ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54848

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.002, 0.026, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.018, 0.060, 0.103, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.060 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.013, 0.060, 0.107, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.060 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.043, 0.091, 0.139, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.091 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.067, 0.130, 0.193, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.130 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.189, 0.380, 0.570, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.380 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.181, 0.372, 0.563, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.372 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.234, 0.453, 0.672, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.453 std_dev=0.219
O3' A 0, 0.276, 0.557, 0.839, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.557 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.405, 0.797, 1.189, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.797 std_dev=0.392
O5' A 0, 0.461, 0.919, 1.376, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.919 std_dev=0.458
C6 B 0, 0.542, 1.026, 1.509, 1.489 max_d=1.489 avg_d=1.026 std_dev=0.484
C5 B 0, 0.476, 0.960, 1.444, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.960 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.466, 0.963, 1.459, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.963 std_dev=0.497
C4 B 0, 0.379, 0.896, 1.412, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.896 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.527, 1.108, 1.689, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.108 std_dev=0.581
N4 B 0, 0.405, 1.029, 1.654, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.029 std_dev=0.625
C2 B 0, 0.458, 1.085, 1.711, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.085 std_dev=0.627
O5' B 0, 0.758, 1.449, 2.141, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.449 std_dev=0.691
P A 0, 0.646, 1.346, 2.046, 2.130 max_d=2.130 avg_d=1.346 std_dev=0.700
OP2 A 0, 0.732, 1.438, 2.144, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.438 std_dev=0.706
OP1 A 0, 0.713, 1.486, 2.259, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.486 std_dev=0.773
C1' B 0, 0.575, 1.353, 2.131, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.353 std_dev=0.778
O4' B 0, 0.658, 1.461, 2.263, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.461 std_dev=0.803
C5' B 0, 0.774, 1.598, 2.422, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.598 std_dev=0.824
O2 B 0, 0.469, 1.308, 2.148, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.308 std_dev=0.839
C2' B 0, 0.618, 1.479, 2.339, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.479 std_dev=0.860
C3' B 0, 0.729, 1.600, 2.471, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.600 std_dev=0.871
P B 0, 0.717, 1.603, 2.488, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.603 std_dev=0.886
C4' B 0, 0.720, 1.610, 2.500, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.610 std_dev=0.890
OP2 B 0, 0.996, 2.008, 3.020, 3.249 max_d=3.249 avg_d=2.008 std_dev=1.012
O3' B 0, 0.810, 1.891, 2.971, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.891 std_dev=1.080
O2' B 0, 0.594, 1.687, 2.780, 3.273 max_d=3.273 avg_d=1.687 std_dev=1.093
OP1 B 0, 1.384, 2.924, 4.463, 4.409 max_d=4.409 avg_d=2.924 std_dev=1.539

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.14 0.07 0.11
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.04 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.05 0.03 0.18 0.23 0.13 0.25
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.10 0.07 0.07
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.12 0.01 0.05 0.15 0.08 0.05
C4 0.05 0.03 0.07 0.11 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.12 0.01 0.06 0.27 0.36 0.21 0.38
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02
C5 0.05 0.03 0.06 0.10 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.12 0.02 0.06 0.27 0.39 0.18 0.39
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.08 0.05 0.03 0.20 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.10 0.02 0.05 0.24 0.34 0.12 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.10 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.16 0.24 0.10 0.23
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.04 0.04 0.22 0.29 0.17 0.32
O2 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.05 0.16 0.20 0.12 0.22
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.09 0.04 0.05 0.10 0.06 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.06 0.10 0.06 0.02 0.00 0.14 0.02 0.05 0.27 0.14 0.08
O4 0.06 0.05 0.09 0.12 0.01 0.10 0.02 0.20 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.14 0.00 0.06 0.28 0.39 0.24 0.42
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.16 0.12 0.07
O5' 0.07 0.18 0.06 0.05 0.27 0.02 0.27 0.01 0.24 0.16 0.22 0.16 0.05 0.05 0.28 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.14 0.23 0.10 0.15 0.36 0.09 0.39 0.10 0.34 0.24 0.29 0.20 0.10 0.27 0.39 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.13 0.07 0.08 0.21 0.03 0.18 0.04 0.12 0.10 0.17 0.12 0.06 0.14 0.24 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.11 0.25 0.07 0.05 0.38 0.02 0.39 0.01 0.31 0.23 0.32 0.22 0.05 0.08 0.42 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.19 0.40 0.44 0.11 0.33 0.13 0.28 0.17 0.21 0.11 0.16 0.26 0.38 0.51 0.23 0.24 0.84 0.56 0.21
C2 0.19 0.16 0.39 0.48 0.15 0.31 0.16 0.28 0.18 0.18 0.13 0.16 0.17 0.33 0.58 0.17 0.31 0.82 0.74 0.17
C2' 0.10 0.10 0.14 0.16 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.17 0.14 0.16 0.20 0.09 0.12 0.93 0.61 0.35
C3' 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.18 0.12 0.15 0.14 0.09 0.10 0.93 0.57 0.36
C4 0.21 0.16 0.46 0.58 0.15 0.37 0.18 0.35 0.20 0.20 0.13 0.17 0.17 0.39 0.71 0.19 0.39 0.80 0.75 0.16
C4' 0.16 0.15 0.25 0.26 0.17 0.21 0.16 0.16 0.16 0.15 0.14 0.21 0.20 0.27 0.31 0.16 0.11 0.87 0.46 0.29
C5 0.24 0.17 0.48 0.59 0.10 0.40 0.13 0.37 0.18 0.21 0.10 0.11 0.21 0.43 0.72 0.22 0.38 0.82 0.66 0.16
C5' 0.17 0.15 0.26 0.28 0.17 0.23 0.17 0.19 0.17 0.16 0.15 0.20 0.20 0.29 0.34 0.17 0.13 0.86 0.43 0.28
C6 0.25 0.18 0.46 0.55 0.08 0.39 0.11 0.35 0.17 0.21 0.09 0.12 0.24 0.43 0.67 0.23 0.33 0.83 0.62 0.17
N1 0.22 0.16 0.42 0.49 0.09 0.34 0.11 0.30 0.17 0.19 0.10 0.12 0.21 0.37 0.59 0.20 0.29 0.84 0.64 0.18
N3 0.19 0.16 0.41 0.52 0.18 0.32 0.19 0.31 0.20 0.19 0.15 0.20 0.16 0.34 0.63 0.16 0.36 0.80 0.78 0.16
O2 0.19 0.18 0.35 0.43 0.19 0.27 0.19 0.24 0.20 0.19 0.18 0.21 0.18 0.30 0.51 0.16 0.29 0.82 0.78 0.21
O2' 0.09 0.08 0.12 0.10 0.13 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.18 0.14 0.17 0.12 0.08 0.14 0.93 0.60 0.41
O3' 0.25 0.18 0.25 0.21 0.12 0.23 0.10 0.23 0.11 0.17 0.13 0.21 0.25 0.35 0.24 0.24 0.25 0.99 0.63 0.49
O4 0.21 0.16 0.47 0.61 0.19 0.38 0.22 0.37 0.22 0.20 0.15 0.22 0.16 0.40 0.74 0.19 0.43 0.77 0.79 0.18
O4' 0.34 0.26 0.49 0.52 0.15 0.42 0.16 0.36 0.22 0.27 0.15 0.22 0.36 0.50 0.61 0.32 0.28 0.82 0.47 0.21
O5' 0.16 0.16 0.29 0.34 0.14 0.25 0.15 0.23 0.17 0.17 0.14 0.16 0.19 0.28 0.41 0.16 0.19 0.85 0.48 0.22
OP1 0.16 0.16 0.32 0.41 0.14 0.29 0.14 0.29 0.17 0.17 0.14 0.16 0.19 0.28 0.50 0.17 0.28 0.79 0.41 0.20
OP2 0.13 0.14 0.28 0.34 0.15 0.23 0.15 0.21 0.15 0.14 0.14 0.19 0.17 0.26 0.43 0.13 0.18 0.87 0.52 0.23
P 0.19 0.18 0.33 0.41 0.18 0.31 0.19 0.29 0.20 0.20 0.17 0.21 0.20 0.31 0.49 0.20 0.26 0.85 0.42 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.08 0.64 0.19 0.26
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.15 0.83 0.55 0.38
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.03 0.11 0.01 0.01 0.00 0.06 0.44 0.09 0.15
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.09 0.09 0.12 0.01 0.01 0.01 0.05 0.23 0.14 0.06
C4 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.01 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.21 0.88 0.82 0.45
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.24 0.18 0.07
C5 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.22 0.87 0.82 0.49
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.16 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.30 0.03
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.21 0.83 0.62 0.46
N1 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.78 0.47 0.37
N3 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03 0.18 0.87 0.70 0.41
N4 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.03 0.16 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.07 0.24 0.88 0.94 0.48
O2 0.05 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.14 0.06 0.15 0.79 0.47 0.34
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.03 0.05 0.37 0.14 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.03 0.10 0.10 0.14 0.03 0.00 0.02 0.08 0.17 0.35 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.57 0.12 0.23
O5' 0.08 0.15 0.06 0.05 0.21 0.02 0.22 0.01 0.21 0.15 0.18 0.24 0.15 0.05 0.08 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.64 0.83 0.44 0.23 0.88 0.24 0.87 0.10 0.83 0.78 0.87 0.88 0.79 0.37 0.17 0.57 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.55 0.09 0.14 0.82 0.18 0.82 0.30 0.62 0.47 0.70 0.94 0.47 0.14 0.35 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.38 0.15 0.06 0.45 0.07 0.49 0.03 0.46 0.37 0.41 0.48 0.34 0.09 0.12 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00