ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 8, 9, 5, 4, 3, 6, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.012 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.029, 0.064, 0.099, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.064 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.059, 0.107, 0.156, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.107 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.105, 0.209, 0.312, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.209 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.054, 0.160, 0.266, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.160 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.144, 0.259, 0.374, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.259 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.159, 0.314, 0.469, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.314 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.091, 0.253, 0.415, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.253 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.313, 0.512, 0.711, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.512 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.312, 0.520, 0.728, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.520 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.733, 0.984, 1.236, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.984 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.106, 0.359, 0.611, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.359 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.376, 0.635, 0.894, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.635 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.772, 1.059, 1.346, 1.491 max_d=1.491 avg_d=1.059 std_dev=0.287
P A 0, 0.226, 0.526, 0.826, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.526 std_dev=0.300
C5' A 0, 0.079, 0.393, 0.707, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.393 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.673, 0.994, 1.315, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.994 std_dev=0.321
N6 B 0, 1.129, 1.461, 1.793, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.461 std_dev=0.332
N9 B 0, 0.840, 1.178, 1.515, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.178 std_dev=0.338
N1 B 0, 1.280, 1.621, 1.962, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.621 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.820, 1.165, 1.511, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.165 std_dev=0.345
C8 B 0, 0.621, 0.976, 1.330, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.976 std_dev=0.355
N3 B 0, 1.249, 1.608, 1.968, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.608 std_dev=0.359
C2 B 0, 1.405, 1.782, 2.159, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.782 std_dev=0.377
C1' B 0, 1.445, 1.918, 2.391, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.918 std_dev=0.473
C3' B 0, 1.885, 2.487, 3.089, 3.722 max_d=3.722 avg_d=2.487 std_dev=0.602
O3' B 0, 2.031, 2.801, 3.571, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.801 std_dev=0.770
O4' B 0, 2.489, 3.267, 4.045, 4.433 max_d=4.433 avg_d=3.267 std_dev=0.778
C4' B 0, 2.599, 3.408, 4.218, 4.614 max_d=4.614 avg_d=3.408 std_dev=0.810
OP2 A 0, 0.839, 1.741, 2.644, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.741 std_dev=0.902
C5' B 0, 3.540, 4.726, 5.912, 6.521 max_d=6.521 avg_d=4.726 std_dev=1.186
OP1 A 0, 0.833, 2.066, 3.298, 3.425 max_d=3.425 avg_d=2.066 std_dev=1.233
O5' B 0, 4.339, 6.157, 7.974, 9.105 max_d=9.105 avg_d=6.157 std_dev=1.818
P B 0, 5.434, 7.839, 10.245, 11.553 max_d=11.553 avg_d=7.839 std_dev=2.406
OP2 B 0, 4.603, 7.436, 10.270, 11.903 max_d=11.903 avg_d=7.436 std_dev=2.833
OP1 B 0, 6.336, 9.289, 12.242, 13.820 max_d=13.820 avg_d=9.289 std_dev=2.953

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.38 0.21 0.05
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.04 0.14 0.54 0.63 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.14 0.11 0.05
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.01 0.08 0.02 0.06 0.06 0.12 0.14 0.02 0.01 0.13 0.01 0.08 0.14 0.12 0.06
C4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.03 0.19 0.69 0.98 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.21 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.03 0.18 0.70 0.93 0.15
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.10 0.08 0.05 0.04 0.13 0.02 0.01 0.19 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.15 0.61 0.68 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.12 0.52 0.52 0.08
N3 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.15 0.02 0.03 0.17 0.62 0.83 0.13
O2 0.06 0.01 0.12 0.14 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.16 0.02 0.07 0.13 0.48 0.53 0.09
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.09 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03 0.09 0.12 0.04
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.14 0.02 0.10 0.04 0.08 0.06 0.15 0.16 0.04 0.00 0.17 0.02 0.13 0.37 0.32 0.10
O4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.17 0.00 0.03 0.20 0.72 1.10 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.08 0.38 0.09 0.06
O5' 0.06 0.14 0.04 0.08 0.19 0.01 0.18 0.01 0.15 0.12 0.17 0.13 0.03 0.13 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.54 0.14 0.14 0.69 0.09 0.70 0.19 0.61 0.52 0.62 0.48 0.09 0.37 0.72 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.63 0.11 0.12 0.98 0.21 0.93 0.38 0.68 0.52 0.83 0.53 0.12 0.32 1.10 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.06 0.16 0.02 0.15 0.02 0.10 0.08 0.13 0.09 0.04 0.10 0.18 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.18 0.12 0.16 0.18 0.15 0.31 0.13 0.17 0.13 0.17 0.16 0.17 0.16 0.25 0.19 0.27 0.38 1.04 0.63 0.47
C2 0.14 0.17 0.18 0.11 0.14 0.14 0.14 0.24 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.25 0.16 0.19 0.41 1.09 0.78 0.45
C2' 0.12 0.12 0.19 0.14 0.10 0.18 0.13 0.32 0.15 0.14 0.13 0.12 0.22 0.16 0.12 0.26 0.21 0.25 0.39 1.07 0.59 0.51
C3' 0.12 0.22 0.25 0.20 0.16 0.21 0.19 0.37 0.24 0.16 0.27 0.17 0.29 0.20 0.14 0.30 0.26 0.25 0.45 1.19 0.65 0.64
C4 0.18 0.17 0.20 0.13 0.17 0.19 0.18 0.29 0.17 0.21 0.17 0.17 0.19 0.22 0.18 0.27 0.16 0.23 0.55 1.39 0.74 0.62
C4' 0.12 0.13 0.21 0.17 0.12 0.20 0.15 0.35 0.17 0.15 0.16 0.12 0.21 0.17 0.13 0.27 0.25 0.27 0.41 1.11 0.63 0.59
C5 0.17 0.16 0.19 0.12 0.16 0.22 0.17 0.34 0.15 0.20 0.15 0.16 0.17 0.21 0.17 0.28 0.15 0.26 0.57 1.43 0.65 0.67
C5' 0.13 0.17 0.23 0.19 0.14 0.23 0.17 0.39 0.19 0.16 0.19 0.15 0.23 0.18 0.14 0.29 0.26 0.28 0.48 1.22 0.69 0.69
C6 0.17 0.15 0.19 0.11 0.15 0.21 0.15 0.34 0.13 0.19 0.13 0.15 0.16 0.19 0.16 0.27 0.16 0.27 0.53 1.33 0.62 0.63
N1 0.16 0.16 0.18 0.11 0.14 0.18 0.14 0.30 0.13 0.16 0.13 0.16 0.14 0.17 0.15 0.26 0.17 0.24 0.44 1.16 0.66 0.51
N3 0.16 0.17 0.19 0.12 0.16 0.15 0.17 0.24 0.16 0.19 0.17 0.16 0.17 0.20 0.16 0.26 0.16 0.19 0.48 1.22 0.81 0.52
O2 0.13 0.19 0.19 0.14 0.14 0.11 0.13 0.20 0.14 0.13 0.18 0.17 0.13 0.14 0.13 0.25 0.19 0.15 0.37 0.91 0.91 0.39
O2' 0.21 0.19 0.17 0.13 0.20 0.21 0.19 0.32 0.19 0.20 0.17 0.21 0.22 0.20 0.20 0.24 0.21 0.32 0.34 0.90 0.55 0.43
O3' 0.19 0.37 0.32 0.28 0.26 0.26 0.29 0.41 0.35 0.23 0.41 0.29 0.37 0.27 0.22 0.36 0.33 0.29 0.48 1.19 0.72 0.71
O4 0.20 0.19 0.22 0.16 0.19 0.21 0.20 0.29 0.19 0.24 0.18 0.19 0.20 0.25 0.21 0.29 0.18 0.24 0.58 1.46 0.79 0.66
O4' 0.14 0.13 0.19 0.15 0.13 0.18 0.14 0.32 0.13 0.15 0.11 0.14 0.16 0.16 0.14 0.26 0.23 0.26 0.37 1.05 0.62 0.51
O5' 0.13 0.16 0.20 0.15 0.12 0.23 0.15 0.41 0.17 0.15 0.18 0.14 0.22 0.17 0.12 0.26 0.20 0.29 0.57 1.37 0.67 0.75
OP1 0.33 0.36 0.47 0.40 0.28 0.36 0.22 0.46 0.23 0.22 0.27 0.38 0.28 0.22 0.27 0.58 0.48 0.34 0.45 1.29 0.79 0.73
OP2 0.18 0.21 0.26 0.22 0.24 0.24 0.33 0.39 0.37 0.31 0.30 0.20 0.49 0.38 0.23 0.33 0.24 0.24 0.49 1.34 0.74 0.72
P 0.13 0.20 0.24 0.18 0.15 0.22 0.17 0.40 0.19 0.16 0.20 0.17 0.23 0.19 0.14 0.31 0.23 0.26 0.57 1.42 0.72 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.20 0.41 0.27 0.19
C2 0.03 0.00 0.18 0.13 0.01 0.09 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.19 0.14 0.26 0.69 0.50 0.34
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.03 0.12 0.09 0.16 0.17 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.51 0.42 0.27
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.10 0.13 0.12 0.11 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.40 0.72 0.59 0.43
C4 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09 0.08 0.27 0.62 0.51 0.28
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.32 0.29 0.05
C5 0.01 0.02 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.05 0.34 0.72 0.72 0.33
C5' 0.03 0.16 0.03 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.17 0.16 0.14 0.15 0.18 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.33 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.13 0.07 0.34 0.76 0.76 0.35
C8 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.14 0.08 0.41 0.71 0.75 0.38
N1 0.03 0.00 0.16 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.17 0.12 0.29 0.73 0.63 0.34
N3 0.03 0.00 0.17 0.11 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.16 0.14 0.24 0.62 0.41 0.30
N6 0.03 0.01 0.10 0.10 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.14 0.13 0.07 0.39 0.84 0.92 0.42
N7 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.13 0.05 0.42 0.79 0.88 0.41
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.29 0.55 0.48 0.26
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.06 0.10 0.06 0.15 0.08 0.20 0.22 0.14 0.07 0.04 0.00 0.04 0.06 0.11 0.49 0.26 0.15
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.09 0.03 0.10 0.04 0.13 0.14 0.17 0.16 0.13 0.13 0.04 0.04 0.00 0.02 0.52 1.13 0.61 0.58
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.12 0.14 0.07 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.32 0.50 0.32 0.29
O5' 0.20 0.26 0.21 0.40 0.27 0.02 0.34 0.01 0.34 0.41 0.29 0.24 0.39 0.42 0.29 0.11 0.52 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.69 0.51 0.72 0.62 0.32 0.72 0.33 0.76 0.71 0.73 0.62 0.84 0.79 0.55 0.49 1.13 0.50 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.50 0.42 0.59 0.51 0.29 0.72 0.36 0.76 0.75 0.63 0.41 0.92 0.88 0.48 0.26 0.61 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.34 0.27 0.43 0.28 0.05 0.33 0.01 0.35 0.38 0.34 0.30 0.42 0.41 0.26 0.15 0.58 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00