Doublet Group distance statistics: 54854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 8, 4, 4, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5	A	0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.020, 0.043, 0.067, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.043 std_dev=0.023
O4	A	0, 0.020, 0.058, 0.095, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.058 std_dev=0.037
O2'	A	0, 0.024, 0.144, 0.264, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.144 std_dev=0.120
C2'	A	0, 0.009, 0.135, 0.261, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.135 std_dev=0.126
O4'	A	0, 0.002, 0.137, 0.273, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.137 std_dev=0.135
C4'	A	0, 0.040, 0.240, 0.440, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.240 std_dev=0.200
C3'	A	0, 0.036, 0.245, 0.454, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.245 std_dev=0.209
C6	B	0, 0.133, 0.345, 0.558, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.345 std_dev=0.212
N1	B	0, 0.135, 0.363, 0.591, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.363 std_dev=0.228
C5	B	0, 0.128, 0.361, 0.594, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.361 std_dev=0.233
C4	B	0, 0.110, 0.397, 0.684, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.397 std_dev=0.287
N7	B	0, 0.157, 0.445, 0.733, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.445 std_dev=0.288
C2	B	0, 0.131, 0.426, 0.720, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.426 std_dev=0.295
O3'	A	0, 0.063, 0.362, 0.661, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.362 std_dev=0.299
N6	B	0, 0.106, 0.406, 0.707, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.406 std_dev=0.301
C5'	A	0, 0.056, 0.385, 0.714, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.385 std_dev=0.329
C8	B	0, 0.138, 0.473, 0.808, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.473 std_dev=0.335
N3	B	0, 0.116, 0.455, 0.795, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.455 std_dev=0.340
N9	B	0, 0.096, 0.451, 0.806, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.451 std_dev=0.355
C2'	B	0, 0.117, 0.582, 1.046, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.582 std_dev=0.465
C1'	B	0, 0.019, 0.536, 1.054, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.536 std_dev=0.518
OP1	A	0, 0.012, 0.631, 1.251, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.631 std_dev=0.619
O5'	A	0, -0.084, 0.539, 1.162, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.539 std_dev=0.623
P	A	0, -0.110, 0.693, 1.496, 3.160 max_d=3.160 avg_d=0.693 std_dev=0.803
O2'	B	0, -0.126, 0.765, 1.657, 3.577 max_d=3.577 avg_d=0.765 std_dev=0.892
O4'	B	0, -0.183, 0.719, 1.621, 3.612 max_d=3.612 avg_d=0.719 std_dev=0.902
C3'	B	0, -0.121, 0.790, 1.701, 3.960 max_d=3.960 avg_d=0.790 std_dev=0.911
C4'	B	0, -0.176, 0.901, 1.977, 4.723 max_d=4.723 avg_d=0.901 std_dev=1.077
O3'	B	0, -0.347, 0.889, 2.125, 5.740 max_d=5.740 avg_d=0.889 std_dev=1.236
O5'	B	0, -0.267, 1.132, 2.530, 5.850 max_d=5.850 avg_d=1.132 std_dev=1.398
C5'	B	0, -0.304, 1.123, 2.551, 5.979 max_d=5.979 avg_d=1.123 std_dev=1.428
OP2	A	0, -0.500, 0.929, 2.358, 6.025 max_d=6.025 avg_d=0.929 std_dev=1.429
P	B	0, -0.513, 1.383, 3.279, 7.068 max_d=7.068 avg_d=1.383 std_dev=1.896
OP1	B	0, -0.516, 1.472, 3.460, 6.892 max_d=6.892 avg_d=1.472 std_dev=1.988
OP2	B	0, -0.808, 1.530, 3.868, 9.210 max_d=9.210 avg_d=1.530 std_dev=2.338

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.16	0.06	0.21	0.12
C2	0.02	0.00	0.09	0.10	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.12	0.02	0.03	0.31	0.10	0.52	0.29
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.07	0.14	0.00	0.01	0.05	0.01	0.14	0.09	0.22	0.13
C3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.09	0.01	0.06	0.01	0.06	0.05	0.11	0.14	0.02	0.01	0.10	0.01	0.18	0.17	0.26	0.16
C4	0.03	0.01	0.04	0.09	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.11	0.01	0.03	0.48	0.14	0.88	0.50
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.06	0.00	0.06	0.01	0.05	0.03	0.05	0.06	0.05	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02
C5	0.03	0.02	0.04	0.06	0.01	0.06	0.00	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.08	0.02	0.05	0.52	0.13	0.91	0.52
C5'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.07	0.04	0.07	0.05	0.06	0.02	0.09	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.06	0.01	0.05	0.01	0.07	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.07	0.02	0.06	0.45	0.09	0.71	0.42
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.02	0.03	0.02	0.04	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01	0.32	0.08	0.49	0.28
N3	0.02	0.01	0.07	0.11	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.13	0.01	0.02	0.40	0.13	0.71	0.40
O2	0.04	0.00	0.14	0.14	0.01	0.06	0.02	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.10	0.17	0.01	0.05	0.21	0.11	0.37	0.20
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.02	0.05	0.03	0.06	0.04	0.01	0.04	0.10	0.00	0.02	0.03	0.04	0.07	0.05	0.09	0.08
O3'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.11	0.01	0.08	0.02	0.07	0.05	0.13	0.17	0.02	0.00	0.13	0.01	0.08	0.25	0.16	0.09
O4	0.03	0.02	0.05	0.10	0.01	0.07	0.02	0.09	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.13	0.00	0.04	0.51	0.17	0.98	0.55
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.02	0.05	0.04	0.01	0.04	0.00	0.09	0.13	0.09	0.05
O5'	0.16	0.31	0.14	0.18	0.48	0.01	0.52	0.01	0.45	0.32	0.40	0.21	0.07	0.08	0.51	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.06	0.10	0.09	0.17	0.14	0.04	0.13	0.04	0.09	0.08	0.13	0.11	0.05	0.25	0.17	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.52	0.22	0.26	0.88	0.03	0.91	0.02	0.71	0.49	0.71	0.37	0.09	0.16	0.98	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.29	0.13	0.16	0.50	0.02	0.52	0.01	0.42	0.28	0.40	0.20	0.08	0.09	0.55	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.23	0.17	0.12	0.13	0.25	0.08	0.29	0.08	0.09	0.14	0.21	0.16	0.11	0.11	0.21	0.31	0.36	0.27	0.64	0.22	0.28
C2	0.10	0.21	0.16	0.26	0.09	0.18	0.07	0.28	0.07	0.12	0.18	0.17	0.09	0.14	0.09	0.18	0.14	0.21	0.18	0.54	0.19	0.20
C2'	0.10	0.13	0.24	0.15	0.06	0.26	0.11	0.34	0.13	0.12	0.06	0.12	0.24	0.16	0.07	0.24	0.26	0.35	0.27	0.66	0.33	0.32
C3'	0.08	0.07	0.30	0.15	0.08	0.30	0.16	0.41	0.19	0.16	0.12	0.07	0.29	0.21	0.10	0.34	0.29	0.37	0.30	0.76	0.45	0.42
C4	0.11	0.19	0.18	0.30	0.09	0.22	0.08	0.35	0.08	0.15	0.17	0.15	0.09	0.15	0.11	0.17	0.15	0.21	0.20	0.56	0.23	0.23
C4'	0.13	0.11	0.26	0.11	0.06	0.31	0.10	0.36	0.14	0.10	0.07	0.12	0.24	0.14	0.07	0.29	0.40	0.41	0.30	0.76	0.35	0.39
C5	0.12	0.20	0.18	0.24	0.10	0.26	0.09	0.37	0.08	0.13	0.16	0.16	0.11	0.14	0.11	0.18	0.20	0.29	0.26	0.64	0.31	0.31
C5'	0.11	0.08	0.30	0.12	0.06	0.33	0.12	0.40	0.15	0.11	0.08	0.10	0.24	0.16	0.07	0.33	0.41	0.41	0.32	0.82	0.41	0.45
C6	0.14	0.21	0.18	0.19	0.11	0.27	0.09	0.37	0.08	0.11	0.15	0.18	0.12	0.12	0.11	0.19	0.24	0.34	0.28	0.66	0.32	0.32
N1	0.12	0.22	0.16	0.18	0.11	0.23	0.08	0.31	0.07	0.10	0.16	0.18	0.11	0.12	0.09	0.18	0.22	0.30	0.24	0.61	0.23	0.26
N3	0.11	0.20	0.17	0.31	0.09	0.20	0.08	0.32	0.08	0.15	0.18	0.15	0.08	0.15	0.10	0.17	0.14	0.18	0.17	0.52	0.21	0.19
O2	0.10	0.22	0.16	0.29	0.11	0.17	0.10	0.26	0.10	0.14	0.19	0.17	0.11	0.16	0.10	0.20	0.13	0.17	0.20	0.52	0.24	0.23
O2'	0.16	0.18	0.21	0.09	0.10	0.30	0.08	0.32	0.12	0.07	0.08	0.18	0.23	0.10	0.10	0.22	0.35	0.42	0.30	0.61	0.31	0.29
O3'	0.11	0.12	0.35	0.14	0.15	0.34	0.23	0.47	0.28	0.21	0.23	0.09	0.35	0.26	0.15	0.45	0.31	0.40	0.36	0.84	0.58	0.52
O4	0.13	0.18	0.19	0.34	0.09	0.24	0.08	0.37	0.08	0.17	0.17	0.14	0.09	0.16	0.12	0.17	0.16	0.19	0.18	0.53	0.23	0.22
O4'	0.17	0.20	0.20	0.11	0.12	0.29	0.08	0.31	0.09	0.09	0.11	0.20	0.17	0.11	0.11	0.23	0.38	0.39	0.28	0.70	0.23	0.32
O5'	0.09	0.11	0.43	0.26	0.08	0.25	0.13	0.36	0.14	0.14	0.10	0.11	0.23	0.17	0.09	0.48	0.31	0.34	0.30	0.85	0.39	0.45
OP1	0.17	0.11	0.25	0.08	0.12	0.44	0.17	0.55	0.20	0.17	0.14	0.12	0.29	0.21	0.13	0.31	0.42	0.52	0.40	0.92	0.64	0.57
OP2	0.16	0.19	0.57	0.41	0.18	0.18	0.22	0.35	0.22	0.24	0.18	0.18	0.30	0.28	0.19	0.63	0.30	0.26	0.26	0.87	0.40	0.48
P	0.08	0.11	0.45	0.27	0.10	0.24	0.16	0.37	0.17	0.17	0.12	0.10	0.25	0.21	0.11	0.52	0.31	0.33	0.30	0.88	0.44	0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.26	0.00	0.25	0.28	0.15	0.18
C2	0.03	0.00	0.32	0.19	0.01	0.12	0.02	0.14	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.27	0.27	0.25	0.26	0.52	0.20	0.24
C2'	0.00	0.32	0.00	0.00	0.16	0.01	0.08	0.14	0.14	0.17	0.24	0.32	0.11	0.10	0.02	0.00	0.02	0.02	0.39	0.45	0.28	0.38
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.16	0.00	0.22	0.02	0.23	0.24	0.21	0.16	0.26	0.25	0.14	0.02	0.01	0.01	0.10	0.08	0.12	0.11
C4	0.02	0.01	0.16	0.16	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.16	0.13	0.28	0.40	0.21	0.21
C4'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.06	0.17	0.08	0.12	0.09	0.15	0.06	0.21	0.02	0.01	0.02	0.22	0.05	0.07
C5	0.01	0.02	0.08	0.22	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.17	0.08	0.05	0.30	0.45	0.30	0.26
C5'	0.03	0.14	0.14	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.11	0.18	0.12	0.14	0.14	0.18	0.06	0.07	0.16	0.02	0.01	0.17	0.13	0.01
C6	0.02	0.01	0.14	0.23	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.14	0.09	0.11	0.29	0.49	0.28	0.25
C8	0.01	0.02	0.17	0.24	0.01	0.17	0.01	0.18	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.36	0.17	0.16	0.34	0.48	0.39	0.34
N1	0.03	0.00	0.24	0.21	0.01	0.08	0.01	0.12	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.17	0.18	0.20	0.27	0.51	0.21	0.23
N3	0.03	0.00	0.32	0.16	0.01	0.12	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.28	0.29	0.25	0.25	0.46	0.20	0.22
N6	0.02	0.01	0.11	0.26	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.19	0.06	0.06	0.30	0.53	0.34	0.29
N7	0.01	0.02	0.10	0.25	0.01	0.15	0.01	0.18	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.33	0.15	0.09	0.34	0.51	0.42	0.34
N9	0.00	0.01	0.02	0.14	0.01	0.06	0.01	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.15	0.13	0.01	0.30	0.35	0.24	0.23
O2'	0.01	0.27	0.00	0.02	0.11	0.21	0.17	0.07	0.14	0.36	0.17	0.28	0.19	0.33	0.15	0.00	0.03	0.14	0.22	0.44	0.20	0.28
O3'	0.26	0.27	0.02	0.01	0.16	0.02	0.08	0.16	0.09	0.17	0.18	0.29	0.06	0.15	0.13	0.03	0.00	0.17	0.28	0.35	0.38	0.31
O4'	0.00	0.25	0.02	0.01	0.13	0.01	0.05	0.02	0.11	0.16	0.20	0.25	0.06	0.09	0.01	0.14	0.17	0.00	0.16	0.30	0.12	0.12
O5'	0.25	0.26	0.39	0.10	0.28	0.02	0.30	0.01	0.29	0.34	0.27	0.25	0.30	0.34	0.30	0.22	0.28	0.16	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.28	0.52	0.45	0.08	0.40	0.22	0.45	0.17	0.49	0.48	0.51	0.46	0.53	0.51	0.35	0.44	0.35	0.30	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.20	0.28	0.12	0.21	0.05	0.30	0.13	0.28	0.39	0.21	0.20	0.34	0.42	0.24	0.20	0.38	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.24	0.38	0.11	0.21	0.07	0.26	0.01	0.25	0.34	0.23	0.22	0.29	0.34	0.23	0.28	0.31	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00