ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.018, 0.039, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.020, 0.044, 0.068, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.028, 0.069, 0.109, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.069 std_dev=0.040
O2 A 0, 0.050, 0.100, 0.150, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.100 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.107, 0.208, 0.310, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.208 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.040, 0.164, 0.289, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.164 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.173, 0.309, 0.445, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.309 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.158, 0.312, 0.467, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.312 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.112, 0.276, 0.439, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.276 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.461, 0.672, 0.883, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.672 std_dev=0.211
O3' A 0, 0.120, 0.364, 0.608, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.364 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.283, 0.534, 0.784, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.534 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.491, 0.769, 1.048, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.769 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.497, 0.781, 1.065, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.781 std_dev=0.284
O5' A 0, 0.296, 0.590, 0.884, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.590 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.682, 1.025, 1.369, 1.401 max_d=1.401 avg_d=1.025 std_dev=0.343
N6 B 0, 0.350, 0.699, 1.048, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.699 std_dev=0.349
OP2 A 0, 0.516, 0.869, 1.223, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.869 std_dev=0.354
P A 0, 0.534, 0.929, 1.324, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.929 std_dev=0.395
C4 B 0, 0.726, 1.126, 1.525, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.126 std_dev=0.399
N3 B 0, 0.597, 1.006, 1.414, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.006 std_dev=0.409
N7 B 0, 0.814, 1.246, 1.679, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.246 std_dev=0.432
C8 B 0, 0.978, 1.479, 1.981, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.479 std_dev=0.501
N9 B 0, 0.905, 1.413, 1.920, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.413 std_dev=0.507
C1' B 0, 0.987, 1.657, 2.328, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.657 std_dev=0.671
OP1 A 0, 0.549, 1.276, 2.003, 2.441 max_d=2.441 avg_d=1.276 std_dev=0.727
C2' B 0, 1.222, 1.999, 2.776, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.999 std_dev=0.777
O4' B 0, 1.300, 2.080, 2.859, 2.896 max_d=2.896 avg_d=2.080 std_dev=0.780
O2' B 0, 1.343, 2.269, 3.195, 3.478 max_d=3.478 avg_d=2.269 std_dev=0.926
C3' B 0, 1.373, 2.370, 3.367, 3.676 max_d=3.676 avg_d=2.370 std_dev=0.997
C4' B 0, 1.473, 2.512, 3.552, 3.993 max_d=3.993 avg_d=2.512 std_dev=1.040
O3' B 0, 1.601, 2.833, 4.065, 4.113 max_d=4.113 avg_d=2.833 std_dev=1.232
C5' B 0, 1.425, 2.729, 4.034, 5.334 max_d=5.334 avg_d=2.729 std_dev=1.305
O5' B 0, 0.979, 2.704, 4.429, 6.476 max_d=6.476 avg_d=2.704 std_dev=1.725
P B 0, 0.809, 2.911, 5.013, 7.924 max_d=7.924 avg_d=2.911 std_dev=2.102
OP1 B 0, 1.455, 3.717, 5.979, 8.251 max_d=8.251 avg_d=3.717 std_dev=2.262
OP2 B 0, 0.838, 3.831, 6.823, 10.406 max_d=10.406 avg_d=3.831 std_dev=2.992

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.13 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.18 0.22 0.26 0.26
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.05 0.01 0.14 0.18 0.21 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.07 0.11 0.03 0.01 0.09 0.01 0.20 0.28 0.19 0.08
C4 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.24 0.32 0.26 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.09 0.00 0.01 0.15 0.25 0.06
C5 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.07 0.24 0.35 0.27 0.33
C5' 0.02 0.10 0.02 0.03 0.14 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.12 0.10 0.07 0.04 0.15 0.01 0.01 0.19 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.07 0.21 0.29 0.26 0.29
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.16 0.21 0.25 0.24
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.02 0.04 0.22 0.27 0.26 0.29
O2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.12 0.03 0.06 0.15 0.18 0.27 0.23
O2' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.10 0.00 0.08 0.04 0.04 0.10 0.22 0.20 0.06
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.09 0.03 0.07 0.12 0.08 0.00 0.08 0.03 0.21 0.42 0.19 0.15
O4 0.04 0.02 0.05 0.09 0.01 0.09 0.02 0.15 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.00 0.08 0.25 0.35 0.27 0.33
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.08 0.00 0.09 0.15 0.27 0.18
O5' 0.07 0.18 0.14 0.20 0.24 0.01 0.24 0.01 0.21 0.16 0.22 0.15 0.10 0.21 0.25 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.13 0.22 0.18 0.28 0.32 0.15 0.35 0.19 0.29 0.21 0.27 0.18 0.22 0.42 0.35 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.26 0.21 0.19 0.26 0.25 0.27 0.29 0.26 0.25 0.26 0.27 0.20 0.19 0.27 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.26 0.06 0.08 0.32 0.06 0.33 0.02 0.29 0.24 0.29 0.23 0.06 0.15 0.33 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.23 0.25 0.34 0.13 0.15 0.10 0.16 0.11 0.10 0.13 0.22 0.24 0.14 0.12 0.25 0.33 0.24 0.75 1.42 1.41 0.99
C2 0.11 0.26 0.20 0.37 0.12 0.14 0.10 0.20 0.10 0.13 0.22 0.21 0.15 0.16 0.10 0.37 0.33 0.13 0.91 1.61 1.66 1.20
C2' 0.10 0.17 0.25 0.27 0.11 0.13 0.17 0.13 0.19 0.18 0.11 0.15 0.30 0.23 0.12 0.10 0.27 0.26 0.58 1.44 1.12 0.84
C3' 0.14 0.15 0.27 0.23 0.16 0.19 0.22 0.19 0.22 0.23 0.15 0.15 0.30 0.27 0.17 0.10 0.28 0.32 0.47 1.41 0.96 0.74
C4 0.11 0.25 0.20 0.38 0.12 0.15 0.11 0.22 0.12 0.15 0.22 0.20 0.13 0.17 0.11 0.39 0.36 0.13 0.95 1.64 1.74 1.25
C4' 0.16 0.17 0.30 0.27 0.14 0.18 0.16 0.15 0.19 0.15 0.14 0.18 0.29 0.19 0.14 0.15 0.29 0.32 0.54 1.32 1.10 0.78
C5 0.11 0.24 0.21 0.38 0.11 0.13 0.10 0.19 0.10 0.13 0.18 0.20 0.14 0.16 0.10 0.32 0.36 0.16 0.88 1.59 1.64 1.17
C5' 0.16 0.16 0.31 0.26 0.13 0.18 0.15 0.16 0.17 0.15 0.13 0.17 0.27 0.19 0.14 0.15 0.29 0.32 0.52 1.31 1.09 0.76
C6 0.12 0.23 0.23 0.37 0.11 0.13 0.09 0.17 0.09 0.11 0.16 0.20 0.17 0.15 0.10 0.27 0.35 0.19 0.83 1.53 1.55 1.11
N1 0.12 0.24 0.22 0.36 0.11 0.13 0.09 0.17 0.09 0.11 0.16 0.21 0.18 0.15 0.10 0.29 0.33 0.18 0.84 1.53 1.54 1.11
N3 0.12 0.27 0.20 0.38 0.14 0.16 0.12 0.23 0.14 0.16 0.24 0.21 0.14 0.17 0.12 0.42 0.35 0.13 0.96 1.65 1.75 1.26
O2 0.12 0.28 0.19 0.36 0.13 0.15 0.10 0.21 0.11 0.14 0.25 0.22 0.15 0.16 0.11 0.41 0.32 0.12 0.93 1.62 1.66 1.21
O2' 0.13 0.17 0.26 0.24 0.13 0.15 0.18 0.14 0.23 0.16 0.17 0.17 0.34 0.22 0.13 0.11 0.27 0.30 0.51 1.31 1.02 0.74
O3' 0.20 0.16 0.34 0.23 0.23 0.29 0.30 0.31 0.30 0.31 0.22 0.17 0.36 0.34 0.25 0.25 0.32 0.40 0.32 1.40 0.69 0.62
O4 0.12 0.25 0.20 0.39 0.13 0.17 0.13 0.25 0.14 0.17 0.23 0.20 0.14 0.18 0.12 0.42 0.37 0.13 0.99 1.68 1.82 1.31
O4' 0.20 0.21 0.30 0.35 0.14 0.19 0.11 0.18 0.13 0.11 0.11 0.22 0.26 0.14 0.14 0.26 0.35 0.28 0.71 1.34 1.37 0.94
O5' 0.17 0.18 0.29 0.29 0.17 0.15 0.19 0.15 0.18 0.21 0.16 0.19 0.23 0.23 0.18 0.10 0.29 0.31 0.59 1.40 1.18 0.85
OP1 0.33 0.32 0.30 0.23 0.29 0.35 0.25 0.32 0.22 0.27 0.24 0.34 0.20 0.25 0.30 0.24 0.37 0.51 0.39 1.30 0.95 0.65
OP2 0.16 0.19 0.34 0.39 0.17 0.25 0.20 0.25 0.20 0.21 0.19 0.18 0.26 0.24 0.17 0.19 0.42 0.31 0.63 1.38 1.25 0.85
P 0.13 0.14 0.32 0.34 0.11 0.18 0.13 0.20 0.13 0.14 0.10 0.15 0.20 0.17 0.12 0.12 0.36 0.30 0.60 1.34 1.23 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.26 0.00 0.29 0.68 0.53 0.35
C2 0.04 0.00 0.35 0.31 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.22 0.17 0.56 1.12 0.97 0.69
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.16 0.16 0.20 0.27 0.34 0.11 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.42 0.25 0.12
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.26 0.00 0.31 0.01 0.35 0.25 0.35 0.26 0.36 0.30 0.20 0.02 0.01 0.01 0.15 0.23 0.24 0.13
C4 0.02 0.01 0.17 0.26 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.09 0.63 1.11 1.00 0.73
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.19 0.08 0.07 0.12 0.18 0.09 0.23 0.02 0.01 0.01 0.17 0.32 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.17 0.05 0.82 1.31 1.32 0.96
C5' 0.04 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.15 0.23 0.11 0.07 0.18 0.24 0.10 0.07 0.16 0.01 0.00 0.25 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.20 0.08 0.82 1.36 1.39 1.00
C8 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.19 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.41 0.18 0.11 0.88 1.25 1.26 0.95
N1 0.03 0.00 0.27 0.35 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.21 0.13 0.71 1.27 1.21 0.87
N3 0.04 0.00 0.34 0.26 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.22 0.17 0.48 1.01 0.82 0.59
N6 0.02 0.02 0.11 0.36 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.29 0.23 0.06 0.91 1.46 1.59 1.13
N7 0.02 0.02 0.12 0.30 0.01 0.18 0.00 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.41 0.21 0.06 0.96 1.41 1.51 1.10
N9 0.01 0.01 0.03 0.20 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.12 0.01 0.62 1.01 0.91 0.68
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.11 0.23 0.26 0.07 0.21 0.41 0.12 0.18 0.29 0.41 0.19 0.00 0.06 0.17 0.14 0.32 0.31 0.10
O3' 0.26 0.22 0.03 0.01 0.14 0.02 0.17 0.16 0.20 0.18 0.21 0.22 0.23 0.21 0.12 0.06 0.00 0.17 0.21 0.46 0.30 0.22
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.13 0.17 0.06 0.06 0.01 0.17 0.17 0.00 0.28 0.59 0.57 0.37
O5' 0.29 0.56 0.09 0.15 0.63 0.01 0.82 0.00 0.82 0.88 0.71 0.48 0.91 0.96 0.62 0.14 0.21 0.28 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.68 1.12 0.42 0.23 1.11 0.17 1.31 0.25 1.36 1.25 1.27 1.01 1.46 1.41 1.01 0.32 0.46 0.59 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.97 0.25 0.24 1.00 0.32 1.32 0.40 1.39 1.26 1.21 0.82 1.59 1.51 0.91 0.31 0.30 0.57 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.69 0.12 0.13 0.73 0.08 0.96 0.01 1.00 0.95 0.87 0.59 1.13 1.10 0.68 0.10 0.22 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00