ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54852

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 6, 11, 3, 1, 1, 0, 1, 2, 5, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.015, 0.059, 0.103, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.059 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.087, 0.222, 0.357, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.222 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.030, 0.172, 0.314, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.172 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.232, 0.378, 0.524, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.378 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.020, 0.186, 0.351, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.186 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.277, 0.472, 0.667, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.472 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.245, 0.444, 0.643, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.444 std_dev=0.199
C4' A 0, 0.071, 0.293, 0.515, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.293 std_dev=0.222
C3' A 0, 0.084, 0.310, 0.536, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.310 std_dev=0.226
N6 B 0, 0.245, 0.515, 0.784, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.515 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.259, 0.540, 0.821, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.540 std_dev=0.281
O3' A 0, 0.146, 0.445, 0.744, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.445 std_dev=0.299
C4 B 0, 0.213, 0.566, 0.920, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.566 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.201, 0.562, 0.923, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.562 std_dev=0.361
C5' A 0, 0.104, 0.473, 0.843, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.473 std_dev=0.370
O5' A 0, 0.121, 0.492, 0.863, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.492 std_dev=0.371
P A 0, 0.188, 0.597, 1.006, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.597 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.262, 0.718, 1.174, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.718 std_dev=0.456
OP1 A 0, 0.224, 0.707, 1.189, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.707 std_dev=0.482
N9 B 0, 0.160, 0.719, 1.279, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.719 std_dev=0.559
OP2 A 0, 0.112, 0.705, 1.298, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.705 std_dev=0.593
N7 B 0, 0.136, 0.747, 1.357, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.747 std_dev=0.610
C2' B 0, 0.259, 0.869, 1.480, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.869 std_dev=0.611
C1' B 0, 0.145, 0.833, 1.521, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.833 std_dev=0.688
C8 B 0, 0.118, 0.815, 1.513, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.815 std_dev=0.697
O4' B 0, 0.031, 1.499, 2.967, 4.295 max_d=4.295 avg_d=1.499 std_dev=1.468
C3' B 0, 0.053, 1.620, 3.186, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.620 std_dev=1.567
O3' B 0, -0.065, 1.752, 3.569, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.752 std_dev=1.817
C4' B 0, -0.023, 1.900, 3.823, 5.334 max_d=5.334 avg_d=1.900 std_dev=1.923
O5' B 0, -0.028, 2.439, 4.905, 6.869 max_d=6.869 avg_d=2.439 std_dev=2.467
C5' B 0, -0.082, 2.513, 5.107, 7.093 max_d=7.093 avg_d=2.513 std_dev=2.595
OP1 B 0, 0.402, 3.120, 5.839, 8.693 max_d=8.693 avg_d=3.120 std_dev=2.718
P B 0, -0.389, 2.800, 5.989, 8.351 max_d=8.351 avg_d=2.800 std_dev=3.189
OP2 B 0, 0.586, 4.040, 7.495, 10.747 max_d=10.747 avg_d=4.040 std_dev=3.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.09 0.21 0.29 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.11 0.10 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.04 0.08 0.12 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.18 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.12 0.32 0.47 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.04 0.13 0.33 0.48 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.10 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.05 0.12 0.25 0.36 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.18 0.26 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.02 0.11 0.27 0.39 0.15
O2 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.09 0.17 0.24 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.14 0.08 0.04
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.08 0.02 0.10 0.03 0.09 0.04 0.09 0.14 0.03 0.00 0.10 0.02 0.07 0.31 0.19 0.10
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.12 0.36 0.52 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.12 0.10 0.08
O5' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.11 0.09 0.04 0.07 0.12 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.21 0.11 0.18 0.32 0.09 0.33 0.10 0.25 0.18 0.27 0.17 0.14 0.31 0.36 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.29 0.10 0.11 0.47 0.12 0.48 0.20 0.36 0.26 0.39 0.24 0.08 0.19 0.52 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.05 0.07 0.17 0.02 0.17 0.01 0.13 0.10 0.15 0.11 0.04 0.10 0.18 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.25 0.34 0.35 0.14 0.27 0.10 0.20 0.11 0.11 0.15 0.23 0.22 0.14 0.13 0.18 0.32 0.49 0.51 1.05 0.79 0.72
C2 0.13 0.21 0.32 0.49 0.13 0.12 0.15 0.21 0.14 0.20 0.17 0.17 0.20 0.23 0.14 0.18 0.17 0.26 0.61 1.27 0.83 0.91
C2' 0.18 0.19 0.30 0.21 0.11 0.40 0.08 0.39 0.10 0.09 0.08 0.20 0.23 0.12 0.11 0.16 0.38 0.59 0.42 0.86 0.74 0.50
C3' 0.23 0.16 0.28 0.12 0.13 0.57 0.10 0.60 0.12 0.13 0.06 0.20 0.24 0.14 0.15 0.19 0.52 0.72 0.43 0.75 0.82 0.40
C4 0.14 0.22 0.29 0.46 0.13 0.14 0.15 0.21 0.13 0.21 0.18 0.18 0.17 0.24 0.14 0.18 0.16 0.28 0.57 1.27 0.80 0.87
C4' 0.27 0.21 0.32 0.19 0.15 0.54 0.05 0.50 0.08 0.07 0.07 0.25 0.22 0.08 0.16 0.19 0.54 0.72 0.45 0.80 0.80 0.49
C5 0.15 0.24 0.29 0.37 0.13 0.21 0.12 0.19 0.12 0.16 0.17 0.21 0.18 0.19 0.12 0.17 0.21 0.41 0.50 1.16 0.79 0.76
C5' 0.28 0.20 0.31 0.17 0.15 0.61 0.06 0.59 0.09 0.08 0.06 0.25 0.23 0.10 0.16 0.20 0.60 0.77 0.45 0.76 0.83 0.45
C6 0.17 0.24 0.30 0.33 0.14 0.26 0.12 0.22 0.11 0.13 0.16 0.23 0.19 0.17 0.12 0.17 0.27 0.47 0.49 1.10 0.79 0.72
N1 0.15 0.24 0.32 0.39 0.13 0.19 0.12 0.15 0.12 0.14 0.16 0.21 0.21 0.18 0.12 0.17 0.23 0.40 0.53 1.14 0.79 0.78
N3 0.15 0.21 0.30 0.52 0.14 0.16 0.17 0.28 0.14 0.23 0.18 0.17 0.18 0.26 0.16 0.19 0.18 0.22 0.63 1.32 0.84 0.95
O2 0.14 0.19 0.34 0.57 0.14 0.19 0.18 0.32 0.15 0.23 0.17 0.16 0.22 0.26 0.17 0.19 0.21 0.19 0.69 1.34 0.89 1.01
O2' 0.23 0.21 0.30 0.20 0.15 0.42 0.09 0.39 0.11 0.11 0.06 0.23 0.23 0.10 0.16 0.16 0.41 0.64 0.42 0.78 0.72 0.47
O3' 0.30 0.14 0.25 0.19 0.18 0.77 0.15 0.85 0.16 0.20 0.11 0.21 0.26 0.19 0.22 0.27 0.69 0.87 0.57 0.62 0.99 0.45
O4 0.15 0.21 0.29 0.50 0.14 0.17 0.17 0.27 0.14 0.24 0.18 0.17 0.17 0.26 0.17 0.19 0.17 0.24 0.60 1.32 0.82 0.92
O4' 0.23 0.25 0.36 0.32 0.16 0.36 0.10 0.28 0.12 0.10 0.13 0.26 0.23 0.13 0.15 0.21 0.42 0.58 0.51 1.00 0.80 0.69
O5' 0.23 0.19 0.30 0.14 0.13 0.56 0.11 0.57 0.12 0.13 0.08 0.22 0.24 0.16 0.14 0.19 0.53 0.72 0.41 0.82 0.81 0.43
OP1 0.43 0.31 0.27 0.33 0.27 0.91 0.14 0.94 0.10 0.19 0.15 0.38 0.22 0.14 0.29 0.29 0.86 1.00 0.68 0.74 1.14 0.58
OP2 0.30 0.23 0.28 0.14 0.20 0.63 0.16 0.67 0.14 0.20 0.14 0.26 0.23 0.19 0.22 0.22 0.52 0.77 0.42 0.84 0.89 0.41
P 0.27 0.20 0.28 0.13 0.15 0.63 0.12 0.65 0.12 0.15 0.09 0.23 0.25 0.17 0.17 0.19 0.58 0.78 0.43 0.80 0.87 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.00 0.26 0.28 0.24 0.17
C2 0.04 0.00 0.47 0.36 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.36 0.39 0.71 0.54 0.47
C2' 0.00 0.47 0.00 0.00 0.26 0.01 0.13 0.20 0.24 0.21 0.38 0.46 0.18 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.51 0.58 0.39 0.49
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.34 0.00 0.43 0.02 0.47 0.35 0.43 0.29 0.51 0.43 0.27 0.02 0.01 0.01 0.15 0.24 0.29 0.16
C4 0.02 0.01 0.26 0.34 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.19 0.38 0.67 0.50 0.46
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.11 0.33 0.07 0.16 0.18 0.30 0.13 0.32 0.02 0.00 0.02 0.35 0.11 0.10
C5 0.01 0.01 0.13 0.43 0.01 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.14 0.07 0.50 0.91 0.64 0.66
C5' 0.05 0.13 0.20 0.02 0.08 0.01 0.23 0.00 0.19 0.41 0.09 0.15 0.28 0.41 0.14 0.11 0.22 0.02 0.01 0.31 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.47 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.15 0.52 0.99 0.68 0.72
C8 0.02 0.01 0.21 0.35 0.01 0.33 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.52 0.14 0.24 0.48 0.79 0.59 0.61
N1 0.03 0.00 0.38 0.43 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.18 0.27 0.46 0.88 0.62 0.61
N3 0.04 0.00 0.46 0.29 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.28 0.36 0.35 0.58 0.46 0.37
N6 0.02 0.01 0.18 0.51 0.01 0.18 0.02 0.28 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.29 0.22 0.09 0.59 1.14 0.78 0.85
N7 0.02 0.01 0.10 0.43 0.01 0.30 0.00 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.19 0.14 0.57 1.01 0.71 0.77
N9 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.34 0.55 0.42 0.38
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.09 0.32 0.28 0.11 0.20 0.52 0.11 0.27 0.29 0.50 0.23 0.00 0.06 0.24 0.33 0.60 0.23 0.39
O3' 0.36 0.24 0.03 0.01 0.15 0.02 0.14 0.22 0.17 0.14 0.18 0.28 0.22 0.19 0.12 0.06 0.00 0.24 0.31 0.50 0.67 0.40
O4' 0.00 0.36 0.02 0.01 0.19 0.00 0.07 0.02 0.15 0.24 0.27 0.36 0.09 0.14 0.02 0.24 0.24 0.00 0.18 0.41 0.23 0.17
O5' 0.26 0.39 0.51 0.15 0.38 0.02 0.50 0.01 0.52 0.48 0.46 0.35 0.59 0.57 0.34 0.33 0.31 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.28 0.71 0.58 0.24 0.67 0.35 0.91 0.31 0.99 0.79 0.88 0.58 1.14 1.01 0.55 0.60 0.50 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.54 0.39 0.29 0.50 0.11 0.64 0.24 0.68 0.59 0.62 0.46 0.78 0.71 0.42 0.23 0.67 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.47 0.49 0.16 0.46 0.10 0.66 0.02 0.72 0.61 0.61 0.37 0.85 0.77 0.38 0.39 0.40 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00