ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54839

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.002, 0.028, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.007, 0.055, 0.104, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.055 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.031, 0.107, 0.183, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.107 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.028, 0.169, 0.310, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.169 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.040, 0.225, 0.410, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.225 std_dev=0.185
N6 B 0, 0.018, 0.215, 0.412, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.215 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.089, 0.305, 0.520, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.305 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.045, 0.310, 0.574, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.310 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.092, 0.359, 0.626, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.359 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.008, 0.275, 0.542, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.275 std_dev=0.267
P A 0, 0.108, 0.380, 0.653, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.380 std_dev=0.272
C3' A 0, 0.115, 0.393, 0.671, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.393 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.104, 0.409, 0.714, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.409 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.119, 0.485, 0.850, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.485 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.014, 0.391, 0.769, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.391 std_dev=0.377
OP1 B 0, -0.011, 0.369, 0.749, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.369 std_dev=0.380
O2' A 0, 0.105, 0.499, 0.892, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.499 std_dev=0.394
OP1 A 0, 0.138, 0.545, 0.952, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.545 std_dev=0.407
N7 B 0, -0.041, 0.385, 0.811, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.385 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.047, 0.512, 0.977, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.512 std_dev=0.465
N3 B 0, 0.103, 0.572, 1.040, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.572 std_dev=0.468
P B 0, -0.053, 0.452, 0.956, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.452 std_dev=0.505
OP2 B 0, 0.005, 0.512, 1.018, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.512 std_dev=0.507
C8 B 0, -0.052, 0.483, 1.017, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.483 std_dev=0.535
N9 B 0, 0.007, 0.568, 1.129, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.568 std_dev=0.561
C1' B 0, 0.040, 0.669, 1.298, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.669 std_dev=0.629
O4' B 0, 0.043, 0.682, 1.322, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.682 std_dev=0.640
C3' B 0, 0.059, 0.706, 1.354, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.706 std_dev=0.647
O3' B 0, 0.076, 0.725, 1.375, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.725 std_dev=0.650
C4' B 0, 0.058, 0.716, 1.374, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.716 std_dev=0.658
C2' B 0, 0.055, 0.722, 1.389, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.722 std_dev=0.667
O5' B 0, -0.100, 0.571, 1.242, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.571 std_dev=0.671
C5' B 0, 0.024, 0.697, 1.371, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.697 std_dev=0.673
O2' B 0, 0.098, 0.797, 1.497, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.797 std_dev=0.700
O3' A 0, 0.309, 1.072, 1.835, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.072 std_dev=0.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.03 0.01 0.09 0.14 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.20 0.02 0.04 0.14 0.14 0.08 0.09
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.11 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.02 0.21 0.35 0.24 0.27
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.12 0.06 0.05
C4 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.00 0.05 0.23 0.19 0.15 0.17
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.08 0.00 0.02 0.23 0.20 0.15 0.19
C5' 0.04 0.10 0.14 0.02 0.20 0.00 0.21 0.00 0.17 0.10 0.15 0.06 0.06 0.12 0.22 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.08 0.01 0.01 0.20 0.18 0.10 0.14
N1 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.13 0.03 0.01 0.14 0.14 0.08 0.09
N3 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.16 0.02 0.06 0.19 0.16 0.11 0.13
O2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.27 0.02 0.05 0.12 0.12 0.08 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.16 0.08 0.20 0.06 0.19 0.09 0.10 0.14 0.00 0.14 0.16 0.04 0.21 0.42 0.37 0.33
O3' 0.18 0.20 0.06 0.01 0.11 0.01 0.08 0.12 0.08 0.13 0.16 0.27 0.14 0.00 0.10 0.14 0.18 0.20 0.19 0.18
O4 0.03 0.02 0.05 0.06 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.03 0.02 0.02 0.16 0.10 0.00 0.06 0.24 0.20 0.17 0.19
O4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.14 0.06 0.00 0.11 0.11 0.19 0.15
O5' 0.09 0.14 0.21 0.07 0.23 0.02 0.23 0.00 0.20 0.14 0.19 0.12 0.21 0.18 0.24 0.11 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.14 0.14 0.35 0.12 0.19 0.06 0.20 0.04 0.18 0.14 0.16 0.12 0.42 0.20 0.20 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.08 0.24 0.06 0.15 0.05 0.15 0.02 0.10 0.08 0.11 0.08 0.37 0.19 0.17 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.27 0.05 0.17 0.01 0.19 0.01 0.14 0.09 0.13 0.07 0.33 0.18 0.19 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.05 0.05 0.14 0.09
C2 0.09 0.03 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.04 0.11 0.02 0.05 0.01 0.11 0.10 0.12 0.04 0.08 0.02 0.04 0.09 0.04
C2' 0.17 0.21 0.14 0.21 0.18 0.19 0.15 0.19 0.15 0.15 0.19 0.21 0.09 0.13 0.17 0.10 0.20 0.19 0.19 0.17 0.24 0.21
C3' 0.15 0.16 0.14 0.11 0.15 0.12 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.16 0.15 0.13 0.14 0.18 0.11 0.14 0.09 0.10 0.12 0.09
C4 0.17 0.09 0.20 0.11 0.15 0.14 0.15 0.12 0.10 0.19 0.07 0.12 0.06 0.18 0.18 0.21 0.09 0.15 0.11 0.07 0.05 0.07
C4' 0.12 0.11 0.12 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.15 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.06
C5 0.16 0.07 0.19 0.10 0.14 0.13 0.14 0.12 0.09 0.18 0.06 0.10 0.06 0.17 0.17 0.21 0.08 0.14 0.10 0.06 0.04 0.05
C5' 0.11 0.11 0.12 0.06 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.15 0.05 0.11 0.08 0.08 0.05 0.02
C6 0.13 0.05 0.15 0.06 0.11 0.09 0.11 0.08 0.07 0.14 0.04 0.07 0.06 0.14 0.13 0.18 0.04 0.11 0.06 0.04 0.05 0.00
N1 0.09 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.05 0.11 0.02 0.04 0.04 0.11 0.10 0.13 0.03 0.08 0.02 0.04 0.08 0.04
N3 0.14 0.06 0.15 0.05 0.12 0.09 0.12 0.07 0.07 0.16 0.04 0.09 0.03 0.15 0.15 0.16 0.03 0.12 0.06 0.05 0.03 0.01
O2 0.05 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.11 0.05 0.07 0.06 0.15 0.11
O2' 0.49 0.52 0.46 0.52 0.49 0.49 0.44 0.48 0.43 0.43 0.48 0.54 0.31 0.39 0.48 0.44 0.52 0.50 0.46 0.38 0.47 0.44
O3' 0.42 0.38 0.39 0.36 0.41 0.40 0.41 0.38 0.40 0.41 0.38 0.39 0.41 0.40 0.41 0.42 0.35 0.42 0.35 0.38 0.27 0.31
O4 0.22 0.12 0.25 0.17 0.19 0.19 0.18 0.18 0.12 0.23 0.10 0.16 0.07 0.22 0.22 0.26 0.14 0.20 0.17 0.12 0.12 0.13
O4' 0.19 0.11 0.20 0.11 0.18 0.16 0.19 0.14 0.16 0.20 0.11 0.13 0.18 0.20 0.19 0.25 0.09 0.18 0.11 0.10 0.05 0.05
O5' 0.17 0.12 0.18 0.12 0.15 0.16 0.17 0.16 0.14 0.20 0.12 0.12 0.17 0.20 0.18 0.20 0.11 0.17 0.15 0.15 0.04 0.10
OP1 0.14 0.13 0.13 0.09 0.14 0.11 0.15 0.10 0.14 0.17 0.13 0.13 0.17 0.17 0.15 0.16 0.09 0.14 0.10 0.11 0.08 0.06
OP2 0.13 0.13 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.15 0.13 0.12 0.13 0.15 0.14 0.14 0.09 0.13 0.10 0.10 0.07 0.06
P 0.13 0.12 0.12 0.08 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.14 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.04
C2 0.05 0.00 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.07 0.10 0.04 0.04 0.11 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.06 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.07 0.04 0.17 0.11
C8 0.03 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03
N1 0.04 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.03 0.03 0.04 0.01 0.14 0.08
N3 0.05 0.00 0.08 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03
N6 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.03 0.12 0.10 0.23 0.17
N7 0.02 0.01 0.03 0.12 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.08 0.02 0.13 0.09
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
O2' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.12 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.03 0.05 0.12 0.12 0.04 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.15 0.10
O4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.08 0.05 0.06
O5' 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04 0.12 0.08 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.11 0.06 0.10 0.08 0.02 0.13 0.03 0.17 0.07 0.14 0.07 0.23 0.13 0.05 0.07 0.15 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03 0.02 0.08 0.02 0.11 0.03 0.08 0.03 0.17 0.09 0.03 0.01 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00