ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54833

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.001, 0.022, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C6 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.023
O2 A 0, -0.007, 0.051, 0.109, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.051 std_dev=0.058
O4 A 0, 0.027, 0.089, 0.152, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.089 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.046, 0.139, 0.231, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.139 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.029, 0.131, 0.234, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.131 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.068, 0.178, 0.288, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.178 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.063, 0.215, 0.366, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.215 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.010, 0.175, 0.339, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.175 std_dev=0.164
N4 B 0, 0.046, 0.222, 0.398, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.222 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.066, 0.283, 0.499, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.283 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.103, 0.323, 0.543, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.323 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.069, 0.311, 0.554, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.311 std_dev=0.243
C5 B 0, 0.088, 0.331, 0.574, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.331 std_dev=0.243
C5' A 0, 0.030, 0.287, 0.544, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.287 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.090, 0.351, 0.612, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.351 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.086, 0.386, 0.687, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.386 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.111, 0.419, 0.726, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.419 std_dev=0.307
O2 B 0, 0.085, 0.408, 0.731, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.128, 0.455, 0.781, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.455 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.109, 0.448, 0.787, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.448 std_dev=0.339
P A 0, 0.117, 0.472, 0.828, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.472 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.134, 0.552, 0.970, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.552 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.165, 0.594, 1.022, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.594 std_dev=0.428
O4' B 0, 0.196, 0.635, 1.075, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.635 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.126, 0.573, 1.020, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.573 std_dev=0.447
OP1 A 0, 0.129, 0.598, 1.067, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.598 std_dev=0.469
C3' B 0, 0.189, 0.658, 1.127, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.658 std_dev=0.469
P B 0, 0.156, 0.628, 1.101, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.628 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.177, 0.675, 1.172, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.675 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.212, 0.714, 1.217, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.714 std_dev=0.503
C5' B 0, 0.221, 0.738, 1.255, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.738 std_dev=0.517
OP1 B 0, 0.120, 0.649, 1.177, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.649 std_dev=0.528
O2' B 0, 0.123, 0.663, 1.202, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.663 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.232, 0.786, 1.341, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.786 std_dev=0.555

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.07 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.06 0.09 0.07 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.06
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03
O4 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.02 0.07 0.09 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
O5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.03 0.02 0.09 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.08 0.04 0.09 0.05 0.08 0.03 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.03 0.09 0.06 0.09 0.12 0.09
C2 0.13 0.13 0.10 0.06 0.12 0.07 0.12 0.02 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.04 0.13 0.04 0.07 0.08 0.06
C2' 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.11 0.13 0.16 0.13
C3' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.13 0.15 0.13
C4 0.14 0.14 0.10 0.05 0.13 0.07 0.13 0.02 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12 0.03 0.15 0.04 0.06 0.06 0.05
C4' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.08 0.10 0.13 0.10
C5 0.13 0.13 0.09 0.04 0.12 0.07 0.11 0.02 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.03 0.13 0.04 0.07 0.07 0.06
C5' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.04 0.07 0.07 0.09 0.12 0.10
C6 0.11 0.12 0.09 0.04 0.11 0.06 0.10 0.02 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.03 0.12 0.04 0.08 0.09 0.07
N1 0.11 0.12 0.09 0.05 0.11 0.06 0.10 0.03 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.03 0.11 0.04 0.08 0.10 0.07
N3 0.14 0.14 0.11 0.06 0.13 0.08 0.13 0.03 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.04 0.15 0.04 0.06 0.06 0.05
O2 0.12 0.12 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.03 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.05 0.12 0.04 0.06 0.08 0.06
O2' 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.12 0.14 0.17 0.14
O3' 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.12 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.05 0.15 0.16 0.18 0.16
O4 0.15 0.15 0.11 0.05 0.14 0.08 0.14 0.03 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.13 0.04 0.16 0.04 0.05 0.04 0.04
O4' 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.06 0.09 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.05 0.10 0.05 0.08 0.11 0.08
O5' 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.02 0.06 0.07 0.11 0.13 0.11
OP1 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.08 0.12 0.14 0.12
OP2 0.09 0.09 0.08 0.04 0.08 0.05 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.03 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08
P 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.02 0.06 0.06 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.10 0.12 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.11 0.14 0.12
O2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.15 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06
O5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.10 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.07 0.09 0.10 0.05 0.10 0.04 0.08 0.05 0.08 0.11 0.05 0.08 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.08 0.05 0.07 0.12 0.02 0.12 0.01 0.07 0.05 0.10 0.14 0.06 0.05 0.12 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.06 0.03 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.04 0.08 0.12 0.04 0.03 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00