ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54842

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 11, 9, 6, 3, 6, 3, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.002, 0.020, 0.041, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.020 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.007, 0.044, 0.080, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.044 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.014, 0.088, 0.161, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.088 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.005, 0.101, 0.197, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.101 std_dev=0.096
C2' A 0, -0.014, 0.129, 0.272, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.129 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.017, 0.162, 0.308, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.162 std_dev=0.146
C3' A 0, -0.018, 0.198, 0.413, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.198 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.092, 0.321, 0.549, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.321 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.075, 0.304, 0.534, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.304 std_dev=0.229
N2 B 0, 0.054, 0.284, 0.515, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.284 std_dev=0.230
O2' A 0, -0.029, 0.208, 0.444, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.208 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.094, 0.349, 0.605, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.349 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.131, 0.389, 0.647, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.389 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.006, 0.268, 0.530, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.268 std_dev=0.262
O6 B 0, 0.081, 0.349, 0.617, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.349 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.132, 0.424, 0.716, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.424 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.117, 0.410, 0.704, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.410 std_dev=0.293
O3' A 0, -0.058, 0.289, 0.636, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.289 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.140, 0.489, 0.837, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.489 std_dev=0.348
P A 0, 0.032, 0.381, 0.730, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.381 std_dev=0.349
N7 B 0, 0.123, 0.478, 0.834, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.478 std_dev=0.356
O5' A 0, -0.078, 0.278, 0.634, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.278 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.086, 0.469, 0.851, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.469 std_dev=0.382
C1' B 0, 0.146, 0.530, 0.913, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.530 std_dev=0.384
C8 B 0, 0.132, 0.520, 0.908, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.520 std_dev=0.388
OP2 A 0, 0.021, 0.429, 0.837, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.429 std_dev=0.408
O4' B 0, -0.007, 0.719, 1.445, 3.469 max_d=3.469 avg_d=0.719 std_dev=0.726
C2' B 0, -0.086, 0.823, 1.733, 3.660 max_d=3.660 avg_d=0.823 std_dev=0.910
C4' B 0, -0.188, 0.839, 1.865, 4.522 max_d=4.522 avg_d=0.839 std_dev=1.026
C3' B 0, -0.237, 0.924, 2.086, 4.243 max_d=4.243 avg_d=0.924 std_dev=1.162
O3' B 0, -0.280, 1.019, 2.318, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.019 std_dev=1.299
O2' B 0, -0.256, 1.053, 2.362, 5.325 max_d=5.325 avg_d=1.053 std_dev=1.309
C5' B 0, -0.758, 1.254, 3.266, 7.284 max_d=7.284 avg_d=1.254 std_dev=2.012
O5' B 0, -1.165, 1.471, 4.107, 8.962 max_d=8.962 avg_d=1.471 std_dev=2.636
P B 0, -1.787, 1.926, 5.639, 11.863 max_d=11.863 avg_d=1.926 std_dev=3.713
OP2 B 0, -1.856, 1.978, 5.812, 12.027 max_d=12.027 avg_d=1.978 std_dev=3.834
OP1 B 0, -2.032, 2.265, 6.561, 13.597 max_d=13.597 avg_d=2.265 std_dev=4.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.13 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.03 0.12 0.17 0.13 0.10
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.20 0.09 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.14 0.07 0.08 0.08 0.03 0.01 0.16 0.01 0.04 0.22 0.10 0.09
C4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.05 0.22 0.23 0.23 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.11 0.03 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.18 0.02 0.05 0.25 0.23 0.24 0.19
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.10 0.06 0.05 0.03 0.17 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.15 0.03 0.05 0.21 0.19 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.13 0.16 0.11 0.08
N3 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.09 0.03 0.03 0.17 0.20 0.18 0.14
O2 0.05 0.01 0.09 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.10 0.04 0.05 0.10 0.17 0.11 0.09
O2' 0.02 0.08 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.13 0.00 0.05 0.07 0.04 0.04 0.20 0.08 0.08
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.15 0.02 0.18 0.03 0.15 0.06 0.09 0.10 0.05 0.00 0.18 0.02 0.06 0.28 0.14 0.13
O4 0.04 0.03 0.09 0.16 0.01 0.11 0.02 0.17 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.18 0.00 0.06 0.25 0.26 0.28 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.05 0.10 0.09 0.09
O5' 0.05 0.12 0.04 0.04 0.22 0.01 0.25 0.01 0.21 0.13 0.17 0.10 0.04 0.06 0.25 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.17 0.20 0.22 0.23 0.11 0.23 0.06 0.19 0.16 0.20 0.17 0.20 0.28 0.26 0.10 0.03 0.00 0.03 0.03
OP2 0.07 0.13 0.09 0.10 0.23 0.03 0.24 0.02 0.17 0.11 0.18 0.11 0.08 0.14 0.28 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.07 0.09 0.18 0.04 0.19 0.02 0.13 0.08 0.14 0.09 0.08 0.13 0.22 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.20 0.30 0.15 0.79 0.17 1.68 0.19 0.16 0.17 0.15 0.15 0.17 0.15 0.35 0.23 0.54 1.57 0.23 2.43 2.62 2.38
C2 0.09 0.09 0.13 0.13 0.09 0.58 0.12 1.32 0.14 0.11 0.09 0.15 0.10 0.13 0.09 0.21 0.17 0.41 1.00 0.20 1.59 1.79 1.60
C2' 0.23 0.20 0.24 0.35 0.20 0.71 0.19 1.61 0.20 0.19 0.20 0.22 0.21 0.18 0.20 0.36 0.26 0.39 1.58 0.22 2.52 2.76 2.42
C3' 0.28 0.22 0.26 0.37 0.21 0.70 0.18 1.62 0.19 0.20 0.19 0.25 0.24 0.18 0.22 0.41 0.29 0.36 1.64 0.21 2.69 2.86 2.53
C4 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.48 0.11 1.13 0.11 0.11 0.09 0.16 0.10 0.13 0.09 0.18 0.18 0.36 0.73 0.16 1.24 1.36 1.23
C4' 0.24 0.20 0.28 0.38 0.20 0.82 0.19 1.76 0.20 0.19 0.19 0.21 0.21 0.19 0.20 0.47 0.31 0.49 1.80 0.22 2.89 2.99 2.73
C5 0.09 0.10 0.13 0.13 0.08 0.56 0.10 1.29 0.12 0.10 0.08 0.15 0.10 0.12 0.08 0.21 0.19 0.40 0.97 0.17 1.61 1.72 1.58
C5' 0.24 0.19 0.28 0.38 0.19 0.81 0.17 1.76 0.18 0.18 0.18 0.21 0.21 0.17 0.20 0.49 0.32 0.49 1.80 0.22 2.93 2.98 2.74
C6 0.11 0.10 0.16 0.17 0.10 0.65 0.12 1.44 0.14 0.11 0.10 0.14 0.11 0.13 0.10 0.26 0.20 0.45 1.20 0.19 1.94 2.07 1.89
N1 0.11 0.11 0.16 0.19 0.11 0.67 0.13 1.48 0.15 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.27 0.19 0.46 1.25 0.21 1.98 2.16 1.95
N3 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.49 0.11 1.14 0.12 0.11 0.09 0.17 0.10 0.13 0.09 0.18 0.17 0.37 0.74 0.18 1.22 1.38 1.24
O2 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.59 0.13 1.33 0.17 0.12 0.12 0.15 0.10 0.14 0.09 0.22 0.16 0.42 1.02 0.22 1.57 1.82 1.60
O2' 0.30 0.27 0.31 0.44 0.27 0.78 0.26 1.71 0.26 0.26 0.26 0.28 0.28 0.26 0.27 0.46 0.33 0.44 1.78 0.27 2.79 3.07 2.68
O3' 0.38 0.28 0.32 0.43 0.29 0.67 0.23 1.58 0.21 0.27 0.23 0.32 0.32 0.23 0.31 0.49 0.35 0.31 1.71 0.22 2.87 3.03 2.64
O4 0.12 0.14 0.13 0.15 0.12 0.41 0.14 0.98 0.14 0.15 0.12 0.18 0.13 0.16 0.12 0.20 0.20 0.33 0.53 0.17 0.94 1.04 0.94
O4' 0.18 0.16 0.23 0.34 0.17 0.87 0.18 1.79 0.20 0.18 0.18 0.16 0.17 0.19 0.17 0.40 0.27 0.60 1.73 0.23 2.69 2.80 2.60
O5' 0.19 0.16 0.23 0.33 0.15 0.76 0.14 1.68 0.16 0.14 0.15 0.19 0.18 0.15 0.15 0.39 0.26 0.46 1.64 0.21 2.68 2.74 2.51
OP1 0.32 0.27 0.35 0.45 0.26 0.81 0.23 1.73 0.23 0.24 0.24 0.31 0.29 0.22 0.27 0.47 0.37 0.49 1.75 0.25 2.90 2.90 2.67
OP2 0.17 0.15 0.21 0.30 0.13 0.72 0.14 1.58 0.16 0.13 0.14 0.19 0.16 0.15 0.13 0.30 0.22 0.43 1.46 0.22 2.43 2.47 2.26
P 0.22 0.18 0.24 0.31 0.16 0.74 0.15 1.64 0.16 0.15 0.15 0.22 0.20 0.15 0.17 0.40 0.27 0.44 1.60 0.20 2.66 2.68 2.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.24 0.02 0.24 0.15 0.16
C2 0.03 0.00 0.10 0.21 0.01 0.60 0.01 1.28 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.42 0.96 0.02 1.29 1.66 1.39
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.23 0.05 0.08 0.07 0.13 0.11 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.23 0.06 0.27 0.52 0.31
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.08 0.01 0.25 0.02 0.19 0.45 0.08 0.35 0.23 0.44 0.20 0.02 0.01 0.02 0.11 0.27 0.15 0.22 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.24 0.01 0.61 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.22 0.25 0.02 0.30 0.50 0.35
C4' 0.01 0.60 0.01 0.01 0.24 0.00 0.08 0.01 0.19 0.37 0.43 0.78 0.57 0.25 0.06 0.26 0.04 0.00 0.02 0.12 0.18 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.25 0.01 0.08 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.10 0.39 0.02 0.29 0.21 0.24
C5' 0.13 1.28 0.23 0.02 0.61 0.01 0.34 0.00 0.58 0.43 1.00 1.61 1.19 0.27 0.14 0.07 0.21 0.03 0.01 0.44 0.30 0.30 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.19 0.02 0.19 0.01 0.58 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.12 0.18 0.24 0.01 0.23 0.35 0.26
C8 0.02 0.01 0.08 0.45 0.01 0.37 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.10 0.23 1.11 0.02 1.11 1.04 1.10
N1 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.43 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.08 0.33 0.58 0.02 0.85 1.12 0.93
N2 0.04 0.01 0.13 0.35 0.01 0.78 0.01 1.61 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.50 1.43 0.04 1.97 2.41 2.05
N3 0.03 0.01 0.11 0.23 0.00 0.57 0.01 1.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.41 0.85 0.03 1.06 1.41 1.17
N7 0.01 0.01 0.08 0.44 0.01 0.25 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.11 0.98 0.03 1.00 0.98 0.97
N9 0.00 0.01 0.03 0.20 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.45 0.02 0.39 0.21 0.33
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.11 0.26 0.19 0.07 0.17 0.26 0.12 0.17 0.10 0.26 0.15 0.00 0.06 0.17 0.17 0.20 0.23 0.55 0.25
O3' 0.30 0.13 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.21 0.12 0.10 0.08 0.20 0.18 0.16 0.08 0.06 0.00 0.26 0.14 0.18 0.35 0.15 0.17
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.03 0.18 0.23 0.33 0.50 0.41 0.11 0.01 0.17 0.26 0.00 0.33 0.14 0.37 0.15 0.28
O5' 0.24 0.96 0.23 0.11 0.25 0.02 0.39 0.01 0.24 1.11 0.58 1.43 0.85 0.98 0.45 0.17 0.14 0.33 0.00 0.34 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.27 0.02 0.12 0.02 0.44 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.20 0.18 0.14 0.34 0.00 0.24 0.22 0.20
OP1 0.24 1.29 0.27 0.15 0.30 0.18 0.29 0.30 0.23 1.11 0.85 1.97 1.06 1.00 0.39 0.23 0.35 0.37 0.02 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 1.66 0.52 0.22 0.50 0.20 0.21 0.30 0.35 1.04 1.12 2.41 1.41 0.98 0.21 0.55 0.15 0.15 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.16 1.39 0.31 0.09 0.35 0.02 0.24 0.01 0.26 1.10 0.93 2.05 1.17 0.97 0.33 0.25 0.17 0.28 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00