ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54835

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 6, 10, 8, 9, 3, 7, 6, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.017 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.007, 0.037, 0.066, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.037 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.009, 0.056, 0.102, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.056 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.026, 0.114, 0.202, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.114 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.040, 0.136, 0.231, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.136 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.062, 0.168, 0.275, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.168 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.051, 0.191, 0.330, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.191 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.055, 0.208, 0.361, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.208 std_dev=0.153
N6 B 0, 0.230, 0.384, 0.538, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.384 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.271, 0.442, 0.612, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.442 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.265, 0.438, 0.612, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.438 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.075, 0.289, 0.504, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.289 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.307, 0.528, 0.749, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.528 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.313, 0.535, 0.756, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.535 std_dev=0.221
C5' A 0, 0.117, 0.350, 0.583, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.350 std_dev=0.233
N7 B 0, 0.312, 0.574, 0.837, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.574 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.355, 0.619, 0.883, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.619 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.127, 0.394, 0.662, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.394 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.350, 0.623, 0.895, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.623 std_dev=0.272
C8 B 0, 0.361, 0.677, 0.992, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.677 std_dev=0.316
N9 B 0, 0.386, 0.710, 1.034, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.710 std_dev=0.324
P A 0, 0.245, 0.599, 0.953, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.599 std_dev=0.354
OP2 A 0, 0.247, 0.630, 1.013, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.630 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.420, 0.824, 1.227, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.824 std_dev=0.404
OP1 A 0, 0.309, 0.738, 1.168, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.738 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.437, 0.895, 1.354, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.895 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.378, 0.889, 1.400, 2.706 max_d=2.706 avg_d=0.889 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.379, 0.951, 1.523, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.951 std_dev=0.572
C4' B 0, 0.417, 0.995, 1.573, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.995 std_dev=0.578
C3' B 0, 0.373, 0.963, 1.553, 3.200 max_d=3.200 avg_d=0.963 std_dev=0.590
C5' B 0, 0.350, 1.015, 1.679, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.015 std_dev=0.664
O5' B 0, 0.164, 0.853, 1.543, 3.886 max_d=3.886 avg_d=0.853 std_dev=0.690
O3' B 0, 0.414, 1.134, 1.854, 4.027 max_d=4.027 avg_d=1.134 std_dev=0.720
P B 0, 0.041, 0.896, 1.751, 4.901 max_d=4.901 avg_d=0.896 std_dev=0.855
OP2 B 0, -0.081, 0.819, 1.720, 5.235 max_d=5.235 avg_d=0.819 std_dev=0.900
OP1 B 0, -0.001, 1.033, 2.068, 5.933 max_d=5.933 avg_d=1.033 std_dev=1.034

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.09 0.10 0.15 0.10
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.06 0.05 0.08 0.11 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.12 0.17 0.22 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.14 0.18 0.24 0.20
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.13 0.15 0.19 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.09 0.10 0.14 0.10
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.10 0.13 0.18 0.13
O2 0.05 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.08 0.09 0.13 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.12 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.09 0.13 0.03 0.00 0.10 0.02 0.05 0.09 0.08 0.06
O4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.13 0.19 0.24 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.12 0.02 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.08 0.04 0.05 0.13 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.10 0.07 0.07 0.17 0.05 0.18 0.05 0.15 0.10 0.13 0.09 0.07 0.09 0.19 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.15 0.08 0.07 0.22 0.03 0.24 0.02 0.19 0.14 0.18 0.13 0.06 0.08 0.24 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.05 0.05 0.17 0.02 0.20 0.01 0.16 0.10 0.13 0.08 0.05 0.06 0.19 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.19 0.11 0.16 0.11 0.11 0.11 0.16 0.14 0.11 0.12 0.18 0.19 0.21 0.20 0.19
C2 0.22 0.13 0.21 0.22 0.18 0.24 0.17 0.26 0.13 0.23 0.12 0.16 0.12 0.21 0.21 0.21 0.20 0.24 0.24 0.23 0.18 0.19
C2' 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.17 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.13 0.20 0.25 0.26 0.23
C3' 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.13 0.08 0.18 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.13 0.22 0.29 0.30 0.26
C4 0.27 0.14 0.28 0.31 0.20 0.33 0.18 0.36 0.13 0.26 0.12 0.18 0.12 0.23 0.25 0.28 0.31 0.30 0.34 0.36 0.26 0.28
C4' 0.12 0.09 0.08 0.08 0.10 0.13 0.11 0.18 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.14 0.12 0.09 0.10 0.16 0.19 0.23 0.23 0.21
C5 0.25 0.13 0.24 0.27 0.18 0.30 0.17 0.35 0.13 0.25 0.11 0.16 0.11 0.22 0.23 0.24 0.26 0.28 0.34 0.37 0.30 0.30
C5' 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.14 0.12 0.18 0.10 0.15 0.09 0.09 0.10 0.15 0.12 0.10 0.09 0.16 0.19 0.23 0.22 0.20
C6 0.22 0.12 0.20 0.22 0.17 0.26 0.17 0.30 0.13 0.23 0.11 0.15 0.11 0.21 0.21 0.19 0.20 0.26 0.30 0.33 0.28 0.28
N1 0.20 0.12 0.17 0.19 0.16 0.23 0.16 0.26 0.13 0.21 0.12 0.14 0.12 0.20 0.19 0.17 0.17 0.23 0.25 0.26 0.22 0.22
N3 0.26 0.14 0.27 0.29 0.20 0.30 0.18 0.32 0.13 0.26 0.13 0.18 0.12 0.23 0.24 0.27 0.28 0.27 0.29 0.29 0.20 0.22
O2 0.20 0.14 0.19 0.19 0.17 0.20 0.17 0.21 0.13 0.21 0.13 0.16 0.12 0.21 0.20 0.19 0.18 0.21 0.19 0.17 0.13 0.13
O2' 0.08 0.12 0.12 0.12 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.13 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.16 0.10 0.14 0.19 0.23 0.19
O3' 0.09 0.15 0.12 0.10 0.09 0.10 0.08 0.16 0.11 0.07 0.15 0.12 0.10 0.07 0.08 0.13 0.13 0.11 0.22 0.31 0.34 0.28
O4 0.29 0.15 0.33 0.36 0.21 0.36 0.19 0.40 0.13 0.28 0.13 0.19 0.12 0.23 0.26 0.32 0.37 0.32 0.37 0.39 0.27 0.29
O4' 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.15 0.19 0.12 0.18 0.11 0.11 0.13 0.19 0.16 0.12 0.11 0.19 0.19 0.21 0.19 0.18
O5' 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11 0.16 0.11 0.20 0.10 0.16 0.10 0.09 0.10 0.15 0.13 0.11 0.12 0.16 0.20 0.23 0.20 0.19
OP1 0.14 0.11 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.20 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.16 0.14 0.12 0.11 0.17 0.20 0.23 0.20 0.19
OP2 0.16 0.12 0.16 0.19 0.14 0.19 0.14 0.22 0.13 0.18 0.12 0.12 0.13 0.17 0.16 0.16 0.19 0.18 0.22 0.22 0.16 0.17
P 0.15 0.11 0.13 0.15 0.12 0.17 0.13 0.20 0.11 0.17 0.10 0.11 0.11 0.17 0.15 0.13 0.14 0.17 0.20 0.21 0.16 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.07 0.08 0.11 0.16 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.11 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.06 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.04 0.06 0.08 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.14 0.10
N1 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.07 0.10 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.12 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.06 0.08 0.10 0.15 0.12
N6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.08 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.11 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.12 0.06 0.14 0.13 0.12 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.12 0.16 0.18 0.13
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.07 0.10 0.08
O5' 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.12 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.07 0.11 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.09 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.09 0.13 0.11 0.03 0.11 0.01 0.12 0.14 0.15 0.15 0.11 0.14 0.09 0.06 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.05 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.05 0.04 0.13 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00