ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 5, 2, 1, 6, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.032, 0.065, 0.098, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.083, 0.157, 0.231, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.157 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.057, 0.167, 0.277, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.167 std_dev=0.110
C4' A 0, 0.062, 0.218, 0.374, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.218 std_dev=0.156
C2' A 0, 0.014, 0.170, 0.327, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.170 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.153, 0.345, 0.537, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.345 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.168, 0.375, 0.583, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.375 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.229, 0.438, 0.647, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.438 std_dev=0.209
N4 B 0, 0.122, 0.345, 0.568, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.345 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.132, 0.365, 0.598, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.365 std_dev=0.233
O2' A 0, 0.029, 0.268, 0.506, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.268 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.040, 0.286, 0.533, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.286 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.250, 0.507, 0.764, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.507 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.195, 0.468, 0.741, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.468 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.195, 0.479, 0.764, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.479 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.184, 0.470, 0.757, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.470 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.073, 0.378, 0.684, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.378 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.213, 0.537, 0.861, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.537 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.066, 0.412, 0.758, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.412 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.202, 0.572, 0.942, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.572 std_dev=0.370
O3' A 0, 0.021, 0.437, 0.853, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.437 std_dev=0.416
P A 0, 0.086, 0.539, 0.991, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.539 std_dev=0.452
OP2 A 0, 0.047, 0.537, 1.027, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.537 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.269, 0.767, 1.265, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.767 std_dev=0.498
OP1 A 0, 0.142, 0.652, 1.162, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.652 std_dev=0.510
C3' B 0, 0.215, 0.890, 1.565, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.890 std_dev=0.675
C4' B 0, 0.272, 0.981, 1.691, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.981 std_dev=0.709
O3' B 0, 0.233, 1.092, 1.952, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.092 std_dev=0.860
C5' B 0, 0.300, 1.351, 2.402, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.351 std_dev=1.051
O5' B 0, 0.030, 1.868, 3.705, 5.383 max_d=5.383 avg_d=1.868 std_dev=1.838
P B 0, -0.177, 2.071, 4.319, 6.595 max_d=6.595 avg_d=2.071 std_dev=2.248
OP2 B 0, -0.057, 2.750, 5.557, 7.751 max_d=7.751 avg_d=2.750 std_dev=2.807
OP1 B 0, -0.055, 2.771, 5.597, 8.220 max_d=8.220 avg_d=2.771 std_dev=2.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.04 0.10 0.12 0.14 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.03 0.05 0.12 0.00 0.03 0.08 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.14 0.00 0.18 0.02 0.17 0.08 0.10 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.06 0.09 0.09 0.06
C4 0.03 0.02 0.07 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.05 0.11 0.12 0.14 0.12
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.22 0.01 0.05 0.12 0.11 0.13 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.10 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.05 0.10 0.10 0.11 0.10
N1 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.09 0.10 0.12 0.10
N3 0.03 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.10 0.12 0.14 0.11
O2 0.05 0.01 0.12 0.10 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.12 0.03 0.06 0.11 0.13 0.14 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.15 0.00 0.07 0.07 0.05 0.04 0.10 0.05 0.04
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.17 0.01 0.22 0.04 0.19 0.08 0.10 0.12 0.07 0.00 0.20 0.01 0.12 0.17 0.19 0.14
O4 0.03 0.03 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.20 0.00 0.05 0.11 0.12 0.14 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.08 0.09 0.08
O5' 0.07 0.10 0.04 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.09 0.10 0.11 0.04 0.12 0.11 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.12 0.08 0.09 0.12 0.07 0.11 0.07 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.17 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.14 0.06 0.09 0.14 0.02 0.13 0.03 0.11 0.12 0.14 0.14 0.05 0.19 0.14 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.05 0.06 0.12 0.02 0.11 0.03 0.10 0.10 0.11 0.11 0.04 0.14 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.27 0.42 0.16 0.22 0.16 0.38 0.15 0.15 0.16 0.18 0.17 0.22 0.46 0.15 0.66 0.58 1.57 0.88
C2 0.15 0.16 0.21 0.33 0.15 0.19 0.15 0.35 0.15 0.14 0.16 0.16 0.17 0.23 0.38 0.16 0.65 0.65 1.70 0.91
C2' 0.12 0.11 0.19 0.27 0.11 0.12 0.13 0.23 0.12 0.10 0.10 0.12 0.14 0.23 0.30 0.15 0.36 0.27 1.21 0.55
C3' 0.21 0.14 0.20 0.23 0.15 0.21 0.20 0.22 0.21 0.19 0.12 0.14 0.14 0.33 0.27 0.27 0.16 0.23 0.96 0.31
C4 0.15 0.16 0.20 0.31 0.15 0.16 0.16 0.31 0.15 0.14 0.17 0.17 0.19 0.22 0.36 0.19 0.55 0.56 1.64 0.80
C4' 0.12 0.10 0.26 0.36 0.12 0.15 0.12 0.26 0.11 0.10 0.10 0.15 0.11 0.25 0.42 0.13 0.41 0.23 1.21 0.58
C5 0.15 0.15 0.22 0.33 0.15 0.16 0.15 0.30 0.15 0.14 0.17 0.17 0.18 0.20 0.38 0.18 0.53 0.49 1.56 0.75
C5' 0.13 0.09 0.25 0.35 0.11 0.15 0.12 0.24 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.27 0.41 0.17 0.32 0.13 1.13 0.48
C6 0.14 0.15 0.23 0.36 0.15 0.17 0.15 0.32 0.14 0.14 0.16 0.17 0.18 0.20 0.41 0.17 0.55 0.48 1.54 0.77
N1 0.14 0.15 0.23 0.36 0.15 0.19 0.15 0.35 0.14 0.14 0.16 0.18 0.17 0.21 0.41 0.15 0.61 0.56 1.60 0.85
N3 0.16 0.16 0.20 0.31 0.15 0.18 0.16 0.33 0.15 0.15 0.17 0.16 0.18 0.23 0.35 0.17 0.61 0.63 1.71 0.87
O2 0.17 0.17 0.22 0.34 0.16 0.22 0.16 0.38 0.16 0.16 0.17 0.16 0.18 0.24 0.38 0.17 0.73 0.76 1.78 1.00
O2' 0.12 0.10 0.22 0.31 0.12 0.15 0.11 0.27 0.10 0.10 0.09 0.16 0.15 0.21 0.34 0.12 0.48 0.37 1.21 0.65
O3' 0.36 0.27 0.29 0.28 0.25 0.39 0.32 0.36 0.35 0.33 0.22 0.21 0.25 0.46 0.32 0.43 0.27 0.50 0.63 0.21
O4 0.17 0.17 0.21 0.30 0.16 0.17 0.17 0.31 0.17 0.16 0.19 0.18 0.20 0.23 0.34 0.20 0.54 0.56 1.66 0.79
O4' 0.16 0.16 0.32 0.48 0.17 0.25 0.16 0.41 0.15 0.15 0.16 0.20 0.17 0.24 0.54 0.13 0.66 0.54 1.55 0.87
O5' 0.17 0.10 0.23 0.31 0.10 0.17 0.15 0.22 0.16 0.13 0.09 0.11 0.12 0.28 0.37 0.22 0.23 0.17 1.11 0.40
OP1 0.21 0.13 0.27 0.33 0.11 0.24 0.17 0.26 0.19 0.17 0.11 0.11 0.15 0.32 0.39 0.28 0.21 0.38 0.93 0.30
OP2 0.20 0.12 0.23 0.29 0.13 0.22 0.20 0.25 0.21 0.17 0.11 0.13 0.14 0.29 0.35 0.28 0.18 0.31 1.11 0.33
P 0.17 0.10 0.23 0.31 0.11 0.18 0.16 0.22 0.17 0.14 0.08 0.12 0.12 0.28 0.38 0.24 0.21 0.22 1.09 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.17 0.15 0.31 0.22
C2 0.03 0.00 0.04 0.15 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.03 0.45 0.39 0.96 0.59
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.00 0.03 0.02 0.31 0.30 0.30 0.30
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.17 0.00 0.17 0.03 0.15 0.11 0.17 0.18 0.15 0.02 0.01 0.02 0.41 0.45 0.30 0.34
C4 0.03 0.01 0.04 0.17 0.00 0.13 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.18 0.04 0.66 0.70 1.49 0.90
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.08 0.11 0.15 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.16 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.04 0.67 0.74 1.45 0.91
C5' 0.05 0.22 0.04 0.03 0.32 0.01 0.32 0.00 0.26 0.19 0.29 0.35 0.18 0.08 0.03 0.01 0.01 0.34 0.45 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.04 0.57 0.58 1.08 0.72
N1 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.09 0.02 0.42 0.38 0.81 0.53
N3 0.03 0.01 0.03 0.17 0.00 0.11 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.03 0.57 0.55 1.27 0.76
N4 0.03 0.01 0.04 0.18 0.00 0.15 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.20 0.04 0.71 0.80 1.69 1.00
O2 0.04 0.01 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.13 0.04 0.35 0.27 0.77 0.46
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.12 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.15 0.13 0.20 0.00 0.08 0.10 0.17 0.20 0.22 0.17
O3' 0.03 0.12 0.03 0.01 0.18 0.02 0.18 0.03 0.15 0.09 0.16 0.20 0.13 0.08 0.00 0.02 0.34 0.47 0.40 0.27
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.10 0.02 0.00 0.11 0.11 0.10 0.11
O5' 0.17 0.45 0.31 0.41 0.66 0.02 0.67 0.01 0.57 0.42 0.57 0.71 0.35 0.17 0.34 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.39 0.30 0.45 0.70 0.16 0.74 0.34 0.58 0.38 0.55 0.80 0.27 0.20 0.47 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.96 0.30 0.30 1.49 0.27 1.45 0.45 1.08 0.81 1.27 1.69 0.77 0.22 0.40 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.59 0.30 0.34 0.90 0.03 0.91 0.03 0.72 0.53 0.76 1.00 0.46 0.17 0.27 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00