ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54836

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, -0.008, 0.032, 0.073, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.032 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.016, 0.090, 0.164, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.090 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.004, 0.094, 0.185, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.094 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.037, 0.145, 0.254, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.145 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.039, 0.172, 0.305, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.172 std_dev=0.133
O2' A 0, -0.004, 0.168, 0.339, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.168 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.021, 0.240, 0.460, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.240 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.086, 0.333, 0.579, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.333 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.111, 0.373, 0.636, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.373 std_dev=0.262
N6 B 0, 0.190, 0.453, 0.716, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.453 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.217, 0.502, 0.786, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.502 std_dev=0.284
N7 B 0, 0.211, 0.502, 0.793, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.502 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.225, 0.518, 0.810, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.518 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.238, 0.554, 0.871, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.554 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.237, 0.565, 0.894, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.565 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.254, 0.595, 0.936, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.595 std_dev=0.341
N9 B 0, 0.256, 0.610, 0.965, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.610 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.263, 0.643, 1.022, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.643 std_dev=0.379
P A 0, 0.105, 0.491, 0.877, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.491 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.277, 0.667, 1.058, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.667 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.266, 0.691, 1.116, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.691 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.157, 0.607, 1.058, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.607 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.117, 0.574, 1.031, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.574 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.164, 0.890, 1.616, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.890 std_dev=0.726
C2' B 0, 0.123, 1.007, 1.891, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.007 std_dev=0.884
C4' B 0, -0.015, 1.033, 2.082, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.033 std_dev=1.049
O2' B 0, 0.087, 1.257, 2.426, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.257 std_dev=1.170
C3' B 0, -0.133, 1.104, 2.340, 4.391 max_d=4.391 avg_d=1.104 std_dev=1.237
O3' B 0, -0.151, 1.247, 2.645, 4.979 max_d=4.979 avg_d=1.247 std_dev=1.398
C5' B 0, -0.585, 1.331, 3.247, 6.623 max_d=6.623 avg_d=1.331 std_dev=1.916
O5' B 0, -0.730, 1.505, 3.741, 7.614 max_d=7.614 avg_d=1.505 std_dev=2.235
P B 0, -1.100, 1.981, 5.061, 10.489 max_d=10.489 avg_d=1.981 std_dev=3.080
OP2 B 0, -1.047, 2.143, 5.332, 10.968 max_d=10.968 avg_d=2.143 std_dev=3.189
OP1 B 0, -1.015, 2.439, 5.894, 11.993 max_d=11.993 avg_d=2.439 std_dev=3.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.04 0.11 0.12 0.14 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.20 0.08 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.12 0.25 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.00 0.05 0.17 0.17 0.19 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.00 0.03 0.12 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.18 0.16 0.18 0.14
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.07 0.05 0.04 0.17 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.15 0.13 0.13 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.10 0.11 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.01 0.05 0.15 0.15 0.17 0.12
O2 0.05 0.01 0.10 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.10 0.02 0.06 0.09 0.11 0.13 0.08
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.09 0.14 0.00 0.04 0.07 0.05 0.07 0.24 0.09 0.09
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.10 0.04 0.00 0.08 0.02 0.17 0.40 0.22 0.23
O4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.00 0.05 0.18 0.18 0.21 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.10 0.11 0.16 0.14
O5' 0.05 0.11 0.07 0.12 0.17 0.03 0.18 0.01 0.15 0.10 0.15 0.09 0.07 0.17 0.18 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.12 0.20 0.25 0.17 0.12 0.16 0.10 0.13 0.11 0.15 0.11 0.24 0.40 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.08 0.12 0.19 0.06 0.18 0.04 0.13 0.12 0.17 0.13 0.09 0.22 0.21 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.07 0.13 0.15 0.04 0.14 0.03 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.23 0.17 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.26 0.32 0.57 0.30 0.42 0.30 0.46 0.28 0.34 0.25 0.28 0.27 0.33 0.32 0.40 0.46 0.35 0.75 0.83 0.92 0.84
C2 0.28 0.20 0.32 0.69 0.24 0.56 0.23 0.76 0.19 0.29 0.18 0.22 0.17 0.27 0.27 0.35 0.51 0.39 1.10 1.34 1.52 1.34
C2' 0.33 0.23 0.28 0.50 0.30 0.44 0.32 0.47 0.28 0.37 0.23 0.26 0.28 0.37 0.33 0.43 0.38 0.40 0.70 0.74 0.73 0.74
C3' 0.32 0.25 0.28 0.52 0.30 0.44 0.31 0.48 0.29 0.36 0.25 0.27 0.30 0.36 0.33 0.43 0.40 0.39 0.71 0.79 0.79 0.78
C4 0.28 0.20 0.37 0.84 0.24 0.74 0.22 1.11 0.20 0.29 0.19 0.23 0.19 0.25 0.27 0.34 0.63 0.47 1.50 1.99 2.19 1.95
C4' 0.33 0.29 0.33 0.54 0.32 0.39 0.33 0.39 0.32 0.35 0.30 0.30 0.32 0.35 0.33 0.41 0.46 0.34 0.67 0.72 0.77 0.72
C5 0.29 0.22 0.36 0.80 0.25 0.68 0.24 0.98 0.21 0.29 0.21 0.24 0.20 0.27 0.28 0.36 0.63 0.44 1.36 1.79 1.96 1.74
C5' 0.33 0.31 0.34 0.57 0.32 0.40 0.32 0.42 0.32 0.34 0.31 0.31 0.32 0.33 0.32 0.42 0.49 0.34 0.72 0.82 0.90 0.81
C6 0.29 0.23 0.34 0.72 0.26 0.58 0.25 0.79 0.23 0.30 0.23 0.25 0.22 0.28 0.28 0.37 0.57 0.39 1.13 1.44 1.60 1.41
N1 0.29 0.23 0.32 0.66 0.26 0.51 0.26 0.67 0.23 0.30 0.22 0.24 0.21 0.29 0.28 0.37 0.51 0.36 0.99 1.20 1.35 1.20
N3 0.27 0.20 0.34 0.78 0.23 0.69 0.22 1.00 0.19 0.28 0.19 0.22 0.19 0.25 0.26 0.33 0.58 0.45 1.39 1.77 1.98 1.76
O2 0.27 0.18 0.28 0.62 0.23 0.49 0.22 0.63 0.17 0.29 0.17 0.21 0.16 0.28 0.27 0.34 0.44 0.36 0.94 1.08 1.23 1.10
O2' 0.39 0.28 0.31 0.47 0.37 0.42 0.39 0.40 0.35 0.45 0.28 0.32 0.36 0.45 0.40 0.43 0.37 0.44 0.59 0.56 0.50 0.57
O3' 0.35 0.26 0.28 0.47 0.33 0.44 0.35 0.45 0.32 0.40 0.27 0.29 0.33 0.40 0.36 0.44 0.36 0.43 0.63 0.64 0.58 0.64
O4 0.28 0.20 0.39 0.89 0.24 0.83 0.22 1.29 0.20 0.28 0.19 0.23 0.19 0.25 0.27 0.33 0.67 0.53 1.71 2.32 2.51 2.25
O4' 0.33 0.30 0.35 0.57 0.32 0.39 0.32 0.40 0.31 0.33 0.30 0.31 0.31 0.33 0.33 0.41 0.50 0.34 0.71 0.78 0.90 0.79
O5' 0.32 0.29 0.33 0.63 0.31 0.49 0.31 0.59 0.30 0.34 0.28 0.30 0.29 0.33 0.32 0.41 0.53 0.37 0.88 1.08 1.17 1.05
OP1 0.32 0.29 0.31 0.59 0.30 0.46 0.31 0.56 0.30 0.34 0.29 0.29 0.30 0.33 0.32 0.45 0.50 0.37 0.83 1.04 1.10 1.00
OP2 0.36 0.31 0.39 0.78 0.33 0.66 0.33 0.87 0.31 0.37 0.30 0.32 0.31 0.36 0.35 0.41 0.64 0.47 1.18 1.54 1.62 1.47
P 0.33 0.29 0.36 0.71 0.31 0.55 0.31 0.69 0.30 0.35 0.29 0.30 0.29 0.34 0.33 0.38 0.61 0.40 1.00 1.26 1.36 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.07 0.07 0.10 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.14 0.01 0.43 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.38 1.09 1.31 1.43 1.40
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.15 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.34 0.34 0.36
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.10 0.01 0.21 0.03 0.17 0.34 0.10 0.15 0.23 0.33 0.17 0.01 0.01 0.02 0.22 0.25 0.24 0.21
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.16 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.08 0.20 0.41 0.45 0.45 0.49
C4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.13 0.31 0.30 0.43 0.06 0.23 0.07 0.23 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.11 0.09 0.17 0.17 0.21 0.18
C5' 0.05 0.89 0.15 0.03 0.36 0.01 0.12 0.00 0.32 0.47 0.66 0.84 0.17 0.33 0.05 0.08 0.17 0.02 0.01 0.05 0.17 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.14 0.17 0.36 0.44 0.45 0.47
C8 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.31 0.00 0.47 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.06 0.21 0.67 0.68 0.81 0.72
N1 0.03 0.00 0.07 0.10 0.02 0.30 0.01 0.66 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.29 0.78 0.98 1.05 1.04
N3 0.03 0.01 0.08 0.15 0.00 0.43 0.00 0.84 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.38 1.03 1.13 1.19 1.22
N6 0.02 0.01 0.04 0.23 0.02 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.18 0.11 0.23 0.26 0.28 0.28
N7 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.23 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.12 0.11 0.53 0.57 0.72 0.60
N9 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.03 0.13 0.11 0.19 0.11
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.23 0.24 0.08 0.21 0.32 0.11 0.05 0.26 0.34 0.18 0.00 0.03 0.16 0.26 0.21 0.40 0.29
O3' 0.23 0.12 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.17 0.14 0.06 0.14 0.12 0.18 0.12 0.07 0.03 0.00 0.15 0.25 0.40 0.46 0.34
O4' 0.01 0.38 0.02 0.02 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.21 0.29 0.38 0.11 0.11 0.03 0.16 0.15 0.00 0.14 0.09 0.20 0.13
O5' 0.07 1.09 0.36 0.22 0.41 0.02 0.17 0.01 0.36 0.67 0.78 1.03 0.23 0.53 0.13 0.26 0.25 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 1.31 0.34 0.25 0.45 0.06 0.17 0.05 0.44 0.68 0.98 1.13 0.26 0.57 0.11 0.21 0.40 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 1.43 0.34 0.24 0.45 0.13 0.21 0.17 0.45 0.81 1.05 1.19 0.28 0.72 0.19 0.40 0.46 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 1.40 0.36 0.21 0.49 0.03 0.18 0.03 0.47 0.72 1.04 1.22 0.28 0.60 0.11 0.29 0.34 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00