ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54856

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.034, 0.063, 0.091, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.063 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.013, 0.053, 0.092, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.053 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.311, 0.621, 0.931, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.621 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.377, 0.699, 1.022, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.699 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.235, 0.564, 0.893, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.564 std_dev=0.329
N6 B 0, 0.196, 0.693, 1.189, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.693 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.354, 0.882, 1.410, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.882 std_dev=0.528
C5 B 0, 0.270, 0.811, 1.353, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.811 std_dev=0.542
C2 B 0, 0.498, 1.065, 1.632, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.065 std_dev=0.567
O4' A 0, 0.046, 0.663, 1.279, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.663 std_dev=0.617
C2' A 0, 0.047, 0.698, 1.350, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.698 std_dev=0.652
O2' A 0, 0.350, 1.047, 1.745, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.047 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.417, 1.138, 1.860, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.138 std_dev=0.721
N9 B 0, 0.343, 1.100, 1.857, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.100 std_dev=0.757
C4' A 0, 0.212, 0.993, 1.775, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.993 std_dev=0.781
C3' A 0, 0.261, 1.185, 2.108, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.185 std_dev=0.924
N7 B 0, 0.301, 1.469, 2.638, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.469 std_dev=1.168
O4' B 0, 0.665, 1.926, 3.188, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.926 std_dev=1.261
C8 B 0, 0.326, 1.620, 2.914, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.620 std_dev=1.294
O3' A 0, 0.595, 1.901, 3.207, 3.767 max_d=3.767 avg_d=1.901 std_dev=1.306
C5' A 0, 0.381, 1.737, 3.092, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.737 std_dev=1.356
O2' B 0, 0.958, 2.502, 4.046, 4.760 max_d=4.760 avg_d=2.502 std_dev=1.544
O5' A 0, 0.209, 1.772, 3.334, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.772 std_dev=1.563
C2' B 0, 0.013, 1.788, 3.563, 4.475 max_d=4.475 avg_d=1.788 std_dev=1.775
C4' B 0, 0.171, 2.043, 3.914, 4.869 max_d=4.869 avg_d=2.043 std_dev=1.871
P A 0, 0.252, 2.654, 5.055, 6.246 max_d=6.246 avg_d=2.654 std_dev=2.402
C3' B 0, -0.036, 2.373, 4.782, 6.001 max_d=6.001 avg_d=2.373 std_dev=2.409
O3' B 0, 0.278, 2.971, 5.664, 7.035 max_d=7.035 avg_d=2.971 std_dev=2.693
OP1 A 0, 0.348, 3.062, 5.775, 7.177 max_d=7.177 avg_d=3.062 std_dev=2.713
C5' B 0, 0.064, 2.991, 5.917, 7.314 max_d=7.314 avg_d=2.991 std_dev=2.927
OP2 A 0, 0.299, 3.418, 6.538, 8.019 max_d=8.019 avg_d=3.418 std_dev=3.120
O5' B 0, -0.096, 3.626, 7.349, 9.009 max_d=9.009 avg_d=3.626 std_dev=3.722
OP2 B 0, -0.393, 4.243, 8.880, 10.844 max_d=10.844 avg_d=4.243 std_dev=4.636
P B 0, -0.436, 4.381, 9.197, 11.267 max_d=11.267 avg_d=4.381 std_dev=4.817
OP1 B 0, -0.636, 5.288, 11.211, 13.763 max_d=13.763 avg_d=5.288 std_dev=5.924

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.11 0.44 0.15
C2 0.03 0.00 0.27 0.26 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.32 0.02 0.13 0.07 0.41 0.57 0.28
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.19 0.03 0.20 0.46 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.17 0.06
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.17 0.00 0.12 0.01 0.13 0.11 0.24 0.36 0.01 0.01 0.18 0.01 0.05 0.13 0.06 0.06
C4 0.02 0.02 0.05 0.17 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.22 0.00 0.02 0.11 0.65 0.30 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.13 0.06 0.05 0.04 0.08 0.02 0.09 0.00 0.01 0.25 0.28 0.02
C5 0.02 0.02 0.12 0.12 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.15 0.01 0.12 0.16 0.58 0.10 0.12
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.23 0.09 0.11 0.11 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.35 0.28 0.01
C6 0.01 0.02 0.19 0.13 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.16 0.01 0.17 0.14 0.39 0.11 0.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.31 0.40 0.17
N3 0.02 0.01 0.20 0.24 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.32 0.01 0.11 0.09 0.57 0.52 0.30
O2 0.07 0.01 0.46 0.36 0.02 0.04 0.03 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.40 0.46 0.03 0.20 0.08 0.34 0.70 0.32
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.08 0.16 0.02 0.15 0.40 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06 0.26 0.16 0.07
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.22 0.02 0.15 0.02 0.16 0.11 0.32 0.46 0.04 0.00 0.25 0.02 0.12 0.38 0.32 0.21
O4 0.02 0.02 0.07 0.18 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.25 0.00 0.02 0.12 0.73 0.26 0.22
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.11 0.20 0.07 0.02 0.02 0.00 0.09 0.07 0.58 0.18
O5' 0.05 0.07 0.03 0.05 0.11 0.01 0.16 0.00 0.14 0.06 0.09 0.08 0.06 0.12 0.12 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.41 0.05 0.13 0.65 0.25 0.58 0.35 0.39 0.31 0.57 0.34 0.26 0.38 0.73 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.57 0.17 0.06 0.30 0.28 0.10 0.28 0.11 0.40 0.52 0.70 0.16 0.32 0.26 0.58 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.06 0.06 0.22 0.02 0.12 0.01 0.08 0.17 0.30 0.32 0.07 0.21 0.22 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.18 0.35 0.13 0.11 0.36 0.23 0.69 0.25 0.26 0.11 0.13 0.47 0.34 0.14 1.10 0.51 0.38 0.98 1.70 2.78 1.94
C2 0.06 0.10 0.23 0.17 0.06 0.23 0.11 0.38 0.09 0.16 0.06 0.07 0.18 0.18 0.09 0.89 0.29 0.21 0.54 0.95 2.11 1.30
C2' 0.20 0.44 0.42 0.08 0.19 0.30 0.09 0.74 0.15 0.08 0.38 0.34 0.12 0.12 0.12 1.15 0.56 0.25 1.14 2.10 2.92 2.19
C3' 0.10 0.11 0.24 0.21 0.14 0.57 0.22 1.03 0.20 0.27 0.08 0.09 0.29 0.31 0.18 0.96 0.46 0.57 1.51 2.53 3.38 2.64
C4 0.08 0.06 0.35 0.08 0.04 0.14 0.07 0.28 0.08 0.09 0.05 0.06 0.15 0.11 0.05 1.04 0.40 0.16 0.41 0.77 2.01 1.16
C4' 0.35 0.33 0.15 0.31 0.45 0.75 0.56 1.18 0.59 0.55 0.47 0.34 0.67 0.61 0.47 0.82 0.41 0.84 1.62 2.54 3.58 2.75
C5 0.13 0.08 0.46 0.14 0.07 0.18 0.12 0.40 0.15 0.12 0.09 0.09 0.27 0.16 0.08 1.21 0.57 0.22 0.57 1.12 2.33 1.45
C5' 0.56 0.66 0.20 0.39 0.67 0.91 0.74 1.32 0.77 0.71 0.75 0.62 0.80 0.75 0.66 0.68 0.37 1.06 1.78 2.67 3.78 2.92
C6 0.13 0.11 0.46 0.14 0.09 0.24 0.17 0.52 0.20 0.17 0.11 0.11 0.35 0.23 0.10 1.23 0.60 0.29 0.74 1.39 2.55 1.68
N1 0.09 0.12 0.36 0.12 0.09 0.27 0.17 0.52 0.19 0.20 0.08 0.10 0.35 0.26 0.11 1.09 0.47 0.29 0.74 1.34 2.48 1.64
N3 0.06 0.07 0.25 0.13 0.05 0.16 0.06 0.26 0.05 0.09 0.05 0.06 0.10 0.10 0.06 0.90 0.28 0.15 0.39 0.69 1.90 1.08
O2 0.08 0.16 0.13 0.27 0.07 0.24 0.10 0.35 0.06 0.17 0.15 0.10 0.08 0.19 0.11 0.73 0.20 0.19 0.50 0.83 1.96 1.18
O2' 0.30 0.75 0.46 0.05 0.33 0.29 0.17 0.82 0.28 0.07 0.68 0.57 0.10 0.11 0.20 1.19 0.59 0.19 1.26 2.35 3.02 2.34
O3' 0.15 0.22 0.21 0.30 0.16 0.68 0.19 1.24 0.13 0.27 0.15 0.19 0.17 0.28 0.20 0.88 0.40 0.64 1.81 3.02 3.66 3.01
O4 0.07 0.05 0.33 0.08 0.04 0.11 0.05 0.21 0.06 0.07 0.05 0.04 0.11 0.07 0.04 1.00 0.36 0.12 0.31 0.57 1.83 0.99
O4' 0.32 0.33 0.22 0.26 0.44 0.61 0.59 0.94 0.67 0.55 0.53 0.32 0.82 0.63 0.44 0.92 0.47 0.72 1.25 1.97 3.16 2.27
O5' 0.50 0.59 0.17 0.36 0.60 0.84 0.65 1.22 0.68 0.62 0.66 0.57 0.70 0.65 0.59 0.71 0.37 0.97 1.67 2.54 3.64 2.80
OP1 0.25 0.36 0.26 0.12 0.40 0.52 0.51 0.93 0.56 0.48 0.49 0.32 0.67 0.55 0.39 0.95 0.79 0.68 1.40 2.34 3.40 2.56
OP2 1.39 1.47 0.99 1.16 1.45 1.59 1.42 1.84 1.42 1.42 1.46 1.46 1.34 1.39 1.44 0.35 0.50 1.76 2.23 2.87 4.14 3.26
P 0.74 0.87 0.33 0.51 0.85 1.02 0.88 1.36 0.90 0.85 0.91 0.83 0.91 0.87 0.83 0.47 0.25 1.19 1.80 2.61 3.78 2.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.13 0.14 0.99 0.44
C2 0.09 0.00 0.37 0.19 0.03 0.19 0.02 0.40 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.88 0.78 0.31 0.80 1.30 2.51 1.68
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.23 0.18 0.18 0.30 0.35 0.13 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.48 0.60 0.41 0.25
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.07 0.00 0.23 0.02 0.16 0.46 0.09 0.20 0.25 0.43 0.20 0.03 0.01 0.01 0.42 0.41 0.23 0.24
C4 0.04 0.03 0.19 0.07 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.57 0.39 0.18 0.48 0.73 1.86 1.11
C4' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.20 0.09 0.20 0.16 0.22 0.15 0.08 0.27 0.02 0.01 0.02 0.14 0.34 0.14
C5 0.02 0.02 0.10 0.23 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.53 0.16 0.10 0.43 0.69 1.76 1.04
C5' 0.08 0.40 0.23 0.02 0.23 0.01 0.23 0.00 0.33 0.14 0.41 0.33 0.34 0.13 0.07 0.06 0.19 0.02 0.01 0.17 0.11 0.03
C6 0.04 0.01 0.18 0.16 0.01 0.20 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.69 0.30 0.17 0.60 1.00 2.11 1.34
C8 0.02 0.04 0.18 0.46 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.32 0.16 0.19 0.18 0.82 0.29
N1 0.07 0.01 0.30 0.09 0.02 0.20 0.02 0.41 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.84 0.58 0.26 0.77 1.29 2.45 1.63
N3 0.09 0.01 0.35 0.20 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.78 0.77 0.30 0.68 1.06 2.26 1.46
N6 0.03 0.02 0.13 0.25 0.01 0.22 0.01 0.34 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.65 0.17 0.14 0.57 0.98 2.01 1.28
N7 0.02 0.02 0.09 0.43 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.25 0.06 0.21 0.27 1.17 0.57
N9 0.01 0.04 0.01 0.20 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.21 0.27 1.25 0.62
O2' 0.02 0.88 0.01 0.03 0.57 0.27 0.53 0.06 0.69 0.10 0.84 0.78 0.65 0.28 0.23 0.00 0.04 0.20 0.26 0.48 0.62 0.17
O3' 0.32 0.78 0.03 0.01 0.39 0.02 0.16 0.19 0.30 0.32 0.58 0.77 0.17 0.25 0.13 0.04 0.00 0.22 0.21 0.24 0.16 0.14
O4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.18 0.01 0.10 0.02 0.17 0.16 0.26 0.30 0.14 0.06 0.01 0.20 0.22 0.00 0.31 0.40 1.00 0.65
O5' 0.13 0.80 0.48 0.42 0.48 0.02 0.43 0.01 0.60 0.19 0.77 0.68 0.57 0.21 0.21 0.26 0.21 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 1.30 0.60 0.41 0.73 0.14 0.69 0.17 1.00 0.18 1.29 1.06 0.98 0.27 0.27 0.48 0.24 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.99 2.51 0.41 0.23 1.86 0.34 1.76 0.11 2.11 0.82 2.45 2.26 2.01 1.17 1.25 0.62 0.16 1.00 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.44 1.68 0.25 0.24 1.11 0.14 1.04 0.03 1.34 0.29 1.63 1.46 1.28 0.57 0.62 0.17 0.14 0.65 0.01 0.00 0.01 0.00