ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54849

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.008, 0.045, 0.083, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.045 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.034, 0.074, 0.114, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.074 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.011, 0.076, 0.141, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.076 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.013, 0.092, 0.172, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.092 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.033, 0.113, 0.193, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.113 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.037, 0.138, 0.239, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.036, 0.141, 0.246, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.141 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.048, 0.198, 0.347, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.198 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.052, 0.224, 0.395, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.224 std_dev=0.171
N4 B 0, 0.139, 0.354, 0.568, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.354 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.117, 0.395, 0.673, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.395 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.060, 0.343, 0.626, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.343 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.138, 0.435, 0.733, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.435 std_dev=0.298
O2 B 0, 0.124, 0.495, 0.866, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.495 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.132, 0.505, 0.877, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.505 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.192, 0.610, 1.029, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.610 std_dev=0.418
P A 0, 0.119, 0.556, 0.992, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.556 std_dev=0.437
N1 B 0, 0.185, 0.666, 1.147, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.666 std_dev=0.481
OP2 A 0, 0.174, 0.664, 1.154, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.664 std_dev=0.490
C6 B 0, 0.216, 0.730, 1.243, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.730 std_dev=0.514
OP1 A 0, 0.191, 0.705, 1.219, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.705 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.212, 0.761, 1.310, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.761 std_dev=0.549
C1' B 0, 0.198, 0.762, 1.325, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.762 std_dev=0.564
C2' B 0, 0.193, 0.767, 1.340, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.767 std_dev=0.574
O4' B 0, 0.188, 0.823, 1.459, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.823 std_dev=0.636
C3' B 0, 0.183, 0.853, 1.523, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.853 std_dev=0.670
O3' B 0, 0.202, 0.875, 1.549, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.875 std_dev=0.673
C4' B 0, 0.179, 0.884, 1.588, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.884 std_dev=0.705
O5' B 0, 0.384, 1.162, 1.940, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.162 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.177, 0.976, 1.776, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.976 std_dev=0.800
P B 0, 0.197, 1.178, 2.159, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.178 std_dev=0.981
OP1 B 0, 0.479, 1.816, 3.153, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.816 std_dev=1.337
OP2 B 0, 0.295, 1.722, 3.149, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.722 std_dev=1.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.08 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.07 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.13 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.12 0.03 0.07 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.12 0.03 0.09 0.03
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.06 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.12 0.03 0.10 0.03
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.10 0.04
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.08 0.02
O2 0.05 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.06 0.03 0.05 0.10 0.07 0.08 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.16 0.05 0.03
O4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.13 0.03 0.06 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.10
O5' 0.04 0.09 0.03 0.02 0.12 0.00 0.12 0.01 0.12 0.08 0.11 0.10 0.01 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.04 0.10 0.13 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.08 0.16 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.15 0.16 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.11 0.19 0.06 0.19 0.50 0.39 0.14
C2 0.15 0.10 0.20 0.22 0.11 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.09 0.10 0.07 0.15 0.24 0.12 0.30 0.54 0.49 0.21
C2' 0.08 0.05 0.15 0.15 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.12 0.17 0.06 0.15 0.51 0.36 0.12
C3' 0.06 0.08 0.12 0.11 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.06 0.09 0.51 0.31 0.10
C4 0.16 0.10 0.20 0.22 0.12 0.16 0.17 0.16 0.18 0.15 0.08 0.11 0.06 0.16 0.23 0.14 0.31 0.61 0.43 0.20
C4' 0.05 0.08 0.11 0.11 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06 0.13 0.06 0.09 0.49 0.31 0.10
C5 0.15 0.09 0.19 0.19 0.11 0.15 0.15 0.16 0.16 0.13 0.08 0.09 0.07 0.14 0.20 0.14 0.27 0.62 0.36 0.17
C5' 0.05 0.08 0.11 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.50 0.28 0.09
C6 0.13 0.08 0.17 0.18 0.09 0.13 0.13 0.14 0.14 0.11 0.07 0.07 0.07 0.13 0.19 0.12 0.24 0.58 0.35 0.15
N1 0.12 0.07 0.18 0.19 0.08 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.06 0.07 0.05 0.13 0.21 0.10 0.25 0.55 0.41 0.17
N3 0.17 0.11 0.21 0.23 0.13 0.17 0.17 0.16 0.17 0.15 0.10 0.12 0.08 0.16 0.25 0.14 0.33 0.57 0.49 0.22
O2 0.17 0.13 0.21 0.24 0.14 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15 0.13 0.13 0.11 0.17 0.27 0.14 0.34 0.51 0.56 0.26
O2' 0.04 0.06 0.13 0.14 0.11 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.11 0.12 0.05 0.11 0.17 0.04 0.13 0.45 0.36 0.11
O3' 0.05 0.13 0.09 0.07 0.12 0.05 0.10 0.07 0.09 0.09 0.15 0.13 0.15 0.07 0.08 0.09 0.07 0.49 0.26 0.07
O4 0.18 0.11 0.22 0.23 0.14 0.18 0.20 0.19 0.20 0.17 0.09 0.12 0.07 0.17 0.24 0.17 0.35 0.63 0.44 0.22
O4' 0.05 0.05 0.11 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.15 0.05 0.14 0.49 0.36 0.12
O5' 0.05 0.07 0.12 0.11 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.05 0.08 0.52 0.32 0.10
OP1 0.18 0.23 0.09 0.10 0.17 0.21 0.15 0.23 0.17 0.20 0.21 0.14 0.27 0.14 0.11 0.24 0.21 0.33 0.41 0.15
OP2 0.03 0.06 0.12 0.10 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.05 0.05 0.47 0.40 0.11
P 0.03 0.06 0.09 0.08 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.10 0.05 0.09 0.07 0.05 0.47 0.34 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.11 0.43 0.23 0.15
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.20 0.43 0.36 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.07 0.18 0.01 0.00 0.01 0.08 0.35 0.16 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.15 0.10 0.20 0.02 0.01 0.01 0.06 0.25 0.13 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.22 0.36 0.53 0.14
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.28 0.06 0.08
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.23 0.34 0.57 0.14
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.17 0.06 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.22 0.37 0.49 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.19 0.42 0.36 0.16
N3 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.21 0.40 0.44 0.15
N4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.22 0.33 0.59 0.13
O2 0.05 0.01 0.18 0.20 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.20 0.05 0.18 0.47 0.27 0.19
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.06 0.44 0.06 0.16
O3' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.12 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.17 0.14 0.20 0.02 0.00 0.02 0.05 0.25 0.12 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.10 0.41 0.22 0.15
O5' 0.11 0.20 0.08 0.06 0.22 0.01 0.23 0.01 0.22 0.19 0.21 0.22 0.18 0.06 0.05 0.10 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.43 0.43 0.35 0.25 0.36 0.28 0.34 0.17 0.37 0.42 0.40 0.33 0.47 0.44 0.25 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.36 0.16 0.13 0.53 0.06 0.57 0.06 0.49 0.36 0.44 0.59 0.27 0.06 0.12 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.10 0.04 0.14 0.08 0.14 0.01 0.14 0.16 0.15 0.13 0.19 0.16 0.03 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00