Doublet Group distance statistics: 54845

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.028, 0.044, 0.059, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.044 std_dev=0.015
C6	A	0, 0.031, 0.047, 0.063, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.047 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.034, 0.052, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.018
N1	A	0, 0.034, 0.054, 0.073, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.054 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.034, 0.053, 0.073, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.020
O2	A	0, 0.049, 0.098, 0.147, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.098 std_dev=0.049
O4	A	0, 0.100, 0.172, 0.243, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.172 std_dev=0.071
O4'	A	0, 0.075, 0.185, 0.296, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.185 std_dev=0.111
C2'	A	0, 0.060, 0.224, 0.389, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.224 std_dev=0.164
C4'	A	0, 0.139, 0.321, 0.503, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.321 std_dev=0.182
O2'	A	0, 0.166, 0.400, 0.633, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.400 std_dev=0.233
C3'	A	0, 0.136, 0.374, 0.613, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.374 std_dev=0.238
N2	B	0, 0.173, 0.450, 0.728, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.450 std_dev=0.277
O5'	A	0, 0.598, 0.896, 1.194, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.896 std_dev=0.298
N1	B	0, 0.086, 0.403, 0.720, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.403 std_dev=0.317
O6	B	0, 0.299, 0.619, 0.940, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.619 std_dev=0.320
C2	B	0, 0.091, 0.422, 0.754, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.422 std_dev=0.332
O3'	A	0, 0.201, 0.537, 0.874, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.537 std_dev=0.337
C6	B	0, 0.178, 0.528, 0.879, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.528 std_dev=0.351
C5'	A	0, 0.280, 0.635, 0.991, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.635 std_dev=0.355
N3	B	0, 0.128, 0.524, 0.920, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.524 std_dev=0.396
C5	B	0, 0.183, 0.608, 1.033, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.608 std_dev=0.425
C4	B	0, 0.154, 0.593, 1.032, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.593 std_dev=0.439
N7	B	0, 0.269, 0.762, 1.255, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.762 std_dev=0.493
N9	B	0, 0.229, 0.733, 1.236, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.733 std_dev=0.503
C8	B	0, 0.271, 0.812, 1.353, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.812 std_dev=0.541
C1'	B	0, 0.256, 0.803, 1.349, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.803 std_dev=0.547
C2'	B	0, 0.205, 0.799, 1.393, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.799 std_dev=0.594
O2'	B	0, 0.233, 0.854, 1.476, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.854 std_dev=0.621
O4'	B	0, 0.295, 0.942, 1.590, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.942 std_dev=0.648
C3'	B	0, 0.248, 0.926, 1.603, 2.419 max_d=2.419 avg_d=0.926 std_dev=0.677
OP2	A	0, 0.624, 1.314, 2.004, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.314 std_dev=0.690
P	A	0, 0.052, 0.765, 1.478, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.765 std_dev=0.713
O3'	B	0, 0.353, 1.078, 1.803, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.078 std_dev=0.725
O5'	B	0, 0.263, 0.991, 1.719, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.991 std_dev=0.728
OP1	A	0, 1.019, 1.761, 2.502, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.761 std_dev=0.741
OP2	B	0, 0.376, 1.125, 1.874, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.125 std_dev=0.749
C4'	B	0, 0.292, 1.043, 1.794, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.043 std_dev=0.751
P	B	0, 0.360, 1.142, 1.924, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.142 std_dev=0.782
C5'	B	0, 0.311, 1.204, 2.098, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.204 std_dev=0.893
OP1	B	0, 0.540, 1.445, 2.349, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.445 std_dev=0.904

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.08	0.03	0.01	0.03	0.09	0.02	0.03	0.03	0.01	0.18	0.27	0.43	0.16
C2	0.04	0.00	0.03	0.08	0.01	0.06	0.02	0.23	0.02	0.02	0.01	0.01	0.08	0.08	0.01	0.05	0.34	0.33	0.39	0.14
C2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.03	0.08	0.04	0.08	0.02	0.02	0.08	0.01	0.04	0.06	0.01	0.27	0.61	0.20	0.21
C3'	0.02	0.08	0.01	0.00	0.12	0.01	0.14	0.02	0.14	0.07	0.09	0.10	0.02	0.01	0.13	0.02	0.33	0.77	0.15	0.36
C4	0.03	0.01	0.05	0.12	0.00	0.14	0.01	0.36	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.12	0.01	0.06	0.43	0.24	0.43	0.21
C4'	0.01	0.06	0.03	0.01	0.14	0.00	0.16	0.01	0.15	0.08	0.10	0.06	0.09	0.02	0.16	0.01	0.03	0.33	0.33	0.12
C5	0.03	0.02	0.08	0.14	0.01	0.16	0.00	0.38	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.15	0.02	0.07	0.43	0.23	0.50	0.25
C5'	0.08	0.23	0.04	0.02	0.36	0.01	0.38	0.00	0.33	0.23	0.30	0.17	0.09	0.09	0.39	0.03	0.01	0.20	0.34	0.03
C6	0.03	0.02	0.08	0.14	0.01	0.15	0.01	0.33	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.14	0.02	0.07	0.38	0.22	0.51	0.22
N1	0.01	0.02	0.02	0.07	0.02	0.08	0.02	0.23	0.01	0.00	0.01	0.04	0.04	0.07	0.02	0.03	0.31	0.28	0.43	0.16
N3	0.03	0.01	0.02	0.09	0.00	0.10	0.01	0.30	0.01	0.01	0.00	0.02	0.08	0.09	0.01	0.05	0.39	0.29	0.40	0.16
O2	0.09	0.01	0.08	0.10	0.01	0.06	0.02	0.17	0.03	0.04	0.02	0.00	0.13	0.11	0.02	0.11	0.32	0.41	0.35	0.14
O2'	0.02	0.08	0.01	0.02	0.07	0.09	0.06	0.09	0.05	0.04	0.08	0.13	0.00	0.07	0.07	0.06	0.14	0.55	0.24	0.15
O3'	0.03	0.08	0.04	0.01	0.12	0.02	0.15	0.09	0.14	0.07	0.09	0.11	0.07	0.00	0.14	0.04	0.28	1.00	0.25	0.49
O4	0.03	0.01	0.06	0.13	0.01	0.16	0.02	0.39	0.02	0.02	0.01	0.02	0.07	0.14	0.00	0.07	0.46	0.24	0.42	0.23
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.06	0.01	0.07	0.03	0.07	0.03	0.05	0.11	0.06	0.04	0.07	0.00	0.14	0.13	0.57	0.29
O5'	0.18	0.34	0.27	0.33	0.43	0.03	0.43	0.01	0.38	0.31	0.39	0.32	0.14	0.28	0.46	0.14	0.00	0.03	0.03	0.02
OP1	0.27	0.33	0.61	0.77	0.24	0.33	0.23	0.20	0.22	0.28	0.29	0.41	0.55	1.00	0.24	0.13	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.43	0.39	0.20	0.15	0.43	0.33	0.50	0.34	0.51	0.43	0.40	0.35	0.24	0.25	0.42	0.57	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.16	0.14	0.21	0.36	0.21	0.12	0.25	0.03	0.22	0.16	0.16	0.14	0.15	0.49	0.23	0.29	0.02	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.14	0.21	0.30	0.14	0.18	0.19	0.24	0.23	0.16	0.20	0.14	0.12	0.20	0.13	0.15	0.37	0.12	0.32	0.30	0.24	0.38	0.21
C2	0.17	0.15	0.22	0.27	0.19	0.20	0.24	0.23	0.27	0.23	0.20	0.16	0.15	0.26	0.19	0.21	0.32	0.18	0.34	0.34	0.22	0.35	0.21
C2'	0.09	0.09	0.17	0.24	0.09	0.11	0.13	0.14	0.19	0.10	0.16	0.09	0.08	0.14	0.08	0.13	0.32	0.10	0.28	0.25	0.14	0.32	0.13
C3'	0.09	0.09	0.19	0.26	0.09	0.12	0.13	0.14	0.18	0.10	0.15	0.09	0.08	0.14	0.08	0.15	0.36	0.10	0.28	0.25	0.15	0.32	0.12
C4	0.19	0.16	0.20	0.23	0.21	0.21	0.27	0.25	0.29	0.28	0.20	0.16	0.16	0.32	0.22	0.21	0.27	0.22	0.34	0.38	0.22	0.33	0.21
C4'	0.16	0.12	0.28	0.37	0.13	0.23	0.17	0.27	0.21	0.15	0.18	0.11	0.13	0.18	0.14	0.21	0.48	0.14	0.36	0.29	0.29	0.38	0.24
C5	0.16	0.15	0.18	0.24	0.19	0.19	0.26	0.25	0.29	0.25	0.21	0.15	0.15	0.30	0.20	0.19	0.29	0.19	0.32	0.38	0.20	0.34	0.19
C5'	0.13	0.14	0.28	0.38	0.15	0.22	0.23	0.28	0.30	0.19	0.25	0.11	0.12	0.25	0.14	0.21	0.49	0.12	0.33	0.40	0.29	0.43	0.25
C6	0.14	0.14	0.17	0.25	0.17	0.17	0.23	0.24	0.27	0.21	0.20	0.15	0.13	0.25	0.16	0.17	0.31	0.15	0.31	0.35	0.19	0.35	0.18
N1	0.13	0.14	0.19	0.27	0.16	0.18	0.21	0.23	0.25	0.19	0.20	0.15	0.13	0.23	0.15	0.17	0.33	0.14	0.32	0.33	0.20	0.35	0.19
N3	0.20	0.16	0.21	0.25	0.21	0.21	0.27	0.25	0.29	0.27	0.20	0.16	0.16	0.31	0.23	0.22	0.29	0.22	0.35	0.37	0.23	0.34	0.22
O2	0.19	0.16	0.26	0.31	0.20	0.22	0.24	0.25	0.26	0.23	0.21	0.16	0.16	0.26	0.21	0.24	0.36	0.20	0.36	0.31	0.25	0.37	0.24
O2'	0.14	0.19	0.25	0.31	0.17	0.18	0.21	0.20	0.26	0.17	0.25	0.17	0.15	0.21	0.15	0.18	0.39	0.13	0.29	0.31	0.21	0.35	0.18
O3'	0.15	0.12	0.27	0.32	0.12	0.17	0.13	0.17	0.16	0.11	0.15	0.12	0.13	0.12	0.12	0.24	0.43	0.16	0.27	0.22	0.17	0.33	0.14
O4	0.21	0.16	0.19	0.21	0.22	0.21	0.28	0.25	0.28	0.30	0.19	0.17	0.17	0.33	0.24	0.21	0.23	0.24	0.35	0.37	0.22	0.31	0.21
O4'	0.18	0.18	0.27	0.38	0.19	0.26	0.23	0.32	0.27	0.22	0.23	0.18	0.18	0.24	0.19	0.21	0.45	0.18	0.37	0.33	0.33	0.44	0.29
O5'	0.20	0.24	0.26	0.35	0.24	0.25	0.31	0.30	0.36	0.27	0.32	0.21	0.21	0.32	0.23	0.15	0.40	0.19	0.41	0.45	0.35	0.46	0.33
OP1	0.38	0.42	0.41	0.45	0.39	0.41	0.39	0.43	0.41	0.37	0.42	0.44	0.40	0.38	0.38	0.39	0.48	0.39	0.39	0.43	0.37	0.49	0.36
OP2	0.41	0.39	0.34	0.33	0.41	0.36	0.42	0.36	0.42	0.43	0.39	0.37	0.40	0.43	0.41	0.36	0.31	0.41	0.57	0.44	0.42	0.45	0.44
P	0.16	0.15	0.12	0.17	0.17	0.13	0.21	0.17	0.24	0.20	0.19	0.14	0.15	0.23	0.17	0.14	0.21	0.16	0.34	0.30	0.19	0.33	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.06	0.07	0.06	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.11	0.04	0.10	0.38	0.09
C2	0.06	0.00	0.19	0.22	0.02	0.10	0.02	0.10	0.02	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.20	0.27	0.05	0.28	0.03	0.13	0.33	0.12
C2'	0.01	0.19	0.00	0.01	0.09	0.01	0.04	0.02	0.08	0.08	0.14	0.22	0.18	0.05	0.01	0.01	0.03	0.01	0.20	0.06	0.20	0.28	0.08
C3'	0.02	0.22	0.01	0.00	0.12	0.01	0.10	0.03	0.13	0.13	0.18	0.26	0.20	0.11	0.06	0.01	0.01	0.02	0.27	0.12	0.27	0.22	0.15
C4	0.03	0.02	0.09	0.12	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.09	0.13	0.02	0.29	0.02	0.12	0.33	0.11
C4'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.09	0.08	0.12	0.09	0.09	0.04	0.06	0.02	0.01	0.03	0.08	0.14	0.34	0.06
C5	0.02	0.02	0.04	0.10	0.01	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.07	0.11	0.03	0.37	0.02	0.15	0.30	0.16
C5'	0.02	0.10	0.02	0.03	0.07	0.01	0.10	0.00	0.11	0.13	0.10	0.12	0.09	0.14	0.06	0.05	0.06	0.02	0.01	0.14	0.15	0.31	0.02
C6	0.04	0.02	0.08	0.13	0.02	0.07	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.11	0.15	0.03	0.38	0.01	0.17	0.30	0.19
C8	0.02	0.03	0.08	0.13	0.01	0.09	0.01	0.13	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.06	0.13	0.04	0.37	0.03	0.14	0.30	0.13
N1	0.06	0.01	0.14	0.18	0.03	0.08	0.02	0.10	0.01	0.03	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.17	0.22	0.04	0.34	0.02	0.15	0.31	0.15
N2	0.07	0.01	0.22	0.26	0.02	0.12	0.02	0.12	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.24	0.33	0.06	0.26	0.04	0.14	0.34	0.12
N3	0.06	0.01	0.18	0.20	0.01	0.09	0.02	0.09	0.03	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.02	0.18	0.23	0.05	0.25	0.03	0.13	0.34	0.10
N7	0.02	0.02	0.05	0.11	0.02	0.09	0.01	0.14	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.00	0.02	0.05	0.11	0.04	0.41	0.04	0.18	0.28	0.19
N9	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.04	0.02	0.06	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.00	0.03	0.06	0.01	0.26	0.03	0.11	0.34	0.09
O2'	0.02	0.20	0.01	0.01	0.09	0.06	0.07	0.05	0.11	0.06	0.17	0.24	0.18	0.05	0.03	0.00	0.06	0.05	0.08	0.10	0.19	0.30	0.06
O3'	0.02	0.27	0.03	0.01	0.13	0.02	0.11	0.06	0.15	0.13	0.22	0.33	0.23	0.11	0.06	0.06	0.00	0.02	0.24	0.14	0.35	0.21	0.20
O4'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.06	0.05	0.04	0.01	0.05	0.02	0.00	0.10	0.05	0.10	0.46	0.17
O5'	0.11	0.28	0.20	0.27	0.29	0.03	0.37	0.01	0.38	0.37	0.34	0.26	0.25	0.41	0.26	0.08	0.24	0.10	0.00	0.42	0.02	0.03	0.01
O6	0.04	0.03	0.06	0.12	0.02	0.08	0.02	0.14	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.04	0.03	0.10	0.14	0.05	0.42	0.00	0.21	0.30	0.23
OP1	0.10	0.13	0.20	0.27	0.12	0.14	0.15	0.15	0.17	0.14	0.15	0.14	0.13	0.18	0.11	0.19	0.35	0.10	0.02	0.21	0.00	0.02	0.01
OP2	0.38	0.33	0.28	0.22	0.33	0.34	0.30	0.31	0.30	0.30	0.31	0.34	0.34	0.28	0.34	0.30	0.21	0.46	0.03	0.30	0.02	0.00	0.01
P	0.09	0.12	0.08	0.15	0.11	0.06	0.16	0.02	0.19	0.13	0.15	0.12	0.10	0.19	0.09	0.06	0.20	0.17	0.01	0.23	0.01	0.01	0.00