ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54837

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.035, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C5 A 0, -0.004, 0.021, 0.046, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.002, 0.030, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.010, 0.045, 0.081, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.027, 0.072, 0.117, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.045
O4 A 0, 0.072, 0.140, 0.208, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.140 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.131, 0.249, 0.368, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.249 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.094, 0.278, 0.462, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.278 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.144, 0.360, 0.575, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.360 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.049, 0.298, 0.547, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.298 std_dev=0.249
N6 B 0, 0.052, 0.304, 0.557, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.304 std_dev=0.252
O4' A 0, 0.113, 0.384, 0.655, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.384 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.249, 0.527, 0.804, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.527 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.074, 0.403, 0.733, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.403 std_dev=0.329
N7 B 0, 0.098, 0.450, 0.802, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.450 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.296, 0.676, 1.056, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.676 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.193, 0.594, 0.994, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.594 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.150, 0.587, 1.025, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.587 std_dev=0.438
C8 B 0, 0.115, 0.600, 1.085, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.600 std_dev=0.485
C4' A 0, 0.126, 0.630, 1.133, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.630 std_dev=0.503
N9 B 0, 0.196, 0.712, 1.228, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.712 std_dev=0.516
O5' B 0, 0.485, 1.007, 1.530, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.007 std_dev=0.523
O3' A 0, 0.278, 0.881, 1.484, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.881 std_dev=0.603
C1' B 0, 0.343, 0.952, 1.560, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.952 std_dev=0.608
P B 0, 0.360, 0.994, 1.629, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.994 std_dev=0.635
O2' B 0, 0.398, 1.069, 1.741, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.069 std_dev=0.671
C2' B 0, 0.245, 0.918, 1.591, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.918 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.537, 1.232, 1.927, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.232 std_dev=0.695
C3' B 0, 0.474, 1.206, 1.938, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.206 std_dev=0.732
O5' A 0, 0.309, 1.050, 1.791, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.050 std_dev=0.741
C4' B 0, 0.690, 1.452, 2.215, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.452 std_dev=0.763
O3' B 0, 0.524, 1.306, 2.087, 2.190 max_d=2.190 avg_d=1.306 std_dev=0.782
C5' A 0, 0.244, 1.033, 1.822, 2.096 max_d=2.096 avg_d=1.033 std_dev=0.789
OP2 B 0, 0.578, 1.404, 2.230, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.404 std_dev=0.826
C5' B 0, 0.884, 1.744, 2.604, 2.668 max_d=2.668 avg_d=1.744 std_dev=0.860
OP2 A 0, 0.398, 1.588, 2.779, 3.756 max_d=3.756 avg_d=1.588 std_dev=1.190
P A 0, 0.188, 1.442, 2.696, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.442 std_dev=1.254
OP1 B 0, 0.248, 1.527, 2.805, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.527 std_dev=1.278
OP1 A 0, -0.123, 1.626, 3.375, 4.957 max_d=4.957 avg_d=1.626 std_dev=1.749

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.25 0.39 0.51 0.45
C2 0.01 0.00 0.09 0.17 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02 0.02 0.43 0.52 0.59 0.56
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.00 0.02 0.10 0.01 0.25 0.30 0.46 0.36
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.26 0.00 0.23 0.01 0.18 0.13 0.23 0.16 0.02 0.01 0.28 0.01 0.27 0.31 0.34 0.29
C4 0.07 0.02 0.09 0.26 0.00 0.22 0.01 0.35 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.27 0.00 0.12 0.47 0.55 0.58 0.56
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.22 0.00 0.24 0.00 0.20 0.08 0.13 0.04 0.06 0.05 0.24 0.00 0.01 0.16 0.29 0.16
C5 0.07 0.01 0.07 0.23 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.24 0.02 0.15 0.46 0.55 0.59 0.56
C5' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.35 0.00 0.38 0.00 0.30 0.15 0.24 0.07 0.05 0.08 0.39 0.01 0.00 0.20 0.36 0.01
C6 0.07 0.01 0.06 0.18 0.03 0.20 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.04 0.14 0.44 0.54 0.61 0.57
N1 0.02 0.01 0.04 0.13 0.05 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.11 0.05 0.03 0.41 0.52 0.59 0.56
N3 0.03 0.01 0.09 0.23 0.00 0.13 0.02 0.24 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.22 0.01 0.06 0.47 0.55 0.60 0.58
O2 0.04 0.01 0.12 0.16 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.14 0.03 0.05 0.39 0.50 0.57 0.54
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.15 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.39 0.18
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.27 0.05 0.24 0.08 0.18 0.11 0.22 0.14 0.04 0.00 0.30 0.04 0.17 0.36 0.31 0.20
O4 0.07 0.02 0.10 0.28 0.00 0.24 0.02 0.39 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.30 0.00 0.14 0.48 0.55 0.56 0.55
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.14 0.00 0.18 0.41 0.45 0.43
O5' 0.25 0.43 0.25 0.27 0.47 0.01 0.46 0.00 0.44 0.41 0.47 0.39 0.05 0.17 0.48 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.52 0.30 0.31 0.55 0.16 0.55 0.20 0.54 0.52 0.55 0.50 0.09 0.36 0.55 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.59 0.46 0.34 0.58 0.29 0.59 0.36 0.61 0.59 0.60 0.57 0.39 0.31 0.56 0.45 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.45 0.56 0.36 0.29 0.56 0.16 0.56 0.01 0.57 0.56 0.58 0.54 0.18 0.20 0.55 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.13 0.19 0.14 0.19 0.13 0.31 0.16 0.10 0.20 0.16 0.16 0.10 0.11 0.09 0.21 0.11 0.51 0.95 0.64 0.35
C2 0.17 0.21 0.19 0.24 0.19 0.26 0.20 0.36 0.21 0.18 0.22 0.19 0.21 0.19 0.18 0.16 0.27 0.18 0.50 1.03 0.55 0.36
C2' 0.08 0.09 0.10 0.15 0.07 0.14 0.08 0.23 0.05 0.12 0.08 0.08 0.05 0.12 0.09 0.05 0.17 0.08 0.45 0.92 0.72 0.24
C3' 0.12 0.27 0.17 0.21 0.15 0.18 0.11 0.28 0.14 0.08 0.24 0.22 0.08 0.07 0.11 0.16 0.24 0.09 0.45 0.92 0.70 0.27
C4 0.20 0.20 0.19 0.24 0.20 0.29 0.20 0.40 0.20 0.21 0.21 0.19 0.20 0.21 0.20 0.17 0.27 0.22 0.46 1.00 0.49 0.38
C4' 0.29 0.42 0.34 0.38 0.32 0.36 0.27 0.46 0.31 0.21 0.40 0.38 0.25 0.19 0.27 0.33 0.39 0.27 0.53 0.99 0.60 0.42
C5 0.16 0.18 0.15 0.21 0.17 0.26 0.18 0.38 0.19 0.17 0.20 0.17 0.20 0.18 0.16 0.13 0.24 0.18 0.48 0.97 0.51 0.37
C5' 0.34 0.51 0.42 0.45 0.37 0.41 0.30 0.50 0.35 0.22 0.47 0.47 0.27 0.20 0.31 0.42 0.47 0.30 0.57 0.97 0.60 0.45
C6 0.12 0.17 0.13 0.19 0.14 0.22 0.14 0.34 0.16 0.13 0.18 0.15 0.17 0.14 0.12 0.10 0.23 0.13 0.51 0.97 0.56 0.38
N1 0.12 0.18 0.14 0.20 0.14 0.21 0.14 0.32 0.17 0.12 0.19 0.16 0.18 0.13 0.13 0.11 0.23 0.13 0.52 0.98 0.59 0.37
N3 0.21 0.22 0.21 0.26 0.21 0.30 0.22 0.40 0.22 0.22 0.22 0.21 0.22 0.22 0.21 0.19 0.29 0.22 0.47 1.04 0.51 0.37
O2 0.20 0.23 0.22 0.28 0.22 0.28 0.23 0.37 0.24 0.20 0.23 0.22 0.23 0.21 0.21 0.19 0.30 0.20 0.50 1.06 0.56 0.35
O2' 0.15 0.11 0.15 0.20 0.14 0.21 0.13 0.31 0.09 0.16 0.08 0.13 0.06 0.14 0.16 0.12 0.20 0.15 0.38 0.98 0.66 0.25
O3' 0.22 0.37 0.29 0.32 0.24 0.26 0.17 0.34 0.20 0.13 0.33 0.33 0.11 0.10 0.20 0.29 0.34 0.17 0.43 0.94 0.67 0.26
O4 0.23 0.21 0.21 0.26 0.22 0.33 0.22 0.43 0.22 0.25 0.21 0.21 0.21 0.24 0.23 0.21 0.28 0.26 0.44 0.99 0.48 0.39
O4' 0.18 0.29 0.21 0.27 0.22 0.28 0.20 0.40 0.24 0.15 0.29 0.26 0.23 0.14 0.18 0.19 0.27 0.18 0.55 0.97 0.59 0.43
O5' 0.21 0.33 0.25 0.32 0.24 0.32 0.24 0.46 0.26 0.23 0.31 0.29 0.28 0.25 0.21 0.24 0.34 0.22 0.42 0.97 0.61 0.32
OP1 0.49 0.51 0.57 0.73 0.50 0.71 0.50 0.91 0.50 0.50 0.50 0.50 0.52 0.51 0.49 0.49 0.77 0.54 0.67 1.30 0.44 0.71
OP2 0.59 0.65 0.62 0.70 0.61 0.71 0.61 0.86 0.63 0.59 0.65 0.63 0.64 0.59 0.59 0.60 0.71 0.61 0.76 1.29 0.48 0.75
P 0.56 0.61 0.61 0.72 0.58 0.73 0.58 0.89 0.59 0.56 0.61 0.60 0.60 0.57 0.56 0.57 0.75 0.59 0.74 1.32 0.41 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.49 0.54 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.19 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.02 0.34 0.71 0.63 0.18
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.32 0.56 0.15
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.13 0.05 0.17 0.17 0.13 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.22 0.60 0.25
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.33 0.71 0.65 0.15
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.05 0.12 0.09 0.13 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.18 0.33 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.41 0.82 0.67 0.22
C5' 0.02 0.22 0.02 0.02 0.17 0.00 0.20 0.00 0.24 0.10 0.25 0.18 0.26 0.17 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.16 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.15 0.04 0.43 0.86 0.65 0.26
C8 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.38 0.78 0.71 0.16
N1 0.02 0.00 0.06 0.17 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.02 0.39 0.80 0.64 0.23
N3 0.03 0.00 0.08 0.17 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.30 0.64 0.62 0.13
N6 0.04 0.01 0.05 0.13 0.02 0.13 0.02 0.26 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.15 0.06 0.48 0.93 0.64 0.31
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.43 0.87 0.71 0.22
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.30 0.65 0.64 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.29 0.42 0.07
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.12 0.02 0.11 0.04 0.15 0.06 0.20 0.19 0.15 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.24 0.21 0.65 0.30
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.42 0.48 0.14
O5' 0.16 0.34 0.24 0.30 0.33 0.01 0.41 0.00 0.43 0.38 0.39 0.30 0.48 0.43 0.30 0.09 0.24 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.49 0.71 0.32 0.22 0.71 0.18 0.82 0.16 0.86 0.78 0.80 0.64 0.93 0.87 0.65 0.29 0.21 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.63 0.56 0.60 0.65 0.33 0.67 0.31 0.65 0.71 0.64 0.62 0.64 0.71 0.64 0.42 0.65 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.18 0.15 0.25 0.15 0.04 0.22 0.01 0.26 0.16 0.23 0.13 0.31 0.22 0.10 0.07 0.30 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00