ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54846

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 4, 2, 5, 6, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.044 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.008, 0.044, 0.081, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.044 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.031, 0.104, 0.176, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.104 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.021, 0.094, 0.166, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.094 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.058, 0.156, 0.253, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.156 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.036, 0.151, 0.267, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.151 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.036, 0.154, 0.273, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.154 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.065, 0.230, 0.395, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.230 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.172, 0.380, 0.589, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.380 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.041, 0.254, 0.466, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.254 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.414, 0.659, 0.905, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.659 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.395, 0.673, 0.950, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.673 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.402, 0.679, 0.957, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.679 std_dev=0.278
P A 0, 0.086, 0.365, 0.644, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.365 std_dev=0.279
O2 B 0, 0.455, 0.746, 1.038, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.746 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.500, 0.802, 1.103, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.802 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.438, 0.755, 1.072, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.755 std_dev=0.317
OP1 A 0, 0.132, 0.450, 0.769, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.450 std_dev=0.318
OP2 A 0, 0.049, 0.375, 0.700, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.375 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.455, 0.784, 1.112, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.784 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.392, 0.721, 1.051, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.721 std_dev=0.329
N4 B 0, 0.579, 0.969, 1.359, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.969 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.479, 0.879, 1.279, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.879 std_dev=0.400
C2' B 0, 0.681, 1.092, 1.503, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.092 std_dev=0.411
O2' B 0, 0.815, 1.312, 1.809, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.312 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.563, 1.128, 1.694, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.128 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.683, 1.253, 1.823, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.253 std_dev=0.570
C5' B 0, 0.628, 1.276, 1.924, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.276 std_dev=0.648
O3' B 0, 0.789, 1.569, 2.349, 2.898 max_d=2.898 avg_d=1.569 std_dev=0.780
O5' B 0, 0.647, 1.433, 2.220, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.433 std_dev=0.787
P B 0, 0.560, 1.379, 2.199, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.379 std_dev=0.820
OP1 B 0, 0.973, 2.191, 3.409, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.191 std_dev=1.218
OP2 B 0, 0.976, 2.427, 3.878, 6.193 max_d=6.193 avg_d=2.427 std_dev=1.451

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.10 0.10 0.08
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.16 0.16 0.19 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.11 0.10 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.08 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.13 0.10 0.08
C4 0.04 0.02 0.06 0.07 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.05 0.21 0.22 0.27 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
C5 0.04 0.02 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.10 0.02 0.05 0.21 0.22 0.25 0.23
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.10 0.08 0.05 0.05 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.05 0.19 0.17 0.18 0.17
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.15 0.14 0.15 0.13
N3 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02 0.04 0.18 0.19 0.24 0.20
O2 0.07 0.01 0.09 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.10 0.03 0.07 0.14 0.15 0.17 0.13
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05 0.12 0.09 0.06
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.05 0.09 0.04 0.07 0.10 0.05 0.00 0.09 0.02 0.14 0.17 0.12 0.11
O4 0.04 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.09 0.00 0.05 0.22 0.25 0.30 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.00 0.10 0.11 0.09 0.09
O5' 0.09 0.16 0.06 0.08 0.21 0.02 0.21 0.01 0.19 0.15 0.18 0.14 0.05 0.14 0.22 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.16 0.11 0.13 0.22 0.09 0.22 0.09 0.17 0.14 0.19 0.15 0.12 0.17 0.25 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.19 0.10 0.10 0.27 0.05 0.25 0.02 0.18 0.15 0.24 0.17 0.09 0.12 0.30 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.06 0.08 0.23 0.03 0.23 0.02 0.17 0.13 0.20 0.13 0.06 0.11 0.25 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.23 0.31 0.16 0.16 0.15 0.20 0.13 0.15 0.14 0.24 0.23 0.33 0.34 0.19 0.51 0.93 1.16 0.61
C2 0.24 0.24 0.24 0.28 0.20 0.20 0.21 0.24 0.20 0.22 0.23 0.20 0.27 0.37 0.29 0.26 0.57 0.93 1.31 0.67
C2' 0.15 0.12 0.21 0.25 0.15 0.12 0.14 0.16 0.11 0.11 0.10 0.23 0.19 0.24 0.29 0.19 0.46 0.84 1.06 0.56
C3' 0.13 0.09 0.22 0.24 0.15 0.12 0.14 0.17 0.10 0.09 0.10 0.23 0.14 0.20 0.32 0.20 0.43 0.82 0.99 0.53
C4 0.25 0.23 0.23 0.27 0.22 0.21 0.24 0.25 0.23 0.23 0.23 0.22 0.26 0.35 0.29 0.29 0.59 0.95 1.35 0.69
C4' 0.13 0.10 0.25 0.33 0.17 0.16 0.15 0.22 0.11 0.10 0.13 0.26 0.13 0.24 0.39 0.17 0.46 0.90 1.00 0.55
C5 0.22 0.21 0.21 0.27 0.20 0.17 0.21 0.21 0.20 0.20 0.20 0.21 0.23 0.33 0.30 0.26 0.56 0.94 1.29 0.66
C5' 0.14 0.10 0.27 0.34 0.17 0.18 0.15 0.24 0.12 0.11 0.13 0.25 0.12 0.24 0.43 0.19 0.46 0.91 0.99 0.55
C6 0.20 0.19 0.21 0.28 0.18 0.15 0.18 0.19 0.17 0.18 0.17 0.21 0.22 0.32 0.31 0.23 0.54 0.93 1.24 0.63
N1 0.21 0.20 0.22 0.28 0.17 0.16 0.17 0.20 0.16 0.18 0.18 0.21 0.24 0.34 0.31 0.22 0.54 0.92 1.24 0.64
N3 0.26 0.25 0.24 0.28 0.23 0.22 0.24 0.26 0.24 0.24 0.25 0.23 0.27 0.37 0.29 0.29 0.59 0.94 1.36 0.70
O2 0.26 0.27 0.27 0.29 0.22 0.22 0.22 0.26 0.22 0.25 0.26 0.20 0.30 0.40 0.30 0.27 0.58 0.93 1.32 0.68
O2' 0.14 0.10 0.21 0.25 0.18 0.12 0.14 0.17 0.09 0.09 0.11 0.27 0.19 0.25 0.29 0.18 0.44 0.85 0.99 0.54
O3' 0.14 0.12 0.26 0.24 0.18 0.16 0.16 0.19 0.13 0.11 0.15 0.24 0.15 0.20 0.34 0.23 0.40 0.76 0.90 0.50
O4 0.26 0.25 0.23 0.27 0.24 0.23 0.26 0.27 0.25 0.25 0.24 0.24 0.26 0.36 0.29 0.31 0.60 0.96 1.40 0.71
O4' 0.17 0.14 0.26 0.36 0.17 0.19 0.16 0.25 0.13 0.14 0.14 0.26 0.19 0.33 0.41 0.17 0.51 0.96 1.12 0.60
O5' 0.12 0.09 0.24 0.30 0.14 0.13 0.13 0.17 0.09 0.09 0.10 0.22 0.13 0.22 0.38 0.18 0.46 0.89 1.04 0.55
OP1 0.17 0.12 0.30 0.33 0.15 0.17 0.14 0.19 0.12 0.12 0.12 0.22 0.14 0.25 0.42 0.21 0.44 0.86 0.94 0.51
OP2 0.15 0.14 0.24 0.30 0.18 0.13 0.18 0.17 0.14 0.13 0.15 0.25 0.17 0.24 0.38 0.20 0.49 0.89 1.13 0.60
P 0.13 0.09 0.24 0.31 0.15 0.13 0.14 0.19 0.10 0.09 0.11 0.22 0.12 0.23 0.41 0.18 0.46 0.92 1.05 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.20 0.01 0.21 0.44 0.46 0.25
C2 0.04 0.00 0.13 0.18 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.16 0.08 0.37 0.71 0.79 0.44
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.15 0.14 0.03 0.10 0.05 0.24 0.01 0.03 0.01 0.42 0.62 0.33 0.39
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.20 0.01 0.19 0.02 0.17 0.12 0.21 0.21 0.21 0.02 0.01 0.02 0.35 0.49 0.30 0.23
C4 0.04 0.02 0.04 0.20 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.12 0.05 0.50 0.90 1.19 0.64
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.09 0.17 0.03 0.01 0.02 0.30 0.32 0.06
C5 0.03 0.02 0.11 0.19 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.05 0.51 0.89 1.20 0.66
C5' 0.07 0.12 0.15 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.14 0.20 0.12 0.04 0.12 0.02 0.01 0.38 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.13 0.06 0.45 0.75 0.95 0.54
N1 0.02 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.13 0.09 0.03 0.35 0.64 0.72 0.41
N3 0.04 0.01 0.10 0.21 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.15 0.07 0.44 0.82 1.01 0.55
N4 0.04 0.03 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.24 0.14 0.06 0.54 0.97 1.33 0.71
O2 0.07 0.01 0.24 0.21 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.16 0.27 0.13 0.31 0.64 0.64 0.36
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.22 0.17 0.23 0.04 0.20 0.13 0.17 0.24 0.16 0.00 0.05 0.12 0.27 0.55 0.33 0.31
O3' 0.20 0.16 0.03 0.01 0.12 0.03 0.14 0.12 0.13 0.09 0.15 0.14 0.27 0.05 0.00 0.15 0.31 0.53 0.54 0.22
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.13 0.12 0.15 0.00 0.17 0.33 0.49 0.24
O5' 0.21 0.37 0.42 0.35 0.50 0.02 0.51 0.01 0.45 0.35 0.44 0.54 0.31 0.27 0.31 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.44 0.71 0.62 0.49 0.90 0.30 0.89 0.38 0.75 0.64 0.82 0.97 0.64 0.55 0.53 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.79 0.33 0.30 1.19 0.32 1.20 0.41 0.95 0.72 1.01 1.33 0.64 0.33 0.54 0.49 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.44 0.39 0.23 0.64 0.06 0.66 0.01 0.54 0.41 0.55 0.71 0.36 0.31 0.22 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00