ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54851

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 7, 10, 10, 3, 5, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.015, 0.045, 0.076, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.045 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.015, 0.085, 0.155, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.085 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.068, 0.140, 0.213, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.140 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.008, 0.110, 0.212, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.110 std_dev=0.102
O4' A 0, -0.011, 0.111, 0.233, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.111 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.084, 0.240, 0.396, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.240 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.100, 0.280, 0.459, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.280 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.151, 0.337, 0.524, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.337 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.205, 0.402, 0.599, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.402 std_dev=0.197
C3' A 0, -0.011, 0.191, 0.392, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.191 std_dev=0.202
N6 B 0, 0.058, 0.259, 0.461, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.259 std_dev=0.202
C4' A 0, -0.028, 0.177, 0.382, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.177 std_dev=0.205
N9 B 0, 0.243, 0.460, 0.677, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.460 std_dev=0.217
P A 0, 0.108, 0.334, 0.560, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.334 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.289, 0.530, 0.772, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.530 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.165, 0.408, 0.652, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.408 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.310, 0.560, 0.810, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.560 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.215, 0.473, 0.730, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.473 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.194, 0.453, 0.711, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.453 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.049, 0.313, 0.578, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.313 std_dev=0.264
O3' A 0, -0.019, 0.270, 0.558, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.270 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.319, 0.618, 0.917, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.618 std_dev=0.299
C5' A 0, -0.024, 0.280, 0.583, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.280 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.100, 0.407, 0.714, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.407 std_dev=0.307
C3' B 0, 0.300, 0.607, 0.915, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.607 std_dev=0.307
O4' B 0, 0.267, 0.581, 0.896, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.581 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.284, 0.636, 0.988, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.636 std_dev=0.352
O3' B 0, 0.288, 0.688, 1.087, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.688 std_dev=0.399
C5' B 0, 0.219, 0.702, 1.186, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.702 std_dev=0.483
OP1 A 0, -0.114, 0.540, 1.195, 3.171 max_d=3.171 avg_d=0.540 std_dev=0.655
OP2 A 0, -0.155, 0.585, 1.325, 3.518 max_d=3.518 avg_d=0.585 std_dev=0.740
O5' B 0, -0.139, 1.091, 2.321, 5.056 max_d=5.056 avg_d=1.091 std_dev=1.230
P B 0, -0.211, 1.271, 2.752, 6.597 max_d=6.597 avg_d=1.271 std_dev=1.481
OP1 B 0, 0.089, 1.777, 3.464, 7.771 max_d=7.771 avg_d=1.777 std_dev=1.687
OP2 B 0, 0.059, 2.222, 4.385, 8.593 max_d=8.593 avg_d=2.222 std_dev=2.163

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.22 0.17 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.02 0.09 0.28 0.41 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.11 0.14 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.12 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.10 0.10 0.13 0.07
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.03 0.13 0.35 0.60 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.10 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.14 0.36 0.56 0.15
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.08 0.07 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.12 0.34 0.42 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.28 0.34 0.09
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.12 0.31 0.53 0.14
O2 0.04 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.15 0.02 0.03 0.08 0.26 0.36 0.09
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.12 0.11 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.14 0.15 0.04 0.00 0.15 0.02 0.13 0.19 0.20 0.10
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.03 0.14 0.36 0.66 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.23 0.10 0.07
O5' 0.06 0.09 0.06 0.10 0.13 0.02 0.14 0.01 0.12 0.09 0.12 0.08 0.04 0.13 0.14 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.28 0.11 0.10 0.35 0.09 0.36 0.11 0.34 0.28 0.31 0.26 0.12 0.19 0.36 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.41 0.14 0.13 0.60 0.10 0.56 0.17 0.42 0.34 0.53 0.36 0.11 0.20 0.66 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.07 0.16 0.02 0.15 0.01 0.11 0.09 0.14 0.09 0.04 0.10 0.17 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.13 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.14 0.34 0.56 0.51 0.29
C2 0.12 0.15 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.16 0.10 0.10 0.14 0.14 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.29 0.66 0.54 0.27
C2' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10 0.19 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.38 0.55 0.52 0.32
C3' 0.12 0.16 0.13 0.13 0.13 0.13 0.16 0.17 0.20 0.14 0.20 0.13 0.25 0.16 0.12 0.13 0.14 0.15 0.46 0.58 0.60 0.39
C4 0.14 0.15 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.18 0.11 0.14 0.13 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.11 0.16 0.38 0.82 0.58 0.36
C4' 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.15 0.13 0.10 0.11 0.10 0.17 0.12 0.10 0.12 0.12 0.14 0.41 0.52 0.55 0.35
C5 0.14 0.13 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.17 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.10 0.17 0.43 0.81 0.59 0.40
C5' 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.17 0.15 0.12 0.15 0.13 0.19 0.14 0.12 0.14 0.14 0.16 0.46 0.57 0.61 0.40
C6 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.16 0.08 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.13 0.09 0.16 0.43 0.73 0.57 0.38
N1 0.12 0.13 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.15 0.08 0.11 0.10 0.13 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.15 0.36 0.65 0.53 0.31
N3 0.13 0.16 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.18 0.12 0.13 0.14 0.14 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.31 0.74 0.56 0.30
O2 0.12 0.18 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.17 0.12 0.10 0.17 0.16 0.09 0.10 0.12 0.11 0.12 0.13 0.23 0.59 0.56 0.22
O2' 0.11 0.14 0.07 0.06 0.10 0.09 0.08 0.13 0.10 0.08 0.10 0.13 0.15 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.31 0.43 0.43 0.23
O3' 0.17 0.24 0.19 0.18 0.20 0.18 0.23 0.21 0.28 0.20 0.30 0.20 0.31 0.23 0.19 0.18 0.19 0.20 0.50 0.55 0.63 0.43
O4 0.16 0.16 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.21 0.14 0.16 0.15 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.13 0.18 0.40 0.87 0.60 0.39
O4' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.12 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.10 0.13 0.36 0.53 0.52 0.30
O5' 0.15 0.10 0.11 0.10 0.10 0.17 0.10 0.21 0.10 0.12 0.10 0.11 0.15 0.12 0.12 0.14 0.11 0.21 0.56 0.74 0.67 0.50
OP1 0.18 0.23 0.24 0.20 0.18 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.20 0.22 0.18 0.16 0.17 0.27 0.24 0.15 0.48 0.65 0.68 0.44
OP2 0.12 0.17 0.13 0.14 0.17 0.13 0.24 0.17 0.29 0.21 0.24 0.14 0.38 0.27 0.16 0.12 0.14 0.14 0.49 0.59 0.74 0.43
P 0.09 0.11 0.10 0.07 0.07 0.11 0.09 0.15 0.12 0.09 0.12 0.09 0.17 0.11 0.07 0.12 0.10 0.14 0.53 0.72 0.70 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.29 0.21 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.24 0.33 0.32 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.38 0.36 0.16
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.27 0.45 0.51 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.23 0.35 0.33 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.36 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.24 0.46 0.44 0.20
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.06 0.13 0.13 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.28 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.25 0.47 0.46 0.21
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.21 0.48 0.44 0.18
N1 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.24 0.40 0.39 0.18
N3 0.03 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.23 0.31 0.28 0.13
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.26 0.56 0.54 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.23 0.56 0.51 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.34 0.31 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.08 0.51 0.32 0.19
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.11 0.07 0.08 0.08 0.11 0.04 0.05 0.00 0.02 0.46 0.69 0.71 0.43
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.31 0.33 0.26 0.17
O5' 0.19 0.24 0.11 0.27 0.23 0.01 0.24 0.01 0.25 0.21 0.24 0.23 0.26 0.23 0.21 0.08 0.46 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.29 0.33 0.38 0.45 0.35 0.36 0.46 0.28 0.47 0.48 0.40 0.31 0.56 0.56 0.34 0.51 0.69 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.32 0.36 0.51 0.33 0.27 0.44 0.30 0.46 0.44 0.39 0.28 0.54 0.51 0.31 0.32 0.71 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.16 0.27 0.15 0.09 0.20 0.01 0.21 0.18 0.18 0.13 0.25 0.22 0.13 0.19 0.43 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00