ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54844

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 11, 7, 7, 7, 5, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.084, 0.154, 0.225, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.154 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.077, 0.158, 0.239, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.158 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.128, 0.229, 0.330, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.229 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.094, 0.198, 0.302, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.198 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.134, 0.248, 0.361, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.248 std_dev=0.114
N2 B 0, 0.155, 0.295, 0.435, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.295 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.202, 0.361, 0.519, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.361 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.189, 0.349, 0.509, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.349 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.223, 0.392, 0.561, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.392 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.217, 0.393, 0.569, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.393 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.212, 0.389, 0.566, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.389 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.190, 0.377, 0.564, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.377 std_dev=0.187
C6 B 0, 0.276, 0.479, 0.682, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.479 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.231, 0.438, 0.645, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.438 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.191, 0.399, 0.606, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.399 std_dev=0.207
P A 0, 0.207, 0.415, 0.624, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.415 std_dev=0.209
O6 B 0, 0.300, 0.511, 0.723, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.511 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.241, 0.461, 0.681, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.461 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.268, 0.497, 0.725, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.497 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.292, 0.522, 0.752, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.522 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.258, 0.504, 0.751, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.504 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.248, 0.508, 0.769, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.508 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.193, 0.460, 0.727, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.460 std_dev=0.267
N7 B 0, 0.351, 0.628, 0.905, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.628 std_dev=0.277
C8 B 0, 0.322, 0.614, 0.907, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.614 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.297, 0.603, 0.910, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.603 std_dev=0.306
O3' B 0, 0.303, 0.633, 0.964, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.633 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.211, 0.555, 0.899, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.555 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.262, 0.613, 0.964, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.613 std_dev=0.351
O5' B 0, 0.417, 0.821, 1.225, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.821 std_dev=0.404
C5' B 0, 0.329, 0.758, 1.187, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.758 std_dev=0.429
P B 0, 0.445, 0.909, 1.373, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.909 std_dev=0.464
OP2 B 0, 0.492, 0.964, 1.435, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.964 std_dev=0.472
OP1 B 0, 0.409, 0.928, 1.447, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.928 std_dev=0.519

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.11 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.09 0.09 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.04 0.10 0.07 0.06
O4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.11 0.13 0.16 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.06
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.05 0.03 0.04 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.11 0.03 0.11 0.03 0.09 0.06 0.09 0.05 0.05 0.10 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.04 0.04 0.14 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.08 0.04 0.07 0.16 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.02 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.12 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.15 0.09 0.13 0.09 0.08 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.19 0.09 0.12 0.08
C2 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.13 0.09 0.08 0.13 0.06 0.12 0.06 0.08 0.09 0.05 0.09 0.19 0.11 0.15 0.11
C2' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.11 0.05 0.15 0.08 0.14 0.06 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.19 0.07 0.10 0.06
C3' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.12 0.06 0.15 0.08 0.14 0.06 0.06 0.12 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.19 0.07 0.10 0.06
C4 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.07 0.14 0.08 0.12 0.07 0.09 0.11 0.07 0.12 0.16 0.14 0.20 0.15
C4' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.15 0.08 0.14 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.05 0.19 0.07 0.10 0.06
C5 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.17 0.12 0.18 0.13
C5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.15 0.09 0.13 0.07 0.06 0.12 0.07 0.10 0.09 0.07 0.05 0.19 0.07 0.10 0.06
C6 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.18 0.10 0.16 0.11
N1 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.11 0.06 0.14 0.09 0.10 0.10 0.07 0.12 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.19 0.10 0.14 0.10
N3 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.15 0.08 0.12 0.06 0.08 0.11 0.06 0.11 0.17 0.14 0.18 0.14
O2 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.14 0.09 0.09 0.14 0.06 0.12 0.06 0.08 0.09 0.05 0.08 0.19 0.10 0.14 0.11
O2' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.14 0.07 0.15 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.17 0.06 0.08 0.05
O3' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.16 0.09 0.15 0.10 0.07 0.12 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.19 0.08 0.10 0.06
O4 0.07 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.15 0.09 0.13 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.15 0.17 0.22 0.17
O4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.15 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.08 0.12 0.10 0.09 0.07 0.19 0.09 0.12 0.09
O5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.06 0.15 0.10 0.13 0.07 0.07 0.13 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.20 0.08 0.11 0.07
OP1 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.15 0.10 0.13 0.08 0.08 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.07 0.20 0.09 0.11 0.07
OP2 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.08 0.17 0.12 0.14 0.09 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.22 0.10 0.14 0.10
P 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.06 0.15 0.10 0.13 0.07 0.07 0.13 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.20 0.07 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.07 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.14 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.15 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.13 0.10
N2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.16 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.07 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.07 0.19 0.15 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.07
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07 0.05 0.05 0.10 0.06 0.02 0.08 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.13 0.17 0.13
OP1 0.06 0.07 0.11 0.12 0.07 0.06 0.10 0.03 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.12 0.06 0.11 0.19 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.07 0.09 0.10 0.02 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.10 0.09 0.16 0.09 0.07 0.15 0.08 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.11 0.10 0.06 0.06 0.13 0.07 0.04 0.13 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00