 0, 0.145, 0.245, 0.345, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.245 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.072, 0.178, 0.283, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.178 std_dev=0.106
P A 0, 0.154, 0.260, 0.366, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.260 std_dev=0.106
C4 B 0, 0.168, 0.286, 0.404, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.286 std_dev=0.118
N3 B 0, 0.193, 0.313, 0.434, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.313 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.073, 0.194, 0.315, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.194 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.060, 0.188, 0.315, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.188 std_dev=0.128
OP2 A 0, 0.172, 0.304, 0.436, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.304 std_dev=0.132
OP1 A 0, 0.165, 0.307, 0.449, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.307 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.199, 0.355, 0.510, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.355 std_dev=0.155
C2 B 0, 0.215, 0.371, 0.526, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.371 std_dev=0.156
O2 B 0, 0.230, 0.413, 0.597, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.413 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.239, 0.424, 0.609, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.424 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.233, 0.419, 0.604, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.419 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.260, 0.496, 0.731, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.496 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.263, 0.500, 0.738, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.500 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.303, 0.545, 0.788, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.545 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.260, 0.517, 0.773, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.517 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.276, 0.533, 0.791, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.533 std_dev=0.257
OP1 B 0, 0.345, 0.611, 0.878, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.611 std_dev=0.267
P B 0, 0.262, 0.530, 0.797, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.530 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.262, 0.538, 0.815, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.538 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.289, 0.575, 0.861, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.575 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.296, 0.583, 0.871, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.583 std_dev=0.288
O2' B 0, 0.280, 0.589, 0.898, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.589 std_dev=0.309
O3' B 0, 0.285, 0.608, 0.931, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.608 std_dev=0.323

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.10 0.13 0.16 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.10 0.13 0.15 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.09 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.10 0.14 0.17 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.05 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.05 0.06 0.13 0.05 0.13 0.05 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.06 0.05 0.16 0.02 0.15 0.01 0.11 0.09 0.14 0.11 0.05 0.06 0.17 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.04 0.13 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.11 0.08 0.04 0.05 0.14 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.05 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09
C2 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.07 0.10 0.12 0.09
C3' 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.05 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09
C4 0.11 0.08 0.11 0.12 0.08 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.07 0.06 0.08 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11
C4' 0.10 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.07 0.09 0.08 0.11 0.12 0.10
C5 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09
C5' 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.07 0.09 0.08 0.12 0.13 0.10
C6 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06
N1 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06
N3 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09
O2 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.05 0.08 0.10 0.07
O2' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.06 0.10 0.10 0.12 0.14 0.12
O3' 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.08 0.08 0.10 0.12 0.10
O4 0.15 0.11 0.14 0.16 0.10 0.17 0.13 0.16 0.15 0.13 0.09 0.08 0.10 0.14 0.16 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16
O4' 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.07 0.09 0.08 0.12 0.13 0.10
O5' 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.07 0.09 0.08 0.11 0.12 0.10
OP1 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.11
OP2 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.08 0.10 0.10 0.14 0.14 0.12
P 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.07 0.09 0.08 0.12 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.10 0.12 0.10
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.10 0.04 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.07 0.05 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00